View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5095-Insertion-3 (Length: 1042)

Name: NF5095-Insertion-3
Description: NF5095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5095-Insertion-3
NF5095-Insertion-3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (8-550)||(4346580-4347122)
chr2 (540-1037)||(4347151-4347656)
chr2 (8-514)||(4364546-4365053)
chr2 (779-847)||(4339193-4339263)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 550
Target Start/End: Original strand, 4346580 - 4347122
Alignment:
Q  8 gctcacctccttcatgcagtaacgatcagattgcaagcccaaactgtaaatgtgcatttccctatagtggaaatctatcatccagagctttcagtttctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4346580 gctcacctccttcatgcagtaacgatcagattgcaagcccaaactgtaaatgtgcatttccctatagtggaaatctatcatccagagcttttagtttctc 4346679  T
Q  108 aaactatagtaacacaagttactacaaggaaatcgagcagactctgatagatgcttttcagaagcaaaacattccggtggattcagtttctcttagtaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346680 aaactatagtaacacaagttactacaaggaaatcgagcagactctgatagatgcttttcagaagcaaaacattccggtggattcagtttctcttagtaac 4346779  T
Q  208 cctatcaacgtttcatctaccgataattttcagttgactcttaatgtcttcccatctcagaccgatcgtttcaatacaaccggggtttcaactgctgctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346780 cctatcaacgtttcatctaccgataattttcagttgactcttaatgtcttcccatctcagaccgatcgtttcaatacaaccggggtttcaactgctgctt 4346879  T
Q  308 ttgtgcttagtaaccaactttacaagcctccagaatttttctccccttacgttttcattggttttacctatggttattattgaggtgatttttagtgttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346880 ttgtgcttagtaaccaactttacaagcctccagaatttttctccccttacgttttcattggttttacctatggttattattgaggtgatttttagtgttt 4346979  T
Q  408 cattgtgaactacaaatgcttaattatttgtttgtgctatcttctttctcttctctgactctgtcatttttatgtcatttaggagaacctaaagatcaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346980 cattgtgaactacaaatgcttaattatttgtttgtgctatcttctttctcttctctgactctgtcatttttatgtcatttaggagaacctaaagatcaaa 4347079  T
Q  508 gtcatcatataacggggacaattttgtataactaattcgtgtt 550  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4347080 gtcataatataacggggacaattttgtataactaattagtgtt 4347122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 540 - 1037
Target Start/End: Original strand, 4347151 - 4347656
Alignment:
Q  540 taattcgtgtttcgtaacctcaagatacatagttcaaattcacaataataaaatgatcgttagtctcgcattaataaatactaataaaaattccaccttt 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4347151 taattcgtgtttcgtaacctcaagatacatagttcaaattcacaataataaaatgatcgttagtctcgcattaataaatagtaataaaaattccaccttt 4347250  T
Q  640 gcaattatttctactaaaatatcgttaaaaaagccctttgatcatatattcacctcacatctccaactactttattctcatttagatactctatataatt 739  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  4347251 gcaattatttctaccaaagtatcgttaaaaaagccctttgatcatatattcacctcacatctccaactactttattctcatttagacactctata--att 4347348  T
Q  740 aaaacgcaaactacaagtaaaacctaacatttaggaccgtccttgcattggttagattatattaacaccaaaagaatgtgtgtacacttactgatctgat 839  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4347349 aaaacgcaaactacaagtaaaacctaacatttaggaccgtccttgcattggttagattatattaacaccaaaagaatgtgtgtacacttactgatctgat 4347448  T
Q  840 ttaatggcgatgcattttgtgcttttggacctagccatgttacttttctttgataaaaaattatgttgcttgacgaaatgaggatatatacgagaccaca 939  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4347449 ttaatggcgatgcattttgtgcttttggacctagccatgttacttttctttgataaaaaattatgttgcttgacgaaatgaggatatatacgagaccaca 4347548  T
Q  940 a--atacagttacgaagcaggtagaccac-atac-agttac-agagagacactact-cat-cga--ttcttatgctgatatttgtata-cagataactta 1029  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||| |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4347549 aatatacagttacgaagcaggtagaccacaatacaagttacaagagagccactactccatccgaattccttatgctgatatttgtataccagataactta 4347648  T
Q  1030 ttttctca 1037  Q
    ||||||||    
T  4347649 ttttctca 4347656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 8 - 514
Target Start/End: Original strand, 4364546 - 4365053
Alignment:
Q  8 gctcacctccttcatgcagtaacgatcagattgcaagcccaaactgtaaatgtgcatttccctatagtggaaatctatcatccagagctttcagtttctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  4364546 gctcacctccttcatgcagtaacgatcagatcgccagcccaaactgtaaatgtgcatttccctatagtggaaatctaacatccagagcttctagtttctc 4364645  T
Q  108 aaactatagtaacacaagttactacaaggaaatcgagcagactctgatagatgcttttcagaagcaaaacattccggtggattcagtttctcttagtaac 207  Q
    ||| | |||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  || || ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  4364646 aaattttagtgacacaagttactacaaggaaattgaacagactatgatggatttttatcggaaacaaaacattccagtagattcagtttctcttagtaat 4364745  T
Q  208 cctatcaacgtttcatctaccgataattttcagttgactcttaatgtcttcccatctcagaccgatcgtttcaatacaaccggggtttcaactgctgctt 307  Q
    ||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4364746 cctttcaaggattcatccaccgataattttcagttgactcttaatatcttcccatctcaaaccgatcgtttcaatgcaaccggggtttcaactgctgctt 4364845  T
Q  308 ttgtgcttagtaaccaactttacaagcctccagaatttttctccccttacgttttcattggttttacctatggttattattgaggtgatttttagtgttt 407  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||||||||| ||| ||||    |||   ||||||||||  |   |||    
T  4364846 ttgcgcttagcaaccaactttacaagcctccagaatttttcacaccctacgccttcattggtgttaactataaacatttaggaggtgatttacaccattt 4364945  T
Q  408 cattgtgaactacaaatgcttaattatttgtttgtgctatcttctttctcttctctgactctgtcatttttatgtcatttaggagaacctaaa-gatcaa 506  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  4364946 cattatgaactacaaatgctgaattatttgtttgatctgtcttctttctcttctctgactctgtcatttttatgtcacttaggagaatctaaaggatcaa 4365045  T
Q  507 agtcatca 514  Q
    ||||||||    
T  4365046 agtcatca 4365053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 779 - 847
Target Start/End: Original strand, 4339193 - 4339263
Alignment:
Q  779 tccttgcattggttagattatattaacaccaaaagaatgtg--tgtacacttactgatctgatttaatggc 847  Q
    ||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4339193 tccttgcgtttgttggataatattaacaccaaaagaatgtgtatatacacatactgatctgatttaatggc 4339263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University