View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5095-Insertion-6 (Length: 773)

Name: NF5095-Insertion-6
Description: NF5095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5095-Insertion-6
NF5095-Insertion-6
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (8-756)||(2748847-2749595)
chr3 (8-749)||(2855348-2856092)
chr3 (31-749)||(5412763-5413463)
chr3 (8-740)||(2838138-2838876)
chr3 (11-745)||(2807130-2807864)
chr3 (8-740)||(2759079-2759814)
chr3 (28-749)||(2768925-2769649)
chr3 (8-749)||(2818413-2819157)
chr3 (28-751)||(2797215-2797941)
chr3 (28-437)||(2790491-2790900)
chr3 (484-751)||(2790221-2790491)
chr3 (463-524)||(21945673-21945734)
chr3 (70-176)||(3201376-3201482)
chr3 (482-539)||(22648533-22648590)
chr3 (463-539)||(21930455-21930531)
chr3 (463-539)||(22028034-22028110)
chr3 (463-539)||(22034551-22034627)
chr3 (463-539)||(22179451-22179527)
chr3 (407-539)||(22657366-22657498)
chr3 (463-521)||(22104775-22104833)
chr3 (463-521)||(22187040-22187098)
chr3 (407-521)||(22615559-22615673)
chr3 (463-520)||(22052786-22052843)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (8-749)||(5690-6434)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (463-521)||(27294600-27294658)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 2749595 - 2748847
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749595 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 2749496  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749495 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 2749396  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749395 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 2749296  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749295 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 2749196  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749195 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 2749096  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  2749095 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgttt 2748996  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2748995 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttg 2748896  T
Q  708 aaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataattta 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748895 aaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataattta 2748847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Original strand, 2855348 - 2856092
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855348 cttttgacacagcctcaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 2855447  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  2855448 ttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttatta 2855547  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  2855548 ggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatacctcttatgttgcaggtattgccttacttgtataa 2855647  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855648 tcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 2855747  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||     
T  2855748 gtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccc 2855847  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  2855848 cccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgttt 2855947  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaat 704  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||   | ||   |||||| | |||| | |||||||||||    
T  2855948 cttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctccactgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaat 2856047  T
Q  705 ttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattga 749  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2856048 ttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattga 2856092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 5413463 - 5412763
Alignment:
Q  31 gatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagtta 130  Q
    ||||||||||  |||||||| ||| ||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||    
T  5413463 gatggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaacatatacta 5413364  T
Q  131 gaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtc 230  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  5413363 gaaaggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctactacctttattgtttttaggcatcgcaaattcaacctggtc 5413264  T
Q  231 cgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttg 330  Q
     |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  5413263 agagaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttg 5413164  T
Q  331 tgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgc 430  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  5413163 tgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgc 5413064  T
Q  431 aagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcac 530  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  5413063 aagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgac 5412964  T
Q  531 cgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagt 630  Q
     || || || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || || |||||||||    
T  5412963 tgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagt 5412864  T
Q  631 cgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 730  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||||  |||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412863 cgaggatctcgccatcttccattttctgtctctctactgctgttgctgct------------------tgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 5412782  T
Q  731 ccttgattccacgaattga 749  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5412781 ccttgattccacgaattga 5412763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Original strand, 2838138 - 2838876
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838138 cttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 2838237  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  2838238 ttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttatta 2838337  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    ||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  2838338 ggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaa 2838437  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838438 tcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 2838537  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2838538 gtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccc 2838637  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||    
T  2838638 cccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgttt 2838737  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc------tatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtga 701  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||  ||||||        || |  |||||||||| | |||| |||| | |||    
T  2838738 cttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttga 2838837  T
Q  702 aatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattcc 740  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2838838 aatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattcc 2838876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 2807864 - 2807130
Alignment:
Q  11 ttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttg 110  Q
    |||||| ||||||||| || | |||||| || ||| |||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2807864 ttgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttg 2807765  T
Q  111 caggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggc 210  Q
    || |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||    
T  2807764 caagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggc 2807665  T
Q  211 atggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatta 310  Q
    || ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  2807664 atagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctacaatca 2807565  T
Q  311 gtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgta 410  Q
    |||| | |||||||| |||| ||||| | |   |||||| ||||| |||   | |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2807564 gtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgta 2807465  T
Q  411 agattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctccc 510  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2807464 tgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctccc 2807365  T
Q  511 attcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttctt 610  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||| ||| |||| |||| ||||||    
T  2807364 attcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttctt 2807265  T
Q  611 caataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaa 710  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||  ||| |||||| | |||| |||| ||||||||||| ||    
T  2807264 caataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaa 2807165  T
Q  711 gttatacctctcacttctttccttgattccacgaa 745  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2807164 gttatacctctcacttctttccttgattccgcgaa 2807130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 2759814 - 2759079
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    |||||| |||||||||||| || | ||||||| | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2759814 cttttgccacagcctcaagctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaag 2759715  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||     
T  2759714 ttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctactacctttgttgttatta 2759615  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || ||| |||    
T  2759614 ggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctgtaa 2759515  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||| |||   | |||| |||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||    
T  2759514 tcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagt 2759415  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||| ||||||||||||  || ||||||  |||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||     
T  2759414 gtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccc 2759315  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||    
T  2759314 cccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgttt 2759215  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc--ta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaat 704  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  || || |  ||||| |||| | |||| |||| | ||||||    
T  2759214 cttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaat 2759115  T
Q  705 ttgaaagttatacctctcacttctttccttgattcc 740  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  2759114 ttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattcc 2759079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 2769649 - 2768925
Alignment:
Q  28 tctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgag 127  Q
    |||| |||||| || ||| |||| ||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| ||||     
T  2769649 tctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttaggaggcaaaagttgcatgttaagaacatgaa 2769550  T
Q  128 ttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctg 227  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  2769549 ctagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggaaaattcaacctg 2769450  T
Q  228 gtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccatt 327  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| |  ||||||  ||||||||||    
T  2769449 gtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccatt 2769350  T
Q  328 ttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtga 427  Q
    |||||||||||||  || ||||  |||| |||   | |||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2769349 ttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtga 2769250  T
Q  428 cgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatat 527  Q
     |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  2769249 tgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatat 2769150  T
Q  528 caccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagac 627  Q
    ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  2769149 cactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagac 2769050  T
Q  628 agtcgaggatcacgccattttccattttct--ctctctccta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcac 724  Q
    |  ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||  ||| || |  ||||| |||| | |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |    
T  2769049 atccgaggatcacgccatcttccactttctgactctccactactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgc 2768950  T
Q  725 ttctttccttgattccacgaattga 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  2768949 ttctttccttgattccacgaattga 2768925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 2819157 - 2818413
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    |||||| |||| |||||||||| | ||||||| | |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2819157 cttttgccacaacctcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaag 2819058  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||     
T  2819057 ttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacctttgttgttattg 2818958  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||||||    
T  2818957 ggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatattaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctataa 2818858  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    | ||| ||  ||||||||||||| |||| ||||  |||  || ||||| ||    | || | |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||    
T  2818857 tcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagt 2818758  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||| ||||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2818757 gtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccc 2818658  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| | || ||||||| ||| || | ||||||||    
T  2818657 cccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgttt 2818558  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaat 704  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | |||  ||||||    |   ||||   ||  || | |||| |||| || |||||    
T  2818557 cttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctccacatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaat 2818458  T
Q  705 ttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattga 749  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818457 ttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattga 2818413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 28 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 2797941 - 2797215
Alignment:
Q  28 tctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgag 127  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||     
T  2797941 tctggtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaa 2797842  T
Q  128 ttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctg 227  Q
     | |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2797841 cttgaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctg 2797742  T
Q  228 gtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccatt 327  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||    
T  2797741 gtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatactttttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccatt 2797642  T
Q  328 ttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtga 427  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  || |||    | ||| |||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2797641 ttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtga 2797542  T
Q  428 cgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatat 527  Q
     |||||||||||||||||| | || || ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  2797541 tgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaat 2797442  T
Q  528 caccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagac 627  Q
    ||| ||||||||||||   || || | |||||||||||||| ||||||  | || ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  2797441 cactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagac 2797342  T
Q  628 agtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctcct-atgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcac 724  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||||| | |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797341 agtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcac 2797242  T
Q  725 ttctttccttgattccacgaattgata 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  2797241 ttctttccttgattccacgaattgata 2797215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 28 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2790900 - 2790491
Alignment:
Q  28 tctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgag 127  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||     
T  2790900 tctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaa 2790801  T
Q  128 ttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctg 227  Q
     |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||    
T  2790800 ctagaaaagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctacaacctttattgttatttggaatggcaaattcaatctg 2790701  T
Q  228 gtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccatt 327  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||    
T  2790700 gtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatactttttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccatt 2790601  T
Q  328 ttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtga 427  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||| |||    | ||| |||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  2790600 ttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtga 2790501  T
Q  428 cgcaagcacg 437  Q
     |||||||||    
T  2790500 tgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 484 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790221
Alignment:
Q  484 gcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggac 583  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||  | || |    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  584 cttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctcct-atgctaatgctgct 680  Q
    |||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgct 2790292  T
Q  681 tgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgata 751  Q
    ||| | |||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790291 tgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgata 2790221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 463 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 21945734 - 21945673
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacgga 524  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21945734 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccacgga 21945673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 3201482 - 3201376
Alignment:
Q  70 ttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattc 169  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||   ||||| ||||| || ||| | || || |||| ||||||||    
T  3201482 ttgcaaaacagttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagctacatgcatcattc 3201383  T
Q  170 tagtggt 176  Q
    || ||||    
T  3201382 tactggt 3201376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 482 - 539
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  482 tggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 21930531 - 21930455
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  21930531 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 21930455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 22028110 - 22028034
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22028110 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22028034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 22034627 - 22034551
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22034627 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22034551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 22179527 - 22179451
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  22179527 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcccaccacgaataccacagtgcgctc 22179451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 407 - 539
Target Start/End: Original strand, 22657366 - 22657498
Alignment:
Q  407 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 506  Q
    |||||||||| || |||||||  ||| ||||||| ||||||||| |    |||| |||||| |||||||||   || |||||||| ||||||||| | ||    
T  22657366 tgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttttccttgccc 22657465  T
Q  507 tcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 539  Q
    ||||||||| || || ||||| || ||||||||    
T  22657466 tcccattcccacgacagatatgacagtgcgctc 22657498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 463 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 22104833 - 22104775
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 521  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22104833 ttgctgtcaaaaactctcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22104775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 463 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 22187098 - 22187040
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 521  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22187098 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22187040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 407 - 521
Target Start/End: Original strand, 22615559 - 22615673
Alignment:
Q  407 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 506  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||| |  | ||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||  | ||    
T  22615559 tgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccacaaacctccttgctatcaaaaacattcttggcaagagtggttttaccctgccc 22615658  T
Q  507 tcccattcctaccac 521  Q
    ||||||||| |||||    
T  22615659 tcccattcccaccac 22615673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 22052843 - 22052786
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctacca 520  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22052843 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctacca 22052786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Original strand, 5690 - 6434
Alignment:
Q  8 cttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaag 107  Q
    ||||||| ||||||||||| ||   ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  5690 cttttgatacagcctcaagctcaagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgtttggaggcaagag 5789  T
Q  108 ttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttattt 207  Q
    |||||| ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5790 ttgcagtttgtgaacatgaactataaaggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgattataatcctactacctttattgttatta 5889  T
Q  208 ggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5890 ggcatggcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataa 5989  T
Q  308 ttagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagt 407  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||   |||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||    
T  5990 ttaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggt 6089  T
Q  408 gtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcct 507  Q
    ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  6090 gtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacct 6189  T
Q  508 cccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgttt 607  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||||||||  ||  ||||||||||||||| | | ||| ||| |||| ||||| | ||| |||||||| ||||    
T  6190 cccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagttt 6289  T
Q  608 cttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctg---cttgaagttcctcgttcgtgtgaaat 704  Q
    ||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||  |||||   ||||| | |||  |||| ||| ||||    
T  6290 cttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaat 6389  T
Q  705 ttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattga 749  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6390 ttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattga 6434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 463 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 27294658 - 27294600
Alignment:
Q  463 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 521  Q
    ||||| |||||||||  |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27294658 ttgctgtcaaaaactttcttgactagagtggtttttccttgtcctcccattcctaccac 27294600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University