View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5096-Insertion-6 (Length: 498)

Name: NF5096-Insertion-6
Description: NF5096
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5096-Insertion-6
NF5096-Insertion-6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-498)||(14765780-14766272)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-411)||(8370169-8370573)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (6-421)||(3405799-3406213)
chr8 (6-368)||(3396848-3397210)
chr8 (6-361)||(3365746-3366101)
chr8 (6-360)||(31177449-31177803)
chr8 (6-368)||(3319320-3319682)
chr8 (11-351)||(3389326-3389666)
chr8 (6-351)||(13789747-13790092)
chr8 (26-382)||(3322845-3323201)
chr8 (41-282)||(3430083-3430330)
chr8 (7-351)||(3283933-3284280)
chr8 (49-350)||(7163733-7164034)
chr8 (6-340)||(3259771-3260108)
chr8 (13-345)||(13809910-13810242)
chr8 (39-340)||(3266496-3266797)
chr8 (91-345)||(3376732-3376986)
chr8 (152-339)||(3581133-3581326)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (6-351)||(15804719-15805064)
chr5 (6-368)||(20839879-20840241)
chr5 (6-361)||(20813447-20813802)
chr5 (53-341)||(30419484-30419772)
chr5 (39-352)||(12598044-12598357)
chr5 (6-121)||(12597097-12597212)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (6-412)||(6903953-6904359)
chr3 (14-351)||(32409831-32410168)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (6-361)||(3344-3699)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 498
Target Start/End: Original strand, 14765780 - 14766272
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14765780 catatattagatagacagccgtctccttaattatcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 14765879  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14765880 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaactttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 14765979  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14765980 gttcccatgatttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 14766079  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaattcctgcataaataacacatgctt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766080 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaattcctgcataaataacacatgctt 14766179  T
Q  406 agttatttatgtaattacgccattcaattggatcttttgtgccatttatagtatcattacaaattccctaataagggagtcggttgaaagaaa 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766180 agttatttatgtaattacgccattcaattggatcttttgtgccatttatagtatcattacaaattccctaataagggagtcggttgaaagaaa 14766272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Original strand, 8370169 - 8370573
Alignment:
Q  7 atatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacct 106  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8370169 atatattagatacacagctgtctccttaactgtcaatccatgtctaaaagtaacaaaaatctccacattgtcaccaactcctaaatttgatactacacct 8370268  T
Q  107 tgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8370269 tgccaatcttcatcattaaacgacattactgtgtctcgcttgcaaatatggattgtgaatttggtgtgattaatgatcaagacactagtgagacattcag 8370368  T
Q  207 ttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcc 306  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  8370369 ttcctatgttttcaagtgttgatgaataaacaacacataaagttattccgttcaatccacaaacaccaccgttaggcacttcaaaatatactgaaggtcc 8370468  T
Q  307 tacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaattcctgcataaataacacatgctta 406  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| | |||||||||  |||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  8370469 tacacatctataggtcaaccaagaaggataattgtctcctggaaggaaataatcgacagaatcatttgttctcaattcctgcatcaagaacatatgctta 8370568  T
Q  407 gttat 411  Q
    |||||    
T  8370569 gttat 8370573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 6 - 421
Target Start/End: Original strand, 3405799 - 3406213
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3405799 catatattagatagacagcggtctccttagcagtcaatccatgcccaaaagctacaaaaatctccacattgtcaccaactcctaaatttgatactacacc 3405898  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    || |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||| || || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3405899 ttcccaatcttcatcgttaaaggtcattactgtgtctctcttgtatatatgaatagtgaattttgtgtaattaatgatcaagacactagtgagacattca 3405998  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||    
T  3405999 gttgccatgtttttaagtgtagatgaataaagaacacataaagttattcccttcattccacaattactatccttgggcacttgaaaacatactgatggtc 3406098  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaattcctgcataaataacacatgctt 405  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||| || ||| ||  |||||||||  ||  |||| |||| || || |||| ||||||    
T  3406099 cctcacatgtataggctaaccaagaaggaatattgttacccggaaggaacgaagcacgagaatcattagttgccaatccctgtat-aagaacatatgctt 3406197  T
Q  406 agttatttatgtaatt 421  Q
    | ||||||||||||||    
T  3406198 aattatttatgtaatt 3406213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 368
Target Start/End: Original strand, 3396848 - 3397210
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||  |||||||    
T  3396848 catatattagatagacagccgtctccttaacagtcaatccatgcccaatagctacaaaaatctccacattgtcatcaacttttaaatttgacactacacc 3396947  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  3396948 ttcccaatcttcatcattaaaagacattattgtgtcacgcttgtaaatttggatagtgagttttgtgtaattaatgattaagacactagtgatacattca 3397047  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
     ||  || ||||| | ||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  3397048 attggcaggttttgaggtgttaacgaataaacaacacacaaagctattcccttcatgcaggaaccactatcctcaggcacttcgaaatgtactgaaggtc 3397147  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaat 368  Q
    || | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  3397148 cttcgcatttataggctaaccaataaggataattgtcacccggaaggaaagaatcactagaat 3397210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3366101 - 3365746
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||    
T  3366101 catatattagataaacagcagtttccttaacagtaaatccatgcccaatagctacaaaaatctccaaattgttaccaactcctaaatttgacactatgcc 3366002  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||    
T  3366001 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgtttgtaaatctgcatagtgaattttgtgtaattaatgatcaagacgctagcgagactttca 3365902  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||| |||  |||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||| |||||||| |||  |||||||||||    
T  3365901 gttgccaaattttcaggtgttgatgaataaagaacgcataaagctattcccttcatgcaagaatcacgatcctcgggcacttggaaaagtactgaaggtc 3365802  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatca 361  Q
    || ||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3365801 cttcacctttataggctagccaagaaggataattgtcacccggaaggaaagaatca 3365746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 31177803 - 31177449
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  31177803 catatactaaatagacagctgtctccttaacagttaatccatgcccaatagctacaaaaacctccacattgtcaccaacaccaaaatttgaggcaacacc 31177704  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  31177703 ttcccaatcttcatcattaaaggacattattgtgtcacgcttgtaaatctggatagtgagttttgtgtaattaatgattaagacactagtgagacattca 31177604  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
     ||  ||  |||| | |||||||||||||||||| ||| || | || ||||||||| | ||||  ||||| ||| |||||||| |||  ||| |||||||    
T  31177603 cttatcagattttgaggtgttgatgaataaacaacacacaacgttactcccttcatgcaagaactactattctcgggcacttggaaaagtaccgaaggtc 31177504  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatc 360  Q
    || | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31177503 cttcgcatttataggctaaccatgaaggataattgtcacctggaaggaaagaatc 31177449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 3319682 - 3319320
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||  ||| |||| || |||| | | ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| | || ||    
T  3319682 catatattagatagacattcgtctccttaacagtccatccatgtccaataactacaaaaatctccaaattgtcaccaactcctaattttgatacgacgcc 3319583  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  3319582 ttgccaatcttcatcattaaatgacattactgtgtgtctcttgtaaatctggatagtgaattttgtgtaattaataatcaagacaccagtcaggcattca 3319483  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||  | | ||||| |  |||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| |   || || |||||||||| |||| |||   | | |||||||    
T  3319482 gtagctacgtttttagatgttgatgaataaagaacacataaagtcattcccttcatgcggcaatcagtatcctcaggaactttaaatattgcagaaggtc 3319383  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaat 368  Q
    || ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  3319382 cttcacctctataggctaaccaagaaggatagttgtcacccggaaggaaagaaccactagaat 3319320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 351
Target Start/End: Original strand, 3389326 - 3389666
Alignment:
Q  11 attagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgcc 110  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||  ||| |||| ||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||    
T  3389326 attagatagacagtcatcttcttaacagtccatccatgcccaatagatacaaaaatctccacattgtcaccaactcctaattttgataccacgtcttgcc 3389425  T
Q  111 aatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcc 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  3389426 aatcttcatcattaaaagacattactgtgtctcgcctgtaaatttggatagttaattttgtgtaattaataatcaagacactagtcagaccttcagttgc 3389525  T
Q  211 catgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctaca 310  Q
     | ||||||| |||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||| |   ||    |||| || || ||||||||  |||| ||||||||| ||    
T  3389526 taagttttcaggtgttgttgaataaagaacacataaagtcattcccttcatgcagtaattggtatcgtcgggaacttgaaataatacagaaggtccttca 3389625  T
Q  311 catgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaag 351  Q
    | |  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3389626 cctcgataggctaaccaagaaggataattatcacccggaag 3389666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 13790092 - 13789747
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||||   |||| |||| ||||||| | ||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  13790092 catatataagatagacagttgtcttcttaacaatcaacccgtccccaaaaactacaattatctccaccttgtcaccaacacctaaatttgacactacacc 13789993  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||   || |||||||| ||||||   |||||| ||| ||||||||| |||| |||| |||||||   | ||||||||     
T  13789992 ttgccaatcttcatcgttaaaagaggataatgtgtctctcttgtatgcttggattgtgcattttgtgtaattagtgattaagacaccgttaagacattcg 13789893  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    | | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |   || ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  13789892 gctaccatgttttcaggtgttgatgaataaacaacacataaagttattcccttcaagcagcaatcactatcctcaggtacttgaaaatttactgaagatc 13789793  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaag 351  Q
    || ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13789792 cttcacctgtataggctaaccaagaagggtaattgtcccccggaag 13789747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 382
Target Start/End: Original strand, 3322845 - 3323201
Alignment:
Q  26 gtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaa 125  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||| ||| || ||| | ||| |||||||||||||    
T  3322845 gtctccttaacaatcaatccgtgcccaaaaacaacaaaaatctccacattgtcaccaggtcctaggtttaatgttaaacccttccagtcttcatcattaa 3322944  T
Q  126 acgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgt 225  Q
    | ||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||  | ||| |||||||  |||    
T  3322945 aagacattactgtgtctcccttgtatatttggattgtgcattttgtgtaattgatgatcaagacattagttagacattcaactgccacgttttcagatgt 3323044  T
Q  226 tgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaac 325  Q
    |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||   | || || |||| | ||| ||||| ||   ||||||||||||| |||  |||||||| |||    
T  3323045 tgatgaataaacaacacacaagactattcccttcatgtgacaatcaatatctttaggaacttggaatagtactgaaggtccttcaccagtataggctaac 3323144  T
Q  326 caagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaat 382  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || || || |||||||| || |||||    
T  3323145 caagaaggataattgccacccggaagacaaaaaccactataatcattggttgtcaat 3323201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 3430330 - 3430083
Alignment:
Q  41 aatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc--ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgt 138  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| |||||| |||  ||    
T  3430330 aatccatgcccaaaagctacaaaattctccacattgtcaccaactcctaaatttgatactacacactttgccaatcttcatcattgaacgaccttacggt 3430231  T
Q  139 gtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacat----tcagttcccatgttttcaagtgttgatgaata 234  Q
    |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  3430230 gtcttgcttgtaaatctggatggtgaattttgtgtaattaatgatcaagacactagggagacattcaatcagttgccaggttttcaggtgttgatgaata 3430131  T
Q  235 aacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcagg 282  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||   | || |||||||||||||    
T  3430130 aacaacacataaacttattcccttcatgatacaatcactatcctcagg 3430083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Original strand, 3283933 - 3284280
Alignment:
Q  7 atatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacct 106  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||||   ||||  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||| |||||||| ||         
T  3283933 atatataagataggcagctgtctccttaacaatcaactcatgcccaaaagctacaaatatctccacattgtcaccaggtcctagatttgatgttatgttc 3284032  T
Q  107 tgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcag 206  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||  ||||||||||    
T  3284033 ttccaatcttcatcattaaaggacattattgtatctcgcttgtatatgtgaacagtgaattttgtataattaattatcaaaacactagcgagacattcag 3284132  T
Q  207 ttcccatgttttca---agtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaagg 303  Q
    || |||||||||||   | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |    | |||||||||  ||||||||||||  ||| |||||    
T  3284133 ttaccatgttttcagatattgttgatgaataaacaacacataaagttattccctttatgcagtgatcactatccttgggcacttgaaaacgtacagaagg 3284232  T
Q  304 tcctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaag 351  Q
    |||| ||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  3284233 tccttcacctgtgtaggctaaccaagaaggatagttgtcccccggaag 3284280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 350
Target Start/End: Original strand, 7163733 - 7164034
Alignment:
Q  49 cccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttg 148  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||  ||||||  ||||| |||||||| ||||   | |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  7163733 cccaaaagatacaaaaatctctacatcatcaccaggtcctagatttgatgttacattcttccaatcttcatcattaaaggacattactgcgtctcgcttg 7163832  T
Q  149 tagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaag 248  Q
    || || ||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||      
T  7163833 tatatctggatggtgcactttgtgtaattaatgatcaagacaccagtaagacattcaggtcccatgttttcagatgttgatgaataaacaacacataaga 7163932  T
Q  249 ctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccgg 348  Q
     ||||||||||||   |  | |  |||||  ||| ||||||||   | | ||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  7163933 ttattcccttcatgtgacgatcgatatccctaggaacttgaaatagtgccgaaggtccttcaccagtataggctaaccaagaaggataattgccacccgg 7164032  T
Q  349 aa 350  Q
    ||    
T  7164033 aa 7164034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 340
Target Start/End: Original strand, 3259771 - 3260108
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||   ||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| |||||||   |||| |||||||  ||||      
T  3259771 catatattagataaacagctgtctgcttaacaatcaatccatggccaaaagctacaaaaatctctacatcgtcaccaggacctagatttgatattacatt 3259870  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgatt---aatgatcaagacactagtcagacat 202  Q
     | ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| || |||||  || | |||||||||||   ||  || ||||||||||| ||||||    
T  3259871 cttccaatcttcatcattaaagaacattatcgtgtctcgcttgtatatctggatattgcactttgtgtgattaacaacaatgaagacactagttagacat 3259970  T
Q  203 tcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaag 302  Q
    |||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| ||   | || ||  ||||||||| |||||||| | | ||||||    
T  3259971 tcagctcccatgatttcagatgttgatgaataaacaacacataagattattcccttaatatgacaatcaacatcctcaggaacttgaaattgtgctgaag 3260070  T
Q  303 gtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataattg 340  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  3260071 gtccttcacctgtataggctaaccaagaaggatgattg 3260108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13810242 - 13809910
Alignment:
Q  13 tagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||   |||||||   ||||||||||| || ||||||||   ||| | |||||||| ||||   | ||||    
T  13810242 tagatagacagctgtctccttaacaatcaatccacacccaaaaagtacaaaaatctccactttgtcacctggtccaagatttgatgttacattcttccaa 13810143  T
Q  113 tcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttccca 212  Q
    |||||||||||||| ||| | | |||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||| | |||||||| | |||||    
T  13810142 tcttcatcattaaaggacctcaatgtacctcgcttgtatatctggatggtgaattttgtgtaattaacaatcaagacactaataagacattcggctccca 13810043  T
Q  213 tgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacaca 312  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||   |||||||||||    | || || ||| |||||| || ||||| | |  |||||||||  ||||    
T  13810042 tgttttcaggtgctgatgaataaacaacacataagattattcccttcaagtgacaatcaatattctcaggaacgtgaaattgtgttgaaggtccatcaca 13809943  T
Q  313 tgtataggccaaccaagaaggataattgtcacc 345  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13809942 tctataggctaaccaagaaggataattgtcacc 13809910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 340
Target Start/End: Original strand, 3266496 - 3266797
Alignment:
Q  39 tcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaaacgacattattgt 138  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||  ||||  ||||||  ||||| |||||||| ||||   | |||||||||||||||||| |||| ||  ||    
T  3266496 tcaatccatgctcaaaagctacataaatcttcacatcatcaccaggtcctagatttgatgttacattcttccaatcttcatcattaaaggacactacagt 3266595  T
Q  139 gtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaaca 238  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3266596 gtctcgcttgtaaatttggatggtgcactttgtgtaattaataatcaagacactagtgagacattcacctgccatgttttcagatgttgatgaataaaca 3266695  T
Q  239 atacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataat 338  Q
    |  |||||  ||||||||| |||   | || || |||||| ||| ||||||||   |  |||||||||| ||| ||||||| | || |||||||||||||    
T  3266696 acgcataagactattccctccatgtaacaatcaatatccttaggaacttgaaatggtgttgaaggtccttcacttgtatagactaagcaagaaggataat 3266795  T
Q  339 tg 340  Q
    ||    
T  3266796 tg 3266797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 91 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 3376986 - 3376732
Alignment:
Q  91 atttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagaca 190  Q
    |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || | ||| ||| | ||||||| |||||| |||||||||    
T  3376986 atttgatgttaaacccttccaatcttcatcattaaaagacataactgtgtctcgcttgtatatctcgatggtgcactttgtgtaattaataatcaagaca 3376887  T
Q  191 ctagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaa 290  Q
    |  || ||||||| || |||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||   |||||| ||||  | |  |  |||||||||||| |||||||    
T  3376886 ccggtaagacatttagctcccatattttcagatgttgatgaataaacaacgcataagattattcctttcacgcaaccattactatcctcaggaacttgaa 3376787  T
Q  291 aatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacc 345  Q
    ||  |||||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3376786 aaagtactgaagttccttcacctttataggctaaccaagaaggataattgtcacc 3376732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 152 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 3581326 - 3581133
Alignment:
Q  152 atttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagaca-----ctagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataa 246  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||     ||||  ||||| |||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  3581326 atttggatagtaaattttgtgtaattaattatcaagacaagatactagggagacactcagttgctaggttttcaggtgttgatgaataaacaacacataa 3581227  T
Q  247 agctattcccttcattccagaaaca-ctatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataatt 339  Q
    || ||||||||||||   | || || ||||  || ||  |||| | |  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3581226 agttattcccttcatgatacaatcacctattatcgggtccttggagaagtactaaaggtccttcacatgtataggctaaccaagaaggataatt 3581133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 6 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 15805064 - 15804719
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||| || || || |||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||  |||  ||    
T  15805064 catatattagataaaccgcagtttccttaacagtaaatccatgcccaacagctacaaatatttccacattgttaccaactcctaaatttgacactatgcc 15804965  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  15804964 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgtttgtaaatctggatagtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtgagactttca 15804865  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||| |||  |||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| | |||| |||||||||  |||||||| |||  |||||||||||    
T  15804864 gttgccaaattttcaggtgttgatgaataaagaacgcataaagctattcccttcatgcaagaatcactatccttcggcacttggaaaagtactgaaggtc 15804765  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaag 351  Q
    || ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15804764 cttcacctttataggctaaccaagaaggataattgtcacccggaag 15804719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 20840241 - 20839879
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||   ||||||    
T  20840241 catatataagatacgcagccgtctccttaacagtaaatccatgcccaatagctacaaaaatctccacattgtcaccaacttttaaatttgacaatacacc 20840142  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| || ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  20840141 ttcccaatcttcatcattaaaagacattattgtgtcatccttgtaaatctggattgtgagctttgtgtaattaatgatcaagacactagtgatacattca 20840042  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
     ||  || ||||| | ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||    
T  20840041 attggcaggttttgaggtgttgacgaataaacaacacacaaagctattcccttcatgcaggaaccactatcctcaggcacttgaaaaagtacagaagatc 20839942  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaat 368  Q
    || | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  20839941 cttcgcatttataggctaaccaagaaggataattgtcacccggaaggaaagaatcactagaat 20839879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 20813802 - 20813447
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||  |||||||    
T  20813802 catatataagatacgcagccgtctccttaacagtaaatccatgcccaatagctacaaaaatctccacattgtcaccaacttttaaatttgacactacacc 20813703  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||||    
T  20813702 ttcccaatcttcatcattaaaagacattattgtgtcatgcttgtaaatctggattgtgagctttgtgtaattaatgatcacgacactaatgatacattca 20813603  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
     ||  || ||||| | ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||| ||    
T  20813602 attagcaggttttgaggtgttgacgaataaacaacacacaaagctattcccttcatgcaagaaccactatcctcaggcacttgaagaagtacagaagatc 20813503  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatca 361  Q
    || | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20813502 cttcgcatttataggctaaccaagaaggataattgtcacccggaaggaaagaatca 20813447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 53 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 30419772 - 30419484
Alignment:
Q  53 aaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtaga 152  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  30419772 aaagctacaaaaatctccatattgtcaccagctcctaaatttgattttacaccctgccaatcttcatcgttaaaggacattactgtgtctcgcttgtata 30419673  T
Q  153 tttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctat 252  Q
      | ||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| |   || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  30419672 aattgatagtgaattttgtataattaataatcaaaacaccaacgaggcattcagtttccatgttttcaaatgttgatgaataaacaacacataaagtaat 30419573  T
Q  253 tcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgt 341  Q
    |||||||||   | || ||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||  ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  30419572 tcccttcatgtgacaatcactatcctcaggcactcgaaatcggactgaaggtcctgtacatgtataagataacccagaaggataattgt 30419484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 39 - 352
Target Start/End: Original strand, 12598044 - 12598357
Alignment:
Q  39 tcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaatcttcatcattaaacgacattattgt 138  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||    ||| |||||||| || ||| | ||||| |||||||||||| ||||| |  ||    
T  12598044 tcaatccacgcccaaaagctacaaaaatctccacgctgtcaccagtctctagatttgatgttaaacccttccaattttcatcattaaaagacataaccgt 12598143  T
Q  139 gtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccatgttttcaagtgttgatgaataaaca 238  Q
    |||| ||||||| || | ||| ||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12598144 gtcttgcttgtatatcttgatggtgcactttgtgtaattaataatcaagacaccagtaagacatttagctcccatgttttcagatgttgatgaataaaca 12598243  T
Q  239 atacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacatgtataggccaaccaagaaggataat 338  Q
    |  ||||    |||||| ||||| | | ||  |||||||||||| |||||||||  ||| |||| |||| | | | ||||||| ||||||||||||||||    
T  12598244 acgcatacgattattcctttcatgcaacaattactatcctcaggaacttgaaaaagtacagaagttccttcccctttataggctaaccaagaaggataat 12598343  T
Q  339 tgtcacccggaaga 352  Q
    | ||||| ||||||    
T  12598344 tttcaccaggaaga 12598357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 6 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 12597212 - 12597097
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    |||||| |||||||||| | || ||  |||| ||||| || || |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  || |||    
T  12597212 catatactagatagacacctgtttctctaatagtcaagccatgtccaatagctacgaaaatctccacattgtcaccaactccaaaatttgatattaaacc 12597113  T
Q  106 ttgccaatcttcatca 121  Q
    ||||||||||||||||    
T  12597112 ttgccaatcttcatca 12597097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 412
Target Start/End: Original strand, 6903953 - 6904359
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||| ||||||||||| | |||| |||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| |||| |||||| |||||||||||  |||||     
T  6903953 catatgttagatagacaactgtcttcttaacagtcaatccatgcccaaaagctacaaaaatccccacactgtccccaactgctaaatttgatattacact 6904052  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || | |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  6904053 ctgccaatcttcatcgttaaaggacattactgtgtctcgcttgtatatatgaaacgtgcattttgtgtaattaatgatcaaaacaccagtgagacattca 6904152  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||  | |  | ||| |||||| ||||||| |||   |||||||||||    
T  6904153 gtttccatgttttcaggtgtcgatgaataaacaacatataaagttattcccttcaagcaaccatcacaatcctcgggcacttcaaaccgtactgaaggtc 6904252  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatcaatagaatcattgattctcaattcctgcataaataacacatgctt 405  Q
    || ||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| || |  |||| ||||||    
T  6904253 cttcatttgtataggctaaccaagaaggataattgtcgcccggaaggaaagaatcactagaatcattggttgtcaatccctgtatcatgaacatatgctt 6904352  T
Q  406 agttatt 412  Q
     ||||||    
T  6904353 tgttatt 6904359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 351
Target Start/End: Original strand, 32409831 - 32410168
Alignment:
Q  14 agatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacaccttgccaat 113  Q
    ||||| ||||| ||||||||||   ||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || | ||  |||  ||| | ||||||||| |||   | |||||    
T  32409831 agataaacagcggtctccttaacaatcaatccatgctcaaaagctacaaagatctccacttcgttgccaggtccgagatttgatgccacattcttccaat 32409930  T
Q  114 cttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattcagttcccat 213  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||    
T  32409931 cttcatcattaaaggaaattatcgtgtctcgcttgtatatctggatggtgcactttgtataattaatgatcaagatgctagtaagacattcaactcccat 32410030  T
Q  214 gttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtcctacacat 313  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||   | || || |||||||||| |||||||| | | ||||||||||| ||| |    
T  32410031 gttttcagatgttgatgaataaacagtacataggattattcccttcatgtgacaatcaatatcctcaggaacttgaaattgtgctgaaggtccttcacct 32410130  T
Q  314 gtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaag 351  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  32410131 gtataggctaaccaagaaggataatttccacccggaag 32410168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Original strand, 3344 - 3699
Alignment:
Q  6 catatattagatagacagccgtctccttaattgtcaatccgtgcccaaaagcaacaaaaatctcaacattgtcaccaactcctaaatttgatgctacacc 105  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||  |||||     
T  3344 catatattagatagacaactgtcttcttaacggtcaatccatgcccaaaagctacaaaaatccccacattgtccccaactgctaaatttgatattacact 3443  T
Q  106 ttgccaatcttcatcattaaacgacattattgtgtctcgcttgtagatttggatcgtgaattttgtgtgattaatgatcaagacactagtcagacattca 205  Q
     |||||||||||||  ||||| ||||||| ||| ||| ||||||| || ||||  ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||    
T  3444 ctgccaatcttcattgttaaaggacattactgtttcttgcttgtatatatggagtgtgaattttgtgtaattaattatcaaaacactggtgagacattca 3543  T
Q  206 gttcccatgttttcaagtgttgatgaataaacaatacataaagctattcccttcattccagaaacactatcctcaggcacttgaaaatatactgaaggtc 305  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||  | |  | |||  ||||| ||||||| |||   |||  | ||||    
T  3544 gtttccatgttttcaggtgtggatgaataaacaacatataaagttattcccttcaagcaaccatcacagtcctcgggcacttcaaatcgtacgaatggtc 3643  T
Q  306 ctacacatgtataggccaaccaagaaggataattgtcacccggaagaaaagaatca 361  Q
    || ||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  3644 cttcacctgtataggctaaccaagaggggtaattgtcacccggaaggaaagaatca 3699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University