View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5098-Insertion-5 (Length: 982)
Name: NF5098-Insertion-5
Description: NF5098
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5098-Insertion-5 |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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| [»] chr8 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 906; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 906; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 982
Target Start/End: Original strand, 23253369 - 23254343
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
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| T |
23253369 |
aggagcatattggtaagtaactaaacatccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagaataaactttgtcttattttctcacac |
23253468 |
T |
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| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttctagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagtc |
207 |
Q |
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| T |
23253469 |
tacaaacttgatcaattaatttatagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagta |
23253568 |
T |
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| Q |
208 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttc |
307 |
Q |
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| T |
23253569 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttc |
23253668 |
T |
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| Q |
308 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacca |
407 |
Q |
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| T |
23253669 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgttagatttggaagtacta |
23253768 |
T |
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| Q |
408 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtga |
507 |
Q |
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| T |
23253769 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatga |
23253868 |
T |
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| Q |
508 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaataaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
607 |
Q |
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| T |
23253869 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaacaaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
23253968 |
T |
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| Q |
608 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaggtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgnnnnnnngaacaactattagagatccttctgaa |
707 |
Q |
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| T |
23253969 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaagtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgaaaaaaagaacaactattagagatctttctgaa |
23254068 |
T |
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| Q |
708 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaata |
807 |
Q |
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| T |
23254069 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaata |
23254168 |
T |
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| Q |
808 |
agaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
907 |
Q |
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| T |
23254169 |
agaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
23254268 |
T |
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| Q |
908 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
982 |
Q |
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| T |
23254269 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
23254343 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 8 - 130
Target Start/End: Original strand, 21945151 - 21945273
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
| |
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|
| T |
21945151 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
21945250 |
T |
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| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttc |
130 |
Q |
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|
| T |
21945251 |
tacaaatttggtcaattaatttc |
21945273 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 893; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 893; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 982
Target Start/End: Original strand, 4754024 - 4754997
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
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| T |
4754024 |
aggagcatattggtaagtaactaaacatccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagaataaactttgtcttattttctcacac |
4754123 |
T |
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| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttctagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagtc |
207 |
Q |
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| T |
4754124 |
tacaaacttgatcaattaatttatagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagta |
4754223 |
T |
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| Q |
208 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttc |
307 |
Q |
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| T |
4754224 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttc |
4754323 |
T |
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| Q |
308 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacca |
407 |
Q |
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| T |
4754324 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgttagatttggaagtacta |
4754423 |
T |
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| Q |
408 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtga |
507 |
Q |
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| T |
4754424 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatga |
4754523 |
T |
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| Q |
508 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaataaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
607 |
Q |
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| T |
4754524 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaacaaaggagtgcatgctaatgtgtctagtaa |
4754623 |
T |
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| Q |
608 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaggtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgnnnnnnngaacaactattagagatccttctgaa |
707 |
Q |
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| T |
4754624 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaagtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttg-aaaaaagaacaactattagagatctttctgaa |
4754722 |
T |
|
| Q |
708 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaata |
807 |
Q |
| |
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| T |
4754723 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaata |
4754822 |
T |
|
| Q |
808 |
agaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
907 |
Q |
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| T |
4754823 |
agaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
4754922 |
T |
|
| Q |
908 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
982 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4754923 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtcgaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
4754997 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 982
Target Start/End: Original strand, 42916485 - 42917453
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
42916485 |
aggagcatattggtaagtaactaaacatccgtttattgcttcttcacgcctttatcttatgattgtagttaagaataaactttgtcttattttctcacac |
42916584 |
T |
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| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttctagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagtc |
207 |
Q |
| |
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|
| T |
42916585 |
tacaaacttgatcaattaatttatagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagta |
42916684 |
T |
|
| Q |
208 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttc |
307 |
Q |
| |
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|
|
| T |
42916685 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttc |
42916784 |
T |
|
| Q |
308 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacca |
407 |
Q |
| |
|
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|
| T |
42916785 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacta |
42916884 |
T |
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| Q |
408 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtga |
507 |
Q |
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|
| T |
42916885 |
gaggtatgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatga |
42916984 |
T |
|
| Q |
508 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaataaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
607 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
42916985 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaacaaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
42917084 |
T |
|
| Q |
608 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaggtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgnnnnnnngaacaactattagagatccttctgaa |
707 |
Q |
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|
|
| T |
42917085 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagt---agtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgaaaaaaagaacaactattagagatctttctgaa |
42917181 |
T |
|
| Q |
708 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaata |
807 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
42917182 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaat- |
42917280 |
T |
|
| Q |
808 |
agaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
907 |
Q |
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|
| T |
42917281 |
--aaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcatagatcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacga |
42917378 |
T |
|
| Q |
908 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
982 |
Q |
| |
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|
|
| T |
42917379 |
gaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgatgaagaagatccaattttcagttg |
42917453 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 53534438 - 53533684
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53534438 |
aggagcatattggtaagtaactaaacatccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagaataaactttgtcttattttctcacac |
53534339 |
T |
|
| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttctagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagtc |
207 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
53534338 |
tacaaacttgatcaattaatttatagttttcttttttaacattattttacattccatgttcttatatgttcttttgcgtgttattagaaagtgaacagta |
53534239 |
T |
|
| Q |
208 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttc |
307 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
53534238 |
tgaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatgtacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttc |
53534139 |
T |
|
| Q |
308 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacca |
407 |
Q |
| |
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|
|
| T |
53534138 |
tttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtacca |
53534039 |
T |
|
| Q |
408 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtga |
507 |
Q |
| |
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|
|
| T |
53534038 |
gaggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatga |
53533939 |
T |
|
| Q |
508 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaataaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
607 |
Q |
| |
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|
| T |
53533938 |
ccagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgttcaacgtatttggaaacttgccgagaacaaaggagtgcatgctgatgtgtctagtaa |
53533839 |
T |
|
| Q |
608 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaggtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgnnnnnnngaacaactattagagatccttctgaa |
707 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
53533838 |
aagggcaggaaattgtgggcgcaagagagttcaagtagaccttgatcgagttcgtgacattcctttgaaaaaaagaacaactattagagatctttctgaa |
53533739 |
T |
|
| Q |
708 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatac |
762 |
Q |
| |
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| T |
53533738 |
gcattggacgtgagtaggggcactttgtcaagatgtattcggtcaaaagaaatac |
53533684 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 760 - 982
Target Start/End: Original strand, 53535041 - 53535263
Alignment:
| Q |
760 |
tacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaacggaaggaaataagaaagctcgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcataga |
859 |
Q |
| |
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| T |
53535041 |
tacgaaaaaactcaaatgctataaaacctgcattaactgaaggaaataagaaagcttgattacaattttgcatatcaatgcttgatagtgctagcataga |
53535140 |
T |
|
| Q |
860 |
tcatgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacgagaagtggttttatttgaaagaaaagtctaagaagttttacttggtccatgat |
959 |
Q |
| |
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| T |
53535141 |
tcgtgatccaattttcaaggggatgtataacaccgttcacattgacgagaagtggttttatttgaaagaaaagtcgaagaagttttacttggtccatgat |
53535240 |
T |
|
| Q |
960 |
gaagaagatccaattttcagttg |
982 |
Q |
| |
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| T |
53535241 |
gaagaagatccaattttcagttg |
53535263 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 7e-58; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 8 - 130
Target Start/End: Original strand, 19599225 - 19599347
Alignment:
| Q |
8 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
107 |
Q |
| |
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| T |
19599225 |
aggagcatattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagtcaagagtaaactttgtcttattttctcacac |
19599324 |
T |
|
| Q |
108 |
tacaaacttgatcaattaatttc |
130 |
Q |
| |
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| T |
19599325 |
tacaaacttggtcaattaatttc |
19599347 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 7e-58; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 13095796 - 13095662
Alignment:
| Q |
14 |
atattggtaagtaactaaacacccgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaagagtaaactttgtcttattttctcacactacaaa |
113 |
Q |
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| T |
13095796 |
atattggtaagtaactaaacacctgtttattgcttcttcacgcctctatcttatgattgtagttaggagtaaactttgtcttattttctcaaactacaaa |
13095697 |
T |
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| Q |
114 |
cttgatcaattaatttctagttttcttttttaaca |
148 |
Q |
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| T |
13095696 |
cttggtcaattaatttctagttttctgttttaaca |
13095662 |
T |
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