View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5101-Insertion-2 (Length: 1019)

Name: NF5101-Insertion-2
Description: NF5101
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5101-Insertion-2
NF5101-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-1019)||(45362930-45363941)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 972; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 972; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1019
Target Start/End: Original strand, 45362930 - 45363941
Alignment:
Q  8 gccgttacccccaaatgccacccctctgcagccaaatgcactttctatgctagtattattaaacagttggtcggttgcaacccttggttcattaagtcct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45362930 gccgttacccccaaatgccacccctctgcagccaaatgcactttctatgctagtattattaaacagtcggtcggttgcaacccttggttcattaagtcct 45363029  T
Q  108 tatcgtattctagcatggtcgtatgctgttttactcggtcgcttagactccagtcccccgagtgtctagccttccatgcaaatgtattccaatattccat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363030 tatcgtattctagcatggtcgtatgctgttttactcggtcgcttagactccagtcccccgagtgtctagccttccatgcaaatgtattccaatattccat 45363129  T
Q  208 gtcactagctatctccagtccaccgagagtcaagcctatgaagcgaaggcactcgacgttcgacggtgggcagctatctcaaatccagtttgcatttacc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363130 gtcactagctatctccagtccaccgagagtcaagcctatgaagcgaaggcactcgacgttcgacggtgggcagctatctcaaatccagtttgcatttacc 45363229  T
Q  308 aaatctaatgatgatcgaattgcatccctcaatagtcaatccacactgcctgattatgcactgcaaaattgtgaaactactttccagcttttgcaacaaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363230 aaatctaatgatgatcgaattgcatccctcaatagtcactccacactgcctgattatgcactgcaaaattgtgaaactactttccagcttttgcaacaaa 45363329  T
Q  408 ataacgaatgacattgttaattaagttgtagccgataaaatcgcacccgtagttcttttgtattacctgttaaagctatcttcacacaactgaacagact 507  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363330 ataacgaatgacactgttaattaagtggtagccgataaaatcgcacccgtagttcttttgtattacctgttaaagctatcttcacacaactgaacagact 45363429  T
Q  508 gatatagataaattgtatgaatcatttcactggctattaacaccactattttatcacatacacacagggcagagggtggttgtagggccaaggccccctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363430 gatatagataaattgtatgaatcatttcactggctattaacaccactattttatcacatacacacagggcagagggtggttgtagggccaaggccccctt 45363529  T
Q  608 cnnnnnnnnagaaaagattttgacatatcatatagataagagactcattctattgtttgactaataccatgagacatggagtggtaacccttttagtagc 707  Q
    |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363530 cttttttttagaaaagattttgacatatcatatagataagagactcattctattgtttgactaataccatgagacatggagtggtaacccttttagtagc 45363629  T
Q  708 aataaaataataaaaatgcaaatcaaccaaatcttatcaacttctagatttgagattttatttgaacaaattagattttcctcaacaaattaaactactc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363630 aataaaataataaaaatgcaaatcaaccaaatcttatcaacttctagatttgagattttatttgaacaaattagattttcctcaacaaattaaactactc 45363729  T
Q  808 aatctgatcatataacacaaacattatcagtctaaaaatttctgttttttaacttcaaccatatcacaaatgcagagcatagtctggtactccatctccg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363730 aatctgatcatataacacaaacattatcagtctaaaaatttctgttttttaacttcaaccatatcacaaatgcagagcatagtctggtactccatctccg 45363829  T
Q  908 actattccaattcctcaaccgatcttttattttcttctccggtaagcaatgccctgtgccctttttagaatatcaatgctgtaggaataatatgatataa 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45363830 actattccaattcctcaaccgatcttttattttcttctccggtaagcaatgccctgtgccctttttagaatatcaatgctgtaggaataatatgatataa 45363929  T
Q  1008 ataaattttacc 1019  Q
    ||||||||||||    
T  45363930 ataaattttacc 45363941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University