View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5103_low_22 (Length: 253)

Name: NF5103_low_22
Description: NF5103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5103_low_22
NF5103_low_22
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-237)||(15010834-15011070)
chr1 (1-237)||(15001941-15002177)
chr1 (1-237)||(15016949-15017185)
chr1 (1-237)||(15036854-15037090)
chr1 (1-237)||(15024951-15025187)
chr1 (1-237)||(15032292-15032528)
chr1 (1-237)||(14522666-14522902)
chr1 (1-237)||(14532787-14533023)
chr1 (41-237)||(14467677-14467873)
chr1 (41-237)||(14481859-14482055)
chr1 (1-233)||(14503816-14504048)
chr1 (1-209)||(15040593-15040801)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (49-237)||(6373-6561)
scaffold0400 (1-237)||(12613-12849)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (49-237)||(7017-7205)
scaffold0365 (1-237)||(13256-13492)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (91-231)||(14605822-14605962)
chr7 (91-231)||(16024999-16025139)
chr7 (59-148)||(17848423-17848512)
chr7 (129-230)||(16172519-16172620)
chr7 (154-230)||(16102867-16102943)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15010834 - 15011070
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15010834 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttg 15010933  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010934 agtttggccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 15011033  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011034 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15011070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15001941 - 15002177
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15001941 aataatttgagtggattcatccctgaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttg 15002040  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002041 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 15002140  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002141 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15002177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15016949 - 15017185
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15016949 aataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgttgtctaggttattgaagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttg 15017048  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017049 agtttggccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 15017148  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017149 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15017185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15036854 - 15037090
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    ||||| || |||||||||||||   |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  15036854 aataacttaagtggcttcatcctggaaaaacttggtatgttgtctaggttattgcagttgaatttgagccataataagcttgaggggaacattcctgttg 15036953  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036954 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 15037053  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037054 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15037090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15024951 - 15025187
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  15024951 aataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgctg 15025050  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  15025051 agtttgcccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaac 15025150  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15025151 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15025187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 15032292 - 15032528
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  15032292 aataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgctg 15032391  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  15032392 agtttgcccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaac 15032491  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032492 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 15032528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14522902 - 14522666
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| ||||| || |||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  14522902 aataatttaagtggttttatccctgaaaaacttggaaggttgtctaggttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgttg 14522803  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  14522802 aacttggtcaattgaatgttattgaagatcttgatcttagcgggaattttttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaac 14522703  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  14522702 attgaatctctcacataataatctctatggtaacatt 14522666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14533023 - 14532787
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| | | |||||  |||| | || |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||    
T  14533023 aataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataagttcgaaggaaacattcctgttg 14532924  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||| |||||| || ||||||||| | |||||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  14532923 agtttgaccaattaaaggttattgaagatcttgatcttagtgaaaatgttatgagtggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacttacaaac 14532824  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  14532823 attgaatctttcacataataatctttctggaaccatt 14532787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 237
Target Start/End: Original strand, 14467677 - 14467873
Alignment:
Q  41 tgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttag 140  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||| |||||| |||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14467677 tgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaacattcctgtcgagtttggccaattaaatgttcttgaagatcttgatcttag 14467776  T
Q  141 tgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    || ||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14467777 tgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttctggtaccatt 14467873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 237
Target Start/End: Original strand, 14481859 - 14482055
Alignment:
Q  41 tgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttag 140  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||| |||||| |||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14481859 tgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaacattcctgtcgagtttggccaattaaatgttcttgaagatcttgatcttag 14481958  T
Q  141 tgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    || ||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14481959 tgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttctggtaccatt 14482055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 14503816 - 14504048
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| | | |||||  |||| | || |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||    
T  14503816 aataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataagtttgaaggaaacattcccgttg 14503915  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||   ||||||||| ||||||||    
T  14503916 agtttggccgattaaatgttattgaagatcttgatctcagtggaaattttatgaatggaacgataccttcaatgtttggagtgttaaatcatttagaaac 14504015  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtac 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  14504016 attgaatctctcacataataatctgtctggtac 14504048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 15040593 - 15040801
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |   | ||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||| | || |||||||||| ||    
T  15040593 aataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatg 15040692  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    || |||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  15040693 agattggacagttaaaagttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaac 15040792  T
Q  201 attgaatct 209  Q
    |||||||||    
T  15040793 attgaatct 15040801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 49 - 237
Target Start/End: Original strand, 6373 - 6561
Alignment:
Q  49 ttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaatt 148  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||     
T  6373 ttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagacattcctgctgagtttggacaattgaaaattattgaaaatcttgatcttagcgagaatg 6472  T
Q  149 ctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
     | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  6473 ttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatttttctggtaccatt 6561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 12613 - 12849
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| | | |||||  |||| | || ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||  |||    
T  12613 aataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttgaaggaaacattcccattg 12712  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||||||||||  | ||||||||| | ||||| |||||||| |||| | |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  12713 agtttggccaattagaagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaac 12812  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  12813 attgaatctttcacataataatctttctggaaccatt 12849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 49 - 237
Target Start/End: Original strand, 7017 - 7205
Alignment:
Q  49 ttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaatt 148  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||     
T  7017 ttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagacattcctgctgagtttggacaattgaaaattattgaaaatcttgatcttagcgagaatg 7116  T
Q  149 ctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
     | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  7117 ttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatttttctggtaccatt 7205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 13256 - 13492
Alignment:
Q  1 aataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgctgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| | | |||||  |||| | || ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||  |||    
T  13256 aataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttgaaggaaacattcccattg 13355  T
Q  101 agtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaac 200  Q
    |||||||||||||  | ||||||||| | ||||| |||||||| |||| | |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  13356 agtttggccaattagaagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaac 13455  T
Q  201 attgaatctctcacataacaatctctctggtaccatt 237  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  13456 attgaatctttcacataataatctttctggaaccatt 13492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 231
Target Start/End: Original strand, 14605822 - 14605962
Alignment:
Q  91 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 190  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
T  14605822 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 14605921  T
Q  191 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggt 231  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  14605922 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggt 14605962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 231
Target Start/End: Original strand, 16024999 - 16025139
Alignment:
Q  91 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 190  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
T  16024999 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 16025098  T
Q  191 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggt 231  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  16025099 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggt 16025139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 148
Target Start/End: Original strand, 17848423 - 17848512
Alignment:
Q  59 tgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaatt 148  Q
    ||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||  || |||  |||||||||||||||||||    
T  17848423 tgaatttgagccataacaaatttaaaggaaatattcctgttgagtttggccaatttaaagtccttcaaagtcttgatcttagtgggaatt 17848512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 129 - 230
Target Start/End: Original strand, 16172519 - 16172620
Alignment:
Q  129 ccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctct 228  Q
    ||||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  16172519 ccttgatctgagtggaaattttttaaatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttct 16172618  T
Q  229 gg 230  Q
    ||    
T  16172619 gg 16172620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Original strand, 16102867 - 16102943
Alignment:
Q  154 aatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctgg 230  Q
    |||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  16102867 aatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctgg 16102943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University