View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5109_high_1 (Length: 1007)

Name: NF5109_high_1
Description: NF5109
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5109_high_1
NF5109_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-918)||(14212536-14213430)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 14213430 - 14212536
Alignment:
Q  17 gaacactctaaaaacaagatgtatatcaaacttaaggactcaaaaccaagaattctttgaattctctgaccaatcagtcttatccaatctttattatggc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213430 gaacactctaaaaacaagatgtatatcaaacttaaggactcaaaaccaagaattctttgaattctctgaccaatcagtcttatccaatctttattatggc 14213331  T
Q  117 attgacaacattgaaattgcaatacaatcacaacatccagaacaaagatcttttaaccttaaaaagtcagaagaaatgcttcaagttccagcaatgcttg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213330 attgacaacattgaaattgcaatacaatcacaacatccagaacaaagatcttttaaccttaaaaagtcagaagaaatgcttcaagttccagcaatgcttg 14213231  T
Q  217 atgaagatgaattcactgcttcaattccaaatcattacttggtttgttgctcttacttttatctctcagttgttaggaagcttcaaggtgatgaatggca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213230 atgaagatgaattcactgcttcaattccaaatcattacttggtttgttgctcttacttttatctctcagttgttaggaagcttcaaggtgatgaatggca 14213131  T
Q  317 agctgcacttcattttcttcaagctgttttggtttctccaaagcttgtttggaatgaatttgcacctcaactttgtgaaagtcttttcaagaagcatgaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213130 agctgcacttcattttcttcaagctgttttggtttctccaaagcttgtttggaatgaatttgcacctcaactttgtgaaagtcttttcaagaagcatgaa 14213031  T
Q  417 aatagaagtttggaatttgttagttctttgaattctgaggaagaaatcaaggaagtaattgttaaggagaaggcaaggagatataaggagtgtttggtgt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213030 aatagaagtttggaatttgttagttctttgaattctgaggaagaaatcaatgaagtaattgttaaggagaaggcaaggagatataaggagtgtttggtgt 14212931  T
Q  517 attatcaggtcatgctttatggagagattccatggtggagcagttattgcagcaataattcagcaaattatatgtaagattaatcaatgagagaaattaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212930 attatcaggtcatgctttatggagagattccatggtggagcagttattgcagcaataattcagcaaattatatgtaagattaatcaatgagagaaattaa 14212831  T
Q  617 ctttctgtgttttgaagttcaatagtttgaggaataaagtagggactaaacatgat-tgaaatgttagctcaatgatatgataaaatattgataagaaga 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212830 ctttctgtgttttgaagttcaatagtttgaggaataaagtagggactaaacatgatatgaaatgttagctcaatgatatgataaaatattgataagaaga 14212731  T
Q  716 gataatattattggcaagaaatacataagatatgctttctttaagctagaacattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattagtactttatcttct 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||||    
T  14212730 gataatattattggcaagaaatacataagatatgctttctttaagctagaacattgaa--------tttttattttttttatattagtactttatcttct 14212639  T
Q  816 aagagtgacttactgatatggacagggatgtatccaataccagctgtgtatcttctacttcagttcaacatgaacaaagattgaaaacttgcaatacagt 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212638 aagagtgacttactgatatggacagggatgtatccaataccagctgtgtatcttctacttcagttcaacatgaacaaagattgaaaacttgcaatacagt 14212539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University