View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5110_low_6 (Length: 571)
Name: NF5110_low_6
Description: NF5110
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5110_low_6 |
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| [»] scaffold0014 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 553
Target Start/End: Original strand, 23962848 - 23963386
Alignment:
| Q |
11 |
cacagaagacatacatatgtgaaattgaaattgatcgcaggaatggaagttgtaagttcattggaaaaggatagtttgaatttatcggctcgaatcaatc |
110 |
Q |
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| T |
23962848 |
cacaaaagacatacgtatgtgaaattgaaattgatcgcatgaatgaaagttgtaagttcattggaaaaagatggtttgaatttatcggctcgactcaatc |
23962947 |
T |
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| Q |
111 |
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210 |
Q |
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| T |
23962948 |
tttagttgggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagattgtatgtttgtcccgctgagttgttataaaatatttgtagtaactatgtt |
23963047 |
T |
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| Q |
211 |
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310 |
Q |
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| T |
23963048 |
ttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattatttaaagttattgtaaattgaaaaaaattaaataatgttttatcataatcaatttcatcgtag |
23963147 |
T |
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| Q |
311 |
tttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattgtgaggtgatatgcaggtattaaaaggtagaaatatactaaaaa |
410 |
Q |
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| T |
23963148 |
tttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattg--aggtgatatgcaggtattaaaaggtagaaatatactaaa-- |
23963243 |
T |
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| Q |
411 |
taattgtaaggtttgatgaaataaaaatatagaagtgaaagcttaaaatgtagattaatcttaatagaacatagagaattgatgaattggatacaacata |
510 |
Q |
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| T |
23963244 |
taattgtaaggtttgatgaaatgaaaatatagaagtgaaaacttaaaatgtagattaatctcaatagaacatagagaattgatgaactgagtacaacata |
23963343 |
T |
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| Q |
511 |
attaaacaaacctgacagaaattaaaatatagtgatattaaac |
553 |
Q |
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| T |
23963344 |
attaaacaaacctgacaggaattaaagtatagtgatattaaac |
23963386 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:
Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 132696 - 132155
Alignment:
| Q |
11 |
cacagaagacatacatatgtgaaattgaaattgatcgcaggaatggaagttgtaagttcattggaaaaggatagtttgaatttatcggctcgaatcaatc |
110 |
Q |
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| T |
132696 |
cacagaagacatacgtatctgaaattgaaattgatcgcaagaatggaagatgtaagttcattggaaaaggatggttttaatttatcgtctcgaatcaatc |
132597 |
T |
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| Q |
111 |
tttagtttggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagattgtatgtttgtcccgctgagttgttataaaatatttgtagtaactatgtt |
210 |
Q |
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| T |
132596 |
tttagctgggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagattgtatgtttgttccgctgagttgttataaaatatttgtagtaactatgtt |
132497 |
T |
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| Q |
211 |
ttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattatttaaagttgttgtaaatttnnnnnnnttaaataatgttttatcataatcaatttcattgtag |
310 |
Q |
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| T |
132496 |
ttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattttttaaagttgttgtaaattgaaaagaattaaattatgttttatcataatcaatttcattgtag |
132397 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattgtgaggt-gatatgcaggtattaaaaggtagaaatatactaaaa |
409 |
Q |
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| T |
132396 |
tttattatatttaaacaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattgtgaggttgatatgcaggcattaaaaggtagaaatatattaaa- |
132298 |
T |
|
| Q |
410 |
ataattgtaaggtttgatgaaataaaaatatagaagtgaaagcttaaaatgtagattaatcttaatagaacatagagaattgatgaattggatacaacat |
509 |
Q |
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| T |
132297 |
-taattttaaggtttgatgaaatgaaaatatagaagtgaaagcttaaaatgtagattaatcttaatagaacatagagaattgatgaactgagtacaacat |
132199 |
T |
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| Q |
510 |
aattaaacaaacctgacagaaattaaaatatagtgatattaaac |
553 |
Q |
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| T |
132198 |
aattaaacaaacttgacaggaattaaaatatagtgatattaaac |
132155 |
T |
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