View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5111_low_1 (Length: 1051)

Name: NF5111_low_1
Description: NF5111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5111_low_1
NF5111_low_1
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (18-657)||(23251771-23252410)
chr6 (19-657)||(23247360-23247998)
chr6 (19-654)||(23257748-23258385)
chr6 (19-524)||(23266303-23266808)
chr6 (42-387)||(23283444-23283789)
chr6 (694-940)||(23252462-23252705)
chr6 (74-403)||(23586945-23587274)
chr6 (42-391)||(23289757-23290106)
chr6 (176-399)||(23583164-23583386)
chr6 (59-399)||(23391243-23391583)
chr6 (60-426)||(23633965-23634331)
chr6 (694-870)||(23248032-23248208)
chr6 (174-403)||(23506899-23507128)
chr6 (575-656)||(23266820-23266901)
chr6 (227-423)||(23594164-23594360)
chr6 (704-801)||(23266946-23267047)
chr6 (702-771)||(23258431-23258500)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (224-279)||(3996385-3996440)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 657
Target Start/End: Original strand, 23251771 - 23252410
Alignment:
Q  18 gaaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251771 gaaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcactggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgt 23251870  T
Q  118 agctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251871 agctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgct 23251970  T
Q  218 atcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251971 atcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccc 23252070  T
Q  318 atttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23252071 atttatttaagttcctcttcctcacacctctatagacagggtgacgagtttccttaaatatcttcctccccgctctcttcttcgggttgcttgatgctaa 23252170  T
Q  418 ccgcacctcagaatccggcgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatg 517  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23252171 ccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtacttatcatatgtatg 23252270  T
Q  518 tgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgagaattggagagagtttgttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatatagggaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23252271 tgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtggtaattggagagagtttgttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatatagggaa 23252370  T
Q  618 gcatagttgtgtttgaaggaaagaataaggtaacaggcaa 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23252371 gcatagttgtgtttgaaggaaagaataaggcaacaggcaa 23252410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 657
Target Start/End: Original strand, 23247360 - 23247998
Alignment:
Q  19 aaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgta 118  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| |  |||||||| |     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23247360 aaacatattcagctcctttgtggcgacgacatctacgatagtgtcaatattgttagtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggccgcttttgta 23247459  T
Q  119 gctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgcta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23247460 gctgccttttgaatatcttttattgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgagaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgcca 23247559  T
Q  219 tcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccca 318  Q
    | || |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247560 ttgcagcaacatcgtgggctcgggcagccatctccggtgttggaaaagttcccagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccca 23247659  T
Q  319 tttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23247660 tttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttacttgatgctaac 23247759  T
Q  419 cgcacctcagaatccggcgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgt 518  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247760 cgcacctcagaacccggtgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgt 23247859  T
Q  519 gttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgagaattggagagagtttgttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatatagggaag 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247860 gttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattggagagagtttgttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatatagggaag 23247959  T
Q  619 catagttgtgtttgaaggaaagaataaggtaacaggcaa 657  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247960 cattgttgtgtttgaaggaaagaataaggtaacaggcaa 23247998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 654
Target Start/End: Original strand, 23257748 - 23258385
Alignment:
Q  19 aaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgta 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||| || || |||| ||| ||||||||||| |||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  | |    
T  23257748 aaacatattcaactcctttgtggccacgacaggtactacggtgtcaatatcattaatcattaaagtcttgtctggtctaaaagcttcggcagcttcagca 23257847  T
Q  119 gctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgcta 218  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23257848 gccgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgcca 23257947  T
Q  219 tcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccca 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  23257948 ttgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatttcgggtgttggaaaagtccccagccaaatcctggtctttgtgttgggttccctcatttcacacaccca 23258047  T
Q  319 tttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaac 418  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||     
T  23258048 tttatctaagttcctcttcctcacacctctatacatcgggtggcgagtttccttgaagatcttcctccctgctcgcttctttgggttactagccgctaat 23258147  T
Q  419 cgcacctcagaatccggcgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgt 518  Q
    || ||||| |||| ||| | |||   |||  | | |||| |  || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  23258148 cgtacctccgaattcggagttgacatgtcatacgaagaagatgctgttgagggaatggattgtgaataggaagagttgttagtagtaaacatatgtatgt 23258247  T
Q  519 gttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgagaattg--gagagagtttgttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatataggga 616  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258248 gttggagagagtggaaaattgttttaagaggaaaagtggcaattggagagagagttgtttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatataggga 23258347  T
Q  617 agcatagttgtgtttgaaggaaagaataaggtaacagg 654  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23258348 agcatagttgagtttgaaggaaagaataaggtaacagg 23258385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 524
Target Start/End: Original strand, 23266303 - 23266808
Alignment:
Q  19 aaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgta 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23266303 aaacatattcaactcctttgtggcgacaacagctacaacagtctcaatgttggtaatcattatagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgta 23266402  T
Q  119 gctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgcta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  23266403 gctgccttttgaatatcttttattgaggaagttgctggaataggaagccgccacaccgaatctgcaaaattgagacaggcgtagcgacccctcaatgcca 23266502  T
Q  219 tcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaaccca 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  23266503 tcgcagcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaattctagtcttcgtgttgggttccctcatttcacaaaccca 23266602  T
Q  319 tttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaac 418  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||     
T  23266603 tttatctaagttcctcttccttacacctctatacaccgggtggcgagtttccttgaatatcttcctccctgctctcttcttcgggttactagctgctaat 23266702  T
Q  419 cgcacctcagaatccggcgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgt 518  Q
    || | ||| || |||||  ||||    | | ||| |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  23266703 cgtatctccgattccggtaatgagttatagtaggaagaagatgcttctgaggaaatggagtgtgaataggaagagttgttagtagtaaacatatgtatgt 23266802  T
Q  519 gttgga 524  Q
    ||||||    
T  23266803 gttgga 23266808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 42 - 387
Target Start/End: Original strand, 23283444 - 23283789
Alignment:
Q  42 cgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttat 141  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||      
T  23283444 cgacgacagccacaacggtgtcaatgtcgttagtcattaaagtcttgtctggtctgaaagcctcggcggcttctgcagctgccctttgaatgtcttttgc 23283543  T
Q  142 cgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgg 241  Q
      | |  |  || ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||     
T  23283544 ttcagcggaggcaggaataggaagcctccacaccgagtctgcaaagttgagacaggcatagcggccccttaatgccatggctgcaacgtcgtgtgctcgt 23283643  T
Q  242 gctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctca 341  Q
    || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23283644 gcagccatctcagccgttggaaaagtccctagccaaatcctagtctttttgttgggttccctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttcctca 23283743  T
Q  342 cacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccc 387  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  23283744 cacccctatacaccgggtggcgagtctccttaaacttcttcctccc 23283789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 694 - 940
Target Start/End: Original strand, 23252462 - 23252705
Alignment:
Q  694 gctagttgccaagttggaggctttgtgattggttaagaaatatttggaaagagaaagggaaacagatgagcaaagag--agtagggacagagaaaaagtg 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  23252462 gctagttgccaagttggaggctttgtgattggttaagaaatatttggaaagagaaagggaaacagatgagcaaagagagagtagggacagagaaaaggtg 23252561  T
Q  792 tgcttgtgtgcggtgataattacaatgaaagaggaacatttggttcaaaacaagccacgttatcaaaatagcctctttgnnnnnnnnnnnncttttc-tt 890  Q
    |||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||| ||    
T  23252562 tgcttgcgtgtagtgacaattacaatgaaagaggaacatttggctcaaaacaagccacgttatcaaaatagcctctttgttttctt------ttttcttt 23252655  T
Q  891 aaggcatgttagcaaaatatctataccagctatattactatacaatttgt 940  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23252656 aaggcatgttagcgaaatatctatactagctatattactatacaatttgt 23252705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 74 - 403
Target Start/End: Original strand, 23586945 - 23587274
Alignment:
Q  74 gtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccaca 173  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||      | |||||| ||  | || || ||||||     
T  23586945 gtcaataaagtcttgtctggtctgaaagcctcggcggcctctgtagcagccttttgtatatcctttgcttgagtagttgcaggtttggggagccgccacg 23587044  T
Q  174 ccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctag 273  Q
    | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  23587045 ctgagtctgcaaagttgagacaagcgtagcggcccctcaatgccattgcagcaacatcgtgggcacgggctgccatctcggcagttggaaaagtccctag 23587144  T
Q  274 ccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttcctta 373  Q
    ||||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  23587145 ccaaatcttagtcttcttgttaggctccctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttcctcactcctctatagactgggtggcgagtttccttg 23587244  T
Q  374 aatatcttcctccctgctcgcttcttcggg 403  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23587245 aacttcttcctccctgcacgcttcttcggg 23587274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 391
Target Start/End: Original strand, 23289757 - 23290106
Alignment:
Q  42 cgacaacagctacaacggtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttat 141  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| |  ||||||| ||||||| ||||||      
T  23289757 cgacaacagccacaaccgtgtcaatgccagtagtcattaaagtcttgtctggtctgaaagcctcagcggcttctccagctgccctttgaatgtcttttgc 23289856  T
Q  142 cgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgg 241  Q
      | |  |  || |||||||||||   |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || |||    
T  23289857 ttcagcggaggcaggaataggaagcttccacgccgagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggcccctcaatgcaattgctgcaacgtcgtgtgcacgg 23289956  T
Q  242 gctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctca 341  Q
    || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  | || || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  23289957 gcagccatctcggctgttgcaaaagtccctagccaaatcctagtcttcttatttggttccctcatttcacacacccatttatctaagttcctcttcctca 23290056  T
Q  342 cacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgct 391  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  23290057 cacctctatacaccgggtggcgagtctccttaaacttcttcctccctgct 23290106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 176 - 399
Target Start/End: Original strand, 23583164 - 23583386
Alignment:
Q  176 gagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagcc 275  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  23583164 gagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggccc-tcaatgccattgcagcaacatcgtgggcacgggttgccatctccgcagttggaaaagtccctagcc 23583262  T
Q  276 aaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaa 375  Q
    ||||| || ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  23583263 aaatcttagtcttcttgttaggcttcctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttccttacacccctatagaccgggtggcgagtctccttgaa 23583362  T
Q  376 tatcttcctccctgctcgcttctt 399  Q
      ||||||||||||| ||||||||    
T  23583363 cttcttcctccctgcacgcttctt 23583386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Original strand, 23391243 - 23391583
Alignment:
Q  59 gtgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaa 158  Q
    ||||||||||||   || ||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | || ||| |||||||| |||||||||  |   |  || || || |    
T  23391243 gtgtcaatgtcattagtaattgaagtcttgtctggtctgaaagcctcagcggcctgtgcagccgccttttgtatatcttttgcctgagtggtggcaggta 23391342  T
Q  159 taggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgt 258  Q
    |||| || |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||    
T  23391343 tagggagccgccacgcggagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggcccctcaatgccattgcggcaacatcatgtgctcgggctgccatctccgcagt 23391442  T
Q  259 tggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccggg 358  Q
    ||||||||| |||||||||||  || ||||  | || || |||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  23391443 tggaaaagtgcctagccaaattttagtcttcttatttggttccctcatttcacacacccatttatctaagtttcttttcctcacacccctatataccggg 23391542  T
Q  359 tggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttctt 399  Q
    |||||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||    
T  23391543 tggcgagtctccttgaacttcttcctccctgcacgcttctt 23391583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 60 - 426
Target Start/End: Original strand, 23633965 - 23634331
Alignment:
Q  60 tgtcaatgtcaccggtcattaaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaat 159  Q
    ||||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| || ||| | |||||| |||||| || || | | ||| || |||||    
T  23633965 tgtcattgtcatcagtcgttaaagtcttgtctggtctgaaagcctcggcagcttctgcagccgtcttttgtatatctcttgtctctgtagtggcaggaat 23634064  T
Q  160 aggaaggcgccacaccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgtt 259  Q
    |||||| ||| |  | ||||| |||||||| |||||||| | ||| || || ||||| |  || || ||||| || ||||| |||||||||||||| |||    
T  23634065 aggaagccgcgaggcagagtcagcaaaattaagacaggcgttgcgacctcttaatgccaatgccgcgacatcatgtgctcgtgctgccatctcggccgtt 23634164  T
Q  260 ggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggt 359  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| || || |||||||    
T  23634165 ggaaaagtccctagccaaatcttagtcttcttgttaggctccctcatttcacacacccatttatctaagttcctcctcctcacacccctgtacaccgggt 23634264  T
Q  360 ggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaaccgcacctc 426  Q
    |||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||| |  |||| |||||||| |||||    
T  23634265 ggcgtgtctccttgaacttcttcctccctgcacgcttcttcggggtagttgaagctaaccggacctc 23634331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 694 - 870
Target Start/End: Original strand, 23248032 - 23248208
Alignment:
Q  694 gctagttgccaagttggaggctttgtgattggttaagaaatatttggaaagagaaagggaaacagatgagcaa--agagagtagggacagagaaaaagtg 791  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||  ||||||||||    
T  23248032 gctaattgccaagttggaggttttgtgattggtcaagaaatgtttggaaagagaaagggaaacagatgagaaaagagagagtagggac--agaaaaagtg 23248129  T
Q  792 tgcttgtgtgcggtgataattacaatgaaagaggaacatttggttcaaaacaagccacgttatcaaaatagcctctttg 870  Q
    ||||||||||  | || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  23248130 tgcttgtgtgtagcgacagttacaatgaaagaggaacatttggctcaaaacaagccacgttatcaaaataacatctttg 23248208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 174 - 403
Target Start/End: Original strand, 23506899 - 23507128
Alignment:
Q  174 ccgagtctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctag 273  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | ||  ||  |||| || |  || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23506899 ccgagtctgcaaagttgagacaggcgtcgccacctttcaacgccagtgccgcaacatcatgggcccgagctgccatctcggctgttggaaaagttcctag 23506998  T
Q  274 ccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttcctta 373  Q
    ||||||| |  ||||| |||| ||||  || |||||||| |||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  23506999 ccaaatcttggtctttttgttaggctgtcttatttcacacacccatttatctaggttcctactcctcacacccctatacaccgggtggcgagtttccttg 23507098  T
Q  374 aatatcttcctccctgctcgcttcttcggg 403  Q
    ||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  23507099 aatttcttcctccctccacgcttcttcggg 23507128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 575 - 656
Target Start/End: Original strand, 23266820 - 23266901
Alignment:
Q  575 ttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatatatatagggaagcatagttgtgtttgaaggaaagaataaggtaacaggca 656  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23266820 ttttaagagaatgaagagtaaggtgtgttacatatatagtgaagcatacttggttttgaaggaaagaataaggtaacaggca 23266901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 423
Target Start/End: Original strand, 23594164 - 23594360
Alignment:
Q  227 acatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttattta 326  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| || || |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  23594164 acatcatgggctcgtgcttccatctcagccattggaaaagttcctagccatatcttagtcatcttgttaggctccctcatttcacacacccatttaccta 23594263  T
Q  327 agttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatcttcctccctgctcgcttcttcgggttgcttgatgctaaccgcac 423  Q
    | |||||  |||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||| ||  |||| || | ||| |||||||| ||| | ||||  |||||||||||    
T  23594264 aattcctactcctcacacccctatagatcgggtggcaagtcaccttgaacttctttctgcatgcacgcttctttggggtacttgcagctaaccgcac 23594360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 704 - 801
Target Start/End: Original strand, 23266946 - 23267047
Alignment:
Q  704 aagttggaggctttgtgattggttaagaaatatttggaaagagaa----agggaaacagatgagcaaagagagtagggacagagaaaaagtgtgcttgtg 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||    |||||||| | |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  23266946 aagttggaggctttgtgattggttatcaattattttgaaagagaaagaaagggaaaccgttgagaaaagagagtagggacagagggaaagtgtgcttgtg 23267045  T
Q  800 tg 801  Q
    ||    
T  23267046 tg 23267047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 702 - 771
Target Start/End: Original strand, 23258431 - 23258500
Alignment:
Q  702 ccaagttggaggctttgtgattggttaagaaatatttggaaagagaaagggaaacagatgagcaaagaga 771  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  23258431 ccaagttggaggctgtgtgattggttatcaattatttggaaaaagaaagggaaacagatgagaaaagaga 23258500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 279
Target Start/End: Original strand, 3996385 - 3996440
Alignment:
Q  224 gcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaat 279  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  3996385 gcaacgtcatgggctcgagctgccatctcgggtgttggataagtgcctagccaaat 3996440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University