View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5111_low_2 (Length: 1022)

Name: NF5111_low_2
Description: NF5111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5111_low_2
NF5111_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-1007)||(32851665-32852659)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 898; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 898; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1007
Target Start/End: Complemental strand, 32852659 - 32851665
Alignment:
Q  10 catcatcagtgactaaaattaaaattcaagatagtttagtttggtaacatacaatacaatgcttattttggcctgtgttatttaatatattcatattgtt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32852659 catcatcagtgactaaaattaaaattcaagatagtttagtttggtaacatacaatacaatgcttattttggcttgtgttatttaatatattcatattgtt 32852560  T
Q  110 gcctaaaacttgctttcatcatgatttgataatactgcaaataatccagaaaatatggtagtcatgttctgcattaatcatgttcacattgttaaggaat 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852559 gcctaaaacttgcattcatcatgatttgataatactgcaaataatccagaaaatatggtagtcatgttctgcattaatcatgttcacattgttaaggaat 32852460  T
Q  210 tgaattcatgagcttaaatgacgacaatgcaaactagcctaatgtttctatgttattgacacaagtttgacgcatgcttcaaattcaaaatcacccgagt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852459 tgaattcatgagcttaaatgacgacattgcaaactagcctaatgtttctatgttattgacagaagtttgacgcatgcttcaaattcaaaatcacccgagt 32852360  T
Q  310 aataacatactttgaacttgcagctgttgaaaaagaataatagcatagtgcagtgttacactgtggttgtgctacatctagtcatggtctcaaatgtcgc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852359 aataacatactttgaacttgcagctgttgaaaaagaataatagcatagtgcagtgttacactgtggttgtgctacatctagtcatggtctcaaatgtcgc 32852260  T
Q  410 attgcatctatg-tatatattgttaccaaattgtttaattcttaggtttatgccttcagtaaatgatgtacctagggaagtgaagccaataactttattt 508  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852259 attgcatctatgttatatattgttaccaaattgtttaattcttaggtttatgccttcagtaaatgatgtacctagggaagtgaagccaataactttattt 32852160  T
Q  509 gctcactattcaaacaggtatatttttactttgtgtcagctgacataaacattcctttgttttaaaattgttattgttatcgagatatcattttcattct 608  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852159 gctcactattcaaacaggtatacttttacattgtgtcagctgacataaacattccttcgttttaaaattgttattgttatcgagatatcattttcattct 32852060  T
Q  609 tgtgtttagaccatgttttagttaatcnnnnnnnnnnnnggagtcatatttcttcttatatgaatgtagataaaccaactattacatgatcgccaaaata 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852059 tgtgtttagaccatgttttagttaatccttttcttttttggagtcatatttcttcttatatgaatgtagataaaccaactattacatgatcgccaaaata 32851960  T
Q  709 ttgaccttttttgtttctcttctatcaatataaatgcctatttttggaattttcgcacgatggtaaaaacctttggtgaaaggaacatgtctagaaggaa 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851959 ttgaccttttttgtttctcttctatcaatataaatgcctatttttggaattttcgcacgacggtaaaaacctttggtgaaaggaacatgtctagaaggaa 32851860  T
Q  809 aacaaagctggtttgaatgactgtgtgtgtattagtagaacttggaacatgatacctatgtaacatatcttgttcacatgaagtaaaagaaaattaggga 908  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851859 aataaagctggtttgaatgactgtgtgtgtattagtagaactt----catgatacctatgtaacatatcttgttcacatgaagtaaaagaaaattaggga 32851764  T
Q  909 acactacaatggttgataattgtcatcacttgctgatagtatcactagacctgaatattgtatactctctctggtgtgcttatgttttgggtctataat 1007  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851763 acactacaatggttgataattgtcattacttgctgatagtatcactagacctgaatattgtatactctctctggtgtgcttatgttttgggtctataat 32851665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University