View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5111_low_3 (Length: 859)

Name: NF5111_low_3
Description: NF5111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5111_low_3
NF5111_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-770)||(14212536-14213281)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 14213281 - 14212536
Alignment:
Q  18 cttttaaccttaaaaagtcagaagaaatgcttcaagttccagcaatgcttgatgaagatgaattcactgcttcaattccaaatcattacttggtttgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213281 cttttaaccttaaaaagtcagaagaaatgcttcaagttccagcaatgcttgatgaagatgaattcactgcttcaattccaaatcattacttggtttgttg 14213182  T
Q  118 ctcttacttttatctctcagttgttaggaagcttcaaggtgatgaatggcaagctgcacttcattttcttcaagctgttttggtttctccaaagcttgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213181 ctcttacttttatctctcagttgttaggaagcttcaaggtgatgaatggcaagctgcacttcattttcttcaagctgttttggtttctccaaagcttgtt 14213082  T
Q  218 tggaatgaatttgcacctcaactttgtgaaagtcttttcaagaagcatgaaaatagaagtttggaatttgttagttctttgaattctgaggaagaaatca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213081 tggaatgaatttgcacctcaactttgtgaaagtcttttcaagaagcatgaaaatagaagtttggaatttgttagttctttgaattctgaggaagaaatca 14212982  T
Q  318 aggaagtaattgttaaggagaaggcaaggagatataaggagtgtttggtgtattatcaggtcatgctttatggagagattccatggtggagcagttattg 417  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212981 atgaagtaattgttaaggagaaggcaaggagatataaggagtgtttggtgtattatcaggtcatgctttatggagagattccatggtggagcagttattg 14212882  T
Q  418 cagcaataattcagcaaattatatgtaagattaatcaatgagagaaattaactttctgtgttttgaagttcaatagtttgaggaataaagtagggactaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212881 cagcaataattcagcaaattatatgtaagattaatcaatgagagaaattaactttctgtgttttgaagttcaatagtttgaggaataaagtagggactaa 14212782  T
Q  518 acatgat-tgaaatgttagctcaatgatatgataaaatattgataagaagagataatattattggcaagaaatacataagatatgctttctttaagctag 616  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212781 acatgatatgaaatgttagctcaatgatatgataaaatattgataagaagagataatattattggcaagaaatacataagatatgctttctttaagctag 14212682  T
Q  617 aacattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattagtactttatcttctaagagtgacttactgatatggacagggatgtatccaataccagctgtgt 716  Q
    |||||||||                      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212681 aacattgaa--------tttttattttttttatattagtactttatcttctaagagtgacttactgatatggacagggatgtatccaataccagctgtgt 14212590  T
Q  717 atcttctacttcagttcaacatgaacaaagattgaaaacttgcaatacagtaag 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212589 atcttctacttcagttcaacatgaacaaagattgaaaacttgcaatacagtaag 14212536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University