View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5112-Insertion-1 (Length: 997)

Name: NF5112-Insertion-1
Description: NF5112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5112-Insertion-1
NF5112-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-996)||(8453333-8454326)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 823; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 823; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 996
Target Start/End: Complemental strand, 8454326 - 8453333
Alignment:
Q  7 atttttgtctatatacttttcttttggcaaatccagataagaaatagaaccaattttaacattttaaacagctttttatcatagaggccgaattttttat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8454326 atttttgtctatatacttttcttttggcaaatccagataagaaatagaaccaattttaacattttaaacagctttttatcatagaggcctaattttttat 8454227  T
Q  107 caaacccaagcccatcctcaataatctagtactatctcttccacatgaatattggagattcaatagaaggtaactgcactaaccaacttagtgatgagac 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8454226 caaacccaagcccatcctcaataatctagtactatctcttccacatgaatattggagattcaatagaaggtaactgcagtaaccaacttagtgatgagac 8454127  T
Q  207 aaacttctcaactaacacaccaaaaacatcaaaagaaaatcttttgagctttctaaaatatagtttcttgtatgagtttgaagttggcctttcggatctc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8454126 aaacttctcaactaacacaccaaaaacatcaaaagaaaatcttttgagctttctaaaatatagtttgttgtatgagtttgaagttggcctttcggatctc 8454027  T
Q  307 tacacaagttccgtccttcagagactgtgtactggggacttgtactaattcaccctctcctcaagttttttatcttttcaacatggattgaaccaggaac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8454026 tacacaagttccgtccttcagagactgtgtactggggacttgtaccaattcaccctttcctcaagttttttatcttttcaacatggattgaaccaggaac 8453927  T
Q  407 cttccacttgagaatatccatgtacacattcttacattctagacaaagttggtcgtgacctatgtagcactgacaattcagactaacagtgtgtttggcg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8453926 cttccacttgagaatatccatgtacacattcttacattctagacaaatttggtcgtgacctatgtagcactgacaattcagactaacagtgtgtttggcg 8453827  T
Q  507 cgttcaacagagacacatgtggttacattcactgatgatgaccactagtccaaaccctttgggtaagttgaaattgggttgtagacgtgtatctaatcat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8453826 cgttcaacagagacacatgtggttacattcactgatgatgaccactagtccaaaccctttgggtaagttgaaattgggttgtagacgtgtatctaatcat 8453727  T
Q  607 ctaannnnnnnnnnaaatggcaaaatttattcgtgacaagtacgtgcaagaagcactaaaagacttgcggtaaacgggaaaaaatacaagtaggtgtcgc 706  Q
    ||||          |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8453726 ctaa-tttttttttaaatggcaaaatttattcatgacaagtacatgcaagaagcactaaaagacttgcggtaaacgggaaaaaatacaagtaggtgtcgc 8453628  T
Q  707 atatatatggaacgctgaaacacg-nnnnnnnnnccctagaaaaaccttgggaaacaggttgtgaggccaacatatacaagctataaactgctcacatac 805  Q
    ||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8453627 atatatatggaacactgaaacacgaaaaaaaaacccctagaaaaacc-tcggaaacaggttgtgaggccaacatatacaagctataaactgctcgcatac 8453529  T
Q  806 ccctgcctcacacccgaaccgcccaagaaggaatcacaccagccaaac-aacaagggaccgcagctactgatagcaagccaggacagcacggaaatgcag 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8453528 ccctgcctcacacccgaaccgcccaagaaggaatcacaccagcaaaacaaacaagggaccgcagctactgatagcaagccaggacagcacggaaatgcag 8453429  T
Q  905 ca-caaaaggtcctaccaggcaggaccgcaaggcagcagggttaacc-agaggctaa--cgaaggatctcactgatacccaacacagacagccata 996  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8453428 caccaaaaggtcctaccaggcagaaccgcaaggcagcagggttaaccaagaggctaaacagaaggacctcactgatacccaacacagacagccata 8453333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University