View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5112-Insertion-2 (Length: 976)

Name: NF5112-Insertion-2
Description: NF5112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5112-Insertion-2
NF5112-Insertion-2
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (10-916)||(10282680-10283588)
chr8 (19-661)||(10241303-10241948)
chr8 (16-640)||(10271458-10272094)
chr8 (10-688)||(10263241-10263928)
chr8 (710-780)||(10241176-10241245)
chr8 (710-781)||(10271326-10271395)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (203-511)||(48369681-48369989)
chr7 (10-119)||(48369488-48369597)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (347-437)||(18044721-18044811)
chr1 (22-79)||(18045084-18045141)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 10283588 - 10282680
Alignment:
Q  10 aggctcggagatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283588 aggctcggagatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgaca 10283489  T
Q  110 agaactcagaagctgatctgcaactatcagtggaaatagcatccgagttgttagctaaggagaaaatagaagtgattgactacactagctacattgattt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283488 agaactcagaagctgatctgcaactatcggtggaaacagcatccgagttgttagctaaggagaaaatagaagtgattgactacactagctacattgattt 10283389  T
Q  210 atccaaacaaccaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaagactttt 309  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283388 atctaaacaaccaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaagactttt 10283289  T
Q  310 gctgatattggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcatt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283288 gctgatattggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaagcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcatt 10283189  T
Q  410 atgttggattaggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccactgtgttgcaaatgctgttggaaaatgttgtcaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283188 atgttggattaggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcccacaaacacaactgtgttgcaaatgctgttggaaaatgttgtcaa 10283089  T
Q  510 gaactgttttagttctgcttacaattgatttaaattcagttagagaataataaaataaaatcagcaatctaataaatagtttaaagaagatgcacaaata 609  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283088 gaattgttttagttctgcttacaattgatttaaattcagttagagaataataaaataaaatcagcaatctaataaatagtttaaagaagatgcacaaata 10282989  T
Q  610 tgtagaaatattttacttattcatctaatcaaatctcatcacatagatgttttgtgaggtattttaagaacaaaaaatagcataaagtgatgtcttgcta 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10282988 tgtagaaatattttacttattcatctaatcaaatctcatcacatagatgttttgtgaggtattttaagaacaaaaaatagcataaagtgatgtcttggta 10282889  T
Q  710 aaatatgattgaataactttgtaacactatttttacaatattaatgcataatctttaaactctttagttttaagcatttttgagctcttttctacctttc 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10282888 aaatatgattgaataactttgtaacactatttttacaatattaatgcattatctttaaactctttagttttaagcatttttgagctcttttctacctttc 10282789  T
Q  810 ttgcattgcccaattcttgcattcactaca--nnnnnnnncgtcagaataagatccgatgggtcaaatttaaaattcgtattttagattagatttaataa 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  10282788 ttgcattgcccaattcttgcattcactacattttttttttcgtcagaataagatccgatgggtcaaatttaaaattcgtatttttagttagatttaataa 10282689  T
Q  908 aaagaacaa 916  Q
    |||||||||    
T  10282688 aaagaacaa 10282680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 10241948 - 10241303
Alignment:
Q  19 gatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgacaagaactcag 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |    
T  10241948 gatgtggtaaaggttatgggattccataactcaactccaaaaatcaagtttcttcgtaggagcaaccttatgcttactatcaacattgataagaacactg 10241849  T
Q  119 aagctgatctgcaactatcagtggaaatagcatccgagttgttagctaaggagaaaatagaagtgattgactacactagctacattgatttatccaaaca 218  Q
    |   |||| | ||| |||||||||||| ||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  10241848 agaatgatttacaattatcagtggaaacagcttccatgttgttagctgaagagaaaatggaagtgattgactatactagctacattgatttatccaaaga 10241749  T
Q  219 accaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaagacttttgctgatatt 318  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||| || ||| |||||| ||||  |    
T  10241748 accaggacattatgttattttttgggaaatcagtggtgaagcaagtgatgaagtgcttggtgaatgttgtacatgtttggataagtcttttgttgatgct 10241649  T
Q  319 ggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcattatgttggat 418  Q
    || |||||| ||||||||| || ||||| ||| | |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  10241648 ggctatgttagttctagaaaagtcaaaggtattgcggcccttgaactccgacttgttcggaaaggaacattccagaagattcttgaacattatgttggat 10241549  T
Q  419 taggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccactgtgttgcaaatgctgttggaaaatgttgtcaagaactgttt 518  Q
    ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||  |||| | |||    
T  10241548 taggtgttgctgtgagtcagttcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccaaagtgttgcaaatattgttggagaatgttgttgagaattattt 10241449  T
Q  519 tagttctgcttacaattgatttaaattcagttagagaataataa----aataaaatcagcaatctaataaatagtttaaagaagatgcacaaatatgtag 614  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    |||||| | | ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||     
T  10241448 tagttctgcttacaattga-ttaaattcaataagagaataataataataataaagttatcaatctaataagtagtttaaagaatatgcacttatatgtat 10241350  T
Q  615 aaatattttacttattcatctaatcaaatctcatcacatagatgttt 661  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||| ||||||    
T  10241349 aaatattttacttagtcatctaatcagattttgtcacatatatgttt 10241303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 16 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 10272094 - 10271458
Alignment:
Q  16 ggagatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgacaagaact 115  Q
    |||||||| || |||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  10272094 ggagatgtagtaaaggttatagggttacgtaactcaactccagaaatcaggtttattcgcaggaacaatcttatgcttacaatcaacattgacaagaaca 10271995  T
Q  116 cagaagctgatctgcaactatcagtggaaatagcatccgagttgttagctaaggagaaaatagaagtgattgactacactagctacattgatttatccaa 215  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10271994 cagaagttgatttgcaactatcagtggaaacagcatccaagttgttagctgaggagaaaattgaagtgattgactacactagctacattgatttatcgaa 10271895  T
Q  216 acaaccaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaagacttttgctgat 315  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| |  || || |||||| |||||| ||||    
T  10271894 agaaccaggacattatgttatcttctgggaaatcagtggcgaagcaagtgatgatgtgcttgatgaatgttgtacatgcttggacaagtcttttgttgat 10271795  T
Q  316 attggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcattatgttg 415  Q
     |||| |||||| ||||||| | || |||||  || |  ||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  10271794 cttggctatgttagttctaggaaagtcaaaggcattggagcccttgaactccgacttgttcgaaaaggaacattccagaagattcttgagcattatgttg 10271695  T
Q  416 gattaggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccactgtgttgcaaatgctgttggaaaatgttgtcaagaactg 515  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||||||||||     
T  10271694 gattaggagcatctgcggctcaattcaagacacctaggtgcattggtcctacaaacaccaaagtgttgcaaatattgctggaaaatgttgtcaagaacta 10271595  T
Q  516 ttttagttctgcttacaattgatttaaattcagt-tag--agaataataa---------aataaaatcagcaatctaataaatagtttaaagaagatgca 603  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||  | ||||||||         |||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||     
T  10271594 tattagttctgcttacaattgaattaaattcaatctagaaataataataataataaaacaataaaattagcaatctaataagtagtttaaagagtatgct 10271495  T
Q  604 caaatatgtagaaatattttacttattcatctaatca 640  Q
    |  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  10271494 ctgatatgtacaaatattttacttagtcatctaatca 10271458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 10 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 10263928 - 10263241
Alignment:
Q  10 aggctcggagatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgaca 109  Q
    ||||| |||||||  || ||||| || || |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||| || |||||||||||||    
T  10263928 aggctaggagatgcagtaaaggtaatagggttccataagtcagctccagaaatcaagtttctttgcaggagcaaccttatgctcacaatcaacattgaca 10263829  T
Q  110 agaactcagaagctgatctgcaactatcagtggaaatagcatccgagttgttagctaaggagaaaatagaagtgattgactacactagctacattgattt 209  Q
    ||||| ||||   |||||| ||| |||| || |||| | | ||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263828 agaacacagagaatgatctacaaatatcggtcgaaacatcgtccaagatgttagctgaggagaaaatggaagtgattgactacactagctacattgattt 10263729  T
Q  210 atccaaacaaccaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaagactttt 309  Q
    ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||  ||||||  ||| ||||| |  ||||| || ||| |||||    
T  10263728 atccaatgacccaggacactatgttatcttctgggaaatcagcggtgaagcaagtgatgctgtgctttatgaatgttgtacatgtttggataagtctttt 10263629  T
Q  310 gctgatattggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcatt 409  Q
    | ||||  ||| |||||| ||||||| | || |||||  || |  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  10263628 gttgatgctggctatgttagttctaggaaagtcaaaggcattggagcccttgaactccgacttgttcggaaaggaacattccagaagattcttgagcatt 10263529  T
Q  410 atgttggattaggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccactgtgttgcaaatgctgttggaaaatgttgtcaa 509  Q
    |||||||||||||| |||| | |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  10263528 atgttggattaggttcatccgcggctcaattcaagacacctaggtgtattggtcctacaaacaccaaagtgttgcaaatattgctggaaaatgttgtcaa 10263429  T
Q  510 gaactgttttagttctgcttacaattgatttaaattcagtta-ga--------gaataataa-aataaaatcagcaatctaataaatagtttaaagaaga 599  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||         |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||  |    
T  10263428 gaactatattagttctgcttacaattgaattaaattcaatcatgaaataattctaataataataataaaattagtaatctaataagtagtttaaagagta 10263329  T
Q  600 tgcacaaatatgtagaaatattttacttattcatctaatcaaatctcatcacatagatgttttgtgaggtattttaagaacaaaaaata 688  Q
    ||| |  ||||||| |||||||||||||| |||| |||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  10263328 tgctctgatatgtacaaatattttacttagtcatttaatcagattttgtcacatagatg-tttgtgaggtattctatgaaaaaaaaata 10263241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 710 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 10241245 - 10241176
Alignment:
Q  710 aaatatgattgaataactttgtaacactatttttacaatattaatgcataatctttaaactctttagtttt 780  Q
    |||| |||||||| |||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10241245 aaatctgattgaaaaactttgtaatacaatttt-ataatattaatgcataatctttaaactttttagtttt 10241176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 710 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 10271395 - 10271326
Alignment:
Q  710 aaatatgattgaataactttgtaacactatttttacaatattaatgcataatctttaaactctttagtttta 781  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  10271395 aaatctgattgaataactttgtaatac-agtttta-aatattaatgcataacctttaaactttttaatttta 10271326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 2e-18; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 203 - 511
Target Start/End: Original strand, 48369681 - 48369989
Alignment:
Q  203 ttgatttatccaaacaaccaggacactatgttatcttttgggaaatcaatggcgaagcaagcgatgaagtgcttggtgagtgttgcagctgtttagacaa 302  Q
    |||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||||  ||| ||||||| |||||| |||||    
T  48369681 ttgatttatccaaagagccagggaactatgtaatcttctgggaaatcaacggggaagcaagtgaagaagtgcttcatgaatgttgcaactgtttggacaa 48369780  T
Q  303 gacttttgctgatattggatatgttggttctagaagagccaaagctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattctt 402  Q
    | ||||||  |||   || ||   | ||||| | | || ||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||    |||||||||    
T  48369781 gtcttttgtcgatgcaggctacactagttctcgtaaagtcaacgctattggagccttagaacttcgagttgttaggaaaggaacatttcaaaagattctt 48369880  T
Q  403 gagcattatgttggattaggtgcatctgtgagtcaattcaagacacctaggtgtgttgctcctacaaacaccactgtgttgcaaatgctgttggaaaatg 502  Q
    || |||||  ||||||||||  || |||| ||||| |  || ||||| || ||||| | ||||||| ||| || ||||||||||||  ||   |||||||    
T  48369881 gatcattaccttggattaggaacagctgttagtcagtataaaacaccaagatgtgtaggtcctacacacaacattgtgttgcaaatattgagtgaaaatg 48369980  T
Q  503 ttgtcaaga 511  Q
    |||||||||    
T  48369981 ttgtcaaga 48369989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 119
Target Start/End: Original strand, 48369488 - 48369597
Alignment:
Q  10 aggctcggagatgtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcaggaacaatcttatgcttacgatcaacattgaca 109  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||| ||||  | |||| |||| |  || ||||||||||    
T  48369488 aggctaggggatgtggtaaaagttatgggattccataactcaactccagaactaaagtttattcgtaggagtagtcttctgctaaacataaacattgaca 48369587  T
Q  110 agaactcaga 119  Q
    ||||| ||||    
T  48369588 agaacacaga 48369597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 347 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 18044811 - 18044721
Alignment:
Q  347 ctatcgaggcccttgaactccgagttgttaggagaggaacattcatgaagattcttgagcattatgttggattaggtgcatctgtgagtca 437  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||| |||||  | ||||||||  ||||||| |||||    
T  18044811 ctatcggggccttagaactccgagttgttaggaaaggaacatttcaaaagattcttgatcattacttgggattaggaacatctgttagtca 18044721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 18045141 - 18045084
Alignment:
Q  22 gtggtgaaggttatgggattccataactcaactccagaaatcaggtttcttcgcagga 79  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||  |||||||||    
T  18045141 gtggtaaaagttatgggattccataactcaactccaaaactcaagttcattcgcagga 18045084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University