View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5113-Insertion-4 (Length: 878)

Name: NF5113-Insertion-4
Description: NF5113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5113-Insertion-4
NF5113-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-877)||(8521844-8522719)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (8-458)||(42122646-42123096)
chr5 (8-440)||(34241040-34241466)
chr5 (8-435)||(34233267-34233688)
chr5 (8-455)||(42128044-42128490)
chr5 (71-455)||(42116886-42117285)
chr5 (187-410)||(41714176-41714393)
chr5 (40-324)||(41618164-41618448)
chr5 (40-431)||(41572525-41572910)
chr5 (8-128)||(41714032-41714152)
chr5 (599-690)||(42115994-42116084)
chr5 (525-586)||(42116793-42116854)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-471)||(11117289-11117759)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-435)||(25523508-25523943)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (73-384)||(11994940-11995254)
chr2 (23-406)||(12247654-12248040)
chr2 (221-337)||(32682381-32682497)
chr2 (81-305)||(9423281-9423506)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 8522719 - 8521844
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522719 ttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 8522620  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||    
T  8522619 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatgg 8522520  T
Q  208 aaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522519 aaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 8522420  T
Q  308 ttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattaga------tggtgcaaatgtc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||      |||||||||||||    
T  8522419 ttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccaaagttcaatcacgaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtc 8522320  T
Q  402 gtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgttaaaacaagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcag 501  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522319 gtagttttgttgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgttaaaacaagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcag 8522220  T
Q  502 ttgtaagtttgtggtctcaggtctgtttataagtgcacgccacatgttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatata 601  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522219 ttgtaagtttatggtctcaggtctgtttataagtgcatgccacaagttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatata 8522120  T
Q  602 attcaaatttatacgacccttttacctttgttattctgttttggcttatttggtgcatagttggtacaaaattgtgttttacaaaaggtatccaatccaa 701  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522119 attcaaatttatatgacctttttaactttgttattctgttttggcttatttggtgcataattggtacaaaattgtgttttacaaaaggtatccaatccaa 8522020  T
Q  702 taaatacaaactcttgttctttttaaacacattctttagaaagcaataaaaaatagacatgataagtgtgatatttacatgattagttagctaaagaaat 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522019 taaatacaaactcttgttctttttaaacacattctttagaaaacaataaaaaatagacatgataagtgtgatatttacatgattagttagctaaagaaat 8521920  T
Q  802 ctattcagaagtgtgctgggaatttggtatggacacaacgaggagatcatttacagattttacaagaaattttaca 877  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8521919 ctatttagaagtgtgctgggaatttggtatggacataacgaggcgatcatttacagattttacaagaaattttaca 8521844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 8 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 42123096 - 42122646
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| | ||| |||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |     
T  42123096 ttgaagtcttagatatttcaaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagg 42122997  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatgg 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||    
T  42122996 gttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaagaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatgg 42122897  T
Q  208 aaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 307  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42122896 aaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaatatgcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 42122797  T
Q  308 ttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagtt 407  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| ||||   ||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  42122796 ttggtggtccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagtt 42122697  T
Q  408 ttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgtt 458  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  42122696 ttattgttgtagttactttatctgttgtgtgttggttttttactttctgtt 42122646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 8 - 440
Target Start/End: Original strand, 34241040 - 34241466
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  34241040 ttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggg 34241139  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatgg 207  Q
     ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||    
T  34241140 gttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatgg 34241239  T
Q  208 aaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 307  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  34241240 aaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatat 34241339  T
Q  308 ttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagtt 407  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| || || |||  | ||| ||| ||| || || ||| || |||||      |||||||||||||||| |||||    
T  34241340 ttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagtt 34241433  T
Q  408 ttattgttgtaattattttctcttttgtctgtt 440  Q
    ||||| || |  ||||||||||| |||| ||||    
T  34241434 ttattattctggttattttctctattgtgtgtt 34241466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 8 - 435
Target Start/End: Original strand, 34233267 - 34233688
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  34233267 ttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggg 34233366  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatgg 207  Q
     ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||    
T  34233367 gttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatgg 34233466  T
Q  208 aaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatat 307  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  34233467 aaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatat 34233566  T
Q  308 ttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagtt 407  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| || || |||  | ||| ||| ||| || || ||| || |||||      |||||||||||||||| |||||    
T  34233567 ttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagtt 34233660  T
Q  408 ttattgttgtaattattttctcttttgt 435  Q
    ||||| || |  ||||||||||| ||||    
T  34233661 ttattattctggttattttctctattgt 34233688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 8 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 42128490 - 42128044
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| | |||||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  42128490 ttgaagtcttagatctttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaccgcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggg 42128391  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcacct-tcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatg 206  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||  |||  ||  | |  | |||||||| |||  |||| ||||||||| ||||||||||    
T  42128390 gttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaacaa--ttccacaattctttgacaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatg 42128293  T
Q  207 gaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgata 306  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  42128292 gaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattatatgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgata 42128193  T
Q  307 tttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagt 406  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| ||||   ||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  42128192 tttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagt 42128093  T
Q  407 tttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 455  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||| | || | ||||||||||||    
T  42128092 tttattgttctagttattttctctattgtgtattagttttttactttct 42128044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 71 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 42117285 - 42116886
Alignment:
Q  71 atacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaa 170  Q
    |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  42117285 atacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagccaa 42117186  T
Q  171 caac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattat 267  Q
    ||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  42117185 caacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatatttt 42117086  T
Q  268 atgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagtt 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||     
T  42117085 atgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaaaagaagaacaagaatgagaaggaaccatggta 42116986  T
Q  368 caatca------------cgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 455  Q
    ||| ||             |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||    
T  42116985 caaccatgaatcagaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgttgttattttctctattgtgtgttagttttttactttct 42116886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 187 - 410
Target Start/End: Original strand, 41714176 - 41714393
Alignment:
Q  187 gagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagc 286  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  41714176 gagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcggaaagc 41714275  T
Q  287 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaatta 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | | || |||||||||| ||||| | || |||||| || ||||| ||        
T  41714276 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatc-ga---- 41714370  T
Q  387 gatggtgcaaatgtcgtagtttta 410  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  41714371 -atggtgcaaatgtcgtagtttta 41714393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 324
Target Start/End: Original strand, 41618164 - 41618448
Alignment:
Q  40 gtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtg 139  Q
    ||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||    
T  41618164 gtgggagaaatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtg 41618263  T
Q  140 gacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatt 239  Q
     |||||||||||||||| | | | || |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  41618264 aacctgaacaacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaat 41618363  T
Q  240 tgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaag 324  Q
     || || ||||||||| |||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||    
T  41618364 ggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaag 41618448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 431
Target Start/End: Original strand, 41572525 - 41572910
Alignment:
Q  40 gtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtg 139  Q
    ||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||    
T  41572525 gtgggagaaatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtg 41572624  T
Q  140 gacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatt 239  Q
     |||||||||||||||| | | | || |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  41572625 aacctgaacaacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaat 41572724  T
Q  240 tgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaaga 339  Q
     || || ||||||||| |||||| || | |||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||   ||||| | |||     
T  41572725 ggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagttacaagg 41572824  T
Q  340 aggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctctt 431  Q
    |||| |||| ||| ||| |  ||| | |||| || ||||      ||||||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  41572825 aggataagagtgaggagaattcatggctcaaccatgaat------tagatggtgcagatgtgatagttttattgttctgattattttctctt 41572910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 128
Target Start/End: Original strand, 41714032 - 41714152
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  41714032 ttgaagtcttggatctttctaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggg 41714131  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtc 128  Q
     ||||||||||| ||||||||    
T  41714132 gttatgtggatttcccttgtc 41714152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 599 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 42116084 - 42115994
Alignment:
Q  599 ataattcaaatttatacgacccttttacctttgttattctgttttggcttatttggtgcatagttggtacaaaattgtgttttacaaaaggt 690  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||   || ||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  42116084 ataattcacatttatatgacccttttacctttgcaattctgttttggctttttttgtttgta-ttgttacagaattgtgttttagaaaaggt 42115994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 525 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 42116854 - 42116793
Alignment:
Q  525 tgtttataagtgcacgccacatgttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgtt 586  Q
    |||||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  42116854 tgtttacatgtgcatgccacaagatgtgttatataataaaattccaagtttatatatatgtt 42116793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 8 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 11117759 - 11117289
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| | ||| |||| ||||| | ||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |     
T  11117759 ttgaagtcttagatatttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagg 11117660  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgc----gg--tgaggagaaatttggattt 201  Q
     ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |    ||  ||| |||||||||||||||    
T  11117659 gttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggattt 11117560  T
Q  202 ggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtca 301  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11117559 ggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttgtgattggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtca 11117460  T
Q  302 tgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| |||    ||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  11117459 tgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagcgcacatggttcaaacatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtc 11117360  T
Q  402 gtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctg-ttaaaacaagcttga 471  Q
     |||||||||||| ||| ||| ||||||  |||  |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  11117359 atagttttattgtcgtagttactttctccgttgggtgttggttttttactttctgtttaaaataagcttga 11117289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 8 - 435
Target Start/End: Original strand, 25523508 - 25523943
Alignment:
Q  8 ttgaagtcctggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttgga 107  Q
    |||||||| || ||||||||||||| | | | ||||||| ||||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  25523508 ttgaagtcatgaatctttccaataaccatttggtgggagaaatacctagaggaaagcaattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggg 25523607  T
Q  108 tttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaa---cttttgcggtgaggagaaatttggatttgga 204  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||   ||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  25523608 gttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctccaccttcacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttgga 25523707  T
Q  205 tggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatga 304  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  25523708 tggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaataggcattggatattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatga 25523807  T
Q  305 tatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagt-------tcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaa 397  Q
    ||||||| |||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||       | ||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  25523808 tatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggacaagaatgaggaggaatcatggtacagccatgaatca-gaatcagaatcagatgatgcaaa 25523906  T
Q  398 tgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgt 435  Q
    |||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25523907 tgtcatag-tttattgttttagttattttctcttttgt 25523943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 4e-90; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 73 - 384
Target Start/End: Original strand, 11994940 - 11995254
Alignment:
Q  73 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 172  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  11994940 acattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttcacccaaca 11995039  T
Q  173 ac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 269  Q
    ||   ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||    
T  11995040 acagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtat 11995139  T
Q  270 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||    
T  11995140 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgca 11995239  T
Q  370 atcacgaatcagaat 384  Q
    | || ||||||||||    
T  11995240 accatgaatcagaat 11995254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 23 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 12248040 - 12247654
Alignment:
Q  23 tttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacc 122  Q
    |||||||||| | ||| ||||||| |||||| |  ||||| || ||| | |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  12248040 tttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaacagttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcc 12247941  T
Q  123 cttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggca 219  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||   ||||||   |||||  | || | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12247940 cttgtcaaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttcacttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggca 12247841  T
Q  220 attggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagc 319  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12247840 attggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagc 12247741  T
Q  320 ctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagt 406  Q
    |||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||| || |||||||||| | ||||||  |||||||||||    
T  12247740 ctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagt 12247654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 221 - 337
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682497
Alignment:
Q  221 ttggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcc 320  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  321 taagaggagagtgaaaa 337  Q
    |||||| ||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaaaa 32682497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 81 - 305
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423506
Alignment:
Q  81 aaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaactt---t 177  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  |||| ||||||| ||  |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  178 tgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaa 277  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||| |||| |||||| || |||| | ||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaa 9423478  T
Q  278 ttggaaagcctagatggcttgtcatgat 305  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9423479 ttggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University