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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5114_low_1 (Length: 656)

Name: NF5114_low_1
Description: NF5114
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5114_low_1
NF5114_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (11-638)||(53561918-53562552)
chr4 (130-432)||(38185268-38185570)
chr4 (130-446)||(34821223-34821540)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (130-444)||(4903679-4903993)
chr8 (152-432)||(1557167-1557447)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (130-444)||(22153564-22153878)
chr7 (130-444)||(22209479-22209793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 53562552 - 53561918
Alignment:
Q  11 cacagaaagcataagagctgctgcaaacagaaaaaccagcagcaccacaacagaactgcacaacctcaatgaacacagccagacaccacgcagcagcagc 110  Q
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T  53562552 cacagaaagcataagagctgctgcaaacagaaaaaccagcagcaccacaacagaactgcacagcctcaatgaacacagccagacaccacgcagcagcagc 53562453  T
Q  111 tctcccaaacaaaacaacctcaccgcatcaaacagtccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactcca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562452 tctcccaaacaaaacaacctcaccgcatcaaacagtccttgggattccacttccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactcca 53562353  T
Q  211 cctccaagacaaaaccttgacagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaata 310  Q
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T  53562352 cctccaagacaaaaccttgactg----caacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaata 53562257  T
Q  311 acagcatgccaaataattccaacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataa 410  Q
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T  53562256 acagcatgccaaataattctaacacctttacgggtcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataa 53562157  T
Q  411 aattaaagtccaaccattccatgatcttacaccaaaccaccttcaccccttcacaatgaagaaataaatgagtagcatcttcagccgcgttatt------ 504  Q
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T  53562156 aattaaagtccaaccattccatgatcttacaccaaaccaccttcaccccttcacaatgaagaaataaatgagtagcatcttcagccgtgttattacacca 53562057  T
Q  505 ----cactcataagatgtatccggcgggaaacaattcctaatagctagattaatctttgtaggaattctatcatagaggagtttccacgagaagacaacg 600  Q
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T  53562056 cacacactcataagatgtatccggtgggaaacaattcctaatagctagattaatcttcgtaggaattctatcatggaggagtttccacgagaagacaacg 53561957  T
Q  601 accttggtc-gcgccggactcttccaaatatgcttaaac 638  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53561956 accttggacggcgccggactcttccaaatatgcttaaac 53561918  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 432
Target Start/End: Original strand, 38185268 - 38185570
Alignment:
Q  130 tcaccgcatcaaacagtccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaaccttg 229  Q
    |||||||| ||| || ||||| ||||||||  |||||||||| |||||| | |||||||| |||| ||| || |||| ||||||||| | ||| |||||     
T  38185268 tcaccgcaacaagcattccttcggattccaattccactcgtaaaacaaacatgccggcaagtttattctaccaaaacaccacctccaggccaacacctta 38185367  T
Q  230 acagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataattc 329  Q
    | |||||||| ||   |||||   || |  || |||||||| ||| || | || ||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||  |    
T  38185368 atagattccagcaatgcctcacaatccaacactgcattattaaaagttatatcattcctagctttccatatgctccaaatggcggcatgccaaataagcc 38185467  T
Q  330 caacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccattc 429  Q
      || || ||||  ||||| |||||  |||| |||| ||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||    
T  38185468 tcactcccttacaaatctttttattataaaccgctcaattccaacattcccacgtgataaacagattcggtggaattataaaattgaattccagccactc 38185567  T
Q  430 cat 432  Q
    |||    
T  38185568 cat 38185570  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 446
Target Start/End: Original strand, 34821223 - 34821540
Alignment:
Q  130 tcaccgcatcaaacag-tccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaacctt 228  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| ||||| |||||| | | |||||  |  ||||  || |||| |||||||||  ||||||||||    
T  34821223 tcaccgcatcaaacaaatcctttggattccagctccattcgtaaaacaaacaagacggcacatccaatcgacctaaacaccacctccaccacaaaacctt 34821322  T
Q  229 gacagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataatt 328  Q
     |  |||||||||||  ||||||  || | ||||||||| || |||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||      
T  34821323 tattgattccaacagtgcctcaaaatctaaaacagcattgttaaaaataatatcattcctcgctttccatatgctccaaatcgcggcgtgccaaataagc 34821422  T
Q  329 ccaacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccatt 428  Q
    |  || || ||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||||| | |||||  ||||| | |||||| || ||||||| ||||| ||| ||||| |    
T  34821423 ctcactcccttacgaatctttttattgtgaaccgcaccattccaacaattccacatgataaacaaattcggagggattataatattaatgtctaaccact 34821522  T
Q  429 ccatgatcttacaccaaa 446  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  34821523 ccatgagcttactccaaa 34821540  T

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Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 4903993 - 4903679
Alignment:
Q  130 tcaccgcatcaaacagtccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaaccttg 229  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||||  ||||||| || |||||||||||   | | || || || ||||||  ||| ||||||||||| |||||     
T  4903993 tcaccgcaacaaacaatccttcagattccaattccactcataaaacaaaaacgcgtacgaattcaacctacccaaaaaccatctccaagacaacacctta 4903894  T
Q  230 acagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataattc 329  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||  | ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||    
T  4903893 acagattccaacagctcctccacatctgtcacaacattgttgaaaattctgtcattcctcgctttccaaatactccaaattgcagcatgccaaattaatc 4903794  T
Q  330 caacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccattc 429  Q
     | ||||  | || | ||| || || ||||   | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| ||    
T  4903793 taccacccctgcgcagctttttgttcaaaaactcaccattccaacattgccacataataaacagattaggaggaattaaaaaattaaattccaaccactc 4903694  T
Q  430 catgatcttacacca 444  Q
    ||| | |||||||||    
T  4903693 cataagcttacacca 4903679  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 152 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 1557447 - 1557167
Alignment:
Q  152 ggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaaccttgacagattccaacagatcctcaa 251  Q
    ||||||||  |||| ||||| |||||| | || |||||  | ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |  |||||||| ||| | ||||    
T  1557447 ggattccaattccattcgtaaaacaaacaagctggcaagctcaatctacccaaacaccacctccacgacaataccttaattgattccaagagagcttcaa 1557348  T
Q  252 cctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataattccaacacctttacggatcttatt 351  Q
      || | |   ||||||||||| |   |||| ||||| |||||||| ||  |||||||    |||||||||||||  |  ||||| || || ||||| ||    
T  1557347 ggtctaaagtcgcattattgaacacaatgtcattccttgctttccaaatgttccaaatggtggcatgccaaataagcctcacacccttccgaatcttttt 1557248  T
Q  352 atttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccattccat 432  Q
    ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| || || |||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  1557247 attgacaacagctccaatccaacattcccacataataaacagatttggggggattaaaaaattaaagtccagccagtccat 1557167  T

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Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 444
Target Start/End: Original strand, 22153564 - 22153878
Alignment:
Q  130 tcaccgcatcaaacagtccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaaccttg 229  Q
    |||||||| ||||||  |||| ||||||||  ||||||| || |||||| ||||  || | || || || ||||||   |||||||||||||| |||||     
T  22153564 tcaccgcaacaaacaaaccttcggattccaattccactcataaaacaaacacgcgtgcgaattcaacctacccaaaaatcacctccaagacaacacctta 22153663  T
Q  230 acagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataattc 329  Q
    | |||||||||||| | ||| || ||  | |||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| | ||    
T  22153664 aaagattccaacagcttctccacatctgtcacaatattgttgaaaattatgtcattcctcgctttccaaatactccaaattgcggcatgccaaattaatc 22153763  T
Q  330 caacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccattc 429  Q
     | ||||    || | ||| || || ||||   | |||||||||||||||| || |||||| |||||  | || |||| ||||||||| |||||||| ||    
T  22153764 taccaccccagcgcagctttttgttcaaaaactcaccattccaacattcccgcataataaacagattaagagggattaaaaaattaaattccaaccactc 22153863  T
Q  430 catgatcttacacca 444  Q
    ||| | |||||||||    
T  22153864 cataagcttacacca 22153878  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 444
Target Start/End: Original strand, 22209479 - 22209793
Alignment:
Q  130 tcaccgcatcaaacagtccttgggattccacgtccactcgtagaacaaaaacgccggcaactttaatcttcccaaactccacctccaagacaaaaccttg 229  Q
    |||||||| ||||||  |||| ||||||||  ||||||| || |||||| ||||  || | || || || ||||||   |||||||||||||| |||||     
T  22209479 tcaccgcaacaaacaaaccttcggattccaattccactcataaaacaaacacgcgtgcgaattcaacctacccaaaaatcacctccaagacaacacctta 22209578  T
Q  230 acagattccaacagatcctcaacctcaataacagcattattgaaaattctgtcgttcctcgctttccatatactccaaataacagcatgccaaataattc 329  Q
    | |||||||||||| | ||| || ||  | |||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| | ||    
T  22209579 aaagattccaacagcttctccacatctgtcacaatattgttgaaaattatgtcattcctcgctttccaaatactccaaattgcggcatgccaaattaatc 22209678  T
Q  330 caacacctttacggatcttattatttaaaacagctccattccaacattcccacaaaataaaaagattcggtggaattataaaattaaagtccaaccattc 429  Q
     | ||||    || | ||| || || ||||   | |||||||||||||||| || |||||| |||||  | || |||| ||||||||| |||||||| ||    
T  22209679 taccaccccagcgcagctttttgttcaaaaactcaccattccaacattcccgcataataaacagattaagagggattaaaaaattaaattccaaccactc 22209778  T
Q  430 catgatcttacacca 444  Q
    ||| | |||||||||    
T  22209779 cataagcttacacca 22209793  T

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