View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5116-Insertion-1 (Length: 994)

Name: NF5116-Insertion-1
Description: NF5116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5116-Insertion-1
NF5116-Insertion-1
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (7-570)||(2496421-2496994)
chr8 (600-994)||(2496012-2496404)
chr8 (48-572)||(2515998-2516524)
chr8 (65-425)||(2435848-2436208)
chr8 (48-425)||(2432470-2432847)
chr8 (48-431)||(2511870-2512253)
chr8 (49-431)||(2505249-2505631)
chr8 (65-425)||(2429505-2429865)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2496994 - 2496421
Alignment:
Q  7 ataaaatacagtagttactaatgt--attatatcgaaatatacaaatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496994 ataaaatacagtagttactaatgtgtattatatcgaaatatacaaatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaaga 2496895  T
Q  105 cacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcatacctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2496894 cacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcatacctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttacgcaacctgaagctgtaacgaa 2496795  T
Q  205 tttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggtttaacagtgctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcat 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496794 tttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggtttaacagtgctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcat 2496695  T
Q  305 atcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagggtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggta 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496694 atcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagggtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggta 2496595  T
Q  405 aacaagtggttgtcgttgctcgggaatagaaagcatttgcttttcctatgtattgttatgttgtcaannnnnnncaaatcttttatagaatgtttagttg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  2496594 aacaagtggttgtcgttgctcgggaatagaaagcatttgcttttcctatgtattgttatgttgtcaatttttttcaaatcttttatagaatgtttagttg 2496495  T
Q  505 tctttgtaccacttttacagtcatctttttcat--------atgtatgatatgatgagacctgtgttcctgata 570  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496494 tctttgtaccacttttgcagtcatctttttcatatgtatgaatgtatgatatgatgagacctgtgttcctgata 2496421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 600 - 994
Target Start/End: Complemental strand, 2496404 - 2496012
Alignment:
Q  600 aatgtattagtgttattgatagaaaataaaagcatttgcttgcctttgtgcattgtcatctaaacattttttagtttggatcaatctaacttttgttact 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496404 aatgtattagtgttattgatagaaaataaaagcatttgcttgcctttgtgcattgtcatctaaacattttttagtttggatcaatctaacttttgttact 2496305  T
Q  700 tttcagttttcagcgttcacatttataaaattacacatgtatttaaaagctatttgatggtaannnnnnnnctagatatgtgcctataaacataacgaaa 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496304 tttcagttttcagcgttcacatttataaaattacacatgtatt--aaagctatttgatggtaattttttttctagatatgtgcctataaacataacgaaa 2496207  T
Q  800 ttggttattttttcatgtgtacaactcatgttaaagaaggtgaaaagagattttccctaaacctttcactcacataatcttttcattataaaattcatct 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496206 ttggttattttttcatgtgtacaactcatgttaaagaaggtgaaaagggattttccctaaacttttcactcacataatcttttcattataaaattcatct 2496107  T
Q  900 gcgttgaagttannnnnnnnnnnnataatcatctgttggttgtatcaatgttgtcctcaataagcaaaatattttttaaagaacaacatttatgc 994  Q
    ||||||| || |            |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  2496106 gcgttgatgtcattttttatttttataatcatctgttggtcgtatcaatgttgtcctcaataagcaaatttctttttaaagaacaacatttatgc 2496012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 48 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 2516524 - 2515998
Alignment:
Q  48 aaatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcat 147  Q
    |||| ||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||    
T  2516524 aaattaggtactttccagaaggcattgacatttactttgagaatgttgggggaaagacacttgatgctgtactcttgaatatgaaactccatggccgcat 2516425  T
Q  148 acctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggttt 247  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  2516424 acctgtgtgtggaatgatctcacagtataatcttactcaacctgaaggtgtcacaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaa-ggttt 2516326  T
Q  248 aacagt-gctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgag 346  Q
     || || ||| |||  | ||| ||| |  | ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || | | |||||||||| ||||||||| |||||    
T  2516325 caccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttagagtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgag 2516226  T
Q  347 ggtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctcgggaatagaaagcatttgctt 446  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  2516225 ggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagcggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgttgttgctcgtgaatagaaagcatttgttt 2516126  T
Q  447 ttcctatgtattgttatgttgtcaannnnnnncaaatcttttatagaatgtttagttgtctttgtaccacttttacagtcatc-tttttcatatgtatg- 544  Q
    ||||||||| |||||||||||||||       |||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||     
T  2516125 ttcctatgttttgttatgttgtcaa-ttttttcaaatcttttctagaaagtttagctgtctttataccaccttggtagtcatcttttttcatatctatga 2516027  T
Q  545 --atatgatgagacctgtgttcctgataat 572  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2516026 atatatgatgaga-ctgtgttcctgataat 2515998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 2435848 - 2436208
Alignment:
Q  65 gaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcatacctgcatgtggaatga 164  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  2435848 gaaggcattgacatttactttgagaatgttggtgggaaaacacttgatgctgtacttttgaatatgagagtccatggccgcatacctgtaagtggaatga 2435947  T
Q  165 tctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggtttaacagtgctgatttctt 264  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || |||   |   |||||| |||    
T  2435948 tctcacagtacaatcttactcaacctgaaggtgtcacaaatttggcacaaatcatatataagcggattcggatcgagggttttgttatatctgattactt 2436047  T
Q  265 tcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagggtcttgagaatggccct 364  Q
    ||||||  || | ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  2436048 tcacctttatacaaaattcttggagtttgtcctgcctcttataagagaaggaaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaatggtcct 2436147  T
Q  365 gcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctc 425  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2436148 gctgcattgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgctgttgctc 2436208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 48 - 425
Target Start/End: Original strand, 2432470 - 2432847
Alignment:
Q  48 aaatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcat 147  Q
    |||| ||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||||||    
T  2432470 aaattaggtactttccagaaggcattgacatttactttgagaatgttgggggaaagacacttgacgctgtactcttgaatatgaaactccatggccgcat 2432569  T
Q  148 acctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggttt 247  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | || || |||    
T  2432570 acctgtaagtggaatgatctcacagtataatctcactcaacctgaaggtgtcacaaatttggcacaaatcatatataagcggattcggttcgagggtttt 2432669  T
Q  248 aacagtgctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagg 347  Q
       |   |||||| |||||||||  || | ||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2432670 gttatatctgattactttcacctttatacaaaattcttggaatttgtcctgcctcttataagagaaggaaagattgtgtatgtggaagacatagctgagg 2432769  T
Q  348 gtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctc 425  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2432770 gtcttgagaatggtcctgctgcattgattggcctatacagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgttgttgctc 2432847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 48 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 2512253 - 2511870
Alignment:
Q  48 aaatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcat 147  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | || || |||||    
T  2512253 aaatcaggcactttccagaaggaattgacgtttactttgagaacgttggaggcaagacacttgatgccgtactcttgaacatgaaactacatggtcgcat 2512154  T
Q  148 acctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggttt 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||    
T  2512153 acctgtgtgtggaatgatctcacagtacaatcttactcaacctgaaggtgtaacaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtttgcaaggtttt 2512054  T
Q  248 aacagtgctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagg 347  Q
      |   | ||||| || ||| ||| || | || || || || || ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2512053 gtcgtagttgattactatcatctatatgccaagttcttagacttcgtcctgcctcatatcagagaagggaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagg 2511954  T
Q  348 gtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctcgggaat 431  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||| |||||||   |||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  2511953 gtcttgagaaaggtcctgcagctttggttggcatatttagtggtaaaaatgttggcaaacaagtgcttgttgttgctcgtgaat 2511870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 49 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 2505631 - 2505249
Alignment:
Q  49 aatcaggcacttccctgaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcata 148  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || ||||||    
T  2505631 aatcaggcactttccagaaggcattgatgtttactttgagaacgtcggtggcaagacacttgatgccgtactcttgaacatgagattacaaggtcgcata 2505532  T
Q  149 cctgcatgtggaatgatctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggttta 248  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |||| ||||    
T  2505531 cctgtgtgtggaatgatctcacagtacaatcttactcaacctgaaggtgtgacaaatttggcacatatcgtatataagcgggtccgtttgcaaggtttta 2505432  T
Q  249 acagtgctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgaggg 348  Q
         ||||||| || ||| ||| |    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2505431 ttgtagctgattactatcatctatacggaaaattcttggagtttgtcctgcctcatatcagagaagggaaggttgtgtatgtagaagacatagctgaggg 2505332  T
Q  349 tcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctcgggaat 431  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||    |||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  2505331 tcttgagaaaggccctgaagccttggttggcatatttagtggcaaaaatgttggcaaacaagtgcttgttgttgctcgtgaat 2505249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 2429505 - 2429865
Alignment:
Q  65 gaaggcattgatatttactttgagaatgttggaggcaagacacttgatgctgtactcttgaacatgagagtccacggccgcatacctgcatgtggaatga 164  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| || || |||||||  ||||||||||    
T  2429505 gaaggcattgacatttactttgagaatgtggggggaaagacacttgatgctgtactcttgaatatgaaactccatgggcggatacctgtgtgtggaatga 2429604  T
Q  165 tctcacagtacaatcttaagcaacctgaagctgtaacgaatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggtttaacagt-gctgatttct 263  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||  | ||   ||| | ||    
T  2429605 tctcacagtacaatcttactcaacctgaaggtgtcacaaatttggcacatatcatatataagcggatccggatggaa-ggttttgctgtatttgaatact 2429703  T
Q  264 ttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccctcatatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagggtcttgagaatggccc 363  Q
     ||| ||  || | ||||| ||||||||| | || |||| ||| ||||| || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2429704 atcatctttatacaaaattcttggagtttatgctgcctcttataagagaaggaaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaatggccc 2429803  T
Q  364 tgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttggtaaacaagtggttgtcgttgctc 425  Q
    |||||| ||| |||| || | ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2429804 tgcagctttggttggtctgtttagtggtcaaaatgttggtaaacaagtggttgttgttgctc 2429865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University