View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5117_high_5 (Length: 318)

Name: NF5117_high_5
Description: NF5117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5117_high_5
NF5117_high_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-310)||(21197517-21197826)
chr4 (1-310)||(27253359-27253668)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 21197826 - 21197517
Alignment:
Q  1 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197826 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 21197727  T
Q  101 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtaataggacttatactcattcttatccacttat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21197726 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtgataggatttatactcattcttatccacttat 21197627  T
Q  201 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197626 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 21197527  T
Q  301 tctctgctcc 310  Q
     |||||||||    
T  21197526 cctctgctcc 21197517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 27253668 - 27253359
Alignment:
Q  1 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253668 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 27253569  T
Q  101 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtaataggacttatactcattcttatccacttat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27253568 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtgataggatttatactcattcttatccacttat 27253469  T
Q  201 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253468 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 27253369  T
Q  301 tctctgctcc 310  Q
     |||||||||    
T  27253368 cctctgctcc 27253359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University