View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5120_low_1 (Length: 443)

Name: NF5120_low_1
Description: NF5120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5120_low_1
NF5120_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-443)||(21197401-21197826)
chr4 (18-443)||(27253243-27253668)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 21197826 - 21197401
Alignment:
Q  18 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197826 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 21197727  T
Q  118 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtaataggatttatactcattcttatccacttat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197726 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtgataggatttatactcattcttatccacttat 21197627  T
Q  218 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttaggctcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21197626 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 21197527  T
Q  318 cctttgctcctaaaaatgcactacatatgtccattgtagatgtttaagatcgatagtcggcgaaaccaagccgctgcaatcaccatattgaggttcagaa 417  Q
    ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197526 cctctgctcccaaaaatgcattacatatgtccattgtcgatgtttcagatcgacagtctgcgaaaccaagccgctgcaatcaccatattgaggttcagaa 21197427  T
Q  418 gggccgaaccgcctctgagtaaagag 443  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  21197426 gggccgaaccacctctgagtaaagag 21197401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 27253668 - 27253243
Alignment:
Q  18 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253668 caatatacttgggaagtttatgatccttgcacagttatcacaattgtggtgtttgataatggacacttacatggaggaggtaagaataatgttggaggga 27253569  T
Q  118 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtaataggatttatactcattcttatccacttat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253568 aaaatggtgatggaggagttgataagagaattggcaaggtaaggattaggctttcaacactcgaaagtgataggatttatactcattcttatccacttat 27253469  T
Q  218 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttaggctcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27253468 aaacttgcatactcaaggagcaaagaaaatgggagaaattcaattggcagtgagattctcttgtccttcactgttgaatgttttgcaaacttatgctcaa 27253369  T
Q  318 cctttgctcctaaaaatgcactacatatgtccattgtagatgtttaagatcgatagtcggcgaaaccaagccgctgcaatcaccatattgaggttcagaa 417  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253368 cctctgctcccaaaaatgcactacatatgtccattgtcgatgtttcagatcgacagtctgcgaaaccaagctgctgcaatcaccatattgaggttcagaa 27253269  T
Q  418 gggccgaaccgcctctgagtaaagag 443  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  27253268 gggccgaaccgcctctaagtaaagag 27253243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University