View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5127-Insertion-2 (Length: 787)

Name: NF5127-Insertion-2
Description: NF5127
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5127-Insertion-2
NF5127-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-783)||(3195368-3196143)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 3196143 - 3195368
Alignment:
Q  6 caggttgcacttaaaatgttgaagaaattgcaaaaggatcatggaagaaatttgctattaatgataacaagttaaaatttcaataatttgaaacatttta 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3196143 caggttgcacttaaaatgttgaagaaattgcaaaaggatcatggaagaaatttgctattaatgataacaagttaaaatttcaacaatttgaaacatttta 3196044  T
Q  106 aaaacaaaataaggaaactattgctaaaggagtatagataattagaagggagcatggctaccaaggaagaattttcttagacagaataataagtgaatta 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  3196043 aaaacaaaataaggaaactattgctaaaggagtatagataattagaagggagcatggctaccaaggaagaattttcttagacagag-aataagtgaatta 3195945  T
Q  206 gatattgtcaatgttttttcaataggtagcaattgtttggtaaaagcaataagaggttgtgcacgatattttcagttatggttctatatctaattaactt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3195944 gatattgtcaatgttttttcaataggtagcaattgtttggtaaaagcaataaaaggttgtgcacgatattttcagttatggttctatatctaattaactt 3195845  T
Q  306 ttgtccattatcatgatataattggagtttaaggactgattaggatgaaatcaaagttaaaatggagttacacaaaagtgacgaggtttaaagtgcttct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3195844 ttgtccattatcatgatataattggagtttaaggactgattaggatgaaatcaaagttaaaatggagttacacaaaagtgacgaggtttaaagtgcttct 3195745  T
Q  406 atataactttcctaaaattaggtattataatgattatgatacctaattttggttacataaagtttaaattaaaatagtctctataatgtgatttttgcta 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3195744 atataactttcctaaaattaggtattataatgataatgatacctaattttggttacataaagtttaaattaaaatagtctctataatgtgatttttgcta 3195645  T
Q  506 agnnnnnnnnnacaacgataaagatgcgacatttgtacttttgtttaacaattagtcgtgactagtctttgtcgaaaaacatgttagatatatacaaatg 605  Q
    ||         ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3195644 ag-ttttttttacaacgataaagatgcgacgtttctacttttgtttaacaattagtcgtgaccagtcttcgtcaaaaaacatgttagatatatacaaatg 3195546  T
Q  606 agttttttcctttcaacctaattttcttcaaatacgatgtttctacttttgtttagcagttagttgtgactaatcttcgtcgaaaaacatgttagatata 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  3195545 agttttttcctttcaacctaattttcttcaaatatgatgtttctacttttgtttagcagttagttgtgactaatgttcatcgaaaaacatattagatata 3195446  T
Q  706 taaatgagtttgcacctttcaacaaaattttcaagagtgagatattaaactccaaaccacttgcttaaagacttaaaa 783  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3195445 taaatgagtttgcacctttcaatagaattttcaagagtgagatattaaactccaaaccacttgcttaaagacttaaaa 3195368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University