View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5130-Insertion-6 (Length: 677)

Name: NF5130-Insertion-6
Description: NF5130
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5130-Insertion-6
NF5130-Insertion-6
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-677)||(38108103-38108807)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 677
Target Start/End: Original strand, 38108103 - 38108807
Alignment:
Q  7 acatatttatcttcttctccttattttcatctcacaaaaacaagaggcttctgctacatttgttctctcggcatctaccctcaaaagaatgtgtcacatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38108103 acatatttatcttcttctccttattttcatctcacaaaaacaagaggcttctgttacatttgttctctcggcatctaccctcaaaagaatgtgtcacatt 38108202  T
Q  107 aaacatgaataatttttt-ctcttgtatcagatagttagttatgtaaactactttctttcttgggtgtattatgtgtt-----------------agtag 188  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||      
T  38108203 aaacatgaataatttttttctcttgtatcagatagttagttatgtaaactactttctttcttgggtgtattatgtgttgtccaattgtaaattaaagttt 38108302  T
Q  189 cctctatagtgttagtagcctttgaagaattggtagggtgattgaaatttgaaatattcatacatgccaactgttgagtaccgcggatttaaaatggtag 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38108303 cctctatagtgttagtagcctttgaagaattggtagggtgattgtcatttgaaatattcatacatgccaactgttgagtaccgcggatttaaaatggtag 38108402  T
Q  289 cacttttaaacatgattaagttctatgcttattgatttcttgtatcagattatgtttgtggtctaacatgaaatttatgcttttactgatgagataacac 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38108403 cacttttaaacatgattaagttctatgcttattgatttcttgtctcaaattatgtttgtggtctaacatgaaatttatgcttttattgatgagataacac 38108502  T
Q  389 acccgtttgttatagattaaaagaaaattcaacggttgatctatgatttacatatataggtcaaccgttgagttttaagaagctgctaaaaaagttacat 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38108503 acccgtttgttatagattaaaagaaaattcaacggttgatctatgatttacatatataggtcaaccgttgagttttaagaagcggctaaaaaagttacat 38108602  T
Q  489 tttacgaacaagtatatctttcacgttatgaatcattttac--------------------atcaaatttactgtaatcaaatgtgttttgtgatttcaa 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38108603 tttacgaacaagtatatctttcacgttatgaatcattttacatcttactggataacatactatcaaatgtactgcaatcaaacgtgttttgtgatttcaa 38108702  T
Q  569 ttacaaaactcacattggtaatatagctagtttactgtgacttttattccctaacttggttaaggtgtaagaggtaggggaaaaaagagagtgtgctaaa 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  38108703 ttacaaaactcacattggtaatatagttagtttactgtgacttttattccctaacttggttaaggtgtaag----aggggaaaaaagagagtgtgctaaa 38108798  T
Q  669 aatcagtag 677  Q
    |||||||||    
T  38108799 aatcagtag 38108807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University