View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5135_high_1 (Length: 393)

Name: NF5135_high_1
Description: NF5135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5135_high_1
NF5135_high_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-393)||(15204804-15205178)
chr1 (19-393)||(15194119-15194493)
chr1 (19-393)||(15214537-15214911)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-393)||(17620737-17621111)
chr5 (21-393)||(17564546-17564918)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (21-393)||(14748632-14749004)
chr7 (20-393)||(14763680-14764053)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (25-393)||(24394105-24394473)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 15204804 - 15205178
Alignment:
Q  19 ttatctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15204804 ttatctctctccaaaaacaccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 15204903  T
Q  119 cagctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15204904 cagctacaagattattgtgttccagtttcttccttgatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttg 15205003  T
Q  219 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15205004 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 15205103  T
Q  319 tcaatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15205104 tcaatctcactaacataattattcataggctccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 15205178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 15194119 - 15194493
Alignment:
Q  19 ttatctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15194119 ttatctctctccaaaaacaccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 15194218  T
Q  119 cagctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  15194219 cagctacaagattattgtgttccagtttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaacttttttttg 15194318  T
Q  219 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15194319 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaattttctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 15194418  T
Q  319 tcaatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15194419 tcaatctcactaacataattattcataggctccttccttaggacatttttacccttaaccaaagccaaagattgc 15194493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 15214537 - 15214911
Alignment:
Q  19 ttatctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15214537 ttatctctctccaaaaacaccctctcaattagagactcaatccgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 15214636  T
Q  119 cagctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  15214637 cagctacaagattattgtgttccagtttcttccttgatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactatttattg 15214736  T
Q  219 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15214737 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttactactgaacttgtcattaacaaagaatgca 15214836  T
Q  319 tcaatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15214837 tcaatctcactaacataattattcataggctccttccataggacatatttacccttaaccaaagccaaagattgc 15214911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 183; Significance: 7e-99; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 17620737 - 17621111
Alignment:
Q  19 ttatctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttactt 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |    
T  17620737 ttatctctctccaaaaagtccctctcaatgagagactcaatctgtttttttacctctgttggatttgcaaggaatcgcgaccgcaactgctttgtgacct 17620836  T
Q  119 cagctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttg 218  Q
    |||||| |||||| || || || | |||||  |||||||||||||||||||||| ||  |||| | |||||||| |||||||||||| |||||||| | |    
T  17620837 cagctataagattgttctgatctagtttctatctagatttcataatcctcactactgctgcctcagtctgcggcttccgctcctccttaactctttgtcg 17620936  T
Q  219 agttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgca 318  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  17620937 agtttttagtttctccggttcagattccttttgagtaactacagttcctatttttatcttatacagtttgctactgaacttgtcattaacatagaatgcg 17621036  T
Q  319 tcaatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    |||  ||| |||||||  ||| || |||| |||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  17621037 tcatcctcgctaacatctttactcgtaggctccttcctcaggacatttcttcccttaaccaaagccaaagattgc 17621111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 17564918 - 17564546
Alignment:
Q  21 atctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttacttca 120  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  || || |||    
T  17564918 atctctttccaaaaattcccgctcaaggagagactcaatccgtttctttacatccgttggatttgtaaggaatcgcgactgcaactgctgcgtgacctca 17564819  T
Q  121 gctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttgag 220  Q
    || | |||||| ||||| || | || |||||| ||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||| |||| |||||||| ||| ||| | |||    
T  17564818 gccataagattgttgtgctcaagttgcttcctggatttcataatcctcactattgctgcttcaatctggggcttccgatcctcctccactttttgtcgag 17564719  T
Q  221 ttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgcatc 320  Q
    | | |||||||||| |||| | |||| |||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||| || || ||  ||||||||||| ||||||  ||    
T  17564718 tgtccagtttctccagttccgattccttttgtgcaacaacagttcctatttttatcttatacagtttactgctaaatctgtcattaacatagaatgtgtc 17564619  T
Q  321 aatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    |  ||| |||||||  |||  |||||| |||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  17564618 atcctcgctaacatctttacccataggctccttcctaaggacatttcttcccttaaccaaagccaaagattgc 17564546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 393
Target Start/End: Original strand, 14748632 - 14749004
Alignment:
Q  21 atctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttacttca 120  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  14748632 atctctctccaaaaagtccctttcaatgagagactcaatccgtttctttatgtctgttggatttgcaaggaatcgcgactgcaactgctttgtgacctca 14748731  T
Q  121 gctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttgag 220  Q
    |||| |||||| ||||| || | || |||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||| || | |||||| | |||||||   ||     
T  14748732 gctataagattgttgtgctcaagttgcttcctagatttcataatcctcactattgctgcttcaatctggggcttctggtcctccaccactctttgccgaa 14748831  T
Q  221 ttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgcatc 320  Q
    |||| |||||||||||||| | |||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  14748832 tttttagtttctccggttccgattccttttgagtaactacagttcctatttttaccttatacagtttgctactgaatttgtcattaacaatgaatgcatc 14748931  T
Q  321 aatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    |  |||||||||||  ||| ||||||| |||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  14748932 atcctcactaacatctttactcataggctccttcctaaggacatttcttcccttaaccaaagccaaagattgc 14749004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 393
Target Start/End: Original strand, 14763680 - 14764053
Alignment:
Q  20 tatctctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttacttc 119  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  || || ||    
T  14763680 tatctctttccaaaaattcccgctcaaggagagactcaatccgtttctttacatccgttggatttgtaaggaatcgcgactgcaactgctgcgtgacctc 14763779  T
Q  120 agctacaagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttga 219  Q
    ||| | |||||| ||||| || | || |||||| ||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||| |||| ||||||||  || ||| | ||    
T  14763780 agccataagattgttgtgctcaagttgcttcctggatttcataatcctcactattgctgcttcaatctggggcttccgatcctcctcctctttttgtcga 14763879  T
Q  220 gttttcagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgcat 319  Q
    || | |||||||||| |||| | |||| |||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||| || || ||  ||||||||||| ||||||  |    
T  14763880 gtgtccagtttctccagttccgattccttttgtgcaacaacagttcctatttttatcttatacagtttactgctaaatctgtcattaacatagaatgtgt 14763979  T
Q  320 caatctcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    ||  ||| |||||||  |||  |||||| |||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  14763980 catcctcgctaacatctttacccataggctccttcctaaggacatttcttcccttaaccaaagccaaagattgc 14764053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 393
Target Start/End: Original strand, 24394105 - 24394473
Alignment:
Q  25 ctctccaaaaactccctctcaattagagactcaatctgtttctttacctccgttggatttgcaaggaatcgagactgcaactgctttgttacttcagcta 124  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  24394105 ctctccaaaaagtcccgctcaatgagagactcaatgcgtttcttgacctctgttggatttgcaaggaaacgtaactgcaactgctttgtgacttcagcta 24394204  T
Q  125 caagattattgtgttccattttcttcctagatttcataatcctcactattgaagcctgaatctgcggcctccgctcctcctcaactctttcttgagtttt 224  Q
     |||||| || || || | |  | ||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||| ||| |||  |||||||| ||||  |   ||||||     
T  24394205 taagattgttatgatcaagtagcctcctagatttcatgatcctcactattgccgcctcaatctgaggcttcctgtcctcctccactcgctgccgagtttc 24394304  T
Q  225 cagtttctccggttcaggttccgtttcagcaactacacttcctatttttaccttatacaatttgctactgaacttgtcattaacaaagaatgcatcaatc 324  Q
    | ||||||| ||||| | |||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||  |    
T  24394305 ctgtttctcaggttcggattccttttgtgcaactacagttcctattttaaccttgtatagtttactactgaacttgtcattgacagagaaagcatcatcc 24394404  T
Q  325 tcactaacataattattcataggttccttccgtaggacatctttacccttaaccaaagccaaagattgc 393  Q
    |||| |||||  ||| |||| || ||||| |  ||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||    
T  24394405 tcaccaacatctttactcatcggctcctttctaaggacatttcttcccttaactaaagccaatgattgc 24394473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University