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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5136-Insertion-1 (Length: 1160)
Name: NF5136-Insertion-1
Description: NF5136
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5136-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 28924936 - 28923926
Alignment:
| Q |
6 |
caatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaat |
105 |
Q |
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| T |
28924936 |
caatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaat |
28924837 |
T |
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| Q |
106 |
atactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgat |
205 |
Q |
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| T |
28924836 |
atactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgtggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgat |
28924737 |
T |
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| Q |
206 |
ttgtgtatccatattcttcnnnnnnnngtatgcctatgatttgtgtaaaccatacactcaccctagttggtcctaatcataagcattatatctgcaggaa |
305 |
Q |
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| T |
28924736 |
ttgtgtatccatattcttcaaaaaaaagtatgcctatgatttttgtaaaccatacactcaccttagttggtcctaatcataagcattatatctgcaggaa |
28924637 |
T |
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| Q |
306 |
gaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgtgtgtgagtgatttagtatgtgccataagaa |
405 |
Q |
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| T |
28924636 |
gaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgtgtgtgagtgatttagtatgtgc---aagaa |
28924540 |
T |
|
| Q |
406 |
aaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaacaatttattattatgtggtgcaatattatg |
505 |
Q |
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| T |
28924539 |
aaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaaaaatttattattatgtggtgcaatattatg |
28924440 |
T |
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| Q |
506 |
gggatgtactagaaaatatcttaaaaggaaatggtaaatgaagtttatttaataacatggtaataaaagtaatacttctacagaagcttctttgtagtac |
605 |
Q |
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| T |
28924439 |
gggatgtactagaaaatatcttaaaaggaaatggtaaatgaagtttatttaataacatagtaataaaagtaatacttctacagaagcttctttgcagtac |
28924340 |
T |
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| Q |
606 |
atatacatcaggtatccatatatcaagattgagatttaagctagagcatattaagctagtctaccattataccaatttcttcaaaatctagccttaaaat |
705 |
Q |
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| T |
28924339 |
atatacatcaggtatccatatatcaagattgagatttaagctggagcatattaagctagtctaccattataccaatttcttcaaaatctagcctt-aaat |
28924241 |
T |
|
| Q |
706 |
taatgctgttcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataaatgtaacagatcctcaccttaccacatgcttgataaaatctaatattcattattt |
805 |
Q |
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| T |
28924240 |
taatgctgttcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataaatgtaacagatcctcaccttaccacatgcttgataaaatctaatattcattattt |
28924141 |
T |
|
| Q |
806 |
tgtttgataattaaaatgtaaaggtagtagccagtgcatgttttgactctttgacattgaagtcaaagtctatttcttccattgtagaaatcatagaaag |
905 |
Q |
| |
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|
| T |
28924140 |
tgtttgataattaaaatgtaaaggtagtagccagtgcatgttttgactctttgacattgaagtcaaagtctatttcttccattgtagaaatcatagaaag |
28924041 |
T |
|
| Q |
906 |
ctatatgtccacatggttattagggcatgtcttttcacttcacgccc-atgtagcatttat--atgtgt-atgtcatattattgaagctaatatttatac |
1001 |
Q |
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|
|
| T |
28924040 |
ctatatgtccacatggttattagggcatgtcttttcacttcacgcccaatgtagcatttattaatgtgtaatgtcatatgattgaagctaata-ttatac |
28923942 |
T |
|
| Q |
1002 |
atgtc-atggcataga |
1016 |
Q |
| |
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||||| |||||||||| |
|
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| T |
28923941 |
atgtcaatggcataga |
28923926 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 28915739 - 28914765
Alignment:
| Q |
6 |
caatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatg-aaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaa |
104 |
Q |
| |
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|
| T |
28915739 |
caatgtcccacaattctgaaacctggtttcaatcaaagtagtggtttccaagttaaaatggaaactcatttccaaaaccatttttctataatttgtttaa |
28915640 |
T |
|
| Q |
105 |
tatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatga |
204 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28915639 |
tatattgtattatttccggcgtaagaccatagctgggtttctgatgtgaaggtgattatttgttattgatttcatagtttgttgatgttatccgatatga |
28915540 |
T |
|
| Q |
205 |
tttgtgtatccatattcttcnnnnnnnng------tatgcctatgatttg--------tgtaaaccatacactcaccctagttggtcctaatcataagca |
290 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28915539 |
tttttgtatccataatcttcaaacaaaacaaaaattatgcctaggatatgggttctgctgtaaaccatacactcaccctagttggtcctaatcataagca |
28915440 |
T |
|
| Q |
291 |
ttatatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgtgtgtgagtgatttag |
390 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| | ||||||| |||| ||||||| ||| || |
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|
| T |
28915439 |
ttatatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtcagctcaaaaagccaactctggtaagtttgctgtatgtgagtcatt-ag |
28915341 |
T |
|
| Q |
391 |
tatgtgccataagaaaaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaacaatttattattatg |
490 |
Q |
| |
|
||||||| || | ||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |
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|
| T |
28915340 |
tatgtgcgatgaaaaaaacttatgcttggtcatctgatcatatatgaattaggtccctgtaaatcttttcagattttaacagtaagaatttattattttg |
28915241 |
T |
|
| Q |
491 |
tggtgcaatattatggggatgtactagaaaatatcttaaaaggaaatggtaaatgaagtttatttaataacatggtaataaaagtaatacttctacagaa |
590 |
Q |
| |
|
|||| |||||| | | |||| |||||||||| |||| | || ||| |||||| || ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
28915240 |
tggtt-aatattttcaccct-tacttgaaaatatctcaaaaagtaagggtgaatgaatttcatttaataatatagtaataaaagtaatacatctacagaa |
28915143 |
T |
|
| Q |
591 |
gcttctttgtagtacatatacatca---ggtatccatatatcaagattgagatttaagctagagcatattaag---------------ctagtctaccat |
672 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
28915142 |
gcttctttgccgtacatatacatcatcaggtatccatagatcaagtttgagacttaagctagaggatattaatttttgtagctatctactagtctactga |
28915043 |
T |
|
| Q |
673 |
tataccaatttcttcaaaatctagccttaaaattaatgctgttcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataaatgtaacagatcctcaccttac |
772 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28915042 |
tataccaatttctttgcaatcaagcattaaa-ttaatgctattcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataaatgcaacagatcctcacctgaa |
28914944 |
T |
|
| Q |
773 |
cacatgcttgataaaatctaatattcattattttgtttgataattaaaatgtaaaggtagtagccagtgcatgttttgactctttgacattgaagtcaaa |
872 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
28914943 |
cacatgcttgataaaatctaatattcattttttcgtttggtaattaaaatgtaaaggtagtagccaacacatgttttgactcttcgacattgatgtcaac |
28914844 |
T |
|
| Q |
873 |
gtctatttcttccattgtagaaatcatagaaagctatatgtccacatggttattagggcatgtcttttcacttcacgcc |
951 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
28914843 |
gtctatttattccattgtagaaattatagaaagctatatctccacatggttattagggcctgtcttttcatttcacgcc |
28914765 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 276 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 28901012 - 28900335
Alignment:
| Q |
276 |
tcctaatcataagcattatatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgt |
375 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | | |
|
|
| T |
28901012 |
tcctaattataagcattat--ctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggcatgctcaaaaagccaactgtagtaagtttgatat |
28900915 |
T |
|
| Q |
376 |
gtgtgagtgatttagtatgtgccataagaaaaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaa |
475 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||| | || || ||||| |||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
28900914 |
gtttgagtgatttagtatgtgccgtaaaaaaaaaaaaat-ttggtcttctgttcagatatgaatagggtccctgtaaatattttatggttttaatagtaa |
28900816 |
T |
|
| Q |
476 |
caatttattattatgtggtgcaatattatgg-ggatgtactagaaaatatcttaaaaggaaatggtaaatgaagtttatttaataacatggtaataaaag |
574 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| | || ||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||| |
|
|
| T |
28900815 |
gaatttattattatgtgtttcaatattatgctggatgtacttgaaaatatctgaaaaagtaagggtgaatgaagtttatttattaatatagtaataaaag |
28900716 |
T |
|
| Q |
575 |
taatacttctacagaagcttctttgtagtacatatacatcaggtatccatatatcaagattgagatttaagctagagcatattaa--------gcta--- |
663 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
28900715 |
taatacatctaca-----ttctttgcagtacatacacatcaggtatccatagatcaagcttgagacataagctagagtatattaatatttgcagctatct |
28900621 |
T |
|
| Q |
664 |
----gtctaccattataccaatttcttcaaaatctagccttaaaattaatgctgttcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataaatgtaacag |
759 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28900620 |
acgagtcttctattataccaatttcttcaaaatctagcctttaattta-tcctagtcacttgtttcaactattcttttgcc-gaaatataaatgcaacag |
28900523 |
T |
|
| Q |
760 |
atcctcaccttaccacatgcttgataaaatctaatattcattattttgtttgataattaaaatgtaaaggtagtagccagtgcatgttttgactctttga |
859 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
28900522 |
accctcaccttaccacatgcttgataaaatcttaaattcattactttgtttggtaattaacatgttaaggtagtagccaatacat-ttttgactcttcaa |
28900424 |
T |
|
| Q |
860 |
cattgaagtcaaagtct-atttcttccattgtagaaatcatagaaagctatatgtccacatggttattagggcatgtcttttcacttca |
947 |
Q |
| |
|
|| ||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
28900423 |
caatgaagcaaatgtctaatttcttcaattgtagaaatcatagaaagctatatctccaaatggttattaaggcttgtcttttaacttca |
28900335 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 287 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 28933570 - 28932867
Alignment:
| Q |
287 |
agcattatatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgtgtgtgagtgat |
386 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
28933570 |
agcactatatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatggcaaatggtctgctcaaaaagccaactatagtaagtttgatgtgtgtgagtgat |
28933471 |
T |
|
| Q |
387 |
ttagtat-------gtgccataagaaaaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaacaat |
479 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
28933470 |
ttagtatttagtatgtgccataaaaaaaaattatgcttgatcatctgatctgatatgaataaggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaagaat |
28933371 |
T |
|
| Q |
480 |
ttattattatgtggtgcaatattatg-gggatgtactag-----aaaatatcttaaaaggaaatggtaaatgaagtttatttaataacatggtaataaaa |
573 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
28933370 |
ttattattatgtggtgcaatattatgagggctgtactagaaaataaaatatcttaaaaagaaatggtaaatgaagttcatttaataacatagttataaaa |
28933271 |
T |
|
| Q |
574 |
gtaa--------tacttctacagaagcttctttgtagtacatatacatcaggtatccatatatcaagattgagatttaagctagagcatattaa------ |
659 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||| |||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
28933270 |
gtaataaagtattacatctaaggaagatcctttgcattacatatacatcaggtatccatagatcaagtttgagacttaagctagagtattttaatattta |
28933171 |
T |
|
| Q |
660 |
---------gctagtctaccattataccaatttcttcaaaatctagccttaaaattaatgctgttcacttgtttcaactattcttttgcctgaaatataa |
750 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
28933170 |
tagctatctactagtctactactataccaatttcttcaaaatctatcctt-cggttaatgctattcgcatgtttaaactattcttttgcctg-aatataa |
28933073 |
T |
|
| Q |
751 |
atgtaacagatcctcaccttaccacatgcttgataaaatctaatattcattattttgtttgataa-ttaaaatgtaaaggtagtagccagtgcatgtttt |
849 |
Q |
| |
|
||| || ||| | |||||||||||||| ||||| |||| || |||| |||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
28933072 |
atgcaatggattcatgccttaccacatgctggataatatctcatgttca-tattatgcttggtaagttaaaatgtaaaggtagtagccaatacatgtttt |
28932974 |
T |
|
| Q |
850 |
gactctttgacattgaa-------gtcaaag-tctatttcttccattgtagaaatcatagaaagctatatgtccacatggttattagggcatgtcttttc |
941 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
28932973 |
gactcttctgcgttgaagtcaactgtcaaagcccaatttcttccattgtagtaatcatagaaagctatatctatgcatggttattagagcctgtcttttc |
28932874 |
T |
|
| Q |
942 |
acttcac |
948 |
Q |
| |
|
|| |||| |
|
|
| T |
28932873 |
acctcac |
28932867 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28901305 - 28901090
Alignment:
| Q |
9 |
tatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaatata |
108 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28901305 |
tatcccccaattctgaaacctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaactcattttctaaaccatttttctattagatgttgactata |
28901206 |
T |
|
| Q |
109 |
ctatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttg |
208 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | | | || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28901205 |
ctgtattatttcctgcgttagagcatagctgggtttctgatgtgaatgtgattatctgttactggtttcaaagtttgttgatgttattcgatatgatttg |
28901106 |
T |
|
| Q |
209 |
tgtatccatattcttc |
224 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
28901105 |
tgtatccatattcttc |
28901090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 294 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 28890498 - 28890266
Alignment:
| Q |
294 |
tatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcagagaatgacaaatggtctgccccaaaagccaactatagtaagttctctgtgtgtgagtgatttagtat |
393 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
28890498 |
tatctgcaggaagaatgtcaagatctgtatcgcagaatgacaaatggtctactcaaaaagccgactatagtaagtttgctgtgtgtgattgatttagcat |
28890399 |
T |
|
| Q |
394 |
gtgccataagaaaaaattatgcttggtcatttgatcggatataaatatggtccctgtaaatcttttcagattttaatagtaacaatttattattatgtgg |
493 |
Q |
| |
|
||||||| | || || ||| ||||| |||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28890398 |
gtgccatga-aataagttacgcttgttcatctgtccagatataaataaggtccctgtaaatcttttcagattttaataataagaatttactattatgtgg |
28890300 |
T |
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| Q |
494 |
tgcaatattatg-gggatgtactagaaaatatct |
526 |
Q |
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| T |
28890299 |
tgcagtattatgttggctgcactagaaaatatct |
28890266 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 65 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28890751 - 28890596
Alignment:
| Q |
65 |
gaaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatt |
164 |
Q |
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| T |
28890751 |
gaaactcattttctaaaccatttttctataagatgttgaatatactgtattatttcttgagtaagagcatagccgggtttctgctatgaaggtggttatt |
28890652 |
T |
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| Q |
165 |
tgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatatt |
220 |
Q |
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| T |
28890651 |
tgttattgacttcaaagtttgttgatgttatccgatataatttgtgtatctatatt |
28890596 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28933855 - 28933662
Alignment:
| Q |
22 |
tgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatg-aaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttc |
120 |
Q |
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| T |
28933855 |
tgaaacctggttgcaatcatagtagt---ttccaagtaaaagtggaaacttattttctaaaccatatttctataagatgttggatatactct-----ttc |
28933764 |
T |
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| Q |
121 |
ctg-agtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatat |
219 |
Q |
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| T |
28933763 |
ctgcattaagagcatagctgggtttctgatgtgaaggtggttatttgatattgatttcaaagtttgttgatgttatccggtattatttgggtatccatat |
28933664 |
T |
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