View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5138-Insertion-2 (Length: 854)

Name: NF5138-Insertion-2
Description: NF5138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5138-Insertion-2
NF5138-Insertion-2
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (8-847)||(34725130-34725975)
chr8 (288-843)||(34729473-34730029)
chr8 (536-843)||(34720424-34720729)
chr8 (667-826)||(38610387-38610546)
chr8 (667-826)||(38795172-38795331)
chr8 (288-437)||(38610067-38610216)
chr8 (288-437)||(38794851-38795000)
chr8 (288-490)||(34719999-34720201)
chr8 (523-611)||(38610305-38610393)
chr8 (523-611)||(38795090-38795178)
chr8 (79-151)||(34719754-34719827)
chr8 (79-128)||(34729264-34729313)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (726-843)||(23481164-23481279)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (641-749)||(38496055-38496163)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 753; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 753; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 847
Target Start/End: Original strand, 34725130 - 34725975
Alignment:
Q  8 ctaatagcatataaaactctttccaggagtgcttcccctttcgataaaaataccaagaaaagtgagatacgtagttattacaacgaaaatttaggtccta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725130 ctaatagcatataaaactctttccagaagtgcttcccctttcgataaaa-taccaagaaaagtgagatacgtagttattacaacgaaaatttaggtccta 34725228  T
Q  108 caaataagaaattgtgagatgaatcttcgttgcctgtaagtttggttgttaaccaaactggtgaaaaccatactcataa-------ggttctctgaacag 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  34725229 caaataagaaatcgtgagatgaatcttcgttgcctgtaagtttggttgttaaccaaactggtgaaaaccatactcataactcataaggttctctgaacag 34725328  T
Q  201 ttgaaatttctgaaagtgattgctatctgcagaatttgagatccacatgttaaaattggcatattgatcatgatgaccacagcacggttctgatgaagca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725329 ttgaaatttctgaaagtgattgctatctgcagaatttgagatccagatgttggaattgacatattgatcatgatgaccacagcacggttctgatgaagca 34725428  T
Q  301 agaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatccc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725429 agaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatccc 34725528  T
Q  401 actgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcagaaaagttcatgaaatcttctacacctgcaagagttnnnnn 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  34725529 actgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcagaaaagttcatgaaatcttctacacctgcaagagttaaaaa 34725628  T
Q  501 nnntcagcacaaaaatgtggcaaacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacag 600  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725629 aaatcagcacaaaaatgtggcaaacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacag 34725728  T
Q  601 tacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcatgagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725729 tacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcaagagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagc 34725828  T
Q  701 agtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttga 800  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34725829 agtcttggaattagtaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattgtga 34725928  T
Q  801 aatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaa 847  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725929 aatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaa 34725975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 288 - 843
Target Start/End: Original strand, 34729473 - 34730029
Alignment:
Q  288 ttctgatgaagcaagaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtc 387  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||||| || |||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34729473 ttctgatcaagcaagaggcatgcgctgactcattggatgagttacagcttgaacagcactggttggacgattagaatgttctagagacatggatttagtc 34729572  T
Q  388 gcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcagaaaagttcatgaaatcttctacacctg 487  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  34729573 gcatatgaatcccatggattggttgacagaagagagagagcacaaataaagtcttgttcatcatttgtatcagaaacggtaatgaaatcttctacacctg 34729672  T
Q  488 caagagttnnnnnnnntcagcacaa-aaatgtggca-aacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgag 585  Q
    ||| ||||        ||||||||| ||| |||  | ||||| |||  | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| |||| ||    
T  34729673 caa-agttataaaaaatcagcacaataaacgtgaaataacctcgatcgatactcttggttgcaagaactttggatgtaaaatggacaatggaatcatcag 34729771  T
Q  586 aaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcatgagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgcca 685  Q
    ||| |||||||||||||| | |||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34729772 aaaacatagtgacagtaccttgtgtgttagcgttgtcttttgcaggcttcaagagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttctgcatgttttgcca 34729871  T
Q  686 ggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaa 785  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||    
T  34729872 ggctaaatttgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcggaaccaaaatatattagaagttataagagagcagtaaaa 34729971  T
Q  786 tttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaac 843  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||    
T  34729972 tttgaatcattgagaaatgaatgacttgcaattaactacaacaaacctacaaaacaac 34730029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 536 - 843
Target Start/End: Original strand, 34720424 - 34720729
Alignment:
Q  536 actcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttc 635  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |  ||||    
T  34720424 actcttggtttcaaggactttagatgtaaaatggacatcggaatcatcagatagcatagtgacaaaacttggtgtgccaatgttgacttttgcatacttc 34720523  T
Q  636 atgagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgct 735  Q
    | | |||||||||||  | |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  34720524 aagggaaaatcttttattcgggggaactcgctgttttgtatgttttgcaaggctaaatttatagcagtctttgaataggcaaatggattcatctgttgct 34720623  T
Q  736 tcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctat 835  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||| | | ||||||| || || ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||    
T  34720624 tcccatctgcagaactaaactatattagaagataagagagagcggtaaaatgtgcatgattgtgaaatgaatgatttgtaagtaactataataaac--at 34720721  T
Q  836 aaatcaac 843  Q
    ||||||||    
T  34720722 aaatcaac 34720729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 667 - 826
Target Start/End: Original strand, 38610387 - 38610546
Alignment:
Q  667 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaag 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38610387 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatatgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcagaaccgaaatatattagaag 38610486  T
Q  767 atagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataa 826  Q
    | |||||| || ||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38610487 acagaagagaatagtaaaatttgcatcatcgcgaaatgaatgacttgcaattaactataa 38610546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 667 - 826
Target Start/End: Original strand, 38795172 - 38795331
Alignment:
Q  667 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaag 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38795172 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatatgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcagaaccgaaatatattagaag 38795271  T
Q  767 atagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataa 826  Q
    | |||||| || ||||||||||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38795272 acagaagagaatagtaaaatttgcataatcgcgaaatgaatgacttgcaattaactataa 38795331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 288 - 437
Target Start/End: Original strand, 38610067 - 38610216
Alignment:
Q  288 ttctgatgaagcaagaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtc 387  Q
    ||||||||||||| |||  |||| | |||||||||||||||||  |||||||| || |||||  |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  38610067 ttctgatgaagcaggagacatgcgcagactcattgcatgagttaaggcttgaacagcactggctgggcaattagaatgttctagagacatggatttaatc 38610166  T
Q  388 gcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaa 437  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  38610167 gcatatgaatcccacggattgattgacagaagtgaaagagcacaagtaaa 38610216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 288 - 437
Target Start/End: Original strand, 38794851 - 38795000
Alignment:
Q  288 ttctgatgaagcaagaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtc 387  Q
    ||||||||||||| |||  |||| | |||||||||||||||||  |||||||| || |||||  |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  38794851 ttctgatgaagcaggagacatgcgccgactcattgcatgagttaaggcttgaacagcactggctgggcaattagaatgttctagagacatggatttaatc 38794950  T
Q  388 gcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaa 437  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  38794951 gcatatgaatcccacggattgattgacagaagtgaaagagcacaagtaaa 38795000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 288 - 490
Target Start/End: Original strand, 34719999 - 34720201
Alignment:
Q  288 ttctgatgaagcaagaggaatgcactgactcattgcatgagttgtggcttgaaaaggactggtcgggcgattagaatgttcttgagaaatggatttagtc 387  Q
    ||||||||| |  |||||||| | ||||||| |||  || ||| ||||||||  || |||||| |  |||| ||||||| || |||||| |||||| ||     
T  34719999 ttctgatgaggttagaggaatacgctgactcgttgtgtgtgttatggcttgagcagtactggttgtacgatcagaatgtactagagaaacggatttggtt 34720098  T
Q  388 gcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcagaaaagttcatgaaatcttctacacctg 487  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  34720099 gcatatgaatcccacggactggttgacagaagagaggaagcacaagtaaaatcttccgtagcatctgtatcagagaagctaatgaaatcttctacacctg 34720198  T
Q  488 caa 490  Q
    |||    
T  34720199 caa 34720201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 523 - 611
Target Start/End: Original strand, 38610305 - 38610393
Alignment:
Q  523 aacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtg 611  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38610305 aacctggattgatactcttggttgcaaggactttggatgtaaaatggacattgaaatcaacagaaagcatagtgacagtacttgttgtg 38610393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 523 - 611
Target Start/End: Original strand, 38795090 - 38795178
Alignment:
Q  523 aacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtg 611  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38795090 aacctggattgatactcttggttgcaaggactttggatgtaaaatggacattgaaatcaacagaaagcatagtgacagtacttgttgtg 38795178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 151
Target Start/End: Original strand, 34719754 - 34719827
Alignment:
Q  79 tagttattacaacgaaaatttaggtcctacaaataagaaattgtgagat-gaatcttcgttgcctgtaagtttg 151  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||| | |||||||||| ||||    
T  34719754 tagtcattacaacgaaaatttaggtcctacaaatcagaaatcatgagatggaatctaccttgcctgtaaatttg 34719827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 34729264 - 34729313
Alignment:
Q  79 tagttattacaacgaaaatttaggtcctacaaataagaaattgtgagatg 128  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  34729264 tagtcattacaacaaaaatttaggtcctataaataagaaatcatgagatg 34729313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 726 - 843
Target Start/End: Original strand, 23481164 - 23481279
Alignment:
Q  726 atctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactata 825  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||   ||||||||| ||| |  |||||||||| | |||||  ||||| ||    
T  23481164 atctgttgcttctcatctgcagaactaaaatatattagaagatagatgagaatgataaaatttgcatcgtcgtgaaatgaataatttgcacgtaactgta 23481263  T
Q  826 ataaacctataaatcaac 843  Q
    ||||||  ||||||||||    
T  23481264 ataaac--ataaatcaac 23481279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 641 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 38496163 - 38496055
Alignment:
Q  641 aaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttccca 740  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||| || | |||| | |  ||||||||| | |||   |||| |||||    
T  38496163 aaaatctttggtttgggggagcttgctgttgggcatgtctggccatgctaaatttgaagtattctttggaaaagcaaatgggcccattgcttgcctccca 38496064  T
Q  741 tctgcagaa 749  Q
    |||||||||    
T  38496063 tctgcagaa 38496055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University