View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5145-Insertion-2 (Length: 1042)

Name: NF5145-Insertion-2
Description: NF5145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5145-Insertion-2
NF5145-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-1023)||(15941781-15942806)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (688-783)||(14808259-14808354)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 15942806 - 15941781
Alignment:
Q  8 gttgaagtttgtcctactttacatgaccacaatgttgttgaagactttgtccagcacagaggtaatagaacaaacatcttgttccatgctttgtcccaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942806 gttgaagtttgtcctactttacatgaccacaatgttgttgaagactttgtctagcacagaggtaatagaacaaacatcttgttccatgctttgtcccaga 15942707  T
Q  108 caaagtacacttacccaactaaagtcctattcatagagagctgttgacctaaggtaaaatacggccacatataataggcagccaccaacatacaaaatat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15942706 caaagtacacttacccaactaaagtcctattcatagagagctgttgacctaaggtaaaatacggccacatataataggcagccaccaacatacaaaataa 15942607  T
Q  208 gatagacaaaagaaagaacattaaatgctagatttggactgttccaaaatctgtagaactcagaaaagcacattagagatgggaaagcctttaaataata 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  15942606 gatagacaaaagaaagaacattaaatgctagatttggactgtcccaaaatctgcagaactcagaaaagcacatcagagatgtgaaagcctttaaataata 15942507  T
Q  308 aaactaaaccctcaccaaacaaattaatcatgaaaataccatcatctaaaacatattagaatacaaattcaaaaataaataagaaaagttgataaaattc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  15942506 aaactaaaccctcaccaaacaaattaatcatgaaaataccatcatctaaaacatattagaatacaaattcaataataaataagaaaagttgataaaattg 15942407  T
Q  408 caattgactttaatgttttgggtaaataaataataatcttacattatcacaggaaaataacatctcaatctcttgaaataactttggatcaggtataaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942406 caattgactttaatgttttgggtaaataaataataatcttacattatcacaggaaaataacatctcaatctcttgaaataactttggatcaggtataaaa 15942307  T
Q  508 cacagaaaatacttcacnnnnnnnnnncatggaacaaaggttgaacaactgcaataacagctaaagaaagacaaactaaaacacatagatttattaacag 607  Q
    |||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942306 cacagaaaatacttcacaaaaaaaaaacatggaacaaaggttgaacaactgcaataacaactaaagaaagacaaactaaaacacatagatttattaacag 15942207  T
Q  608 catcagtgaacaaatacagggagatatcaccatgtcagattggatgtcaaatacagtgtactttgtatga--nnnnnnnnnngttcacatgtcaatcatc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||    
T  15942206 catcagtgaacaaatacagggagatatcaccatgtcagattggatgtcaaatacagtgtactttgtatgatttttctcttttgttcacatgtcaatcatc 15942107  T
Q  706 taatgttgttggtgcatccacaactgtccctgttgagtcaattcctttgatatccatggagtattttcaatatggtgaagtccaaggtttgtggttccgt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  15942106 taatgttgttggtgcatccacaactgtccctgttgagtcaattcctttgatatccatggagtgttttcaacatggtgaagtccaaggtttgtggttccgc 15942007  T
Q  806 atgacagtcgttttaataatttaccgataatttgtttaatctccagttgttgattgtgtatctcattcgaagattatttggatattggagacatggattc 905  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942006 atgatagtcgttttaataatttaccgatgatttgtttaatctccagttgttgattgtgtatctcatttgaagattatttggatattggagacatggattc 15941907  T
Q  906 tgtttgtcggagatgcaatgcacaggtttgattaagag-atgttctcagagacgccattctgctccaaccatcgatgc--tcatctg-tgtatgaaggg- 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||   |||||| |||||||||||     
T  15941906 tgtttgtcggagatgcaatgcacaggtttggttaggagaatgttctcagagacgccattctactccaaccattgatgcctccatctgttgtatgaagggg 15941807  T
Q  1001 -aaatcactttgcc--atatgataga 1023  Q
     |||||||||||||  ||||||||||    
T  15941806 aaaatcactttgcccaatatgataga 15941781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 688 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 14808354 - 14808259
Alignment:
Q  688 gttcacatgtcaatcatctaatgttgttggtgcatccacaactgtccctgttgagtcaattcctttgatatccatggagtattttcaatatggtga 783  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14808354 gttcacaggtcaatcatctaatgttgctggtggatccacaactgtccctgttgagtcaattcctttgatatccatggagtgttttcaatatggtga 14808259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University