View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5145-Insertion-3 (Length: 975)

Name: NF5145-Insertion-3
Description: NF5145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5145-Insertion-3
NF5145-Insertion-3
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (10-951)||(46858-47808)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-472)||(11202934-11203402)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (87-474)||(20134271-20134653)
chr8 (747-951)||(20134058-20134269)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (87-474)||(44357418-44357800)
chr7 (747-951)||(44357802-44358013)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (663-923)||(12325335-12325596)
chr4 (8-69)||(12325275-12325336)


Alignment Details
Target: scaffold0076 (Bit Score: 798; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 798; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 951
Target Start/End: Original strand, 46858 - 47808
Alignment:
Q  10 acttgccctaagtttgatcaaatttgttatgatttgaatattgttttcaatttgtgttttttacttgctagggcgatcctattatttcttgccctctctg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46858 acttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatattgttttcaatttgtgttttttatttgctagggcgatcctattatttgttgccctctctg 46957  T
Q  110 atggatcttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgttcacaggaatac 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  46958 atggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgtttacaagaatac 47057  T
Q  210 ttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgggttaatgttttaaatttgattggcttgatgtagccgggggaacaatt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47058 ttaagaatagatgattcgatttttataccaaaatagttattctattttcttgggttaatgttttaaatttgattagcttgatgtagccgggggaacaatt 47157  T
Q  310 taaatgattcctgctcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtgaagttacacctctttaccttctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47158 taaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtgaagttacacctctttaccttctt 47257  T
Q  410 aaattgatatctatgtgttttgctcttttttgttggtgc----atactagcacataatactttgataggtgtaagtgtcagcctttgaaacattaaccca 505  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47258 aaattgatatc--tgtgttttgctcttttttgttggtgcatatatactagcacataatactttgataggtgtaagtgtcagcctttgaaacattaaccca 47355  T
Q  506 tcatattctagtggaatagaattattgaaatcattttaccattacaattatggcctaattcgatctgattttgtggttaaaatctaagtgtttttctttt 605  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47356 tgatattctagtggaatagaattattgaaatcattttaccattacaattatggcctaattcgatctgattttgtggttaaaatctaagtgtttttctttt 47455  T
Q  606 tgggttggatttcatgctcttttccaattatcattgaatgaataaagtttcggtgggttaatgaacaatttttgggtgtccacatactatggataatatt 705  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47456 ttggttggatttcatgctcttttccaattatcattgaatgaataaagtttcggtgggttaatgaacaatttttgggtgtccacatactatagataatatt 47555  T
Q  706 ttttggtaatatggatgataactaacaacttacatagacaacatgcacacatatgcagaagaagctaaggcaatattccgaacttcgccaacaccaccgc 805  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47556 ttttgataatatggatgataactaacaacttacatagacagcatgcacacatatgcagaagaagctaaggcaatattccgaacttcgccaacaccgccgc 47655  T
Q  806 cgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacc-aaaaatcgcagaagtcaggatatcgtgtcaggtggtacctttct-actctg-tattctccgttga 902  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  47656 cgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacctaaacatcacagaagtcatgatatcgtgtcaggtggtacctttctaactctgttattctccgttga 47755  T
Q  903 tcc-tttgttaaaccgaatcggactt--ggtttctgctattac-atacttttt 951  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||    
T  47756 tccttttgttaaaccgaatcggactttggttttctgctattacaatacttttt 47808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 8 - 472
Target Start/End: Original strand, 11202934 - 11203402
Alignment:
Q  8 agacttgccctaagtttgatcaaatttgttatgatttgaatattgttttcaatttgtgttttttacttgctag--------ggcgatcctattatttctt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  11202934 agacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatgttgtcttcaatttgtgttttttacttgctaaacgccggcggcgatcctattatttctt 11203033  T
Q  100 gccctctctgatggatcttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgttc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||     
T  11203034 gccctctctgatggattttctttgaatcgtaatgatgtcggtgctattagtccttgcaacaactgatgttgttatcttaatgatatctccaattctgttt 11203133  T
Q  200 acaggaatacttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgggttaatgttttaaatttgattggcttgatgtagccgg 299  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11203134 acagggatatttaagaatagatgattcgattttcacaccaaaatagttattctattttctt--gttcttattttaaatttgattggcttgatgtagccgg 11203231  T
Q  300 gggaacaatttaaatgattcctgctcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtgaagttacacctct 399  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||     
T  11203232 tggaacaatttaaatgattcctactcacaaccttgtatgtatggattttgctatgtaaactgataattaaaaattggtttctatatgaagtt--acctcc 11203329  T
Q  400 ttaccttcttaaattgatatctatgtgttttgctcttttttgttggtgcatactagcacataatactttgata 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11203330 ttaccttcttaaattgatatctatgtgttttgctcttttttgtcggtgcatactaacacataatactttgata 11203402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 87 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 20134653 - 20134271
Alignment:
Q  87 cctattatttcttgccctctctgatggatcttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20134653 cctattatttcttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc 20134554  T
Q  187 tccaattctgttcacaggaatacttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgggttaatgttttaaatttgattggc 286  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||    
T  20134553 tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgatcttcataccaaagtagttattctattttctt--gttcttattttaaatttgattggc 20134456  T
Q  287 ttgatgtagccgggggaacaatttaaatgattcctgctcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtg 386  Q
    ||||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20134455 ttgacacagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgatgattaaaaattagtttctatgtg 20134356  T
Q  387 aagttacacctctttaccttcttaaattgatatctatgtgttttgctcttttttgttggtgcatactagcacataatactttgatagg 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20134355 aagttacacctctttaccttcttaaattgatatc--tgtgttttgct-ttttttgttgttgcatactagcacataatactttgatagg 20134271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 747 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 20134269 - 20134058
Alignment:
Q  747 catgcacacatatgcagaagaagctaaggcaatattccgaacttcgccaacaccaccgccgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacc-aaaaat 845  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  20134269 catgcacacatatgcggaagaagccaaggcaatattccgaacttcgccaacaccgccgccgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacctaaacat 20134170  T
Q  846 cgcagaagtcaggatatcgtgtcaggtggtacctttct-actctg-tattctccgttgatcc-tttgttaaaccgaatcggactt--ggtttctgctatt 940  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||    
T  20134169 cgcagaagtcatgatatcgtgtcaggtggtacctttctaactctgttattctccgtggatccttttgttaaaccgaattggactttggttttctgctatt 20134070  T
Q  941 ac-atacttttt 951  Q
    || |||||||||    
T  20134069 acaatacttttt 20134058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 87 - 474
Target Start/End: Original strand, 44357418 - 44357800
Alignment:
Q  87 cctattatttcttgccctctctgatggatcttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44357418 cctattatttcttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc 44357517  T
Q  187 tccaattctgttcacaggaatacttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgggttaatgttttaaatttgattggc 286  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||    
T  44357518 tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgatcttcataccaaagtagttattctattttctt--gttcttattttaaatttgattggc 44357615  T
Q  287 ttgatgtagccgggggaacaatttaaatgattcctgctcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtg 386  Q
    ||||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44357616 ttgacacagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgatgattaaaaattagtttctatgtg 44357715  T
Q  387 aagttacacctctttaccttcttaaattgatatctatgtgttttgctcttttttgttggtgcatactagcacataatactttgatagg 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44357716 aagttacacctctttaccttcttaaattgatatc--tgtgttttgct-ttttttgttgttgcatactagcacataatactttgatagg 44357800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 747 - 951
Target Start/End: Original strand, 44357802 - 44358013
Alignment:
Q  747 catgcacacatatgcagaagaagctaaggcaatattccgaacttcgccaacaccaccgccgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacc-aaaaat 845  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  44357802 catgcacacatatgcggaagaagccaaggcaatattccgaacttcgccaacaccgccgccgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacctaaacat 44357901  T
Q  846 cgcagaagtcaggatatcgtgtcaggtggtacctttct-actctg-tattctccgttgatcc-tttgttaaaccgaatcggactt--ggtttctgctatt 940  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||    
T  44357902 cgcagaagtcatgatatcgtgtcaggtggtacctttctaactctgttattctccgtggatccttttgttaaaccgaattggactttggttttctgctatt 44358001  T
Q  941 ac-atacttttt 951  Q
    || |||||||||    
T  44358002 acaatacttttt 44358013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 663 - 923
Target Start/End: Original strand, 12325335 - 12325596
Alignment:
Q  663 ttaatgaacaatttttgggtgtccacatactatggataatattttttggtaatatggatgataactaacaacttacatagacaacatgcacacatatgca 762  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12325335 ttaatgaacaatttttgggtgtccacatactatagataatattttttggtaatatggatgataactaacaacttacatagacagcatgcacacatatgca 12325434  T
Q  763 gaagaagctaaggcaatattccgaacttcgccaacaccaccgccgaggaatataggcggcctagacgtatgaccacc-aaaaatcgcagaagtcaggata 861  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  12325435 gaagcagctaaggcaatattccgaacttcgccaa---caccgccgaggaagataggcagcctagacgtatgaccacctaaacatcgcagaagtcatgata 12325531  T
Q  862 tcgtgtcaggtggtacctttct-actctg-tattctccgttgatcc-tttgttaaaccgaatcgg 923  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  12325532 tcgtgtcaggtggtacctttctaactctgttattctccgttgatccttttgttaaaccgagtcgg 12325596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 69
Target Start/End: Original strand, 12325275 - 12325336
Alignment:
Q  8 agacttgccctaagtttgatcaaatttgttatgatttgaatattgttttcaatttgtgtttt 69  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12325275 agacttgccctaagttggatcaaatttgttacgatttaaatattgttttcaatttgtgtttt 12325336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University