View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5146-Insertion-1 (Length: 1018)
Name: NF5146-Insertion-1
Description: NF5146
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5146-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1004
Target Start/End: Original strand, 8031330 - 8032337
Alignment:
| Q |
8 |
catctacgcatgtatcaaattatatcattttcaatgggtgacctaacattgactttttgaattttttattctagtttataaattatagattacaatagtt |
107 |
Q |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8031330 |
catcttcgcatgtatcaaattatatcattttcaatgggtgacctaacattgactttttgaattttttattctagtttataaattatagattacaatagtt |
8031429 |
T |
|
| Q |
108 |
tattgagttataatttatatgtatgtatgtatgctcctctgatgtaggttatacaccgtgtccatcaacattggcaatcctcccaaaccttacgagcttg |
207 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8031430 |
tattgagttataatttatatgtatgtatgcatgctcctctgatgtaggttatacaccgtgtccatcaacattggcaatcctcccaaaccttacgagcttg |
8031529 |
T |
|
| Q |
208 |
acatcgacaccggcagtgatttaacttgggttcaatgcgatggacccgatgcaccgtgtaaaggttgcaccatggtatgttttaaattataatatgttga |
307 |
Q |
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| T |
8031530 |
acatcgacaccggcagtgatttaacttgggttcaatgcgatggacccgatgcaccgtgtaaaggttgcaccatggtatgttttaaattataatatgttga |
8031629 |
T |
|
| Q |
308 |
catttttagttattagttagtactgtttatgaaacacggacacatatacatatattggccacaagacggacac-gtagaaagtattaataatttgaaata |
406 |
Q |
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| T |
8031630 |
catttttagttattagttagtactgtttatgaaacacggacacatatacatatattggccacaagacggacactgtagaaagtaataataatttgaaata |
8031729 |
T |
|
| Q |
407 |
atagaagttattgaatgcaactatatttattagtgaaacaccgaaaaatcttcaaagttcatctcagtaagtgttgaactaaataaggatgtcttatgat |
506 |
Q |
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| T |
8031730 |
atagaagttattgaatgcaactatatttattagcgaaacaccgaaaaatcttcaaagttcatctcagtaagtgttgaactaaataaggatgtcttatgat |
8031829 |
T |
|
| Q |
507 |
gattttcactctatttccttacctttgcagcccaaagataaactttataaacctaatggcaaccaacttgtaaaatgttcggatccaatttgtgttgcaa |
606 |
Q |
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| T |
8031830 |
gattttcactctatttccttacctttgcagcccaaagataaactttataaacctaatggcaaacaagttgtaaaatgttcggatccaatttgtgttgcaa |
8031929 |
T |
|
| Q |
607 |
cccaatcaacacatatactaggtcaaatatgttctaagcaaagtccaccatgtgtttacaacgttcaatatgcagaccatgcatcaactcttggtgtatt |
706 |
Q |
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|
| T |
8031930 |
cccaatcaacacatgtactaggtcaaatatgttctaagcaaagtccaccatgtgtttacaacgttcaatatgcagaccatgcatcaactcttggtgtatt |
8032029 |
T |
|
| Q |
707 |
agtccgagactatatgcatataggaagccctagtagctctacaaaggatcctttggtggcattcgggtaactgtctgtttttctcatagtttttgcattt |
806 |
Q |
| |
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| T |
8032030 |
agtccgagactatatgcatataggaagccctagtagctctacaaaggatcctttggtggcattcgggtaactgtttgtttttctcatagtttttgcattt |
8032129 |
T |
|
| Q |
807 |
aataatacgactttgatcatttacacagat-----atgatgtatacaataattatacactgacagagtatattaatcaaactcattgagcaacgcaatca |
901 |
Q |
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|
| T |
8032130 |
aataatacgactttgatcatttacacagatatctaatgatgtatacaataattatacactgacagagtatattaattaaactcattgagcaatgcaatca |
8032229 |
T |
|
| Q |
902 |
taagtattctaa-tttatatttggagtttgtgtctttggcatgcta-gtgtggatatgagcagaagttttctggt-ctact-ccccacatt-caaaccag |
996 |
Q |
| |
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|
|
| T |
8032230 |
taagtattctaattttatatttggattttgtgtctttggcatgctaggtgtggatatgagcagaagttttctggtcctactcccccacattccaaaccag |
8032329 |
T |
|
| Q |
997 |
ctgggatc |
1004 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
8032330 |
ctgggatc |
8032337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 101 - 327
Target Start/End: Original strand, 8021435 - 8021662
Alignment:
| Q |
101 |
aatagtttattgagttataatttatatgtatgtatgtatgctcctct-gatgtaggttatacaccgtgtccatcaacattggcaatcctcccaaacctta |
199 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
8021435 |
aatagtttattgagttataatttatatgtatgtacgtatgctcctcttgatgtaggatatacaccgtgtccatcaacattggcaatcctcccaatcctta |
8021534 |
T |
|
| Q |
200 |
cgagcttgacatcgacaccggcagtgatttaacttgggttcaatgcgatggacccgatgcaccgtgtaaaggttgcaccatggtatgttttaaattataa |
299 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
8021535 |
cgagcttgacattgacaccggcagtgatttaacttgggttcaatgtgatggacccgatgcaccgtgtaaaggttgcactttggtatgttttaaattacaa |
8021634 |
T |
|
| Q |
300 |
tatgttgacatttttagttattagttag |
327 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8021635 |
tatattgacatttttagttactagttag |
8021662 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 485 - 804
Target Start/End: Original strand, 8021783 - 8022110
Alignment:
| Q |
485 |
ctaaataaggatgtcttatgatgattttcactctatttccttacc--------tttgcagcccaaagataaactttataaacctaatggcaaccaacttg |
576 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |
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|
| T |
8021783 |
ctaaataaggatgtcttatgatgattttcacttaatttccttacctttctacctttgcagcccaaagataaactttataaacctaatggcaatcagcttg |
8021882 |
T |
|
| Q |
577 |
taaaatgttcggatccaatttgtgttgcaacccaatcaac-acatatac--taggtcaaatatgttctaagcaaagtccaccatgtgtttacaacgttca |
673 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||| |||| || | | || | ||||||| ||| |||| | || |||||||||||||||||| ||| | |
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|
| T |
8021883 |
taaaatgttcggatccaatttgtgctgcagtccaaccacctttctccacgttcggtcaaaagtgtgctaaaccaattccaccatgtgtttacaaggttga |
8021982 |
T |
|
| Q |
674 |
atatgcagaccatgcatcaactcttggtgtattagtccgagactatatgcatataggaagccctagtagctctacaaaggatcctttggtggcattcggg |
773 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| | || |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||| | ||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8021983 |
atatgcagacaatgcagaatctacaggtgcattagcccgagactatatgcacataggaagcccgagtggct---caaatgttccgttggtggtattcggg |
8022079 |
T |
|
| Q |
774 |
taactgtctgtttttctcatagtttttgcat |
804 |
Q |
| |
|
||| ||| ||||||| | ||||||||||||| |
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|
| T |
8022080 |
taagtgtttgtttttgtgatagtttttgcat |
8022110 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 117
Target Start/End: Original strand, 8021309 - 8021423
Alignment:
| Q |
8 |
catctacgcatgtatcaaattatatcattttcaatgggtga-cctaacattgactttttgaattttttattctag----tttataaattatagattacaa |
102 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8021309 |
catcttcgtatgtatcaaattatatcattttcaatgggtgaccctaacattgactttttgagttttttcttctagtttatttataaattatagattacaa |
8021408 |
T |
|
| Q |
103 |
tagtttattgagtta |
117 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8021409 |
taggttattgagtta |
8021423 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 862 - 983
Target Start/End: Original strand, 8022176 - 8022300
Alignment:
| Q |
862 |
gacagagtatattaatcaaactcattgagcaac--gcaatcataagtattctaatttatatttggagtttgtgtctttggcatgctag-tgtggatatga |
958 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8022176 |
gacagagtatattaattaaattcattaagcaatatgcaatgataaatattgtaacttatatttggagtttgtgtctttg-catgctaggtgtggatatga |
8022274 |
T |
|
| Q |
959 |
gcagaagttttctggt-ctactcccc |
983 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
8022275 |
gcagaagttttctggtcctactcccc |
8022300 |
T |
|
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