View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5148_low_11 (Length: 326)

Name: NF5148_low_11
Description: NF5148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5148_low_11
NF5148_low_11
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-326)||(27228229-27228536)
chr8 (19-325)||(27224039-27224333)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-318)||(19665331-19665621)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (93-318)||(48618046-48618265)
chr1 (93-318)||(48653190-48653409)
chr1 (95-318)||(11547301-11547518)
chr1 (78-316)||(48661624-48661856)
chr1 (93-315)||(48628939-48629155)
chr1 (71-316)||(48667219-48667458)
chr1 (93-316)||(48585399-48585616)
chr1 (234-325)||(48656631-48656722)
chr1 (163-316)||(48639972-48640125)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (140-286)||(44044499-44044645)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 19 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 27228536 - 27228229
Alignment:
Q  19 atcagatgatgatcccattagaacaagccttactacctactcaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgct 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27228536 atcagatgatgatcccattagagcaagccttactacctacttaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgct 27228437  T
Q  119 gctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttat 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  27228436 gctgatgagtcaaatacactgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggttagtgatgtagctgctgaactcgagattccttctgctttat 27228337  T
Q  219 tatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27228336 tatggattcaatccggtgctgttttcgcagcttactataactattttcacaaactggtacgtttcccttcgaatgcagaaccttatattgatgttcaatt 27228237  T
Q  319 gtcttctc 326  Q
    ||||||||    
T  27228236 gtcttctc 27228229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 27224333 - 27224039
Alignment:
Q  19 atcagatgatgatcccattagaacaagccttactacctactcaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  27224333 atcagatgatgatcccattagaacaagtcaaactacctacttaccacacctcgagcttgttgggaaacagtttctttctcaaatgatcaagaat------ 27224240  T
Q  119 gctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttat 218  Q
          ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    ||||||||||||||||||    
T  27224239 ------gagtcaaatacaccgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagctgttgaaaatgagattccttctgctttat 27224146  T
Q  219 tatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||||||||||||||    
T  27224145 tatgggttcaatctagtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcggttgaagaaccatatattgatgttcaatt 27224046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 318
Target Start/End: Original strand, 19665331 - 19665621
Alignment:
Q  22 agatgatgatcccattagaacaagccttactacctactcaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgctgct 121  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||  |   |||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||          
T  19665331 agatgatgatcccattagagcaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcata----- 19665425  T
Q  122 gatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttattat 221  Q
     |||||||||| | ||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||   | |||||||||||||| ||||    
T  19665426 -atgagtcaaacaaacctatttcttgcatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttat 19665524  T
Q  222 ggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
    |||||||||||  |||||||||| | | |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || |   ||||||||||||||||| ||||||    
T  19665525 ggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaatt 19665621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 318
Target Start/End: Original strand, 48618046 - 48618265
Alignment:
Q  93 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgc 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |      ||||| | |||  |||| |||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  48618046 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat------tcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaatccttttgttccatgggtttgtgatgtagctga 48618139  T
Q  193 tgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaat 292  Q
    || ||     |||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |     
T  48618140 tgaacatggtattccttctgctttgttatggattcaatcaactgctgttttttctgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaa 48618239  T
Q  293 gcagaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  48618240 acagaaccttatattgatgttcaatt 48618265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 48653409 - 48653190
Alignment:
Q  93 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgc 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      ||||||| | ||| ||||| ||| |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  48653409 tttctcaaatgatcaagaatcatgctg------agtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctga 48653316  T
Q  193 tgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaat 292  Q
    || ||     |||||||||| |||||||||| ||||||||   |||||| |  | | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||    
T  48653315 tgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccaccgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaat 48653216  T
Q  293 gcagaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
T  48653215 gaagaaccttatattgatgttcaatt 48653190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 95 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 11547518 - 11547301
Alignment:
Q  95 tctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctg 194  Q
    |||||||||||||||||||||| ||      ||||||| | ||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  11547518 tctcaaatgatcaagaatcatgttg------agtcaaacaaaccaatttcttgtatcataaacaatccttttgttccttgggtttgtgatgtagctcatg 11547425  T
Q  195 cactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaatgc 294  Q
     ||     |||||||||| |||||||||| ||||||||  ||| ||||| || | |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||  | |       
T  11547424 aacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgcagtttttgctgcttactataactatttcaacaaactggtacattttcctttggaaaa 11547325  T
Q  295 agaaccttatattgatgttcaatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  11547324 agaaccttatattgatgttcaatt 11547301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 48661856 - 48661624
Alignment:
Q  78 ttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggt 177  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |      ||||| | ||| ||||| ||| |  |||||||||| |||||||| |||||    
T  48661856 ttgggagacagtttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgat------tcaaacaaaccaatttcatgtgtcataaacaatccatttcttccatgggt 48661763  T
Q  178 ttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggta 277  Q
    ||||||| |||||  || || ||| |||||||||||||||||||||| | | ||| |||| ||||| || |||| |||| ||||| | |||||| |||||    
T  48661762 ttgtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttattatggactaattccagtgcagtttttgccgtttgctatgactatgtccacaaattggta 48661663  T
Q  278 cgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaa 316  Q
    | ||||||  | |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  48661662 cctttcccatcaaatgaagaaccttacattgatgttcaa 48661624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 93 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 48629155 - 48628939
Alignment:
Q  93 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgc 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |      |||| || ||| ||||| |||||  || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||      
T  48629155 tttctaaaatgatcaagaatcatgctgat------tcaagtaaaccaatttcatgtatcatatacaatccttttcttccatgggtttgcgatgtagcttt 48629062  T
Q  193 tgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaat 292  Q
    || ||   | |||||||||||||||| ||||| | | ||  |||||||||||||   ||||||||||||| | |||||||| |||| ||| ||| |  |     
T  48629061 tgaacatgacattccttctgctttatcatggaataattctagtgctgttttcgccacttactataactatgtccacaaacttgtaccttttccttcagaa 48628962  T
Q  293 gcagaaccttatattgatgttca 315  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  48628961 acagaaccttatattgatgttca 48628939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 71 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 48667458 - 48667219
Alignment:
Q  71 gagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttc 170  Q
    ||||| ||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |      || || | ||| ||||| |||||| ||||||| |||||| |||    
T  48667458 gagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgat------tcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaaccctttttttc 48667365  T
Q  171 cttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaa 270  Q
    | |||||| ||||| |||||  || || ||| |||||||||||||| ||||||| | | ||  ||||||||||| |  ||| |||| | ||| | |||||    
T  48667364 catgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattctagtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaa 48667265  T
Q  271 actggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaa 316  Q
    | || ||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  48667264 attgttacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttcaa 48667219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 48585616 - 48585399
Alignment:
Q  93 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacaccgatttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgc 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |      | ||| | |||  |||| |||||  ||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||      
T  48585616 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat------ttaaacaaaccattttcatgtatcataaacaattatttttttccatgggtttgtgatgttgctaa 48585523  T
Q  193 tgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaat 292  Q
    || || ||| |||||||||| ||||| ||||| | | |||| |||||||||| |   ||||||||||||| | |||||| |   || ||||||||| |||    
T  48585522 tgaacacaatattccttctgttttatcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactatgtccacaaattaacacctttccctacaaat 48585423  T
Q  293 gcagaaccttatattgatgttcaa 316  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  48585422 gaagaaccttatattgatgttcaa 48585399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 48656722 - 48656631
Alignment:
Q  234 gtgctgttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaattgtcttct 325  Q
    ||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | ||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  48656722 gtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttct 48656631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 48640125 - 48639972
Alignment:
Q  163 ttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagtttactataactat 262  Q
    |||| |||| ||||||||||| || |||  || || ||| |||||||||| ||| | ||||| | | |||| |||||||||| |   |||||||||||||    
T  48640125 tttttttccatgggtttgtgacgttgctaatgaacacaatattccttctgttttgtcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactat 48640026  T
Q  263 tttcacaaactggtacgtttccctacgaatgcagaaccttatattgatgttcaa 316  Q
     | |||||| |   |  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  48640025 gtccacaaattaacatctttccctacaaatgaagaaccttatattgatgttcaa 48639972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 140 - 286
Target Start/End: Original strand, 44044499 - 44044645
Alignment:
Q  140 atttcttgtattgtaaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagctgctgcactcaagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctg 239  Q
    ||||| |||||  |||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| || ||     ||||||| |||||| ||||| |||||||||  || ||    
T  44044499 atttcatgtatcataaacattccttttgttccatgggtttgtgacgtagctgatgaacatggtattccttatgctttgttatgaattcaatccactgttg 44044598  T
Q  240 ttttcgcagtttactataactattttcacaaactggtacgtttccct 286  Q
    |||| || | | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44044599 tttttgctgctaactataactattttcacaaactggtatgtttccct 44044645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University