View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5155-Insertion-4 (Length: 812)

Name: NF5155-Insertion-4
Description: NF5155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5155-Insertion-4
NF5155-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-812)||(48960795-48961600)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 48961600 - 48960795
Alignment:
Q  7 agcaagaagcatgatacagtagagagttattgacacactgtacattgctgttcatgtatgcagccattggaattgaagattttgttcttcctttgttatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961600 agcaagaagcatgatacagtagagagttattgacacactgtacattgctgttcatgtatgcagccattggaattgaagattttgttcttcctttgttatt 48961501  T
Q  107 cttatctttcttgtttatttttccttcatcagcacttgaactctcagattcaccaccatcaactttgattgtgttccccttcttgtgaagataattgggt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961500 cttatctttcttgtttatttttccttcatcagcacttgaactctcagattcaccaccgtcaactttgattgtgttccccttcttgtgaagataattgggt 48961401  T
Q  207 tggtgtttcttttgggattgaactagttccatataggctcctctgttttcccctgcaattgttatcactctcatgccagagtcctcagaatctgaaaact 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961400 tggtgtttcttttgggattgaactagttccatataggctcctctgttttcccctgcaattgttatcactctcatgccagagtcctcagaatctgaaaact 48961301  T
Q  307 ttttctccttgctggattctcttcctttcacagtaatgtgttttccatgatgggaagaattgctgtgattttgagtctgcctatggaattcaccattgct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961300 ttttctccttgctggattctcttcctttcacagtaatgtgttttccatgatgggaagaattgctgtgattttgagtctgcctatggaattcaccattgct 48961201  T
Q  407 gtgattttgattctccctatgcaattcacctttatcattgtgccacggcttaggcacgtcaacagttttctgaactagcactgcttttggctctgcctcc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961200 gtgattttgattctccctatgcaattcacctttatcattgtgccacggcttaggcacgtcaacagttttctgaactagcactgcttttggctctgcctcc 48961101  T
Q  507 actggtatcttattagaatgttcttcacgagttttgaattgcgaaggtgggagtgtcaaaggagagggtggtgaattagtggatctggcatttggcgaat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961100 actggtatcttattagaatgttcttcacgagttttgaattgcgaaggtgggagtgtcaaaggagatggtggtgaattagtggatctggcatttggcgaat 48961001  T
Q  607 gcattgggctacgaacgttttgtttaatagtttttggagattgagtgggaattggaacacgagaagtgttggctgtagttttctctggggaagaactact 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961000 gcattgggctacgaacgttttgtttaatagtttttggagattgagtgggaattggaacacgagaagtgttggctgtagttttctctggggaagaactact 48960901  T
Q  707 tgaatattgtgttgtcttttgaataggagaagatggcatcgaagaagatgaagaagaattaggaaacaagcccctatgaggtggagatgaaaatgtttgt 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48960900 tgaatattgtgttgtcttttgaataggagaagatggcatcgaagaagatgaagaagaattgggaaacaagcccctatgaggtggagatgaaagtgtttgt 48960801  T
Q  807 tctgtt 812  Q
    ||||||    
T  48960800 tctgtt 48960795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University