View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5159-Insertion-1 (Length: 1058)

Name: NF5159-Insertion-1
Description: NF5159
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5159-Insertion-1
NF5159-Insertion-1
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (8-847)||(17109417-17110266)
chr2 (41-659)||(16978118-16978736)
chr2 (41-659)||(17029990-17030608)
chr2 (41-659)||(17048328-17048946)
chr2 (846-1035)||(17110288-17110480)
chr2 (40-111)||(17024324-17024395)
chr2 (199-242)||(17024488-17024531)
chr2 (40-111)||(17035086-17035157)
chr2 (199-242)||(17035250-17035293)
chr2 (40-111)||(17089596-17089667)
chr2 (199-242)||(17089760-17089803)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (415-461)||(14313962-14314008)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 789; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 847
Target Start/End: Original strand, 17109417 - 17110266
Alignment:
Q  8 tcaaactgttcccgaatcttgacactctagatgtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17109417 tcaaactgttcccgaatcttgacactcttgatgtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctt 17109516  T
Q  108 aattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109517 aattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcacccaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatca 17109616  T
Q  208 cttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109617 cttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaa 17109716  T
Q  308 gtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatcca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109717 gtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatcca 17109816  T
Q  408 agaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaatctcaaacaacttgactac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109817 agaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaatctcaaacaacttgactac 17109916  T
Q  508 aagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggtctacctagatccatatcaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109917 aagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggtctacctagatccatatcaa 17110016  T
Q  608 ctttacagattttggggaactgtccattccttttagaaagatgcaagaaaccttatggaa-----------aggattgcgcatattcaatgtataatgat 696  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17110017 ctttacagatttcggggaactgtccattccttttagaaagatgcaagaaaccttatggaaaggattgcgagaggattgcgcatattcaatgtataatgat 17110116  T
Q  697 tgacgatcctgagagggaccaacagtcatagtgcccaacaattactcaggtacctactatttacatgttttcttttggtatatctcatatcaagtggtgc 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17110117 tgacgatcctgagagggaccaacagtcatagtgcccaacaattactcaggtacctactatttacatgttttcttttggtatatctcatatcaagtggtgc 17110216  T
Q  797 agatttatattcaaatagtatttacttgaactggaacccactttaaaatga 847  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17110217 agatttatattcaaatagtatttacttgaactgg-acccactttaaaatga 17110266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 41 - 659
Target Start/End: Original strand, 16978118 - 16978736
Alignment:
Q  41 tttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 140  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16978118 tttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 16978217  T
Q  141 aaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatct 240  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16978218 aaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatct 16978317  T
Q  241 ctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttcca 340  Q
    || |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || |    
T  16978318 ctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaa 16978417  T
Q  341 accttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagg 440  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  16978418 aacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagg 16978517  T
Q  441 gttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaatctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatca 540  Q
    |||| ||||  ||||||||||   |||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | ||    
T  16978518 gttgcttcctatctctcttacttatctaaatatttgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaaca 16978617  T
Q  541 ttaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggtctacctagatccatatcaactttacagattttggggaactgtccattccttt 640  Q
    || | ||| || || |||||||||||  || | || || ||||||||||| |||| |||||| |||||| |||| || |||||||| ||| || | |||     
T  16978618 ttgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggtctgcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgctta 16978717  T
Q  641 tagaaagatgcaagaaacc 659  Q
     | || |||||||||||||    
T  16978718 aacaacgatgcaagaaacc 16978736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 41 - 659
Target Start/End: Original strand, 17029990 - 17030608
Alignment:
Q  41 tttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 140  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17029990 tttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 17030089  T
Q  141 aaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatct 240  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  17030090 aaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatct 17030189  T
Q  241 ctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttcca 340  Q
    || |||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || |    
T  17030190 ctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaa 17030289  T
Q  341 accttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagg 440  Q
    | ||||| ||||||||  ||||||| || ||  || | |||||||| |||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17030290 aacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagg 17030389  T
Q  441 gttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaatctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatca 540  Q
    |||| |||| |||||||||||   ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | ||    
T  17030390 gttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaaca 17030489  T
Q  541 ttaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggtctacctagatccatatcaactttacagattttggggaactgtccattccttt 640  Q
    || | ||| || || |||||||||||  || | || || ||||||||||| |||| |||||| |||||| |||| || |||||||| ||| || | |||     
T  17030490 ttgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggtcttcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgctta 17030589  T
Q  641 tagaaagatgcaagaaacc 659  Q
     | || |||||||||||||    
T  17030590 aacaacgatgcaagaaacc 17030608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 41 - 659
Target Start/End: Original strand, 17048328 - 17048946
Alignment:
Q  41 tttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 140  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17048328 tttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttcc 17048427  T
Q  141 aaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatct 240  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  17048428 aaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatct 17048527  T
Q  241 ctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttcca 340  Q
    || |||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || |    
T  17048528 ctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaa 17048627  T
Q  341 accttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagg 440  Q
    | ||||| ||||||||  ||||||| || ||  || | |||||||| |||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17048628 aacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagg 17048727  T
Q  441 gttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaatctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatca 540  Q
    |||| |||| |||||||||||   ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | ||    
T  17048728 gttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaaca 17048827  T
Q  541 ttaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggtctacctagatccatatcaactttacagattttggggaactgtccattccttt 640  Q
    || | ||| || || |||||||||||  || | || || ||||||||||| |||| |||||| |||||| |||| || |||||||| ||| || | |||     
T  17048828 ttgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggtcttcctaaatccatttcaactctacaaatattggggaattgttcactgctta 17048927  T
Q  641 tagaaagatgcaagaaacc 659  Q
     | || |||||||||||||    
T  17048928 aacaacgatgcaagaaacc 17048946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 846 - 1035
Target Start/End: Original strand, 17110288 - 17110480
Alignment:
Q  846 gatcagtgggatttatgttgtaatctgaaatgcaatgtttaaatacaaatttgtaccctgtaaatcccaagtgggtaataatataaatcaatacagttgg 945  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17110288 gatcagtgggatttatgttgtaatctgaaatgcagtgtttaaatacaaatttgtaccctgtaaatcctaagtgggtaataatataaatcaatacagttgg 17110387  T
Q  946 agacgtacacacaattggccgagcttaattagtta-caaacttcgtgtgttcattgtttgcgtttttt-ctatc-ttaatcttttggactaga 1035  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  17110388 agacgtacacgcaattggccgagcttaattagttaccaaacgtcgtgtgttcattgtttgcgttttttcctatctttaatcttttggactaga 17110480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Original strand, 17024324 - 17024395
Alignment:
Q  40 gtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaatt 111  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  17024324 gtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaatt 17024395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 242
Target Start/End: Original strand, 17024488 - 17024531
Alignment:
Q  199 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17024488 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17024531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Original strand, 17035086 - 17035157
Alignment:
Q  40 gtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaatt 111  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  17035086 gtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaatt 17035157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 242
Target Start/End: Original strand, 17035250 - 17035293
Alignment:
Q  199 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17035250 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17035293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Original strand, 17089596 - 17089667
Alignment:
Q  40 gtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctctcaatt 111  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  17089596 gtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaatt 17089667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 242
Target Start/End: Original strand, 17089760 - 17089803
Alignment:
Q  199 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17089760 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17089803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 415 - 461
Target Start/End: Original strand, 14313962 - 14314008
Alignment:
Q  415 gatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttac 461  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  14313962 gatgtggagtcttttcccgatcaagggttgcttccacgctctcttac 14314008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University