View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5161_low_6 (Length: 380)

Name: NF5161_low_6
Description: NF5161
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5161_low_6
NF5161_low_6
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (11-362)||(1846229-1846580)
chr8 (10-274)||(4619428-4619692)
chr8 (21-322)||(4787639-4787940)
chr8 (188-312)||(4297399-4297523)
chr8 (11-154)||(4297222-4297365)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (11-362)||(7891141-7891492)
chr1 (33-362)||(38138049-38138378)
chr1 (11-274)||(45983973-45984236)
chr1 (41-291)||(50912149-50912399)
chr1 (11-312)||(43083584-43083885)
chr1 (11-361)||(3300474-3300824)
chr1 (15-312)||(43066950-43067247)
chr1 (15-312)||(43044744-43045041)
chr1 (11-321)||(40034923-40035233)
chr1 (36-312)||(43076805-43077073)
chr1 (300-360)||(7888878-7888938)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-312)||(4231205-4231506)
chr4 (11-129)||(19964974-19965092)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-362)||(34690585-34690937)
chr2 (10-362)||(34712997-34713349)
chr2 (33-309)||(33860596-33860879)
chr2 (42-258)||(16231958-16232174)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (40-274)||(16348916-16349150)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (195-326)||(39242494-39242625)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-136)||(7529674-7529798)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 362
Target Start/End: Original strand, 1846229 - 1846580
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846229 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 1846328  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846329 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 1846428  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846429 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagtgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 1846528  T
Q  311 ctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846529 ctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 1846580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 274
Target Start/End: Original strand, 4619428 - 4619692
Alignment:
Q  10 gcacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcc 109  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  4619428 gcacagactttacttcagcttgcagcccaatcggggcaaaagtcaccatcattccaggtttcaagacaccggtctcaacacatcccacaggcacagttcc 4619527  T
Q  110 aattcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  |  |  ||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4619528 aattcctccaatcttgtagacatcccgaagtggtaatcggagaggcttgtttgatggcctattaggctcgttgatttggtcaagagcttcaagaagggtg 4619627  T
Q  210 ggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagat 274  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||  ||||||||||    
T  4619628 ggaccctcgtaccagtcaagattagaagaacgctcaatcaagttatctccctcaaaaccagagat 4619692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4787940 - 4787639
Alignment:
Q  21 acttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaa 120  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||   ||||  ||||| ||| || |||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  4787940 acttcaatttgcagcccagttggggcaaaagtcacagacattccagggcacaagcaaccagtctcgacacgtcccacagacacaactccgattcctccaa 4787841  T
Q  121 tcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgta 220  Q
    ||||||||| |||   || ||||| ||||||||||     |  |  ||||||||||  | | |||  ||||| ||||||||||||||| |||||| | ||    
T  4787840 tcttgtagaaatccataattggtagtcggagaggcaaatttgatggcctcttaggctctttcattctgtcaatagcttcaagaagggtcggacccattta 4787741  T
Q  221 ccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaacctcgctcaaa 320  Q
    ||||||||  ||||  ||||| ||||| | ||||||||| ||  ||| |||||| || | ||| ||||||| |  ||||||||||||||||| | |||||    
T  4787740 ccagtcaaaattagtggagcggtcaatcaagttatctccatcaaaactagagatgggaacaaatggaatttcatttgggttatagccaaccttgatcaaa 4787641  T
Q  321 aa 322  Q
    ||    
T  4787640 aa 4787639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 312
Target Start/End: Original strand, 4297399 - 4297523
Alignment:
Q  188 gtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaagga 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||| ||||| | ||||||||| ||  ||| |||||| || ||||| |||    
T  4297399 gtcaatagcttcaagaagggtgggacccttgtaccagtcaaaattagtggagcggtcaatcaagttatctccgtcaaaactagagatgggaataaatgga 4297498  T
Q  288 attttacctgggttatagccaacct 312  Q
    |||| |  ||| |||||||||||||    
T  4297499 atttcatatggcttatagccaacct 4297523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 154
Target Start/End: Original strand, 4297222 - 4297365
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    |||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||   ||||  ||||| ||| || || ||||||||||||  ||      
T  4297222 cacagatttgacttcagcttgcagcccagttggggcaaaagtcacagacattccagggcgcaagcaaccagtctcgacacggcccacaggcacatctctg 4297321  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagagg 154  Q
    ||||||||||| || |||| ||| |||| || || |||||||||    
T  4297322 attcctccaatattctagaaatcctgaattgatagtcggagagg 4297365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7891492 - 7891141
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891492 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 7891393  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7891392 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgaattggtcaagagcttcaagaagggtgg 7891293  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7891292 gacccgtgtaccaatcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctaggttatagccaac 7891193  T
Q  311 ctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 362  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891192 ctcactcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 7891141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 33 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 38138378 - 38138049
Alignment:
Q  33 agcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatcttgtagacat 132  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38138378 agcccagttggggcaaaagtcaccgccattcctggtttcaagacaccgctctcaacccgtcccacaggcacagttccaattcctccaatcttgtagacat 38138279  T
Q  133 cttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggtt 232  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  38138278 cctgaagtggtaatcggagaggcttgtctaatagcctcttaggctccttgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccttataccagtcaaggtt 38138179  T
Q  233 agaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatt 332  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||| | || ||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |    
T  38138178 agtagagcgttcaatgatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaatttcatctaggttatagccaacatcaatcaaaaagggtgaaaat 38138079  T
Q  333 tgactcacaatttgttcatacctatccttg 362  Q
    |   ||||||||| ||||||||||||||||    
T  38138078 tccttcacaatttcttcatacctatccttg 38138049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 45984236 - 45983973
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||     
T  45984236 cacagacttcacttcagcttgcagcccagttgcggcaaaagtcagcaccattccagggttcaaggaaccagtctcaacacgtcccacaggcacagttccg 45984137  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||  |  |  |||| |||||    |||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  45984136 attcctccaatcttgtagacatcctgaagtggtattctgagaggcttgtctgatggcctcataggctcgttgatttggtcaatagcttcaagaagggttg 45984037  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagat 274  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||    
T  45984036 gacccttgtaccaatcaagattagtagagcgctcaatcaagttatctccctcaaaaccagagat 45983973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 41 - 291
Target Start/End: Original strand, 50912149 - 50912399
Alignment:
Q  41 tggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatcttgtagacatcttgaagt 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | |||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  50912149 tggggcaaaagtcaccaccattccacgtttcaagacaccggtctcaatacgtcccacaggtacaattccaatttctccaatcttgtagacaacctgaagt 50912248  T
Q  141 ggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagc 240  Q
    ||||||||||||||| ||  |  |   || ||||||    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  50912249 ggtaatcggagaggcatgtgtgatggtctattaggctccttgatttgatcaagagcttcaataagggtgggacctttgtaccagtcaaggttagtagagc 50912348  T
Q  241 gctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattt 291  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| |||||||    
T  50912349 gctcaatgatgttatctccctcaaaaccagagatgggaataaacggaattt 50912399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 11 - 312
Target Start/End: Original strand, 43083584 - 43083885
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| | || ||||| ||| || || |||||||||||| |||||    
T  43083584 cacagacttgacttcagttgtcagtccagtaggggcaaaagtgataaccattccaggttttatgacaccagtctcgacacgccccacaggcacagttcca 43083683  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |     ||||||||||    ||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  43083684 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtagtcggaggggcttgtctgaaggcctcttaggctcgttgatttggtcaagtgcctcaagaagggttg 43083783  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  43083784 gacccttgtaccagtcaaggtttgtagagcgctcgatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaattttgtctgggttatagccaac 43083883  T
Q  311 ct 312  Q
    ||    
T  43083884 ct 43083885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Original strand, 3300474 - 3300824
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    |||||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| | || ||||| ||| || || |||||||||||| | |||    
T  3300474 cacagacttcacttcagttgtcagtccagtaggggcaaaagtgacaaccattccaggttttatgacaccagtctcgacacgccccacaggcacagtccca 3300573  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||| ||  |  |  ||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  3300574 attcctccaatcttgtagacatcctgaagcggtagacggaggggcttgtctgatggcctcttaggctcgttgatttggtcaagagcctcaagaagggtag 3300673  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||| ||||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  3300674 gacccttgtaccagtcaagatttgtagagcgctcgatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaattttgtctgggttatagccaac 3300773  T
Q  311 ctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatcctt 361  Q
    ||   ||||| ||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||| ||||    
T  3300774 cttcttcaaataggatgaaacttccttcacaatttcttcatacctaccctt 3300824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 43067247 - 43066950
Alignment:
Q  15 gacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattc 114  Q
    ||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| | || ||||| ||| || || |||||||||||| |||||||||    
T  43067247 gacttgacttcagttgtcagtccagtaggggcaaaagtgacaaccattccaggttttatgacaccagtctcgacacgccccacaggcacagttccaattc 43067148  T
Q  115 ctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |     ||||||||||    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  43067147 ctccaatcttgtagacatcttgaagtggtagtcggaggggcttgtctgaaggcctcttaggctcgttgatttggtcaagggcctcaagaagggttggacc 43067048  T
Q  215 cgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaacct 312  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  43067047 cttgtaccagtcaaggtttgtagagcgctcgatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaattttgtctgggttatagccaacct 43066950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 312
Target Start/End: Original strand, 43044744 - 43045041
Alignment:
Q  15 gacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattc 114  Q
    ||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| | || ||||| ||| || || |||||||||||| |||||||||    
T  43044744 gacttgacttcagttgtcagtccagtaggggcaaaagtgacaaccattccaggttttatgacaccagtctcgacacgccccacaggcacagttccaattc 43044843  T
Q  115 ctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacc 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||  |     ||||||||||    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  43044844 ctccaatcttgtagacatcctgaagtggtagtcggaggggcttgtctgaaggcctcttaggctcattgatttggtcaagggcctcaagaagggttggacc 43044943  T
Q  215 cgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaacct 312  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  43044944 cttgtaccagtcaaggtttgtagagcgctcgatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaattttgtctgggttatagccaacct 43045041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 40035233 - 40034923
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |  ||| || || |||||||| | ||||    
T  40035233 cacagacctcacttcagtttgcaccccagttggggcaaaagtcacagccattcctggtttcaagacaccagtcataacacgaccaacaggcacgactcca 40035134  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    |||||||||||| |||| |||   || | |||||||||||||||| |   |  |  |||||| ||   | |||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  40035133 attcctccaatcatgtaaacagactggattggtaatcggagaggcttatctgatggcctcttcggtactttgatttggtcgatagcttcaaaaagggtgg 40035034  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |  ||||||| || || ||||| ||||| | |  | |||||||||||||    
T  40035033 gacctttgtaccaatcaaggttagtagagcgctcaatgatgttttctccaacaaaaccagatatgggaataaatggaatgtcagataggttatagccaac 40034934  T
Q  311 ctcgctcaaaa 321  Q
    || | ||||||    
T  40034933 cttgatcaaaa 40034923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 43077073 - 43076805
Alignment:
Q  36 ccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatcttgtagacatctt 135  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||        
T  43077073 ccagtaggggcaaaagtcaccaccattccaggtttcaagacaccagtctcaacacgtgccacaggtacagttccaattcctctaaacttgtagaca---- 43076978  T
Q  136 gaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttaga 235  Q
        | ||| ||||||  || ||  |     ||||||||||    ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |     
T  43076977 ----ttgtagtcggaggtgcttgtctgaaggcctcttaggctcgttgatttggtcaagggccccaagaagggttggacccttgtaccagttaaggtttgt 43076882  T
Q  236 agagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaacct 312  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  43076881 agagcgctcgatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaatgttttctgggttatagccaacct 43076805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 300 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 7888938 - 7888878
Alignment:
Q  300 ttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatcct 360  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  7888938 ttatagccaacctctctcaaaaagggtgaaacttgattcacaatttcttcatacctgtcct 7888878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 11 - 312
Target Start/End: Original strand, 4231205 - 4231506
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  4231205 cacagacttgacttcagtttgcagtccagttggagcaaaagtcaccaccattccaggtttcatggtaccagtctcaacacgtcccacaggaacagttcca 4231304  T
Q  111 attcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||  |  |  ||||||||||    ||||||| |||||||| |||||||| || |    
T  4231305 attcctccaatcttgtagacatcctgaagaggtagtcggaggggcttgtctgatggcctcttaggctcattgatttgatcaagagcctcaagaagtgttg 4231404  T
Q  211 gacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaac 310  Q
    ||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| || | ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4231405 gacccttgtaccagtcaagatttgtagagcgctcaatcatgttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaattttatctgggttatagccaac 4231504  T
Q  311 ct 312  Q
    ||    
T  4231505 ct 4231506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 19965092 - 19964974
Alignment:
Q  11 cacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcca 110  Q
    ||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||  ||||| | |||  ||||||||||||||| ||||     
T  19965092 cacagacttcactttgcgttgcagcccagttggggcaaaattcatcaccatcccaggtgtcaagtaaccagtcacaatacgtcccacaggcacatttccg 19964993  T
Q  111 attcctccaatcttgtaga 129  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  19964992 attcctccaaccttgtaga 19964974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 362
Target Start/End: Original strand, 34690585 - 34690937
Alignment:
Q  10 gcacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcc 109  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  34690585 gcacagacttaactccagattgcagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaacacaccagtctcaacacgtccgacaggtacagttcc 34690684  T
Q  110 aattcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggc-cttctgatttggtcaagagcttcaagaagggt 208  Q
    ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | |||| ||  |     |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  34690685 aacacctccaatcttgtagacatgttgaagtggtagtctcaaaggcttgcctgaaggcctcttaggctcgtc-gatttggtcaagagcttcaagaagggt 34690783  T
Q  209 gggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagcca 308  Q
     |||||   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||| ||| |||||| |||    
T  34690784 aggaccttcgtaccagtcaaggttagtcgagcgctcaatgatgttatctcccttataaccagagatgggaacaaatggaattttatctgtgttataacca 34690883  T
Q  309 a-cctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 362  Q
    | ||||  |||||  ||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||    
T  34690884 atcctc-atcaaagcgggtgaaattcccttcacaattagttcatacctatccttg 34690937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 362
Target Start/End: Original strand, 34712997 - 34713349
Alignment:
Q  10 gcacagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattcc 109  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  34712997 gcacagacttaactccagattgcagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaacacaccagtctcaacacgtccgacaggtacagttcc 34713096  T
Q  110 aattcctccaatcttgtagacatcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggc-cttctgatttggtcaagagcttcaagaagggt 208  Q
    ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | |||| ||  |     |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  34713097 aacacctccaatcttgtagacatgttgaagtggtagtctcaaaggcttgcctgaaggcctcttaggctcgtc-gatttggtcaagagcttcaagaagggt 34713195  T
Q  209 gggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagcca 308  Q
     |||||   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||| ||| |||||| |||    
T  34713196 aggaccttcgtaccagtcaaggttagtcgagcgctcaatgatgttatctcccttataaccagagatgggaacaaatggaattttatctgtgttataacca 34713295  T
Q  309 a-cctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttg 362  Q
    | ||||  |||||  ||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||    
T  34713296 atcctc-atcaaagcgggtgaaattcccttcacaattagttcatacctatccttg 34713349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 309
Target Start/End: Original strand, 33860596 - 33860879
Alignment:
Q  33 agcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatctt-gtagaca 131  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| | |||| ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  33860596 agcccagttggggcaaaagtcaccgccattccaggtttcaagtgaccagtcacaacacgtcctacatgcacatttccgattcctccaatctttgtagaca 33860695  T
Q  132 tcttgaagtggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttag------gccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagt 225  Q
     | |||||||||| |||||||||  |||  | || ||||  ||      ||  |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33860696 ccatgaagtggtattcggagaggattgagaaatagcctcgcagacagaggcaattagatacggtcaagagcttcaagaagggtgggacccttgtaccagt 33860795  T
Q  226 caaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttacctgggttatagccaa 309  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||| || | ||| |||| |||  || ||||||||||||    
T  33860796 caagattagtagagcgctcaatcaagttatctccctcaaaaccagagatgggaacaaatggaactttgtctaggttatagccaa 33860879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 42 - 258
Target Start/End: Original strand, 16231958 - 16232174
Alignment:
Q  42 ggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatcttgtagacatcttgaagtg 141  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || || |  |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |    
T  16231958 ggggcaaaagtcagtaccattccgggctttaataccccagtctcaacacgtcccacaggtacagttccaatacctccaatcttgtagacatgctgaaggg 16232057  T
Q  142 gtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcg 241  Q
    | | ||| |||||| ||  |     ||||||||||   ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||    |||||||||||||||| ||||||    
T  16232058 gaagtcgcagaggcttgccttcgggcctcttaggctcgctgatttggtcaatagcttcaacaagggtaggcccatcataccagtcaaggttagtagagcg 16232157  T
Q  242 ctcaatgatgttatctc 258  Q
    ||||| |||||||||||    
T  16232158 ctcaacgatgttatctc 16232174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 40 - 274
Target Start/End: Original strand, 16348916 - 16349150
Alignment:
Q  40 ttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaattcctccaatcttgtagacatcttgaag 139  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |   || | |||  ||| || |  ||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  16348916 ttggggaaaaagtcaccaccattccaggtttcaagacaccagtcctgacacatcctgcagccaaagctccaattcctccaatcttgtagacaccctgaag 16349015  T
Q  140 tggtaatcggagaggcctgaatattaacctcttaggccttctgatttggtcaagagcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttagaagag 239  Q
    |||||||||||||||| ||  |  || ||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||||    
T  16349016 tggtaatcggagaggcttgtctgatagcctcttaggctcgttgattcggtcaagagcttcaagaagggtgggacccttgtacccatcaagttttgtagag 16349115  T
Q  240 cgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagat 274  Q
     ||||||  | ||||||||||||  ||||||||||    
T  16349116 ggctcaaccaagttatctccctcaaaaccagagat 16349150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 39242625 - 39242494
Alignment:
Q  195 gcttcaagaagggtgggacccgtgtaccagtcaaggttagaagagcgctcaatgatgttatctccctcgtaaccagagatagggataaaaggaattttac 294  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||||||| |   |||||||||| || | |||  || ||||      
T  39242625 gcttcaagaagggtgggactgttgtaccagtcaatattagtagagcgctcaatcaagttatctccgttaaaaccagagatgggaacaaatcgagttttgt 39242526  T
Q  295 ctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggt 326  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  39242525 ctgggttatagccaaccttcttcaaaaagggt 39242494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 7529798 - 7529674
Alignment:
Q  12 acagacttcacttcagtttggagcccagttggggcaaaagtcagcaccattccaggtttcaagataccagactcaacgcgtcccacaggcacaattccaa 111  Q
    |||||||| |||||||||   || ||||| ||  |||||||||  ||||| || || ||||  ||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||    
T  7529798 acagacttaacttcagttgttagaccagtgggtccaaaagtcacaaccataccgggcttcacaataccggtctcaacacgtccgactggcacagttccaa 7529699  T
Q  112 ttcctccaatcttgtagacatcttg 136  Q
    | || ||||||||||| ||||||||    
T  7529698 taccaccaatcttgtaaacatcttg 7529674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University