View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5161_low_8 (Length: 348)

Name: NF5161_low_8
Description: NF5161
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5161_low_8
NF5161_low_8
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (65-338)||(34140950-34141223)
chr4 (65-338)||(34137287-34137560)
chr4 (65-338)||(34133376-34133649)
chr4 (77-338)||(34127115-34127376)
chr4 (1-65)||(34140354-34140418)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 65 - 338
Target Start/End: Original strand, 34140950 - 34141223
Alignment:
Q  65 aaccagttggaatgatctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagact 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34140950 aaccagttggaatgatctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagact 34141049  T
Q  165 caaagggactccatggtttgtaactttaaagaatccccactctttgcatgcacttccaatctccttaactaagctttcaatagcagatggatttggaact 264  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34141050 caaagggactccatggtttgtgactttaaagaatccccacgctttgcatgcacttccaatctccttgactaagctttcaatagcagatggatttggaact 34141149  T
Q  265 tcattgtggaatattggagagagatcaatttctggaatacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34141150 tcattgtggaatattggagagagatcaatttctggaatacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 34141223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 65 - 338
Target Start/End: Original strand, 34137287 - 34137560
Alignment:
Q  65 aaccagttggaatgatctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagact 164  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34137287 aaccagttggattgatttcatctctagcaaccttcctcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagact 34137386  T
Q  165 caaagggactccatggtttgtaactttaaagaatccccactctttgcatgcacttccaatctccttaactaagctttcaatagcagatggatttggaact 264  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  34137387 cgaagggactccatggtttgtgacttggaagaaaccccactctttgcatgcacttccaatttccttcactaagttttcaatatcagatggatttggaact 34137486  T
Q  265 tcattgtggaatattggagagagatcaatttctggaatacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  34137487 tcattgtggaatattggagagaggtcaattacgggaattcctttggcttcaatgattgagagttttggtctgtg 34137560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 65 - 338
Target Start/End: Original strand, 34133376 - 34133649
Alignment:
Q  65 aaccagttggaatgatctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagact 164  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||    
T  34133376 aaccagtaggattgacctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagaagcttcctcaagtctctgccttagact 34133475  T
Q  165 caaagggactccatggtttgtaactttaaagaatccccactctttgcatgcacttccaatctccttaactaagctttcaatagcagatggatttggaact 264  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  34133476 caaagggactccatggtttgtgacttgaaagaaaccccactccttgcttgcacttccaatctccttcaccaagttttcaatatcagatggatttggaact 34133575  T
Q  265 tcattgtggaatattggagagagatcaatttctggaatacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 338  Q
     ||| ||| |  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34133576 gcatggtgaagaattggagagaggtcaatttcgggaattcctttggcttcgatgatggagagttttggtctgtg 34133649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 77 - 338
Target Start/End: Original strand, 34127115 - 34127376
Alignment:
Q  77 tgatctcatctctagcaaccttcttcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagactcaaagggactcc 176  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||  |    
T  34127115 tgatctcatctctggcaaccttcattttctcctccaaactttgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagtctttgcctaatactcaaagggacctc 34127214  T
Q  177 atggtttgtaactttaaagaatccccactctttgcatgcacttccaatctccttaactaagctttcaatagcagatggatttggaacttcattgtggaat 276  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||    
T  34127215 atggtttgtaacttgaaagaagccccattccttgcatgcacttccaatcttcttcaccaagctatcaatagcagattgatcttgaacttcatggtggaat 34127314  T
Q  277 attggagagagatcaatttctggaatacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 338  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  34127315 attggtgagaggtcaatttcgggaattccttcggcttcaatgatggatagttttggtctgtg 34127376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 34140354 - 34140418
Alignment:
Q  1 ttaaaacaattcaaatatattcttaattatgtttgatgaattaatcgttcaaattattataaaaa 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34140354 ttaaaacaattcaaatatattcttaattatgtttgatgaattaatcgttcaaattattataaaaa 34140418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University