View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5166_low_6 (Length: 442)
Name: NF5166_low_6
Description: NF5166
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5166_low_6 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 13888812 - 13888486
Alignment:
| Q |
18 |
ctaaatgtgttgccaaatggaacattgaacatcatgcatggcaattatcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgt |
117 |
Q |
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| T |
13888812 |
ctaaatgtgttgccaaatggaacattgaacaccatgcatggcaattatcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgt |
13888713 |
T |
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| Q |
118 |
ttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaatt |
217 |
Q |
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| T |
13888712 |
ttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaatt |
13888613 |
T |
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| Q |
218 |
cagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaatatatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttata |
317 |
Q |
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| T |
13888612 |
cagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaatatatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttata |
13888513 |
T |
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| Q |
318 |
ctgtttttataggtaaagttacatatt |
344 |
Q |
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| T |
13888512 |
ctgtttttataggtaaagttacatatt |
13888486 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 14028937 - 14028611
Alignment:
| Q |
18 |
ctaaatgtgttgccaaatggaacattgaacatcatgcatggcaattatcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgt |
117 |
Q |
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| T |
14028937 |
ctaaatgtgttgccaaatggaacattgaacaccatgcatggcaattatcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgt |
14028838 |
T |
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| Q |
118 |
ttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaatt |
217 |
Q |
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| T |
14028837 |
ttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaatt |
14028738 |
T |
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| Q |
218 |
cagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaatatatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttata |
317 |
Q |
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| T |
14028737 |
cagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaatatatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttata |
14028638 |
T |
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| Q |
318 |
ctgtttttataggtaaagttacatatt |
344 |
Q |
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| T |
14028637 |
ctgtttttataggtaaagttacatatt |
14028611 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 7689757 - 7689438
Alignment:
| Q |
18 |
ctaaatgtgttgccaaatggaacattgaacatcatgcatggcaattatcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgt |
117 |
Q |
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| T |
7689757 |
ctaaatgtgttgcaaaatggaacattgaacatcatgcatggcaattgtcttcaaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaacctggt |
7689658 |
T |
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| Q |
118 |
ttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaatt |
217 |
Q |
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| T |
7689657 |
ttctggattgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaatttgacaataccaatagctgatctacattttgaggaagtggatactggaatt |
7689558 |
T |
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| Q |
218 |
cagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaatatatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttata |
317 |
Q |
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| T |
7689557 |
cagttgttttcctttggaaattgggaaccagggaactttatattaacaatatatgatgctaaacatagtaaaagcatttccaatatgtcatatgtttata |
7689458 |
T |
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| Q |
318 |
ctgtttttataggtaaagtt |
337 |
Q |
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| T |
7689457 |
ctgtttttgtaggtaaagtt |
7689438 |
T |
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