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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5171_high_1 (Length: 478)

Name: NF5171_high_1
Description: NF5171
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5171_high_1
NF5171_high_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-467)||(39521128-39521576)
chr4 (19-467)||(39575770-39576221)
chr4 (19-394)||(39543997-39544369)
chr4 (25-459)||(39524630-39525067)
chr4 (23-395)||(39510957-39511326)
chr4 (19-368)||(39580415-39580761)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 39521576 - 39521128
Alignment:
Q  19 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39521576 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctac 39521477  T
Q  119 tggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagagga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521476 tggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagagga 39521377  T
Q  219 accgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactg 318  Q
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T  39521376 accgatacattatcgagagaatggttagcagatgacagttatgtaactaatccacaaaacgctaagaatcgctcctttgacgttcatattccacgcactg 39521277  T
Q  319 caaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagcataag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39521276 caaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcaacataag 39521177  T
Q  419 ttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 467  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521176 ttggagtgttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 39521128  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 39576221 - 39575770
Alignment:
Q  19 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |  ||| ||||  |||||  |  |||      
T  39576221 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaatagaactctttatgcttccggttcatttaatccctgattcaatgccacatttctcttacaaagaatctgg 39576122  T
Q  119 tggtcgggg---cttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgataga 215  Q
    || ||| ||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||| ||||||||||||    ||| || ||||||    
T  39576121 tgttcgaggaggcttatctacttatattggcggtttacactcacaacgagccttggaaacaaaacatcgttttaacgtcggtgggggaaccgttgataga 39576022  T
Q  216 ggaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgca 315  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||    
T  39576021 ggaactgatactttatcgagagaatggttaccagatgacagatatgtaactaatctacaaaacgctaagaattgctcctttgacggtgatattccacgca 39575922  T
Q  316 ctgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagcat 415  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39575921 ctgcaaatgatacgtctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagatattgtttataaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagcat 39575822  T
Q  416 aagttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 467  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39575821 aagttggagtgttcctgtagagaagaacgtagatcattttcttaggtttcat 39575770  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39544369 - 39543997
Alignment:
Q  19 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaa 118  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||| | ||||      
T  39544369 aaacatcttcatttgcgttttttaatgcatttgaactctttattctccctcttcatttaatacccaattcaatagctcgtttcaattacattgattctgc 39544270  T
Q  119 tggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagagga 218  Q
       |||   ||||||||||||||||   | ||| | ||| |||   |||||||||||||  ||  ||||||| || |||  |  |||||||||||||  |    
T  39544269 cattcgaaacttaactacttatagtaatgatttcctctctcaa---tcgttggaaaccatccttggtcttaatgttggtagcggaactgtcgatagaaaa 39544173  T
Q  219 accgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactg 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | |||||  | ||  |||  ||||||||    
T  39544172 accgatactttatcgagagaatggttaccagatgacagttatataactaatccacaaaacgctaagaatggttcctttgcagatgaaattaaacgcactg 39544073  T
Q  319 caaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagag 394  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||   |||||| |||||| |||||||||    
T  39544072 caaataatacatatgaaggtccaaattcaaatatatatattgctccggacgctgtttatgaaactgccaaagagag 39543997  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 25 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 39525067 - 39524630
Alignment:
Q  25 catcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaatggtcg 124  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | || | |||| ||||||  |  |||| |||  |    
T  39525067 catcatttgcctttgctaatgcaatagaactctttatgctccctgttcatttaatccccgactcaatcgcgcttttccattacaaagagtctactggcag 39524968  T
Q  125 gggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagaggaaccgat 224  Q
       |||| |||||||||||   | ||| | ||| |   |||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |  || |||  |||||| ||| |||    
T  39524967 aaacttatctacttatagtaatgatttcctctctc---gatcgttggaaaccaacctccgtcttaatgttggtggcggaattgttaatagagaaactgat 39524871  T
Q  225 acattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactgcaaatg 324  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||||   | |||||| |||| ||||  ||||||||||||||    
T  39524870 acactatcaagagaatggttaccagatgacagatatataactgatccccaaaacgctaagaatggttcctttgaaggtgatattaaacgcactgcaaatg 39524771  T
Q  325 atacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagc------agcataag 418  Q
    ||  ||||| || | ||||||||||| |||| || | |||||| |  |||||| |||||| ||||| |||| |||| ||||| | |      | ||||||    
T  39524770 atgaatctgttgattcaaattcaaataaatacataggtccagatattgtttataaaactgccaaagtgagtgttaatggttcaatcggtttaaacataag 39524671  T
Q  419 ttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttactta 459  Q
    |||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  39524670 ttggagtgttcctgtggagaagaatatagatcatttcctta 39524630  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 39511326 - 39510957
Alignment:
Q  23 atcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaatggt 122  Q
    ||||||| | || |||||||| ||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    ||||| | |||||  |  |||| |  |    
T  39511326 atcatcactcgcatttgttaacgcaatagaactctttgtgctccccgttcatttaatccctgattcagtgttgcgttttacttacaaagaatctagttct 39511227  T
Q  123 cggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagaggaaccg 222  Q
    |  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||  ||||||||||| || |   | | ||||  ||||| | |||    
T  39511226 ccaggcttatctaattatagtggcggtttaaactcacaacgagctttggaaacgaaacatcgtcttaacgtaggcggtgataatgtcactagagaagccg 39511127  T
Q  223 atacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactgcaaa 322  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| || |||| |   | |||||   ||| ||||  || | |||||||    
T  39511126 atacattatcaagagaatggttacgagatgacagatacataactaatccacaaaatgcgaagattggttcctttg---gtgatattaaacacgctgcaaa 39511030  T
Q  323 tgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagt 395  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |  |||||| |||||||| ||||||||    
T  39511029 tgatgaatctgatggtccaaattcaagtatatatattggtccagatattgtttataaaactggccaagagagt 39510957  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 39580761 - 39580415
Alignment:
Q  19 aaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaa 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||   |||||     
T  39580761 aaacctcatcatttgcgtttgttaatgcaatggaactctttatactccccactcatttcatccccgaatcagtcacacatttcaattacattaattctac 39580662  T
Q  119 tggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagagg- 217  Q
    |||||  |||||| || |||| | ||||||||||  |||    ||| | ||||||||||  | |||||||| ||||||||   || |  || | || ||     
T  39580661 tggtcaaggcttatcttcttacactggcggtttattctc---gcgagccttggaaaccattcaccgtcttaccgtcggtggagaagccatc-acagggga 39580566  T
Q  218 aaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcact 317  Q
    || | |||  ||||| ||| | ||||||||||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||   |||||||  |||| ||||  |||||||    
T  39580565 aaacaatagcttatcaagaaagtggttaccagatgacagttacatcactaatccacataacgctaagaatggtttctttggaggtgatattaaacgcact 39580466  T
Q  318 gcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagac 368  Q
    |||  ||||  ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||    
T  39580465 gcaggtgatgaatctgatggtccaaattcaaatatacatattggtccagac 39580415  T

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