View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5171_low_1 (Length: 488)

Name: NF5171_low_1
Description: NF5171
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5171_low_1
NF5171_low_1
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (17-471)||(2329693-2330147)
chr7 (17-471)||(2337592-2338046)
chr7 (17-412)||(2321195-2321590)
chr7 (17-405)||(1106002-1106390)
chr7 (17-405)||(1604389-1604777)
chr7 (17-404)||(1088653-1089040)
chr7 (17-404)||(1541240-1541627)
chr7 (17-404)||(1596059-1596446)
chr7 (17-404)||(1550474-1550861)
chr7 (17-404)||(1557184-1557571)
chr7 (17-404)||(3955232-3955619)
chr7 (173-404)||(3852661-3852892)
chr7 (17-193)||(9532037-9532212)
chr7 (17-185)||(30792308-30792477)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (17-404)||(890-1277)
scaffold0491 (17-404)||(5777-6164)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (17-404)||(18739011-18739398)
chr8 (17-404)||(18743975-18744362)
chr8 (17-404)||(18748936-18749323)
chr8 (17-404)||(18723284-18723671)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-193)||(19250411-19250585)
chr1 (18-192)||(41668777-41668951)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-192)||(36620613-36620787)
chr5 (18-104)||(39102305-39102391)
chr5 (18-192)||(8873023-8873198)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-192)||(42977703-42977877)
chr4 (18-107)||(54122926-54123015)
chr4 (18-192)||(48712362-48712535)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-192)||(31658025-31658199)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-192)||(1257819-1257993)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 471
Target Start/End: Original strand, 2329693 - 2330147
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2329693 atgaagtgagaatattatcagatataaagcaccggcatatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacat 2329792  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  2329793 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttgtatgatgaaggtgaagccgtggaattcaattggagaaaaagggttaatgttattaaaggtgttgcatttggt 2329892  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329893 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctacgggcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 2329992  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatttttcattgttct 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329993 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatttttcattgttct 2330092  T
Q  417 ttattatcttattattgcatttttccattaaatatgatacataacatgagcattc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2330093 ttattatcttattattgcatttttccatcaaatatgatacataacatgagcattc 2330147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 471
Target Start/End: Original strand, 2337592 - 2338046
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| || |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2337592 atgaagtgaaaatattatcagatataaagcaccgacatatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacat 2337691  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  2337692 ggagaaaggtagcttgttctctggcttgtatgatgaagttgaagccgtggaattcaattggagaaaaagggttaatgttattaaaggtgttgcatttggt 2337791  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2337792 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactggcaatatcttgctaaactcggagtggaagcctagtgtttctg 2337891  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatttttcattgttct 416  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2337892 actttggcacatctcgaatccttcaatatgattcatcaaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatttttcattgttct 2337991  T
Q  417 ttattatcttattattgcatttttccattaaatatgatacataacatgagcattc 471  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2337992 ttattatcttattattgaatttttccattaaatatgatacataacatgagcattc 2338046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Original strand, 2321195 - 2321590
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  2321195 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaaatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctaccattacat 2321294  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||| |   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  2321295 ggagagaggaagtttgttctccgtcttgtatgatgatgcagaggccatggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgttaaaggggttgcctttggc 2321394  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  2321395 ctatcatatcttcatcatgattgtacccctccaatagtgcacagagatgtatctaccagcaatatcttgctaaactctgagtggcatcctagtgtttctg 2321494  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatttttcattg 412  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2321495 actttggaacagctcgactccttcaatatgattcatcaaaccgaactatagttgctggaaccattggatatatagctcctggtaaatttttcattg 2321590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 405
Target Start/End: Original strand, 1106002 - 1106390
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  1106002 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacat 1106101  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  1106102 ggagaaaggaagcctgttctctatcttgtatgatgatgtagaagccgtggaattcaattggagaacaagggttaacactattaaaggagttgcatttgct 1106201  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  |||    
T  1106202 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatcgtgcatagagatgtatctagtagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtcgctg 1106301  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaattt 405  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  1106302 actttggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaacaatagttgctggaactattggatatatagctcctggtaaattt 1106390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 405
Target Start/End: Original strand, 1604389 - 1604777
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  1604389 atgaagtgaaaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 1604488  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  1604489 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtagaagccgtggaattcaagtggagaaaaagggttaacactattaaaggagttgcatttgct 1604588  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||| ||    
T  1604589 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatcatgcatagagatgtatctagtagcaatatattgctaaactatgagtggcaggctagtgtttgtg 1604688  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaattt 405  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  1604689 actttggcacagctcgactccttcaatataattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctcctggtaaattt 1604777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 1088653 - 1089040
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  1088653 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 1088752  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||| |||||||||| |    
T  1088753 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtagaagctgtggaattcaattggagaaaaagggttaacactgttaaaggagttgcatttgct 1088852  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  | |    
T  1088853 ctatcttatcttcatcctgattgcaccgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtcgcgg 1088952  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1088953 actttggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaacaatagttgctggaactattggatatatagctcctggtaaatt 1089040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1541627 - 1541240
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  1541627 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 1541528  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||   ||| ||||| |||||||||| |    
T  1541527 ggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgtagaagccgtggaattcaagtggaggaaaagggtcaacactgttaaaggagttgcatttgct 1541428  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  1541427 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcattgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggctagtgtgtctg 1541328  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1541327 actttggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaactatagtttctggaactattggatatatagctcctggtaaatt 1541240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 1596059 - 1596446
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  1596059 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacat 1596158  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||   ||| |||||  ||||||||| |    
T  1596159 ggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgatgtagaagccgtggaattcaagtggagaacaagggttaacactgttaaaggaattgcatttgct 1596258  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || ||||||||||||||||| |||||  || | || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |  ||||||||| ||    
T  1596259 ctttcatatcttcatcatgaatgcactactccaatagtgcatagagatgtatctagtagcaatatcttactaaactctgaatggcatgctagtgtttgtg 1596358  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1596359 actttggcacatcccgactccttcaatatgattcatcaaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctcctggtaaatt 1596446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1550861 - 1550474
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| |||||||||  || |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||    
T  1550861 atgaagtgagaatattgacagaaataaagcaccgacatattgtgaagcttcatggattctgcttgcacaagagaatcatgtttttgatctatcagtacat 1550762  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||    ||| |||||  ||||||||| |    
T  1550761 ggagagaggaagcttgttcactgtcttgtatgacgatgtagaagctgtggaattcaattggagaaaaaggattagcactgttaaaggaattgcatttgct 1550662  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||| ||  || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  1550661 ctttcatatcttcatcatgattgtactgctccaatagtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaaggctagtgtctctg 1550562  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1550561 actttggcacagctcgattccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctcccggtaaatt 1550474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1557571 - 1557184
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||    
T  1557571 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaacatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatatatcaatacat 1557472  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||| |||||||||| |    
T  1557471 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtggaagctgtggaattcaattggagaaaaagggttaacactgttaaaggagttgcatttgct 1557372  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    ||||| |||||||||||||||||||   || | || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||| || ||||||||| ||    
T  1557371 ctatcttatcttcatcatgattgcaatgctccaatagtgcatagagatgtatctagtagcaatatatttgttaactctgagtggcaggctagtgtttgtg 1557272  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1557271 actttggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatattgctcctggtaaatt 1557184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 3955619 - 3955232
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| |||||  |||| ||    
T  3955619 atgaagtgaaaatattatcagaaataaagcacagaaatattgtgaagctttatggattttgtttgcataaaagagttatgtttttgatctatcagtatat 3955520  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||  ||||| |  ||||| ||||||| |||||| ||||     | ||||| ||||||| || |    
T  3955519 ggaaaaaggaagcttgttctccgtcttgcatgatgatgtcgaagccataaaattcgattggaggaaaagggttaacaccattaaaggagttgcatctgct 3955420  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  3955419 ctatcatatcttcatcatgatttcacctctccaatagtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactcagaatggcagcctagtgtttctg 3955320  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  3955319 actttggcatagctcgactccttcaatatgattcatctaatcaaacaatagttggtggaactattggatatatagctcctggtaaatt 3955232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 173 - 404
Target Start/End: Original strand, 3852661 - 3852892
Alignment:
Q  173 attggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggtctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctac 272  Q
    |||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||  | | || ||||||||||||||||||||    
T  3852661 attggagaaaaaggattaacattgttaaaggagttgcatctgctctatcatatcttcatcatgatttcacctttccaatagtgcatagagatgtatctac 3852760  T
Q  273 tagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctgactttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgtt 372  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  3852761 tagcaatatctttctaaactcggaatggcagcctagtgtttctgactttggtatagctcgactccttcaatgtgattcatccaatcgaacaatagttgct 3852860  T
Q  373 ggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  3852861 ggaactattggatatatagctcctggtaaatt 3852892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 9532212 - 9532037
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||| |    
T  9532212 atgaagcgagaatattataaaaaataaatcacataaatattgttaagctttatggattatgattgtacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacgt 9532113  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatg 193  Q
     |||||||| || ||||||||  | || |||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9532112 -gagaaaggaagtttgttctcgtttttgtatgatgatgtagaagttgtggaattcaattggagaaaaagacttaatg 9532037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 30792308 - 30792477
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcac-aaaagaatcatgtttttaatctacgagtaca 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  | |||     
T  30792308 atgaagtgagaatattatcataaataaagcacataaatattgttaagctttatagattctgcttgcacaaaaagaatcgtgtttttgatctatcaatacg 30792407  T
Q  116 tggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaag 185  Q
    | |||||| | |||| ||||| ||| || |||||||| ||  |||  ||| |||||||||||||||||||    
T  30792408 tagagaaaagaagctagttctttgttttgtatgatgatgtagaagttgtgaaattcaattggagaaaaag 30792477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1277 - 890
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  1277 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 1178  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  1177 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtaaaagtcgtggaattcaagtggaggaaaagggttaacactattaaaggagttgcatttgct 1078  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
     | |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  1077 ttttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 978  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  977 acttcggcatagctcggctccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccaggtaaatt 890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 6164 - 5777
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| |||||| ||| || |||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  6164 atgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaacatatcgtgaagctttatggtttctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 6065  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||| || ||||||| |||||||||||  ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  6064 ggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgtagaagccctgcaattcaagtggagaaaaagagttaacactattaaaggagttgcatttgct 5965  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  5964 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 5865  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  5864 acttcggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccgggtaaatt 5777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 18739398 - 18739011
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  18739398 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 18739299  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  18739298 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtaaaagtcgtggaattcaagtggaggaaaagggttaacactattaaaggagttgcatttgct 18739199  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
     | |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  18739198 ttttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 18739099  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18739098 acttcggcatagctcggctccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccaggtaaatt 18739011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 18744362 - 18743975
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  18744362 atgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 18744263  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  18744262 ggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgtaaaagtcgtggaattcaagtggaggaaaagggttaacactattaaaggagttgcatttgct 18744163  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
     | |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  18744162 ttttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 18744063  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18744062 acttcggcatagctcggctccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccaggtaaatt 18743975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 18749323 - 18748936
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| |||||| ||| || |||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  18749323 atgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 18749224  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||  ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  18749223 ggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgtagaagccatggaattcaagtggagaaaaagagttaacactattaaaggagttgcatttgct 18749124  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  18749123 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 18749024  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18749023 acttcggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccgggtaaatt 18748936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 18723671 - 18723284
Alignment:
Q  17 atgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    |||||| |||||| ||| || |||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  18723671 atgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaacatatagtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat 18723572  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatgttgtgaaaggggttgcatttggt 216  Q
    ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||| || ||||||| |||||||||||  ||||   | | ||||| |||||||||| |    
T  18723571 ggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgtagaagccatgaaattcaagtggagaaaaagagttaacactattaaaggagttgcatttgct 18723472  T
Q  217 ctatcatatcttcatcatgattgcacccctgccattgtgcatagagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggaagcctagtgtttctg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||    
T  18723471 ctttcatatcttcatcatgattgcactgctccaatagtgcatcgagatgtatctactagcaatatcttgctaaactctgagtggcaggccagtgtttgtg 18723372  T
Q  317 actttggcacatctcgactccttcaatatgattcatcgaatcgaactatagttgttggaacaattggatatatagctccaggtaaatt 404  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18723371 acttcggcacagctcgactccttcaatatgattcatccaatcgaactatagttgctggaactattggatatatagctccgggtaaatt 18723284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 19250411 - 19250585
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||| |||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||     
T  19250411 tgaagtgagaatattatcatatataaaacacataaatattgttaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat- 19250509  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaatg 193  Q
    || ||| | ||||||||||| || || |||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19250510 gaaaaatgaagcttgttctcggttttgtatgatgatgtagaagttgtggaattcaattggagaaaaagacttaatg 19250585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 41668951 - 41668777
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatcta-cgagtacat 116  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  41668951 tgaagtgaaaatattataaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaataatgtttttaatctatcga-tacat 41668853  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
    | | ||||  || |||||||| || || ||||| ||  |  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  41668852 gaaaaaagaaagtttgttctcagttttgtatgaggatttagaagctgtggaattcaattgcagaaaaagacttaat 41668777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 36620613 - 36620787
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  36620613 tgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 36620712  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
     | | ||  || |||||||| || || ||||| ||  |  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  36620713 aaaagagaaagtttgttctcggttttgtatgaggatttagaagctgtggaattcaattgcagaaaaagacttaat 36620787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 39102391 - 39102305
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaat 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39102391 tgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaagcatgtttttaat 39102305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8873198 - 8873023
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattct-gcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacat 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||   ||||||  | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||    
T  8873198 tgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatattattaagctttatggatttttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacat 8873099  T
Q  117 ggagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
    | | ||||  || ||||||||  | || ||||| ||  |  |||  |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8873098 gaaaaaagaaagtttgttctcgattttgtatgaggatttagaagatgtggaattcaattgcagaaaaagacttaat 8873023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42977877 - 42977703
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  42977877 tgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 42977778  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
     | ||||  || |||||||| || || ||||| ||  |  |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  42977777 aaaaaagaaagtttgttctcggttttgtatgaggatttagaagctgtggaatttaattgcagaaaaagacttaat 42977703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Original strand, 54122926 - 54123015
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatcta 107  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||   ||||||| | |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54122926 tgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatatctttaagctttatatattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatcta 54123015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 48712535 - 48712362
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||  | ||||||    
T  48712535 tgaagtgagaatattatcaaaaataaa-cagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatattttcaatctatcaatacatg 48712437  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
     | ||||  || ||||||||  | || ||||| ||  |  |||  |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  48712436 aaaaaagaaagtttgttctcgattttgtatgaggatttagaagttgtggaattcaattgcagaaaaagacttaat 48712362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 31658025 - 31658199
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  31658025 tgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 31658124  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
     | ||||  || |||||||| || |||||||| ||  |  |||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  31658125 aaaaaagaaagtttgttctcggttttatatgaggatttagaagctgtagaatttaattgcagaaaaagacttaat 31658199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 1257819 - 1257993
Alignment:
Q  18 tgaagcgagaatattatcaaaaataaagcaccgaaatatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctacgagtacatg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || || ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  1257819 tgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaaactttatgaattttgtttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 1257918  T
Q  118 gagaaaggtagcttgttctctgtcttatatgatgaagttaaagccgtggaattcaattggagaaaaaggcttaat 192  Q
     | ||||  || |||||||| || || ||||| ||  |  |||| | |||||||||||| |||||| | ||||||    
T  1257919 aaaaaagaaagtttgttctcggttttgtatgaggatttagaagctgaggaattcaattgcagaaaaggacttaat 1257993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University