View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5173_low_3 (Length: 357)
Name: NF5173_low_3
Description: NF5173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5173_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 347
Target Start/End: Original strand, 38456408 - 38456731
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456408 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
38456507 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
223 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456508 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
38456607 |
T |
|
| Q |
224 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
323 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456608 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
38456707 |
T |
|
| Q |
324 |
taccttccacttccttcacctatg |
347 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456708 |
taccttccacttccttcacctatg |
38456731 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 347
Target Start/End: Original strand, 38181048 - 38181370
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181048 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
38181147 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
223 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38181148 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
38181247 |
T |
|
| Q |
224 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
323 |
Q |
| |
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| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181248 |
g-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
38181346 |
T |
|
| Q |
324 |
taccttccacttccttcacctatg |
347 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181347 |
taccttccacttccttcacctatg |
38181370 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 38190083 - 38189761
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190083 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
38189984 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
223 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189983 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
38189884 |
T |
|
| Q |
224 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
323 |
Q |
| |
|
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189883 |
g-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
38189785 |
T |
|
| Q |
324 |
taccttccacttccttcacctatg |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189784 |
taccttccacttccttcacctatg |
38189761 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 347
Target Start/End: Original strand, 38208272 - 38208594
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208272 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
38208371 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
223 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208372 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
38208471 |
T |
|
| Q |
224 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
323 |
Q |
| |
|
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208472 |
g-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
38208570 |
T |
|
| Q |
324 |
taccttccacttccttcacctatg |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208571 |
taccttccacttccttcacctatg |
38208594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 38217308 - 38216986
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217308 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
38217209 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
223 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217208 |
acatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatga |
38217109 |
T |
|
| Q |
224 |
gtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
323 |
Q |
| |
|
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217108 |
g-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttca |
38217010 |
T |
|
| Q |
324 |
taccttccacttccttcacctatg |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217009 |
taccttccacttccttcacctatg |
38216986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 24 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 26033188 - 26032886
Alignment:
| Q |
24 |
gaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26033188 |
gaggattcacaagaagatgaatttcatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaa |
26033089 |
T |
|
| Q |
124 |
acatgttctacaataa---tgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttata |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26033088 |
acatgttctacaataatattgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttata |
26032989 |
T |
|
| Q |
221 |
tgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgt |
320 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
26032988 |
cgag-gtgttaaatttactgttactttcattaatttcaggg---gaagcattattggaacttc------ttatatacctatggctccacccccaccatgt |
26032899 |
T |
|
| Q |
321 |
tcataccttccac |
333 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
26032898 |
tcataccttccac |
26032886 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 154
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
| Q |
121 |
caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
154 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38447655 |
caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
38447688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 36 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6067860 - 6067743
Alignment:
| Q |
36 |
gaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctaca |
135 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067860 |
gaagatgaattta-tataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctaca |
6067762 |
T |
|
| Q |
136 |
ataatgtgggaagtacttc |
154 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6067761 |
ataacgtgggaagtacttc |
6067743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 204
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
| Q |
149 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
204 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38343008 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38343063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 204
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
| Q |
149 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
204 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38447201 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38447256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 53351293 - 53351249
Alignment:
| Q |
25 |
aggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaattta |
69 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
53351293 |
aggattcacaagatgatgaatttaatataccgcaagtgaaattta |
53351249 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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