View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5175-Insertion-2 (Length: 1015)

Name: NF5175-Insertion-2
Description: NF5175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5175-Insertion-2
NF5175-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1003)||(6523607-6524601)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1003
Target Start/End: Original strand, 6523607 - 6524601
Alignment:
Q  8 agggagaccctttatctccatatctgtttatcatttgtgtagaagccctatctggccttattactaagtatcataaccaaggaaaaatccagggtatctc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6523607 agggagaccctttatctccatatctgtttatcatctgtgcagaagtcctatgtggccttattactaagtatcataaccaaggaaaaatctagggtatctc 6523706  T
Q  108 catagccagaaatgctcctgctatttcccatttattctttgctaatgacaacatgatcttttgcagggaaaacaaatcagaagctaaacatctaaatgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6523707 catagccagaaatgctcctgctatttcccatttattctttgctgatgacaacatgatcttttgcagggcaaacaaatcagaagctaaacatctaaaggaa 6523806  T
Q  208 atctttgatgaatatcaaagagttttaggccagaaaatcaatcttaacaaatctgaaatggtgttcatccctaatattatacaaagtgtcaaaaaggagt 307  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6523807 atctttgatgaatataaaagagttttaggccagaaaatcaatcttaacaaatctgaaatggtgttcagccctaatattatacaaagtgtcaaaaaggagt 6523906  T
Q  308 ttcaagacttcatgcctatccagatcactgactctattaccaaatacttaggtctccctactcaggttcgcagatcaaagactcacacattcaactttat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6523907 ttcaagacttcatgcctatccagatcactgactctattaccaaatacttaggtctccctactcaggttggcagatcaaagactcacacattcaactttat 6524006  T
Q  408 catggaaagagtcagagctaaattaaaagggtggaaggagaggaatctatccttctcaagaagaggtgttttaatcagagcagttattcaagctttacct 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6524007 catggaaagagtcagagctaaattaaaagggtggaaggagaggaatctatccttctcaggaagaggtgttttaatcagagcagttattcaagctttgcct 6524106  T
Q  508 acttatgtcatgagtatgttcctcattcccgagggcatttgtgataaaatagagcaggcaatctgcagattctggtggggaggaaatgaagacagaggaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6524107 acttatgtcatgagtatgttcctcattcccgagggcatttgtgataaaatagagcaggcaatctgcagattctggtggggaggaaatgaagacagaagaa 6524206  T
Q  608 ggatccactggaaaaacaaagacttcctattcaagccaaaattcagtggaggccaaggttttagaactatgcgcagttttaatggagctttgttagctaa 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  6524207 ggatccactggaaaaacaaagacttcctattcaagccaaaattcagtggaggccaaggttttagaactatgcgcagttttaatgaagctttgttagcaaa 6524306  T
Q  708 gcaagtctggagattaattaaataccctacaatctacatccttcttagccacttgcctaaaagccaaacacttccccaatacagatgttttaaaagctaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6524307 gcaagtctggagattaattaaatacc-------ctacatccttcttagccacttgcctaaaagccaaacacttccccaatacagatgttttaaaagctaa 6524399  T
Q  808 attgggtaatcaacctagttttgtttggagcagtatctaccacacaaattggattatc-aaaaagggggttgctcgttaattggagatggc-aaaagata 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  6524400 attgggtaatcaacctagttttgtttggagcagtatctaccacacaaagtggattatcaaaaaagggggtcgctggttaattggagatggcaaaaagata 6524499  T
Q  906 gatgtgtgggatgataactggctacctcatcagaatggattc-aaactgtctctaaggcaaccaat-acactgatataag-attgtg-aagacctcatgg 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||| || |||||| ||||||||||||    
T  6524500 gatgtgtgggatgataactggctacctcatcagaatggattcaaaactgtctctaagccaaccaataacattgatatcagaattgtgaaagacctcatgg 6524599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University