View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5176-Insertion-1 (Length: 1070)
Name: NF5176-Insertion-1
Description: NF5176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5176-Insertion-1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 922; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 922; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1040
Target Start/End: Complemental strand, 50111561 - 50110523
Alignment:
| Q |
8 |
gcatgtgtctgttatgtgcagagcaatttgtgggtctttgtcagtaaccaaatatgcctacctagataatacatttgtaattgtatctgtataaaaatat |
107 |
Q |
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| T |
50111561 |
gcatgtgtctgttatgtgcagagcaatttgtgggtcattgtcagtaaccaaatatgcctacgtagatgatacatttgtaattgtatctgtataaaaatat |
50111462 |
T |
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| Q |
108 |
ctaatccattgtttcatgaaggagaaagaagagaaaaatctttatgtttgaatgaatccatggtcttatacatcaaaagagaccatgcatcggaacaaat |
207 |
Q |
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| T |
50111461 |
ctaatccattgtttcatgaaggataaaggagagaaaaatctttatgtttgaatgaatccatggtcttatacatcaaaagagaccatgcatcggaacaaat |
50111362 |
T |
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| Q |
208 |
gcaaaatattttgtttgtacctacacataacttaagaataatctatcactttagtccttaaactattaccatctctccaaattaagcccctaaactattt |
307 |
Q |
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| T |
50111361 |
gcaaaatattttgtttgtacctacacataacttaagaataatctatcactttagtccttaaactattaccatctctccaaattaagtccctaaactattt |
50111262 |
T |
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| Q |
308 |
taaatccatcaaaaaattattctgtcaaaagaagtgtttgaccaacatggctcacttattttatttgctatgtaataggattccaccaatgcagatgggg |
407 |
Q |
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| T |
50111261 |
taaatccatcaaaaaattattctgtcaaaagaagtgtttgaccaacatg-ctcacttattttatttgctatgtaataggattccaccaatgcagatgggg |
50111163 |
T |
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| Q |
408 |
ttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccacttgatgttatatggaatgatgatgatcacatggatgga |
507 |
Q |
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| T |
50111162 |
ttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccactcgatgttatatggaatgatgatgatcacatggatgga |
50111063 |
T |
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| Q |
508 |
cacaaggacttcaccctcaatccagttaactatccacgtccaaagcttttaaactttctggaaagaatacacaacattggcatgaaatacattgtgataa |
607 |
Q |
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| T |
50111062 |
cacaaggacttcaccctcaatccagttaactatccacgtccaaagcttttaaactttctggaaagaatacacaacattggcatgaaatacattgtgataa |
50110963 |
T |
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| Q |
608 |
ttgatcctggtattgctgttaactccagttatggtgtgtaccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaagcatgagggtgaaccattcatggcaca |
707 |
Q |
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| T |
50110962 |
ttgatcctggtattgctgttaactccagttatggtgtgtaccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaagcatgagggtgaaccattcttggcaca |
50110863 |
T |
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| Q |
708 |
agtttggccgggagcagtgtactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtggggtgatgagattcgccgcttccatgaacttgtcccagtt |
807 |
Q |
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| T |
50110862 |
agtttggccaggagcagtgtactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtggggtgatgagattcgccgcttccatgaacttgtcccagtt |
50110763 |
T |
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| Q |
808 |
gatggcttatggattgacatgaatgaagcttcaaatttttgctctggtaagtgcacaattcctaca-gaaaggtgtgccccagtggaacaggacctggtt |
906 |
Q |
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| T |
50110762 |
gatggcttatggattgacatgaatgaagcttcaaatttttgctctggtaagtgcacaattcctacaggaaaggtgtgccccagtggaacaggacctggtt |
50110663 |
T |
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| Q |
907 |
gggtatgttgcttagattgcaaaaacatcacaagcacacggtgggatgatcctccctataaa--taatgcttcagggattac-agct-cta-tagtttc- |
1000 |
Q |
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| T |
50110662 |
gggtatgttgcttagattgcaaaaacatcacaagcacacggtgggatgatcctccctacaaaattaatgcttca-ggattacaagctcctattggtttca |
50110564 |
T |
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| Q |
1001 |
aaactatagccac-agtgcagtccactataatggcattttg |
1040 |
Q |
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| T |
50110563 |
aaactatagccacaagtgcagtccactataatggcattttg |
50110523 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 382 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 50121211 - 50120744
Alignment:
| Q |
382 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccacttgatgttatat |
481 |
Q |
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| T |
50121211 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatat |
50121112 |
T |
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| Q |
482 |
ggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggacttcaccctcaatccagttaactatccacgtccaaagcttttaaactttctggaaagaatacacaa |
581 |
Q |
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| T |
50121111 |
ggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggactttacagtcaatccagttaactacccacttccaaagcttttaaactttttggacagaatacacag |
50121012 |
T |
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| Q |
582 |
cattggcatgaaatacattgtgataattgatcctggtattgctgttaactccagttatggtgtgtaccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaag |
681 |
Q |
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| T |
50121011 |
cattggcatgaaatacattgtgattaatgatcctggaattgctgttaacaccaaatatggtgtataccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaag |
50120912 |
T |
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| Q |
682 |
catgagggtgaaccattcatggcacaagtttggccgggagcagtgtactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtggggtgatgagattc |
781 |
Q |
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| T |
50120911 |
tatgaaggtgaaccattcatggctatggtttggccaggggctgtttactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtgggccgatgaaattc |
50120812 |
T |
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| Q |
782 |
gccgcttccatgaacttgtcccagttgatggcttatggattgacatgaatgaagcttcaaatttttgc |
849 |
Q |
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| T |
50120811 |
gccgcttccatgaacttgttcctattgatggattatggattgacatgaatgaagtttcaaatttttgc |
50120744 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 911 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 50120675 - 50120625
Alignment:
| Q |
911 |
atgttgcttagattgcaaaaacatcacaagcacacggtgggatgatcctcc |
961 |
Q |
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| T |
50120675 |
atgttgcttagattgtacaaacatcacaagcacaagatgggatgatcctcc |
50120625 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 166; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 384 - 869
Target Start/End: Original strand, 23933616 - 23934101
Alignment:
| Q |
384 |
aggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccacttgatgttatatgg |
483 |
Q |
| |
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| T |
23933616 |
aggattccaccaatgcagatggggatatcacaatctatcagttgttgaagatgttgtggatagttacaagaaggctcaaatcccacttgatgtgatctgg |
23933715 |
T |
|
| Q |
484 |
aatgatgatgatcacatggatggacacaaggacttcaccctcaatccagttaactatccacgtccaaagcttttaaactttctggaaagaatacacaaca |
583 |
Q |
| |
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| T |
23933716 |
aacgacgatgatcatatggacggacacaaagacttcacactcaatccaaagaactaccctcgtccgaagcttctaaacttcttgaacaagatacacagca |
23933815 |
T |
|
| Q |
584 |
ttggcatgaaatacattgtgataattgatcctggtattgctgttaactccagttatggtgtgtaccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaagca |
683 |
Q |
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| T |
23933816 |
ttggcatgaaatacattgtcattattgaccctggaattggggttaactccagttacggtgtataccaaaggggtttagccaacgatgttttcatcaagta |
23933915 |
T |
|
| Q |
684 |
tgagggtgaaccattcatggcacaagtttggccgggagcagtgtactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtggggtgatgagattcgc |
783 |
Q |
| |
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|| || ||||| ||| |||| ||||| ||||| || || || |||||||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||| ||| |
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| T |
23933916 |
cgaaggcgaacctttcttggctcaagtgtggccaggggcggtaaactttcctgattttctcaatccaaagactgtaaattggtgggtcgacgagatccgc |
23934015 |
T |
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| Q |
784 |
cgcttccatgaacttgtcccagttgatggcttatggattgacatgaatgaagcttcaaatttttgctctggtaagtgcacaattcc |
869 |
Q |
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| T |
23934016 |
cgcttccatgaactcgtacctgttgacggcctatggattgacatgaacgaagcttcaaatttctgttctggtaaatgcaaaattcc |
23934101 |
T |
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