View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5176-Insertion-7 (Length: 629)

Name: NF5176-Insertion-7
Description: NF5176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5176-Insertion-7
NF5176-Insertion-7
[»] chr7 (38 HSPs)
chr7 (24-325)||(34721257-34721565)
chr7 (457-621)||(27450722-27450886)
chr7 (457-621)||(5538586-5538750)
chr7 (457-621)||(16680317-16680481)
chr7 (457-621)||(17654553-17654717)
chr7 (465-621)||(47522012-47522168)
chr7 (457-621)||(10521688-10521852)
chr7 (470-621)||(13322905-13323056)
chr7 (457-621)||(34741586-34741743)
chr7 (465-621)||(37343116-37343272)
chr7 (457-621)||(15071318-15071482)
chr7 (457-621)||(17837818-17837975)
chr7 (457-621)||(41883398-41883562)
chr7 (457-621)||(48406216-48406380)
chr7 (457-621)||(35607426-35607590)
chr7 (457-621)||(42504969-42505133)
chr7 (457-621)||(17460297-17460461)
chr7 (457-621)||(17592753-17592917)
chr7 (465-621)||(9368437-9368593)
chr7 (535-621)||(11630316-11630402)
chr7 (7-451)||(34715684-34716134)
chr7 (507-621)||(16488280-16488395)
chr7 (186-435)||(34727740-34727989)
chr7 (455-600)||(47670259-47670404)
chr7 (455-620)||(36980416-36980579)
chr7 (7-450)||(18923816-18924262)
chr7 (186-435)||(18928737-18928986)
chr7 (465-527)||(41734638-41734700)
chr7 (455-527)||(9491989-9492061)
chr7 (528-603)||(17747738-17747813)
chr7 (186-247)||(34730898-34730959)
chr7 (274-434)||(34717711-34717871)
chr7 (465-499)||(11630418-11630452)
chr7 (37-87)||(34730749-34730799)
chr7 (37-87)||(34735348-34735398)
chr7 (185-247)||(34735496-34735558)
chr7 (584-621)||(41734713-41734750)
chr7 (37-87)||(18929085-18929135)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (457-621)||(2406058-2406222)
chr6 (457-621)||(31770932-31771089)
chr6 (457-618)||(26172776-26172936)
chr6 (457-621)||(22304088-22304252)
chr6 (457-621)||(2407101-2407258)
chr6 (457-621)||(6204007-6204171)
chr6 (457-621)||(11690974-11691138)
chr6 (457-621)||(30826653-30826817)
chr6 (457-621)||(27638606-27638770)
chr6 (456-620)||(24085850-24086014)
chr6 (474-621)||(3384304-3384450)
chr6 (455-620)||(18005475-18005640)
chr6 (455-620)||(32642748-32642912)
chr6 (457-542)||(26440299-26440384)
chr6 (509-620)||(32641897-32642008)
chr6 (491-593)||(21603276-21603378)
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (457-621)||(50278012-50278176)
chr4 (455-620)||(10730030-10730195)
chr4 (455-620)||(10943799-10943964)
chr4 (457-621)||(8110009-8110173)
chr4 (457-621)||(21018627-21018791)
chr4 (457-621)||(44677019-44677183)
chr4 (457-621)||(6178839-6179003)
chr4 (457-621)||(49168369-49168533)
chr4 (455-620)||(71793-71958)
chr4 (457-621)||(31424598-31424762)
chr4 (465-621)||(30706770-30706926)
chr4 (465-620)||(14317475-14317630)
chr4 (455-620)||(13624569-13624734)
chr4 (457-621)||(40355452-40355616)
chr4 (457-621)||(41796074-41796238)
chr4 (457-621)||(1306169-1306335)
chr4 (493-621)||(50196220-50196352)
chr4 (465-568)||(51686001-51686104)
chr4 (465-621)||(49093287-49093444)
chr4 (514-621)||(50020733-50020840)
chr4 (457-620)||(50904221-50904377)
chr4 (465-621)||(37016632-37016776)
chr4 (535-617)||(46438956-46439038)
chr4 (482-620)||(55278820-55278958)
chr4 (522-609)||(21535275-21535362)
chr4 (466-620)||(40886666-40886820)
chr4 (548-621)||(30723776-30723849)
chr4 (457-542)||(30723877-30723962)
chr4 (454-564)||(41931068-41931178)
chr4 (455-612)||(12891768-12891925)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (457-621)||(34367645-34367809)
chr8 (457-621)||(5301342-5301506)
chr8 (457-621)||(34819645-34819809)
chr8 (455-620)||(45132595-45132760)
chr8 (457-621)||(39604145-39604309)
chr8 (457-621)||(15033800-15033964)
chr8 (457-621)||(35554453-35554610)
chr8 (465-621)||(5679727-5679883)
chr8 (457-621)||(39831786-39831942)
chr8 (457-621)||(40075735-40075892)
chr8 (465-621)||(20858879-20859035)
chr8 (465-621)||(21176348-21176504)
chr8 (457-621)||(1055384-1055548)
chr8 (457-621)||(23019322-23019486)
chr8 (457-621)||(26662305-26662469)
chr8 (465-621)||(486768-486924)
chr8 (457-618)||(30761310-30761485)
chr8 (457-621)||(22531-22695)
chr8 (457-621)||(42482541-42482705)
chr8 (456-620)||(51939-52103)
chr8 (535-621)||(41243119-41243205)
chr8 (533-621)||(43214318-43214406)
chr8 (457-506)||(43214261-43214310)
chr8 (457-506)||(41243215-41243264)
chr8 (526-586)||(22500772-22500832)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (457-621)||(20353399-20353563)
chr3 (455-622)||(17562373-17562540)
chr3 (457-621)||(2272087-2272251)
chr3 (457-621)||(9473137-9473301)
chr3 (457-621)||(36130343-36130507)
chr3 (457-621)||(49266400-49266564)
chr3 (457-621)||(41615127-41615283)
chr3 (457-622)||(44232576-44232734)
chr3 (457-621)||(52388629-52388793)
chr3 (457-621)||(599725-599889)
chr3 (457-621)||(42901191-42901355)
chr3 (457-621)||(48565734-48565891)
chr3 (457-621)||(4005442-4005605)
chr3 (457-621)||(46698346-46698510)
chr3 (465-621)||(54388991-54389147)
chr3 (466-621)||(49141549-49141704)
chr3 (469-621)||(34048295-34048447)
chr3 (465-621)||(50477808-50477964)
chr3 (457-621)||(6927989-6928147)
chr3 (457-621)||(46401563-46401727)
chr3 (457-622)||(50214197-50214355)
chr3 (457-621)||(42759520-42759677)
chr3 (457-621)||(47071218-47071375)
chr3 (454-600)||(48891372-48891518)
chr3 (455-620)||(42804993-42805158)
chr3 (508-621)||(2648607-2648720)
chr3 (457-621)||(16646365-16646517)
chr3 (455-574)||(50758955-50759074)
chr3 (456-621)||(30253125-30253290)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (457-621)||(36653531-36653695)
chr2 (457-621)||(39950352-39950516)
chr2 (457-621)||(29398640-29398804)
chr2 (457-604)||(7189671-7189818)
chr2 (457-621)||(15834114-15834278)
chr2 (457-621)||(30493996-30494160)
chr2 (465-621)||(5354837-5354993)
chr2 (457-621)||(28471386-28471550)
chr2 (457-621)||(10825953-10826110)
chr2 (457-621)||(43536739-43536903)
chr2 (465-621)||(43981387-43981543)
chr2 (465-621)||(45431371-45431527)
chr2 (457-621)||(17423324-17423488)
chr2 (465-620)||(20067493-20067647)
chr2 (454-620)||(7416637-7416803)
chr2 (455-516)||(40538395-40538456)
chr2 (562-620)||(40538488-40538546)
chr2 (562-597)||(22529914-22529949)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (457-621)||(47660730-47660894)
chr1 (457-621)||(47505198-47505362)
chr1 (457-621)||(45828433-45828597)
chr1 (457-621)||(52804725-52804889)
chr1 (457-621)||(13637035-13637199)
chr1 (465-621)||(16269826-16269982)
chr1 (457-621)||(19158878-19159042)
chr1 (465-618)||(19522316-19522462)
chr1 (457-621)||(31780696-31780853)
chr1 (457-621)||(11196720-11196884)
chr1 (457-621)||(21143794-21143951)
chr1 (457-621)||(22526860-22527017)
chr1 (465-621)||(3729378-3729534)
chr1 (457-621)||(95131-95288)
chr1 (493-621)||(50617928-50618056)
chr1 (457-621)||(38120194-38120358)
chr1 (454-600)||(49855073-49855219)
chr1 (457-621)||(26878574-26878731)
chr1 (522-601)||(23273427-23273506)
chr1 (565-620)||(51336870-51336925)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (457-621)||(38970899-38971063)
chr5 (457-621)||(5199625-5199782)
chr5 (457-621)||(7760195-7760352)
chr5 (457-621)||(38407886-38408043)
chr5 (457-621)||(8577574-8577738)
chr5 (455-620)||(15939501-15939666)
chr5 (465-618)||(30707913-30708066)
chr5 (460-621)||(42538654-42538815)
chr5 (465-621)||(511645-511794)
chr5 (457-621)||(28238768-28238932)
chr5 (457-621)||(28879456-28879620)
chr5 (457-621)||(19038198-19038362)
chr5 (455-611)||(8699471-8699627)
chr5 (457-570)||(8739-8852)
chr5 (522-620)||(40623041-40623139)
chr5 (533-620)||(42937692-42937780)
chr5 (457-506)||(42937788-42937837)
chr5 (465-505)||(40623144-40623184)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (455-620)||(12206-12371)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (493-600)||(56472-56579)
[»] scaffold0117 (1 HSPs)
scaffold0117 (465-620)||(22325-22481)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 38)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 24 - 325
Target Start/End: Original strand, 34721257 - 34721565
Alignment:
Q  24 atctacaacttatgcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaacattttcctccggggaagcatcccttgcaacatcct 123  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34721257 atctacgacttatgcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaacattttcctccggggaagcatcccttgcaacatcct 34721356  T
Q  124 ttttcccaattcaactgaatttatcattactcttctgttgccgccgataaca-------taaacaagctgttgttgtaaagaaacttggccattgtcttg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34721357 ttttcccaattcaactgaatttatcattactcttctgttgccgccgataacataaacattaaacaagctgttgttgtaaagaaacttggccattgtcttg 34721456  T
Q  217 ttcccaaacttccccgacatttaggaggaaattcccttagttaaaagagtgacggagtttattataagtggatttagcaatggttgttttaccgatccct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34721457 ttcccaaacttccccgacatttaggaggaaactcccttcgttaaaagagtgacggagtttattataagtggatttagcaatggttgttttaccgatccct 34721556  T
Q  317 ccctcgcca 325  Q
    |||| ||||    
T  34721557 cccttgcca 34721565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 27450886 - 27450722
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  27450886 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctgtgtgttatggtaca 27450787  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  27450786 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaagagatcttccgaggccagcaaatgaa 27450722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 5538750 - 5538586
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5538750 ttcgtcgacttccgcactcacacacttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtgctatggtaca 5538651  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5538650 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatctttcgaggccagcaaatgaa 5538586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 16680317 - 16680481
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16680317 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattagggtgagcaggcaggagagcagacttggcggatggcggatggctatgtgttatggtaca 16680416  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  16680417 ctagggtgtgtcaccctcagattttgccacctgttccatgagatcttccgaggccagcaaatgaa 16680481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 17654553 - 17654717
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17654553 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattagggtgagcaggcaggagagcagacttggcggatggcggatggctatgtgttatggtaca 17654652  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  17654653 ctagggtgtgtcaccctcagattttgccacctgttccatgagatcttccgaggccagcaaatgaa 17654717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 47522168 - 47522012
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47522168 cttccgcacttacacgtttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggaaagcagacatggcggatggcggatgactatgtgttatggtacactagggtg 47522069  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47522068 tctcaccctcagattttgccacctattccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 47522012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 10521688 - 10521852
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  10521688 ttcgtcgactttcgcactcacacgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtcatatggtaca 10521787  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  10521788 ctagggtgtctcaccctcatatcttgccacctcttccaggagatcttccgagacctgcaaatgaa 10521852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 470 - 621
Target Start/End: Original strand, 13322905 - 13323056
Alignment:
Q  470 gcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctca 569  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||    
T  13322905 gcactcacacgcttaagggggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggcgatgttctatggtacactatggtgtctca 13323004  T
Q  570 ccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13323005 ccctcagatattgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 13323056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 34741586 - 34741743
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  34741586 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcagccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtgttatggtaca 34741678  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34741679 ctaggctgtctcaacctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgagaccagcaaatgaa 34741743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 37343116 - 37343272
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  37343116 cttccgcactcacacgcttaaggaggccgattggggtgagcaggcagcagagcagacatggcatatgagggagggctatgtgttatggtacactaaggtg 37343215  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37343216 tctcaccctcagatttttccacctctttcaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 15071482 - 15071318
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  |||||||||    
T  15071482 ttcgtcgacttccgcactcacatgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtaca 15071383  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  15071382 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 15071318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 17837818 - 17837975
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||  |||||||||    
T  17837818 ttcgtcgacttccgcacttacacgcttaaggcagacgattggggtgagcaagcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtcctatggtaca 17837910  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  17837911 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 17837975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 41883398 - 41883562
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  41883398 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 41883497  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  41883498 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 41883562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 48406216 - 48406380
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  48406216 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 48406315  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  48406316 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 48406380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 35607590 - 35607426
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||| | || |||||||||||||  | |||||||    
T  35607590 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcaggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 35607491  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  35607490 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 35607426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 42505133 - 42504969
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  |||||||||    
T  42505133 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtaca 42505034  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  42505033 ctagggtgtctcaccctcatatcttgctgcctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 42504969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 17460461 - 17460297
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  17460461 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 17460362  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  17460361 ctagggtgtttcaccctcatatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 17460297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 17592753 - 17592917
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  17592753 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 17592852  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  17592853 ctagggtgtttcaccctcatatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 17592917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 9368593 - 9368437
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||||||| | | | ||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  9368593 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgtgcaggcaggagaggatacacggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 9368494  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  9368493 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 9368437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 535 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 11630402 - 11630316
Alignment:
Q  535 gatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11630402 gatggttatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 11630316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 451
Target Start/End: Original strand, 34715684 - 34716134
Alignment:
Q  7 acttccttgacgaaaccatctacaacttatgcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaacattttcctccggggaagc 106  Q
    ||||||||||| ||||||| | |  ||||||||||||||| |||| ||||    ||||||||||||||| | |||||| || || ||||  |||||||||    
T  34715684 acttccttgaccaaaccatttgcgtcttatgcacaaagcacccaattggtcttttttattcacatcgtcaaccacaagtaatatcttccaacggggaagc 34715783  T
Q  107 atcccttgcaacatcctttttcccaattcaactgaatttatcattactcttctgttgccgcc---gataacataaacaagctgttgttgtaaagaaactt 203  Q
     || | ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||    ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  34715784 ctctcctgcaatatcctttttccggattcaactgtatttatcgttattcttctgctgctgcttctgataacagaaataagttgtttttgtaaagaaactt 34715883  T
Q  204 ggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaattcccttagttaaaagagt---gacggagtttattataagtggatttagcaatggt 300  Q
     |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |   | ||||  ||   || ||| || |||||||   | ||| ||||| ||    
T  34715884 cgccattatcttgtttccaaacttcaccgacatttaagaggaagctccttgcctcaaaatggtggcgatggatttcattataaactgctttggcaattgt 34715983  T
Q  301 tgttttaccgatccctccctcgccacatatcccaagcagtagaggacctgctgactgtttgctgtacaataggttaataacatcttgtgcacgagattct 400  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||| || |||| |||  |   |  | ||| | |||||| |||||| ||||||||||     
T  34715984 tgttttaccgatccctcctccgccccatatcccaagcagtacaggatcttctgattgtcgggattttagtagttgaataacctcttgtacacgagattcc 34716083  T
Q  401 acccctaccggatggtctgcaacgagtaagtctgtgctggaaaaagaactg 451  Q
    ||||| || |||||||| ||||| | |||||  |||||||||  |||||||    
T  34716084 acccccactggatggtccgcaacaaataagttggtgctggaagtagaactg 34716134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 507 - 621
Target Start/End: Original strand, 16488280 - 16488395
Alignment:
Q  507 agcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccc-tcagattttgccacctcttccaggagatcttct 605  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  16488280 agcaggagagcagacatggcggataagggatggatatgtgttatggtacactaaggtgtttcacccctcagattgtgccacctcttccaggagatcttcc 16488379  T
Q  606 gaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||    
T  16488380 gaggccagcaaatgaa 16488395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 186 - 435
Target Start/End: Original strand, 34727740 - 34727989
Alignment:
Q  186 gttgttgtaaagaaacttggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaattcccttagttaaaagagtgacggagtttattataagt 285  Q
    ||||||||| |||||||   ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||      | ||||  |||||| | |||||||||||     
T  34727740 gttgttgtagagaaactacaccattatcttgttcccaaacttccctgacatttaggaggaaactcttcgcctcaaaatcgtgacgaattttattataagc 34727839  T
Q  286 ggatttagcaatggttgttttaccgatccctccctcgccacatatcccaagcagtagaggacctgctgactgtttgctgtacaataggttaataacatct 385  Q
     | ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||| |||||||||| |||  ||  ||| | ||   ||| || ||| | ||||||||||    
T  34727840 agctttagcaattgttgttttgccgatccctcccatgccccatattccaagcagtaaagggtcttttgattcttgattgttcagtagttgaataacatct 34727939  T
Q  386 tgtgcacgagattctacccctaccggatggtctgcaacgagtaagtctgt 435  Q
    ||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  34727940 tgaacacgagaatctacccccactggatggtctgcaacgaataagtctgt 34727989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 455 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 47670404 - 47670259
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||| ||  |  |||||||||| | ||||||    
T  47670404 ctttcgtcaacttccgcactcacgcgcttaagtcggccgattggggtgagcatccaggagaggagacatggcgtatagcatatggctatgtatgatggta 47670305  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagat 600  Q
    | | |  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  47670304 cgccattgtgtctcaccctcagaatttgccacttcttccaggagat 47670259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 36980416 - 36980579
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| |||||| |||||  |||  |||||   ||||||    
T  36980416 ctttcgtcgactttcacactcacacacttaaggcggccgatttgggtgtgcatacaggagagcagacatggcgtatgac--atgattatgtacgatggta 36980513  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||    ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  36980514 caccgttgtgcctcaccctcagatttagccacttcttccaggagatattctgaggcctccaaatga 36980579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 18924262 - 18923816
Alignment:
Q  7 acttccttgacgaaaccatctacaacttatgcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaacattttcctccggggaagc 106  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||| |||||||| ||||| |||||| |||||  || || | ||||||    
T  18924262 acttccttgaccaaaccatttgcaacttatgcacaaagcatccaattgatgctgttcattcacattgtccaccacaagtaacatcctcttctgtggaagc 18924163  T
Q  107 atcccttgcaacatcctttttcccaattcaactgaatttatcattactct-tctgttg--ccgccgataacataaacaagctgttgttgtaaagaaactt 203  Q
    ||  | ||||| ||| |||||||  |||||||||  | |||| ||  | | |||||||    |  |||| || ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  18924162 atttcctgcaatatcatttttcctgattcaactgtttctatcttttttatatctgttgttttgtagatatcagaaagaagttgttgttgtaaagaaactt 18924063  T
Q  204 ggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaattcccttagttaaaagagtgacggagtttattataagtggatttagcaatggttgt 303  Q
     |||||| |||||||||||||||| || ||||||||  |||||  ||  |   | ||||  |||| ||| ||||||||||   | ||| ||||| |||||    
T  18924062 cgccattatcttgttcccaaacttgccggacatttaataggaagctctttgcctcaaaatggtgatggattttattataaactgctttggcaattgttgt 18923963  T
Q  304 tttaccgatccctccctcgccacatatcccaagcagtagaggacctgctgactgtttgctgtacaataggttaataacatcttgtgcacgagattctacc 403  Q
    ||| || ||||||||    ||||||||||||| || | |||   || ||||  ||| | ||| ||  || | |||||| |||||| |||||||||| |||    
T  18923962 tttgccaatccctccagtaccacatatcccaatcactcgagtttcttctgatggttcggtgttcagcagttgaataacctcttgtacacgagattcaacc 18923863  T
Q  404 cctaccggatggtctgcaacgagtaagtctgtgctggaaaaagaact 450  Q
    || || |||||||| ||||||| |||||  ||||||||| |||||||    
T  18923862 cccacaggatggtccgcaacgaataagttggtgctggaagaagaact 18923816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 186 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 18928986 - 18928737
Alignment:
Q  186 gttgttgtaaagaaacttggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaattcccttagttaaaagagtgacggagtttattataagt 285  Q
    ||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |   | ||||  |||||| | |||||||||||     
T  18928986 gttgttgtagagaaacctgcccattatcgtgttcccaatcttccctgacatttaggaggaaactctttgcatcaaaatcgtgacgaattttattataagc 18928887  T
Q  286 ggatttagcaatggttgttttaccgatccctccctcgccacatatcccaagcagtagaggacctgctgactgtttgctgtacaataggttaataacatct 385  Q
     | ||||||||| |||||||| ||||||||||||   || ||||| |||||||||| |||  ||  ||| |  |  | || |||||| | || |||||||    
T  18928886 agctttagcaattgttgttttgccgatccctcccataccccatattccaagcagtaaagggtcttttgattcgtgacagttcaatagttgaacaacatct 18928787  T
Q  386 tgtgcacgagattctacccctaccggatggtctgcaacgagtaagtctgt 435  Q
    ||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||    
T  18928786 tgaacacgagaatctacccccactggatggtctgcaacgaataattctgt 18928737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 465 - 527
Target Start/End: Original strand, 41734638 - 41734700
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcg 527  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  41734638 cttccgcactcacacgcttaaggaggccgattggggtgagcaggcagcagagcagacatggcg 41734700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 455 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 9492061 - 9491989
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcg 527  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  9492061 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcgaccaattggggtgagcatgtaggagaggagacatggcg 9491989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 528 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 17747813 - 17747738
Alignment:
Q  528 gatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatctt 603  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17747813 gatgaaggatggctatatgatatggtacactacagtgtctcaccctctgattttgccacttcttctaggagatctt 17747738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Original strand, 34730898 - 34730959
Alignment:
Q  186 gttgttgtaaagaaacttggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaa 247  Q
    ||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34730898 gttgttgtagagaaactatgccattatcttgttcccaaacttccctgacatttaggaggaaa 34730959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 434
Target Start/End: Original strand, 34717711 - 34717871
Alignment:
Q  274 tttattataagtggatttagcaatggttgttttaccgatccctccctcgccacatatcccaagcagtagaggacctgctgactgtttgctgtacaatagg 373  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||| ||||||||   ||  ||| |||| ||||| ||  ||     
T  34717711 tttattataaccggatttagcaatggttgttttgtcaatccctcccatgcctcatatcccaatcagtagagagtcttttgattgttggctgttcagaagt 34717810  T
Q  374 ttaataacatcttgtgcacgagattctacccctaccggatggtctgcaacgagtaagtctg 434  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||| ||| | || ||||||||  |||| | ||||||||    
T  34717811 taaataacatcttgtacacaagattcaacctcgactggatggtccacaacaaataagtctg 34717871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 465 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 11630452 - 11630418
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggg 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11630452 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggg 11630418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 87
Target Start/End: Original strand, 34730749 - 34730799
Alignment:
Q  37 gcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaa 87  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34730749 gcacaaagcattcaattggtccagtttattcacatcgtccagcacaagaaa 34730799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 87
Target Start/End: Original strand, 34735348 - 34735398
Alignment:
Q  37 gcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaa 87  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34735348 gcacaaagcattcaattggtccagtttattcacatcgtccagcacaagaaa 34735398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 247
Target Start/End: Original strand, 34735496 - 34735558
Alignment:
Q  185 tgttgttgtaaagaaacttggccattgtcttgttcccaaacttccccgacatttaggaggaaa 247  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  34735496 tgttgttgtagagaaactacgccattatcttgttcccagacttccctgacatttgggaggaaa 34735558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 584 - 621
Target Start/End: Original strand, 41734713 - 41734750
Alignment:
Q  584 cacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41734713 cacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 41734750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 18929135 - 18929085
Alignment:
Q  37 gcacaaagcatccaactggttcagtttattcacatcgtccaacacaagaaa 87  Q
    ||||||||||| ||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  18929135 gcacaaagcattcaattggtcctctttattcacatcgtccaacacaagaaa 18929085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 2406222 - 2406058
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2406222 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatgacggacgacggatggctatgtgttatggtaca 2406123  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  2406122 caagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaagagatcttccgaggccagcaaatgaa 2406058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 31770932 - 31771089
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||       |||||||||| |||||||||    
T  31770932 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtgctatggtaca 31771024  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31771025 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctctttcaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 31771089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 457 - 618
Target Start/End: Original strand, 26172776 - 26172936
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  26172776 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattgggataagcaggcaggagagcagacattgcggatggcggatgtctatgtgttatggtaca 26172875  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaat 618  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  26172876 ctagggtgtctca-cctcaaattttgccacctcttcgaggagatcttccgacgccagcaaat 26172936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 22304088 - 22304252
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  22304088 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 22304187  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22304188 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 22304252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 2407101 - 2407258
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||       ||||||||||||||||||    
T  2407101 ttcgtcgacttccgcacttacacgcttaaggcggccgatcgaggtgaacaggcaggagagcagaaatggcagatg-------gctatgtgttatggtaca 2407193  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2407194 ctagggtgtctcaccctcggattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 2407258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 6204007 - 6204171
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  6204007 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 6204106  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  6204107 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 6204171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 11690974 - 11691138
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  11690974 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 11691073  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11691074 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 11691138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30826817 - 30826653
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  30826817 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 30826718  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30826717 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 30826653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 27638606 - 27638770
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | ||||||     
T  27638606 ttcgtcgacttcggcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacg 27638705  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  27638706 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaagagatcttccgaggcctgcaaatgaa 27638770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 456 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 24086014 - 24085850
Alignment:
Q  456 tttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtac 555  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||| | |||||||||||   |||||||    
T  24086014 tttcgtcgacttccgcactcacacacttaaggcggccgattggggtgagcatgcaggagagcaggcatggcgtatggcagatggctatgtacgatggtac 24085915  T
Q  556 actagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||    ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  24085914 accgttgtgtctcaccctcagattttgccacttcttgtaggagatattcggaggcctccaaatga 24085850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 474 - 621
Target Start/End: Original strand, 3384304 - 3384450
Alignment:
Q  474 tcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccct 573  Q
    |||||||||||||| | |||||||  ||||||| |||| |||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  3384304 tcacacgcttaaggagaccgattgaagtgagcaggcagcagagcagacatggcatatgagggagggctatgtgttatgatacactaagatgtctcaccct 3384403  T
Q  574 cagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3384404 cagattttgccatctcttcca-gagatcttccgaggccagcaaatgaa 3384450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 18005640 - 18005475
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||| | ||| | |||||||||||   | ||||    
T  18005640 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcatgcagcagaggaaacatggtgtatggcagatggctatgtacgaaggta 18005541  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  18005540 caccgttgtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaggagattttccgaggcctccaaatga 18005475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 32642748 - 32642912
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||| | ||| |||||| ||||| |||||||||||   ||||||    
T  32642748 ctttcgtcgacttccgtactcacacgcttaaggcggctgattggg-tgagcatgtaggagggtagacatggcgtatgacagatggctatgtacgatggta 32642846  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  32642847 caccgttgtgtctcaccctcaaattttgccacttcttccaggagatattccgaggcctccaaatga 32642912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 457 - 542
Target Start/End: Original strand, 26440299 - 26440384
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggcta 542  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26440299 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcgactgattggggtgagccggcaggagagcagacatggcggatggcggatggcta 26440384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 509 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 32642008 - 32641897
Alignment:
Q  509 caggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgag 608  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||   |||||||||    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||| |||    
T  32642008 caggagagcagacatggcgtatgacagatggctatgtacgatggtacaccgttgtgtctcaccctcaaattttgtcacttcttccaggagatattccgag 32641909  T
Q  609 gccagcaaatga 620  Q
    |||  |||||||    
T  32641908 gcctccaaatga 32641897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 491 - 593
Target Start/End: Original strand, 21603276 - 21603378
Alignment:
Q  491 ccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctct 590  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || ||||  ||||   ||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21603276 ccgattggggtgagccagcaggagaggcgacatggaagatggatgatggctatatactatggtacactacggtgtctcaccctcagatttttccacctat 21603375  T
Q  591 tcc 593  Q
    |||    
T  21603376 tcc 21603378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 50278012 - 50278176
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  50278012 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcagccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtgttatggcaca 50278111  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50278112 ctagggtgtctcaccctcatattttgtcacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 50278176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 10730195 - 10730030
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  10730195 ctttcgtcgacttccgcactcacacgctgaaggaggccgattggggtgagcaggcacgagagcagacatgacgtatgagggagggctatgtgttatggta 10730096  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10730095 cactaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatga 10730030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 10943964 - 10943799
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  10943964 ctttcgtcgacttccgcactcacacgctgaaggaggccgattggggtgagcaggcacgagagcagacatgacgtatgagggagggctatgtgttatggta 10943865  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10943864 cactaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatga 10943799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 8110009 - 8110173
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8110009 ttcgtcgactttcgcactcatacgcttaaggcagccgattggggtgagcaggcaagagagcagacatggttgatggcggatggctatgtgttatggtaca 8110108  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8110109 ctagggtgtctcaccctcagatttttccacatcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 8110173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 21018791 - 21018627
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  21018791 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggagacatggcggatggcggatggctatgtcctatggtaca 21018692  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  21018691 ctagggtgtctcaccctaagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 21018627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 44677183 - 44677019
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  ||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  44677183 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagaacagacatggcacatggcggatggctgtgtgctatggtaca 44677084  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| | |||||||    
T  44677083 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatttttcgaggcctgtaaatgaa 44677019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 6179003 - 6178839
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  6179003 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 6178904  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  6178903 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 6178839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 49168369 - 49168533
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  49168369 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 49168468  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49168469 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 49168533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 71793 - 71958
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||   ||||||    
T  71793 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggcgtatggcggatggctatgtacgatggta 71892  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||  |||||||    
T  71893 caccgttgtgtctcaccctcagattttgtcacttcttctaggagatattctgaggcctccaaatga 71958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 31424598 - 31424762
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | ||| |||    
T  31424598 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggcaca 31424697  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  31424698 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 31424762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 30706770 - 30706926
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| |||| |||  | | ||||||||| ||||||| ||||    
T  30706770 cttctgcactcacacgtttaaggaggccgattggggtgagctggcagcagagcagacatggcgtatgagggaatgttgtgtgttatgatacactaaggtg 30706869  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30706870 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttcggaggccaacaaatgaa 30706926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 620
Target Start/End: Original strand, 14317475 - 14317630
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||  || |||||||| | |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  14317475 cttccgcactcacacgcttaaggagcctgaatggggtgagccggcgggagagcaaacatggcgtatgagggagggctatgtgttatggtacactaaggtg 14317574  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  14317575 tctcaccctcatattttgccacctcttccaggagatcttccgagaccatcaaatga 14317630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 13624734 - 13624569
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||| | ||||||||||| | ||||||    
T  13624734 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcatgcaagagagcagacatggcgtatggcagatggctatgtatgatggta 13624635  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||  |||||||    
T  13624634 catcgttgtgtctcaccctcagatttttccacatcttccaggagatattctgatgcctccaaatga 13624569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 40355616 - 40355452
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || || ||||| ||||  |||||||||    
T  40355616 ttcgtcgacttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcgaatggcaatgtcatatggtaca 40355517  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  40355516 ctagggtgtctaaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgagacctgcaaatgaa 40355452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 41796238 - 41796074
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| | ||||||| ||| |||||||  |  |||||||||||| || ||||||     
T  41796238 ttcgtcgacttcggcactcacacgcttaaggcggacgcctggggtgagcaggtaggagaggagacatggcgggcgggggatggctatgtcttgtggtacg 41796139  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  41796138 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 41796074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 1306335 - 1306169
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcg--gatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| | ||||||| | | ||||||  | || |||||||||||||  | |||||    
T  1306335 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggtaggagaggatacatggcgcgggtggcggatggctatgtcctgtggta 1306236  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  1306235 cactagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 1306169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 493 - 621
Target Start/End: Original strand, 50196220 - 50196352
Alignment:
Q  493 gattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacact----agggtgtctcaccctcagattttgccacct 588  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50196220 gattggggtgtgcaggtaggagagcagacatggctgatggtggatggctatgtgttatggtacactcactagggtgtctcaccctcagattttgccacct 50196319  T
Q  589 cttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50196320 cttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 50196352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 465 - 568
Target Start/End: Original strand, 51686001 - 51686104
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51686001 cttctgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagaacagacatggcggatgacagatggctatgtgttatggtacactagggtg 51686100  T
Q  565 tctc 568  Q
    ||||    
T  51686101 tctc 51686104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 49093287 - 49093444
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatgg-cggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggt 563  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | |||| ||| || |||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  49093287 cttccgcactcacatgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatgggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggt 49093386  T
Q  564 gtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49093387 gtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 49093444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 514 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 50020840 - 50020733
Alignment:
Q  514 gagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccag 613  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  50020840 gagcagacatggctgatggcggatggctatatgttatggtacactagggtgtctcaccctcaaattttgccacctcttccaagagatcttccgaggccag 50020741  T
Q  614 caaatgaa 621  Q
    ||||||||    
T  50020740 caaatgaa 50020733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 457 - 620
Target Start/End: Original strand, 50904221 - 50904377
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||| |       |||||||| |||||||||    
T  50904221 ttcgtcgatttccgcactcacacgcttaaggtggccgattgaggtgagcaggtaggagagcagacatggcggacg-------gctatgtgctatggtaca 50904313  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  50904314 ctagggtatctcaccctcagattttgtcacctctttcagaagatcttcccaggccagcaaatga 50904377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 37016776 - 37016632
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||            |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37016776 cttccgcactcacacacttaaggcggacgattggggtg------------agcagacatggcggatggcggatggctatgtgctatggtacactagggtg 37016689  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  37016688 tctcaccctaagatcttgccacctctttcagtagatcttccgaggcctgcaaatgaa 37016632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 535 - 617
Target Start/End: Original strand, 46438956 - 46439038
Alignment:
Q  535 gatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  46438956 gatggctatgtgttatggtacactaaggtgtctcaccctcaaattttgccacctcttccatgagatcttccgaggccagcaaa 46439038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 482 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 55278958 - 55278820
Alignment:
Q  482 ttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagatttt 581  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| | ||  |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  55278958 ttaaggagcccgattgaggtgagccaacaaaagaggagacatggcggatggaggatggctatgtactatggtacactagggtgactcaccctctgatttt 55278859  T
Q  582 gccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  55278858 gccacttcttccaggatatcttccgaggccagctaatga 55278820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 522 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 21535362 - 21535275
Alignment:
Q  522 atggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgagg 609  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21535362 atggtggatgagggatgactatgtgttatggtacactacgatgtctcaccttcagatttttccacctcttccaggagatcttctgagg 21535275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 466 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 40886820 - 40886666
Alignment:
Q  466 ttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgt 565  Q
    ||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||  ||| |||||  || ||||| ||||   ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  40886820 ttccgtactcacacgattaaggagcccgattggggtgagccggcatgagaggtgacatggcagatggatgatggttatatgttatggtacactagggtgt 40886721  T
Q  566 ctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| | |   | ||||||||||||||||||    
T  40886720 ctcaccctcagattttgccacttattccggtatcacctctgaggccagcaaatga 40886666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 548 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30723849 - 30723776
Alignment:
Q  548 tatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  30723849 tatggtacactagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgtaaatgaa 30723776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 457 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 30723962 - 30723877
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggcta 542  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || ||||||||||    
T  30723962 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggcta 30723877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 454 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 41931178 - 41931068
Alignment:
Q  454 actttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggt 553  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |  |||| ||| || | |||| ||||||    
T  41931178 actttcgtcgacttccgcactcacatgattaaggaggccgattggggtgagcaggcagcagagcagacatgacttatgagggagggttgtgtgctatggt 41931079  T
Q  554 acactagggtg 564  Q
    |||||| ||||    
T  41931078 acactaaggtg 41931068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 455 - 612
Target Start/End: Original strand, 12891768 - 12891925
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||| | || |||||||||||   |||||| | ||||||||||| ||| |||||||   || | ||||||||||  |||||||||| |    |||||    
T  12891768 ctttcgttgactaccgcactcacaaaattaaggagcccgattggggtcagccagcaggaccacatacatggcggatggaggatggctatatacggtggta 12891867  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggcca 612  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||  |||||||    
T  12891868 cactagggtgtatcaccctcagattttgccacttctttcgggagatctttcgaggcca 12891925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 34367809 - 34367645
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  34367809 ttcgtcgactttcgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtgctatggtaca 34367710  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34367709 ctagggtatctcaccctcagatcttgccacctctttcaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 34367645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 5301506 - 5301342
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  5301506 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattgaggcgagcaggcaggagagcagacatgatggatggcggatgactatgtgttatggtaca 5301407  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5301406 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccaaggccagcaaatgaa 5301342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 34819809 - 34819645
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34819809 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcagccgattggggtgagcaggcacaggagcagacatggcggatggcggatggctatgtgttatggtaca 34819710  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34819709 ctaaggtgtttcaccctcagatttttccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 34819645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 45132595 - 45132760
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  45132595 ctttcgtcgacttccgcactcacatgcttaaggaggccgattggggtgagcaggtagcagatcagacatggcgtatgagggagggctatgtgttatggta 45132694  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45132695 cactaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatga 45132760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 39604145 - 39604309
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  39604145 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggtggccgattggggtgagcatgcaggagagtagacatgacggatggcggatgactatgtcctatggtaca 39604244  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  39604245 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggaaatcttctgaggcctgcaaatgaa 39604309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 15033964 - 15033800
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  15033964 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcggatggcggatggctatgtcctgtggtaca 15033865  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  15033864 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 15033800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 35554453 - 35554610
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  35554453 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcacaaaagcagacatggcgga-------tggctatgtgttatggtaca 35554545  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35554546 ctaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 35554610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 5679727 - 5679883
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  5679727 cttccgcactcacacgcttaaggagcccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgtatgagggatggctatgtgctatggtatactacggtg 5679826  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  5679827 tctcaccctcggattttgccacctcttccagtagatcttccgaggctagcaaatgaa 5679883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 39831942 - 39831786
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||        ||||||||||||||||    
T  39831942 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggtcgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatgat-------tatgtgttatggtaca 39831850  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  39831849 ctagg-tgtctcaccctcagattttgccacctcttccaagagatcttccgaggccagcaaatgaa 39831786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 40075892 - 40075735
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  40075892 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcaaccgattggggtgagcaggcacaagagcagacatggcggatg-------gctatgtgttatggtaca 40075800  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40075799 ctaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 40075735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 20858879 - 20859035
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20858879 cttccacactcacacccttaaggcggcctattggagtgagcaggcaggagagcatacatggatgatggcggatggctatgtgttatggtacactagggtg 20858978  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  20858979 tctcaccctcagatttttccacctcttccaggagatctttcgaggcaagcaaatgaa 20859035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 21176504 - 21176348
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||  ||||    
T  21176504 cttccgcactcacacgcttaaggagcacgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgtatgagggatgactatgtgctatggtacactgcggtg 21176405  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21176404 tcacaccctcagattttgacacctcttccagaagatcttctgaggccagcaaatgaa 21176348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 1055384 - 1055548
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  1055384 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 1055483  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  1055484 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 1055548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 23019486 - 23019322
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  23019486 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 23019387  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  23019386 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 23019322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 26662305 - 26662469
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  26662305 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 26662404  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  26662405 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 26662469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 486924 - 486768
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  486924 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 486825  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  486824 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatctttcgaggcctgcaaatgaa 486768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 30761485 - 30761310
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatgg--------------cggatgacggatggcta 542  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||              |||||| |||||| |||    
T  30761485 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggtggccgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggtggatggcagatggcggatggcggatgacta 30761386  T
Q  543 tgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30761385 tgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcaaatttttccacctcttccaagagatcttccgaggccagcaaat 30761310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 22695 - 22531
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || | |||| ||||||  | |||||||    
T  22695 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcagatgactatgtcctgtggtaca 22596  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  22595 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatattccgaggcctgcaaatgaa 22531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 42482705 - 42482541
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||| |||||| || | | |||| || || ||||||||||| |  | |||||||    
T  42482705 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttgaggcggacgctcggggtgagcaggcaggaaaggatacatggtgggtggcggatggctatatcctgtggtaca 42482606  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  42482605 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 42482541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 456 - 620
Target Start/End: Original strand, 51939 - 52103
Alignment:
Q  456 tttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtac 555  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||  ||||| |||||||||||   |||||||    
T  51939 tttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggtcgattggggtgagcatgcatgagagcagacatggcatatgacagatggctatgtacgatggtac 52038  T
Q  556 actagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||    |||||||||||||| ||||| |||| |||| || ||||| ||| ||||||  |||||||    
T  52039 accgttgtgtctcaccctcacatttttccacttctttcatgagatattccgaggcctccaaatga 52103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 535 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 41243205 - 41243119
Alignment:
Q  535 gatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  41243205 gatggctatgtgctatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgtcacctcttccaggagatcttccaaggcctgcaaatgaa 41243119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 533 - 621
Target Start/End: Original strand, 43214318 - 43214406
Alignment:
Q  533 cggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  43214318 cggatggctatgtcctatggtacactagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatattatgaggcctgcaaatgaa 43214406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 457 - 506
Target Start/End: Original strand, 43214261 - 43214310
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagca 506  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  43214261 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcgaacgattggggtgagca 43214310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 457 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 41243264 - 41243215
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagca 506  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  41243264 ttcgtcgacttccgcactgacacgcttaaggcagacgattggggtgagca 41243215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 526 - 586
Target Start/End: Original strand, 22500772 - 22500832
Alignment:
Q  526 cggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccac 586  Q
    ||||||| ||| | |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  22500772 cggatgaaggacgtctatatgctatggtacactagggtttctcatcctcatattttgccac 22500832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 20353399 - 20353563
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20353399 ttcgtcgacttccacactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggctgatggcggatggctatgtgttatggtaca 20353498  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  20353499 ctagggtgtctcaccctcagatttttccacctctttcacgagatcttctgaggccaacaaatgaa 20353563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 455 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 17562540 - 17562373
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||||||    
T  17562540 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgtatggcagatggctatgtgctatggta 17562441  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17562440 cactagggtgtctcaccctcagatctcgccatctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaaa 17562373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 2272251 - 2272087
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  2272251 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtcctatggtaca 2272152  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2272151 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttttgaggcctgcaaatgaa 2272087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 9473137 - 9473301
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  9473137 ttcgtcgacttccgcactcagacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagaggagacatgacggatggcggatggctatgtcctatggtaca 9473236  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  9473237 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 9473301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 36130343 - 36130507
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| || |||||||||    
T  36130343 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcaggagagcatacatggcggatggctgatggctatatgctatggtaca 36130442  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||    
T  36130443 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctctccctggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 36130507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 49266564 - 49266400
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||| | |||| || ||||||||||||||    
T  49266564 ttcgtcgactttcgcactcacacgcttaaggtggccgattagggtgagcaggcaggaaagcagacatggcggatggcagatgactgtgtgttatggtaca 49266465  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  49266464 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggtcagcaaatgaa 49266400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 41615127 - 41615283
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  41615127 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttagggcggccgat-ggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtgttatggtaca 41615218  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41615219 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttacaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 41615283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 457 - 622
Target Start/End: Original strand, 44232576 - 44232734
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||||||        |||||||||||||||    
T  44232576 ttcgtcggcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaagagagcatacatggctgatgaca-------atgtgttatggtaca 44232668  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaaa 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44232669 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctctttcaggagatcttccgaggccagcaaatgaaa 44232734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 52388793 - 52388629
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| || ||||||| |    
T  52388793 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcaggagagtagacatggcggatggctgatggctatatgctatggtaga 52388694  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||| |||||||||    
T  52388693 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctctcaatggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 52388629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 599725 - 599889
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | |||||||||  | |||||||||    
T  599725 ttcgtcgacttctgcactcacacgcttaaggtggacgattggggtgagcaggcaggagagcagtcatggcggatggctgatggctattagctatggtaca 599824  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  599825 ctaggatgtctcaccctcagatttcgccacctcttcctggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 599889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 42901355 - 42901191
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  42901355 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 42901256  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  42901255 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 42901191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 48565734 - 48565891
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  48565734 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggtcgaatggggtgagcaggcacaagagcagacatggcgga-------tggctatgtgttatggtaca 48565826  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  48565827 ctgaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccagaagatcttccgaggccagcaaatgaa 48565891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 4005605 - 4005442
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| || |||||||||    
T  4005605 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaagcggc-gattggggtgagtaggcaggagagcagacatggcggatggctgatggctatatgctatggtaca 4005507  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||    
T  4005506 ctagggtgtctcaccctcatactttgccacctctccctagagatcttccgaggcctgcaaatgaa 4005442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 46698510 - 46698346
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  46698510 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaagacggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 46698411  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  46698410 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 46698346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 54388991 - 54389147
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  54388991 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 54389090  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  54389091 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 54389147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 466 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 49141704 - 49141549
Alignment:
Q  466 ttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  49141704 ttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtgt 49141605  T
Q  566 ctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49141604 ctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 49141549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 469 - 621
Target Start/End: Original strand, 34048295 - 34048447
Alignment:
Q  469 cgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctc 568  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  34048295 cgcactcacacgcttaaggcggtagcttggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtgtctc 34048394  T
Q  569 accctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  34048395 accctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 34048447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 50477964 - 50477808
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  50477964 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 50477865  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  50477864 tctcaccctcagatcttgccacctattccagtagatcttccgaggcctgcaaatgaa 50477808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 6927989 - 6928147
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgtt-atggtac 555  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||       |||||||||| |||||||    
T  6927989 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcgcaagagcagacatggcggatg-------gctatgtgtttatggtac 6928081  T
Q  556 actagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6928082 actaaggtgtgtcaccctcaaattttgccacctctttcaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 6928147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 46401563 - 46401727
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||||  | ||||||     
T  46401563 ttcgtcgacttcggcactcacacgcttaaggcggacgtccggggtgagcaggcaggagaggagacatggcgggcggcggatggctatgtcctgtggtacg 46401662  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  46401663 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 46401727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 457 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 50214355 - 50214197
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||       |||||||| |||||||||    
T  50214355 ttcgtcgacttcctcactcacacgcttaagacgaccgattggggtgagcagctaagagagcagacatggcggatg-------gctatgtgctatggtaca 50214263  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaaa 622  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  50214262 ctagggtgtctcaccctcaaatcttgccacctcttccaggagatattccgaggccagcaaatgaaa 50214197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 42759520 - 42759677
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||       ||||||||| ||||||||||    
T  42759520 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggtggtcgattggggtgagcagacacaagagcagacatggcgga-------tggctatgttttatggtaca 42759612  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  42759613 ctaaggtgtctcaccctcaaattttgccacctcttctaagagatcttccgaggccagcaaatgaa 42759677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 47071375 - 47071218
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||       |||||||| |||||||||    
T  47071375 ttcgtcgacttccgcactcacatgcttaaggcggctgattgaggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatg-------gctatgtgctatggtaca 47071283  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||  ||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  47071282 ctagggtgtctcactcttggatcttgccacctttaccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 47071218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 454 - 600
Target Start/End: Original strand, 48891372 - 48891518
Alignment:
Q  454 actttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggt 553  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||| ||| | |||||||||||   |||||    
T  48891372 actttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggagtgagcatgcatgagagcaggcatggcgtatggcagatggctatgtacgatggt 48891471  T
Q  554 acactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagat 600  Q
    ||||    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48891472 acaccgttgtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaggagat 48891518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 42805158 - 42804993
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| | ||| | |||||||||||   ||||||    
T  42805158 ctttcgtcgacttccgcactcgtacgcttaaggcgggcgattggggtgagcatgcatgagaggagacatggtgtatggcagatggctatgtacgatggta 42805059  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  42805058 caccattgtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaggagatattctgaggcctccaaatga 42804993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 508 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 2648720 - 2648607
Alignment:
Q  508 gcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctga 607  Q
    ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2648720 gcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtacactagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccga 2648621  T
Q  608 ggccagcaaatgaa 621  Q
    |||| |||||||||    
T  2648620 ggcctgcaaatgaa 2648607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 16646365 - 16646517
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||            ||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |    
T  16646365 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcagacgattggggtgagcacaca------------tggcggatggcggatgactatgtgctatggtaaa 16646452  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||    
T  16646453 ctagggtgtctcaccctttgattttgccacctcttccaggagatcttccgagacttgcaaatgaa 16646517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 455 - 574
Target Start/End: Original strand, 50758955 - 50759074
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||   ||||||    
T  50758955 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggcgtatggtagatggctatgtacgatggta 50759054  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctc 574  Q
    |||    |||||||||||||    
T  50759055 caccgttgtgtctcaccctc 50759074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 456 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30253290 - 30253125
Alignment:
Q  456 tttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtac 555  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| || | |||||| ||| | |||||||||||   |||||||    
T  30253290 tttcatcgacttccgcactcacacgcttaaggcggctgactggggtgagcatgcaagagaacaaacatggcgtatggcagatggctatgtacgatggtac 30253191  T
Q  556 actagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |     ||||||||  ||||||||||||||| |||||  |||||| ||| ||||||  ||||||||    
T  30253190 atcgttgtgtctcatgctcagattttgccacttcttctgggagatattccgaggcctccaaatgaa 30253125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 36653695 - 36653531
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36653695 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcagacaggagagcagacatggtggatgacggatggctatgtgttatggtata 36653596  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36653595 ctcgggtgtctcgccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaattgaa 36653531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 39950352 - 39950516
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  39950352 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatggctatgtcctatggtaca 39950451  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  39950452 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 39950516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 29398804 - 29398640
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  29398804 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcggatgactatgtgctatggtaca 29398705  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  29398704 ctagggtgtctcaccctcagattttgtcatctcttccaggaaatcttcctaggcctgcaaatgaa 29398640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 457 - 604
Target Start/End: Original strand, 7189671 - 7189818
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  7189671 ttcgtcgacttccgtactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggctgatgacggatggctatatgctatggtaca 7189770  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttc 604  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7189771 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctctttcaggagatcttc 7189818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 15834114 - 15834278
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  15834114 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 15834213  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15834214 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 15834278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30494160 - 30493996
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  30494160 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 30494061  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30494060 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 30493996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 5354837 - 5354993
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  5354837 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 5354936  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  5354937 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 5354993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 28471386 - 28471550
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| | | |||||||  | |||||||||||||  |||||||||    
T  28471386 ttcgtcgacttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtgagcaggtaggagaggatacatggcgggcggcggatggctatgtcatatggtaca 28471485  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  28471486 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgagacctgcaaatgaa 28471550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 10826110 - 10825953
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||       |||||||  |||||||||    
T  10826110 ttcgtcgacttccgcactcacatgcttaaggcggacgattggggtgagcaggcagaatagcagacatggcggatg-------gctatgtcctatggtaca 10826018  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  10826017 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatattccgaggcctgcaaatgaa 10825953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 43536903 - 43536739
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || | |||||||||||  | |||||||    
T  43536903 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcagatggctatgtcctgtggtaca 43536804  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  43536803 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccagtagatcttccgaggcctgcaaatgaa 43536739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 43981387 - 43981543
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | |||||||  | |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  43981387 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggaggcggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 43981486  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43981487 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 43981543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Original strand, 45431371 - 45431527
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||| || | | ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  45431371 cttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggaaaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtacactagggtg 45431470  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  45431471 tctcaccctcagatcttgccaccttttctaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 45431527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 17423324 - 17423488
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||||  | ||||||     
T  17423324 ttcgtcgacttcggcactcacacgcttaaggcggacgcccggggtgagcaggcaggagaggagacatggcgggcggcggatggctatgtcctgtggtacg 17423423  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  17423424 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 17423488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 465 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 20067647 - 20067493
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||| ||| ||||| |||||| |  |||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  20067647 cttccgtactgacacgattaaggagctcgattggggtgagccagcaggatag-agaaatggcggatggaggatggctatgtaatatggtacattagggtg 20067549  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  20067548 tctcaccctctgattttgccacttcttctaggagatcttccgaggccagctaatga 20067493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 454 - 620
Target Start/End: Original strand, 7416637 - 7416803
Alignment:
Q  454 actttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggt 553  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||  ||| | |||||||||||   |||||    
T  7416637 actttcttcgacttccgcactcacacgcttaaggcagccgattgcggtgagcatgcaggagaggagacatggcatatggcagatggctatgtacgatggt 7416736  T
Q  554 acactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    || | |  | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  7416737 acgccattgcgtctcactctcagattttgccacttcttccaggagatattccgaggcctccaaatga 7416803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 455 - 516
Target Start/End: Original strand, 40538395 - 40538456
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagag 516  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40538395 cttttgtcgacttccacactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcatgcaggagag 40538456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 562 - 620
Target Start/End: Original strand, 40538488 - 40538546
Alignment:
Q  562 gtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  40538488 gtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaagagatattctgaggcctccaaatga 40538546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 562 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 22529949 - 22529914
Alignment:
Q  562 gtgtctcaccctcagattttgccacctcttccagga 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22529949 gtgtctcaccctcagattttgccacctattccagga 22529914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 47660730 - 47660894
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  47660730 ttcgtcgacttctgcactcacacgcttaaggtggccgattggggtgagccgacacgagagcagacatggcggatggcggatgactatgtgttatggtaca 47660829  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47660830 ctaaggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 47660894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 47505198 - 47505362
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  47505198 ttcgtcgacttccgcgctcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcagatggctatgtgctatggtaca 47505297  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||    
T  47505298 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatctttcgaggacagtaaatgaa 47505362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 45828433 - 45828597
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  45828433 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcacaagagcagacatggcgaatggaggatggctatgtgttatggtaca 45828532  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  45828533 ctaaggtgtttcaccctcagattttgccacctctttcatgagatcttatgaggccagcaaatgaa 45828597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 52804725 - 52804889
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52804725 ttcgtcgacttccacactcacacacttaaggcggctgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggaggatgacggatggctatgtgctatggtaca 52804824  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  52804825 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccagctcttccagtagatattccgaggccagcaaatgaa 52804889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 13637199 - 13637035
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  |||||||||    
T  13637199 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtaca 13637100  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13637099 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 13637035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 16269982 - 16269826
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  16269982 cttccgcactcacacgcttaaggagcccaattggggtgagccggcaggagagcagacatggcggatgagggatcgctatgtgttatggtacactacgatg 16269883  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16269882 tctcacccttagattgtgccacctcttccaggagatcttgtgaggccagcaaatgaa 16269826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 19158878 - 19159042
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||  |||||||||    
T  19158878 ttcgtcgacttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtcagcaggcaggagaggagacatggcggacggcggatggctatgtcatatggtaca 19158977  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  19158978 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 19159042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 465 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 19522462 - 19522316
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  19522462 cttccgccctcacacgcttaaggcagccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatg-------gctatgtgttatggtacactagggtg 19522370  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  19522369 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatctttcgaggccagcaaat 19522316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 31780853 - 31780696
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||       |||||||| |||||||||    
T  31780853 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagtaggcaggagagcagacatggcggatg-------gctatgtgctatggtaca 31780761  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  31780760 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccagcagatcttccgaggcctgcaaatgaa 31780696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 11196720 - 11196884
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| || |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  11196720 ttcgtcgatttccgcactcacatgcttaaggcggccgattagggtgagcaggcagcagagcagacatgtcgtatgagggagggctatgtgttatggtaca 11196819  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11196820 ctaaggtgtctcaccctcgtattttgccacctctttcaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 11196884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 21143794 - 21143951
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||       |||||||||| |||||||||    
T  21143794 ttcgtcgacttccgcactcacacacttaaggtggccgattggggtgagcaagcagaagagcagacaaggcgga-------tggctatgtgctatggtaca 21143886  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21143887 cttgggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagttcttccgaggccagcaaatgaa 21143951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 22526860 - 22527017
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||       |||||||||  |||||||||    
T  22526860 ttcgtcgacttccgccctcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcaaacatggcgga-------tggctatgtcctatggtaca 22526952  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  22526953 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 22527017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 3729534 - 3729378
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| | ||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  3729534 cttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcggggtgagtaggcaggagaggatacatggcgggtgacggatggctatgtcctgtggtacactagggtg 3729435  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  3729434 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 3729378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 95288 - 95131
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||       |||||||  ||| |||||    
T  95288 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggatgattggggtgagcagacaggagagtagacatggcggatg-------gctatgtcctatagtaca 95196  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  95195 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 95131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 493 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 50618056 - 50617928
Alignment:
Q  493 gattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttc 592  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  50618056 gattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcagatgactatgtgctatggtacaccagggtgtctcaccctcagatcttgcaacctcttc 50617957  T
Q  593 caggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50617956 caggagatcttccgaggccagcaaatgaa 50617928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 38120358 - 38120194
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  38120358 ttcgtcgacttccacactcacacgcttcaggccgccgattggggtgagcaggtagcagagcagacatggcgtatgagggagggctatgtgttatggtaca 38120259  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| |||  | || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  38120258 ctaaggtaacccatcctcagatttttccacctcttctaggagatcttccgatgccagcaaatgaa 38120194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 454 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 49855219 - 49855073
Alignment:
Q  454 actttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggt 553  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||   |||||    
T  49855219 actttcgtcgacttgcgcactcacacacttaaggcggccgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggcgtatggcagatggctatgtacgatggt 49855120  T
Q  554 acactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagat 600  Q
    ||||    ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  49855119 acaccgttgtgtctcaccctcagattttgccacttctttcgggagat 49855073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 26878574 - 26878731
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||| | | |||||| |||       |||||||  | |||||||    
T  26878574 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggaagctcggggtgagcaagcaggagaggatacatggcgaatg-------gctatgtcctgtggtaca 26878666  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26878667 ctggggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccagtagatcttctgaggcctgcaaatgaa 26878731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 522 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 23273506 - 23273427
Alignment:
Q  522 atggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatc 601  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  23273506 atggcggatggcggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccatctcttctaggagatc 23273427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 565 - 620
Target Start/End: Original strand, 51336870 - 51336925
Alignment:
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  51336870 tctcacccttagattttgccacttcttccaggagatattctgaggcctccaaatga 51336925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 38970899 - 38971063
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  38970899 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcgaccgattggggtgagcagacagcagagcagacatggcgtatgagggagggctatgtgttgtggtaca 38970998  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38970999 ctaaggtgtctcaccctcagatttttccacctcttccaggagatcttcctaggccagcaaatgaa 38971063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 5199625 - 5199782
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  5199625 ttcgtcgacttccgcactcacacgtttaaggcggccgattgaggtgagcaggcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtgttatggtaca 5199717  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5199718 ctagggtgtctcaccctcagattttgccatctcttctaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 5199782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 7760195 - 7760352
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||       |||||||||| |||||||||    
T  7760195 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcgga-------tggctatgtgctatggtaca 7760287  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7760288 ctagggtgtctcaccctcaaatcttgtcacctcttccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 7760352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 38408043 - 38407886
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||       |||||||| |||||||||    
T  38408043 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatg-------gctatgtgctatggtaca 38407951  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38407950 ctagggtgtctcacccttagatcttgccacctcttccaggagatcttcctaggccagcaaatgaa 38407886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 8577738 - 8577574
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||  |||||||||    
T  8577738 ttcgtcgacttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtcagcaggcaggagaggagacatggcggacggcagatggctatgtcatatggtaca 8577639  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8577638 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctcttccaggagatcttctgaggcctgcaaatgaa 8577574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 15939501 - 15939666
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| |||| |||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  15939501 cttttgtcgacttccgcactcacacgcttaaggagaccgattgggatgagcaggcagtagagcagacaaggcgtatgagggagggctatgtgttatggta 15939600  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  15939601 cactaagttgtctcacccttagattttgccacctcttccaggatatctttcgaggccagcaaatga 15939666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 465 - 618
Target Start/End: Original strand, 30707913 - 30708066
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30707913 cttccgcactcacacgattaaggcggacgatcggggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcatatggtacactagggtg 30708012  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaat 618  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30708013 tctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaat 30708066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 460 - 621
Target Start/End: Original strand, 42538654 - 42538815
Alignment:
Q  460 gtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacacta 559  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  42538654 gtcgacttccgcactcacacgcttacagcgaccgattggggtgagcaggcacaagagcagatatgatagatggtggatggctatgtgttatggtacacta 42538753  T
Q  560 gggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  42538754 aagtgtttcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgagaccagcaaatgaa 42538815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 465 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 511794 - 511645
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | | ||||| ||||       ||||||||||||||||||||| ||||    
T  511794 cttccgcactcacacgtttaaggcggccgattggggtgagcaggcacaagagaatacatggcagatg-------gctatgtgttatggtacactaaggtg 511702  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  511701 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttccgaggccagcaaatgaa 511645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 28238932 - 28238768
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  |  ||||||    
T  28238932 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcggacgctcgaggtgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctggggtaca 28238833  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  28238832 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 28238768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Original strand, 28879456 - 28879620
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | | ||||||| || |||||||||||||  | |||||||    
T  28879456 ttcgtcgacttccgcactcacacgattaaggcggacgatcgggatgagcaggcaggagaggatacatggcgggtggcggatggctatgtcctgtggtaca 28879555  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  28879556 ctagggtgtctcaccctcagatctttccacctctttcaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 28879620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 457 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 19038362 - 19038198
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||||  | ||||||     
T  19038362 ttcgtcgacttcggcactcacacgcttaaggcggacgcccggggtgagcaggcaggagaggagacatggcgggcggcggatggctatgtcctgtggtacg 19038263  T
Q  557 ctagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatgaa 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  19038262 ctagggtgtctcaccctcagatcttgccacctattccaggagatcttccgaggcctgcaaatgaa 19038198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 455 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 8699627 - 8699471
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||| ||||||   ||||||    
T  8699627 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttgaggaggccgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggcgtttgacagatgcctatgtacgatggta 8699528  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggcc 611  Q
    |||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  8699527 caccgttgtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaggagatattccgaggcc 8699471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 457 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 8852 - 8739
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtaca 556  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  8852 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcagacgatcggggtgagcaggcaggagaggagacatgacggatgacggatgactatgtcctatggtaca 8753  T
Q  557 ctagggtgtctcac 570  Q
    ||||||||||||||    
T  8752 ctagggtgtctcac 8739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 522 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 40623139 - 40623041
Alignment:
Q  522 atggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  40623139 atggcgtatgaaggagggctatgtgttatggtacactaaggtgcctcatcctcagattttgccacctcttccaagagatcttccgaggccagcaaatga 40623041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 533 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 42937780 - 42937692
Alignment:
Q  533 cggatggctatgtgttatgg-tacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  42937780 cggatggctatgtgctatgggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttcccaggctagcaaatga 42937692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 457 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 42937837 - 42937788
Alignment:
Q  457 ttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagca 506  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42937837 ttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggcgaccgattggggtgagca 42937788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 465 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 40623184 - 40623144
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  40623184 cttccgcactcacacgcttaaggagcctgattggggtgagc 40623144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 455 - 620
Target Start/End: Original strand, 12206 - 12371
Alignment:
Q  455 ctttcgtcgtcttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggta 554  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||   ||||||    
T  12206 ctttcgtcgacttccgcactcacacgcttaaggaggtcgattggggtgagcatgcaggagagcagacatggcgtatggcggatggctatgtaggatggta 12305  T
Q  555 cactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatcttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||| |||||||    
T  12306 caccattgtgtctcaccctcagattttgccacttcttccaggaaatattccgaggccaccaaatga 12371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 493 - 600
Target Start/End: Original strand, 56472 - 56579
Alignment:
Q  493 gattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtgtctcaccctcagattttgccacctcttc 592  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  56472 gattggggtgagcaggcaggagagcagacatggcggatggcagatgactatgtgctatggtacaccagggtgtctcaccctcagatcttgcaacctcttc 56571  T
Q  593 caggagat 600  Q
    ||||||||    
T  56572 caggagat 56579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0117 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0117
Description:

Target: scaffold0117; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 465 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 22481 - 22325
Alignment:
Q  465 cttccgcactcacacgcttaaggcggccgattggggtgagcaagcaggagagcagatatggcggatgacggatggctatgtgttatggtacactagggtg 564  Q
    |||||| ||||||||| |||||| | ||||||  ||| |||  || |||||| ||| ||| | ||||   ||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  22481 cttccgtactcacacgattaaggagtccgattacggtcagccggctggagaggagacatgacagatggatgatggctatatactatggtacactagggtg 22382  T
Q  565 tctcaccctcagattttgccacctcttccaggagatc-ttctgaggccagcaaatga 620  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  22381 tctcaacctctgattttgccacttcttctaggagatctttctgaggctagcaaatga 22325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University