View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5180-Insertion-2 (Length: 973)

Name: NF5180-Insertion-2
Description: NF5180
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5180-Insertion-2
NF5180-Insertion-2
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (8-761)||(36604968-36605703)
chr4 (8-524)||(27106247-27106763)
chr4 (8-524)||(12630530-12631045)
chr4 (759-882)||(18358498-18358625)
chr4 (759-882)||(36604304-36604431)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-524)||(44678846-44679362)
chr1 (312-524)||(23270390-23270602)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-524)||(2483061-2483577)
chr6 (8-524)||(5364518-5365034)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (8-524)||(14199010-14199526)
chr8 (77-524)||(18614684-18615116)
chr8 (20-80)||(18609171-18609231)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-130)||(13512794-13512915)
chr2 (386-503)||(13512321-13512441)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (566-616)||(41292991-41293041)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 36605703 - 36604968
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36605703 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttatgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 36605604  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36605603 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagcaacattaactcgagactccacatcat 36605504  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36605503 tatcctcgtatgatacttgaagcaaccaccgtgaaggcaagtagttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 36605404  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||                  ||||||||||||||||||    
T  36605403 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagcaaccttaccatcccaaaacact------------------acatctttataaaaccac 36605322  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  36605321 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgtgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagagcactat 36605222  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaaaaattatagtaactaacttttatttaccaacgagtgagaacactattttccatcatttaaaaaattatagtaactaactttta 607  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36605221 aaacttgctcttgtaaaaaattatagtaactaacttttatttaccaacgagtgagaacactattttccatcatttaaaaaattatagtaactaactttta 36605122  T
Q  608 tttaccaaatgtatcgtcaaactaaaatttaacattt-ttnnnnnnnnnnncttactcgtaacagtaaatgnnnnnnnnaatatcataatagtgaatatt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||    
T  36605121 tttaccaaatgtatcgtcaaactaaaatttaacatttgaaaaaaaaaaatacttactcgtaatagtaaatg-tttttttaatatcataatagtgaatatt 36605023  T
Q  707 gaatannnnnnnngataaaatgtgaaacattagtacaataattataaccaataaa 761  Q
    |||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36605022 gaatatgttttttgataaaatgtgaaacattaatacaataattataaccaataaa 36604968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Original strand, 27106247 - 27106763
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  27106247 gttatgtcctaaacctctgcataatccacaagtgttcatattatgtgatagctcttttccacctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttg 27106346  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  27106347 gattttggaggacaatgaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtacttgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 27106446  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27106447 tatcatcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgaaggcaagtagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 27106546  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  27106547 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaatatctttataaaaccgc 27106646  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  27106647 acgacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgtgaggacctcgcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacacatt 27106746  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  27106747 gagcttgctcttgtaaa 27106763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Original strand, 12630530 - 12631045
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  12630530 gttatgtcctaaacctctgcataatcaaca-gtgttcatattatgtgatagctcttttccacctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttg 12630628  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  12630629 gattttggaggacaaagaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtacttgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 12630728  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12630729 tatcatcgtatgatacttgaagcaaccaccgtgaaggcaaatagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 12630828  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  12630829 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaatatctttataaaaccgc 12630928  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  12630929 acaacaaacacattaccattttcatgatcaattaaatattatgaggacctcgcaagctcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacacaat 12631028  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  12631029 gagcttgctcttgtaaa 12631045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 759 - 882
Target Start/End: Original strand, 18358498 - 18358625
Alignment:
Q  759 aaattatcttttcttcctaaa-tactaaaattgacaa-taattctttgggttcattcaatcaaagaaataat--aaaattctttgattcataaatgaaaa 854  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  18358498 aaattatattttcttcctaaaatactaaaattgaaaaataattctttgg-ttcatttaatcaaagaaataaataaaaattgtttgattcataaatgaaaa 18358596  T
Q  855 tgttactcataaaattc-ttggttcattt 882  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18358597 tgttactcataaaattctttggttcattt 18358625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 759 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 36604431 - 36604304
Alignment:
Q  759 aaattatcttttcttcctaaa-tactaaaattgacaa-taattctttgggttcattcaatcaaagaaataat--aaaattctttgattcataaatgaaaa 854  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  36604431 aaattatattttcttcctaaaatactaaaattgaaaaataattctttgg-ttcatttaatcaaagaaataaataaaaattgtttgattcataaatgaaaa 36604333  T
Q  855 tgttactcataaaattc-ttggttcattt 882  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36604332 tgttactcataaaattctttggttcattt 36604304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Original strand, 44678846 - 44679362
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  44678846 gttatgtcctaaacctctgcataatccacaagtgttcatattatgtgatagctcttttccacctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttg 44678945  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  44678946 gattttggaggacaatgaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtacttgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 44679045  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44679046 tatcatcgtatgatacttgaagcaaccaccgtgaaggcaagtagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 44679145  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  44679146 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaatatctttataaaaccgc 44679245  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44679246 acgacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgtgaggacctcgcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacactat 44679345  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  44679346 gagcttgctcttgtaaa 44679362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 312 - 524
Target Start/End: Original strand, 23270390 - 23270602
Alignment:
Q  312 atcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccacacca 411  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  23270390 atcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaacatctttataaaaccgcacca 23270489  T
Q  412 caaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatatgagc 511  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  23270490 caagcacattcccattttcatgatcaattgaacattgtgaggacctcgcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtaagaacactatgagc 23270589  T
Q  512 ttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||    
T  23270590 ttgctcttgtaaa 23270602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 2483577 - 2483061
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  2483577 gttatgtcctaaacctctgcataatccacaagtgttcatattatgtgatagctcttttccacctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttg 2483478  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  2483477 gattttggaggacaatgaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtacttgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 2483378  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2483377 tatcatcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgaaggcaagtagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 2483278  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  2483277 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaatatctttataaaaccgc 2483178  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  2483177 acgacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgtgaggacctcgcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacacatt 2483078  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  2483077 gagcttgctcttgtaaa 2483061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Original strand, 5364518 - 5365034
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  5364518 gttatgtcctaaacctctgcataatccacaagtgttcatattatgtgatagctcttttccacctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttt 5364617  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  5364618 gattttggaggacaatgaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtacttgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 5364717  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5364718 tatcatcgtatgatacttgaagcaaccaccgtgaaagcaagtagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgatgaca 5364817  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5364818 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaacatctttataaaaccgc 5364917  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5364918 accacaaacacattaccattttcataatcaattgaatattgtgaggacctcgcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacactat 5365017  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  5365018 gagcttgctcttgtaaa 5365034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 14199526 - 14199010
Alignment:
Q  8 gttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttg 107  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  14199526 gttatgtcataaacctctgcataatccacaagtgttcatattatgtgatagctcttttccccctttaagtcgtcgtcgtttgggacgacctttaggtttg 14199427  T
Q  108 gattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctcaacagtaacattaactcgagactccacatcat 207  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  14199426 gattttggaggacaataaacaacatgttgtggttgaggttcattgttacaatctagtaattgctcctcaccaacaacattaacttgagactccacatcat 14199327  T
Q  208 tatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 307  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14199326 tatcatcgtatgatacttgaagcaaccaccgtgaaggcaagtagttagaagggatttcatgacaatctttatgaagaaaaatactaagaatatgacgaca 14199227  T
Q  308 taatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatgtttcctattattaacatctttataaaaccac 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  14199226 taatatcccccaaaattcaaagagcttgcaactacatgtagctaccttaccatcccaaaacactacatgtttcctactattaacatctttataaaaccgc 14199127  T
Q  408 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  14199126 accacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgtgaggacctcacaaactcctcttgaaacttttgaaaagaaaaacgagtgagatcactat 14199027  T
Q  508 gagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||    
T  14199026 gagcttgctcttgtaaa 14199010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 77 - 524
Target Start/End: Original strand, 18614684 - 18615116
Alignment:
Q  77 tcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttggattttggaggacaatgaacaacgtgttgtgggtgaggttcattgtaacaatctagtacctgctcctca 176  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    |||||||||||| |||  |||||||  |||  |||||||| |||| ||  ||| |||||||||    
T  18614684 tcgtcgtcgtttaggacgacctttaggtttgga----ggaggacaatgaccaatatgttgtgaatgaacttcattgttacaacctgttacttgctcctca 18614779  T
Q  177 acagtaacattaactcgagactccacatcattatcctcgtatgatgcttgaagcaaccaccgtgtaggcaagtacttaggagggattttatgacaatctt 276  Q
    |    || ||||||| | ||||| || || ||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||  |||||||| |||| ||||||||         |||    
T  18614780 atgacaagattaacttgcgactctacttcgttatcatcaaatgatgcttgaagcaaacaccatgatggcaagtaattagaagggattt---------ctt 18614870  T
Q  277 tatgaagaaaaatactaagaatatgacgacataatatcccccaaaattcaaaaagcttgcagctacatgtagctaccttactatcccaaaacactacatg 376  Q
       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  18614871 ---gaagaaaaatactaagaatgtgacgacataatatcccccaaaattcaaagagcttagagctacatgtatctacctcaccatcccaaaacactacatg 18614967  T
Q  377 tttcctattattaacatctttataaaaccacaccacaaacacattaccattttcatgatcaattgaatattgcgtggacc-tctcaaactcctcttgaaa 475  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||| ||   | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||    
T  18614968 tttcctgctattaacctctttataatactgaaacacaaacacattacaattttcatgatcaattgaatattgagcggaccttttcaaactcctcttgaaa 18615067  T
Q  476 cttttgaaaagaaaaacgagtgagaacaatatgagcttgctcttgtaaa 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18615068 cttttgaaaagaaaaacgagtgagaacactatgagcttgctcttgtaaa 18615116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 18609171 - 18609231
Alignment:
Q  20 acctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgt 80  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18609171 acctttacataatccataagtattcatgttatgtaatagctcttttccacctttaagtcgt 18609231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 13512915 - 13512794
Alignment:
Q  9 ttatgtcctaaacctttgcataatccacaagtattcatgttacgtgataactcttttccacctttaagtcgtcgccgtttgggacggcctttaggtttgg 108  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||   | |   |||||||||| ||||| | |||||    
T  13512915 ttatgtcttaaacctttgcatgatccacaagtattaatgttatgtgataactctttttcgcctttaaaatgcctttgtttgggacgaccttttgttttgg 13512816  T
Q  109 attttggaggacaatgaacaac 130  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  13512815 attgtggaggacaatgaacaac 13512794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 386 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 13512441 - 13512321
Alignment:
Q  386 attaacatctttataaaaccacaccacaaacacattaccat---tttcatgatcaattgaatattgcgtggacctctcaaactcctcttgaaacttttga 482  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||  |   |||||| || ||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  13512441 attaacatctttataataccgcaacataaagacattacattgagtttcattatgaattgaatattggaccgacctttcaaactcctcttgaaacttctaa 13512342  T
Q  483 aaagaaaaacgagtgagaaca 503  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  13512341 aaagaaaaacgtgtgagaaca 13512321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 566 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 41293041 - 41292991
Alignment:
Q  566 actattttccatcatttaaaaaattatagtaactaacttttatttaccaaa 616  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||    
T  41293041 actattttctatcatttaaaaaattataatagctaaatattatttaccaaa 41292991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University