View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5182-Insertion-1 (Length: 1197)

Name: NF5182-Insertion-1
Description: NF5182
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5182-Insertion-1
NF5182-Insertion-1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (6-1014)||(4315104-4316123)
chr2 (6-449)||(4306242-4306685)
chr2 (6-444)||(4252958-4253393)
chr2 (6-444)||(4309123-4309558)
chr2 (10-290)||(4245988-4246275)
chr2 (385-429)||(4245957-4246001)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (6-427)||(41932395-41932825)
chr5 (337-406)||(33549300-33549369)
chr5 (337-406)||(33354035-33354104)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-375)||(34803130-34803489)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1014
Target Start/End: Original strand, 4315104 - 4316123
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315104 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 4315203  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgttcttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaataa 205  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315204 gaaaaagctagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgttcttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaataa 4315303  T
Q  206 acagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagagtgt 305  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315304 acagcatctttgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagagtgt 4315403  T
Q  306 tcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagc 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315404 tcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccacggatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagc 4315503  T
Q  406 agacaaaaaagcttcaccaacaaccgccgccgccatgatatggatggagattggaccgaaagagataaaatcagagattgattatttgtatctggtgcag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315504 agacaaaaaagcttcaccaacaaccgccgccgccatgatatggatggagattggatcgaaagagatgaaatcagagattgattatttgtatctggtgcag 4315603  T
Q  506 taaggtcgagttgttactttgtgaaagtgtgtgttgctgttgtcatgtgtgaatatggtctcagtaacgacaaggaaataggcataggatgctgaaatgg 605  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315604 taaggtcaagttgttactttgtgaaagtgtgtgttgctgttgtcatgtgtgaatatggtctcagtaacgacaaggaaataggcataggatgctgaaatgg 4315703  T
Q  606 atccattccccgaaaagtttcacatgaatgaatgaatgaatcaaagaataaaaaagtgtgtgatcttgggacgtgtgaatacagtcgcagtagcagtatt 705  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4315704 atccattcaccgaaaagtttcacatgaatgaatgaatgaatcaaagaataaaaaagtgtgtgatcttgggacgtgtgaatacagtcgcagtagcagtatt 4315803  T
Q  706 ttatgcattgaatattgatatcttgattgtttcaaaaacgtatattctgctccgtatgaagaagccctaatttttaactctgttggaataggagtagcag 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4315804 ttatgcattgaatattgatatcttgattgtttcaaaaacgtatattctgctcagtatgaagatgccctaatttttaactctgttggaataggaatagcag 4315903  T
Q  806 tcaat----aaccaattaaaatatcttgtc-----nnnnnnnnnnnnccaatattaaaatagtataatctctagttagctgcaacattcaaaatgcctaa 896  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4315904 tcaataaccaaccaattaaaatatcttgtcgaaaaagaaaaaaaaaaccaatattaaaatagt---atctctagttagctgcaatattcaaaatgcctaa 4316000  T
Q  897 tgtgttttataagatacaaaaataatgctt-agcccaagat--aatttcatcgatagaaaa-cattaaattcaagtggttaatgagcttcatcaaataag 992  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||  |||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4316001 tgtgttttataagatacaaaaataacgcttaagccgaagataaaatttcattgataaaaaataattaaattcaagtggttaatgagcttcatcaaataag 4316100  T
Q  993 -atcgtatttatctcacgatcga 1014  Q
     ||||||||||  ||||||||||    
T  4316101 aatcgtatttacttcacgatcga 4316123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 6 - 449
Target Start/End: Original strand, 4306242 - 4306685
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  4306242 caatatgttgaagaccaaaaatatctttgaatttgagaatgtattcaagtctagcaactatatctaccaactcacaaaccatatctctttcttcaaagtt 4306341  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgtt---cttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |    |||||||  |||||   ||||  | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  4306342 gaaaaagcgagagaagtagttaacaaca---ctcacctctttgttttccttcccaattgcagctttggtagagatgtggtcgagaagatcatcagtaaaa 4306438  T
Q  203 taaacagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagag 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  4306439 taaacagcatctttgagatcatcaagccatttgataacagcagagtctttgagctgtttctgttcagcatcgttcaacacagcttcaacagcataaagag 4306538  T
Q  303 tgttcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaa 402  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  4306539 tgttcttcaacctttgaaccaagttgacgtcaactttcttcccacggatcaagtcaacaacctcaggagaagcaagcctgtcgaggacaacttcaatgaa 4306638  T
Q  403 agcagacaaaaaagcttcaccaacaaccgccgccgccatgatatgga 449  Q
    ||| |||| ||| | |||||| ||||||||  | |||||||| ||||    
T  4306639 agcggacagaaatgattcacccacaaccgcaacagccatgatttgga 4306685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 6 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 4253393 - 4252958
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  4253393 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaatttgagaatggattcaagtttagcaactatattttccagcttacaaagcatgtccctttcttcaaagtt 4253294  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgttcttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaataa 205  Q
    |||||||||||| || || ||| |||   | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| | |||     
T  4253293 gaaaaagcgagataaataattagcag---tactcacctgcttgtttttctgtgtagcagctttggttgaaatgttgtcaagaaggtcatcagctacatag 4253197  T
Q  206 acagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagagtgt 305  Q
    ||| || || |||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||| || || | ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4253196 acaacacctttgagatcatcgatccatctgttaatagcagggtttttgaactgtttttgctccgcatcgttaaacacagcttccacagcataaagagtgt 4253097  T
Q  306 tcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagc 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  4253096 tcttcaacctttggaccaaattgacgtcaactttcttcccacggatcaagacaacaacctcaggagaagcgagcctgtcgaggacaacttcaatgaaagc 4252997  T
Q  406 agacaaaaaagcttcaccaacaaccgccgccgccatgat 444  Q
    ||||| ||| |||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  4252996 agacagaaatgcttcacctacagccgccactgccatgat 4252958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 6 - 444
Target Start/End: Original strand, 4309123 - 4309558
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||  || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||    
T  4309123 caatatgttgaagaccaagaatattattgattttcagaatgtattcaagtctagcaactatgtcttccaacttataaaccatatccctttcttcaaaatt 4309222  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgttcttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaataa 205  Q
    ||||||  ||||||||||||||  ||   | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||     
T  4309223 gaaaaatggagagaagtagttagtag---tactcacctccttgttcttccgagtagcagctttggtacaaatgtggtcgaaaaggtcatcagcaacatag 4309319  T
Q  206 acagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagagtgt 305  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4309320 acagcgtctttgagatcatcgagccatttcttaatagcagagtctttgaactgtttctgctccacatcattcagcacagcttccacagcataaagagtgt 4309419  T
Q  306 tcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagc 405  Q
    | ||||||||||| | |||||||| |  |||||| ||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||       
T  4309420 tattcaacctttgaaccaaattgatgtaaacttttttcccatggatgaagtcaagaacctgaggagaagccagcctgtcaaggacaacttcaattaataa 4309519  T
Q  406 agacaaaaaagcttcaccaacaaccgccgccgccatgat 444  Q
    ||| | |||||||||||||||| | || || ||||||||    
T  4309520 agatagaaaagcttcaccaacagctgcagcagccatgat 4309558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 4246275 - 4245988
Alignment:
Q  10 atgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatat----cttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  4246275 atgttgaagactaagaatatctttgaatttgagaatgtattcaagcctagcaactatatatatcttccaacttaaaaaccatatccctatcttcaaagtt 4246176  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcac------ctgcttgttcttctgagtagcagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagca 199  Q
    |||||||||||||||||||||   ||   | |||||      || |||||||||   | ||| | |||| ||||| || || |||||||| || |||||     
T  4246175 gaaaaagcgagagaagtagtt---agtactactcacatgcttctccttgttcttggaaatagaaactttagtagagatatgatcgagaaggtcgtcagct 4246079  T
Q  200 aaataaacagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaa 290  Q
    | |||   ||||||| |||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  4246078 atatagggagcatctttgaggtcatcaaactagttgttaacagcagagtctttgagttgtttctgttcagcatcattaaggacagcttcaa 4245988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 385 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 4246001 - 4245957
Alignment:
Q  385 aaggacaacttcaatgaaagcagacaaaaaagcttcaccaacaac 429  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4246001 aaggacagcttcaaggaaagcagacagaaaagcttcaccaacaac 4245957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 6 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 41932825 - 41932395
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||  | |||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  41932825 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaatttgagaatggattcaagtctagcggcgatattttccaacttacaaaacatatctctttcttcaaagtt 41932726  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgctt------gttcttctgagtag------cagctttggtagaaatgtggtcgagaagatca 193  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||      |||||||  || ||      ||||||| ||||| ||||| || | ||  |||    
T  41932725 gaaaaagcgagagaagtagttaagag---tactcacctgcttctccttgttcttccaagaagtagcagcagctttagtagagatgtgatccaaaatgtca 41932629  T
Q  194 tcagcaaaataaacagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacag 293  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  41932628 tcagcaacatagacagcatctttgagatcatcgagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagcatcattcaagacagcttcaacag 41932529  T
Q  294 cataaagagtgttcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaac 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  41932528 cataaagagtgttcttcaacctttggatcaaattgacgtcaactttcttcccacgtatcaagtcaataacctcaggagaagcaagcctgtcaaggacaac 41932429  T
Q  394 ttcaatgaaagcagacaaaaaagcttcaccaaca 427  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  41932428 ttcaatgaaagctgacagaaatgcttcaccaaca 41932395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 337 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 33549369 - 33549300
Alignment:
Q  337 tttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagca 406  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  33549369 tttcttcccacggatcaagtcaacaacctcaagagaagtaagtatgtcaaggacaactccaatgaaagca 33549300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 406
Target Start/End: Original strand, 33354035 - 33354104
Alignment:
Q  337 tttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaagaaagcttgtcaaggacaacttcaatgaaagca 406  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  33354035 tttcttcccacggatcaagtcaacaacctcaagagaagtgagtatgtcaaggacaactccaatgaaagca 33354104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 375
Target Start/End: Original strand, 34803130 - 34803489
Alignment:
Q  6 caatatgttgaagaccaagaatatctttgaacttgagaatgtattcaagtttagcaactatatcttccaacttacaaaccatatcccgttcttcaaagtt 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| | |||| | ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  34803130 caatgtgttgaagaccaagaatatctttgaattttagaatgtattcaagtctagaagctatgttttctaacttaaaaaccatatccctttcttcaaagtt 34803229  T
Q  106 gaaaaagcgagagaagtagttaacagcggtgctcacctgcttgttcttctgagtag---cagctttggtagaaatgtggtcgagaagatcatcagcaaaa 202  Q
    ||||| |||| |||||||             ||||||| ||| |||||| ||||||   | ||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| | |    
T  34803230 gaaaaggcgatagaagta-------------ctcacctcctttttcttccgagtagttgcggctttagtagaaatgtgatccaaaaggtcatcagctaca 34803316  T
Q  203 taaacagcatctatgagatcatcaagccatttgttaacagcagagtctttgaactgtttctgttcagtatcattaagcacagcttcaacagcataaagag 302  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||| |||||||| || |||||  |||    
T  34803317 taaacagcgtctttgaggtcatcgagccagttgttaacagcagagtctttgatctgtttctattccgcatcataaagaacagcttctactgcatatggag 34803416  T
Q  303 tgttcttcaacctttggatcaaattgacggcaactttcttcccactgatcaagtcaacaacctcaggagaaga 375  Q
    | |||||||||| ||| | |||||||||  |||| | |||||||| |||||| |||| || || |||||||||    
T  34803417 tattcttcaaccgttgtaccaaattgacatcaacctgcttcccacggatcaattcaagaatctgaggagaaga 34803489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University