View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5189-Insertion-2 (Length: 1031)

Name: NF5189-Insertion-2
Description: NF5189
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5189-Insertion-2
NF5189-Insertion-2
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (7-1031)||(37376169-37377199)
chr8 (6-964)||(37383606-37384566)
chr8 (643-917)||(37361466-37361731)
chr8 (643-917)||(37366330-37366595)
chr8 (625-830)||(37408667-37408871)
chr8 (870-964)||(37408888-37408981)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (21-830)||(41227974-41228785)
chr2 (893-963)||(41228847-41228917)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (625-787)||(39246281-39246443)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (877-964)||(21316088-21316176)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 898; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 898; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1031
Target Start/End: Complemental strand, 37377199 - 37376169
Alignment:
Q  7 acatgcagcacttgtacatgaaatatggactacaatatacctgatttgagtccaatctgcaaggagaaaatgtggctctcttcaaatctttggaagtatc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37377199 acatgcagcacttgtacatgaaatatggactacaatatacctgatttgagtccaatctgcaaggagaaaatgtggctctcttcaaatctttggaagtatc 37377100  T
Q  107 ttttcgttttgtagaaccatctaagcaaactctcatttggttggttgcaaccaaatgatgtttcccgcgatagtcctcatgatacatactctctccatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37377099 ttttcgttttgtagaaccatctaagcaaactctcatttggttggttgcaaccaaatgatgtttcccgcgatagtcctcatgatacatactctctccatct 37377000  T
Q  207 ctgtaacaacataaattaaataatttatgttgttaacaacaaaaatagtcaaataagttatataaacagagcatagaaagataaagcgttattacaatct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37376999 ctgtaacaacataaattaaataatttatgttgttaacaacaaaaatagtcaaataagttatataaacagagcatagaaagataaagcgttattacaatct 37376900  T
Q  307 caatggaagttctcttttgtgtacgcagaaagggttctgatgcaagttttctgcactccctttccaacagattctttcaagatctcggttaagactttga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37376899 caatggaagttctcttttgtgtacgcagaaagggttctgatgcaagttttctgcactccctttccaacagattctttcaagatctcggttaagactttga 37376800  T
Q  407 tttccagtagtccaaccaattgcttttgattctgcgcagccagtgaggcctaacgaatgtatctgtttctctcctttcatagaattcattttccctatac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37376799 tttccagtagtccaaccaattgcttttgattctgcgcagccagtgaggcctaacgaatgtatctgtttctctcctttcatagaattcattttccctatac 37376700  T
Q  507 gttgccgatattcatttttcaagttcttcgagcttgtgacataaggaaactgtcattgcagtnnnnnnntgttatgattcgtgataagtttattcctcac 606  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37376699 gttgctgatattcatttttcaagttcttcgagctcgtgacataaggaaactgtcattgcagtaaaaaag-gttatgattggtgataagtttattcctcac 37376601  T
Q  607 atgccaactatttatcc-gaaaaagtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatt 705  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37376600 atgccaactatttatccaaaaaaagtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatt 37376501  T
Q  706 tcatatgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatgaattcac 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37376500 tcatatgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagtcatctgtgatataataatgaattcac 37376401  T
Q  806 cgaatagtctatcataatgcatgcattgcaaaacacatgattgcatggaaagatataagagagtaactcagttatgctatttatc-atatacctgtgtcc 904  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37376400 tgaatagtctatcataatgcatgcattgcaaaacacatgattgcatggaaagatataagagagtaactcagttatgctatttatcaatatacctgtgtcc 37376301  T
Q  905 ttttctcttctagattcaacttactgtacctgtgtggaccttcatttgaacctataaatt-nnnnnnngttc-aaaatccatatttcagt-agtcttttt 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  37376300 ttttctcttctagattcaacttactatacctgtgtggaccttcatttgaacctataaattaaaaaaaagttcaaaaatccatatttcagtaagtcttttt 37376201  T
Q  1002 aatc-agagag-atgcgtcacggtcgtctagc 1031  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  37376200 aatcaagagagaatgcgtcacggtcgtctagc 37376169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 37384566 - 37383606
Alignment:
Q  6 cacatgcagcacttgtacatgaaatatggactacaatatacctgatttgagtccaatctgcaaggagaaaatgtggctctcttcaaatctttggaagtat 105  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || | || || ||||||||||||     
T  37384566 cacatgctacacttatacatgaaatatggactataatatacctgatttgtatccaatctgcaaggagaaaatgtgcctttgttgaactctttggaagtaa 37384467  T
Q  106 cttttcgttttgtagaaccatctaagcaaactctcatttggttggttgcaaccaaatgatgtttcccgcgatagtcctcatgatacatactctctccatc 205  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||    
T  37384466 cttttcgttttgaagaaccatccaagcaaaatctcatttggttggttgcaaccaaatgatgtttcccgcgatagtcctcttgatgcgtattctctccatc 37384367  T
Q  206 tctgtaacaacataaattaaataatttatgttgttaacaacaaaaatagtcaaataagttatataaacagagcatagaaagataaagcgttattacaatc 305  Q
    |||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||  || ||||||||| ||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  37384366 tctgcaacaatatcaataaaacaatttatgttgttgacaaaaaaaataatcaaccaaattatataaatagaacagagaaagataaagcctgattacaatc 37384267  T
Q  306 tcaatggaagttctcttttgtgtacgcagaaagggttctgatgcaagttttctgcactccctttccaacagattctttcaagatctcggttaagactttg 405  Q
    | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  37384266 tgaattgaaggtctctcttgtgtacgcagaaagggttctgattcttgatttctaaactccctttccaacagattctttcaagatcttggttcagactttg 37384167  T
Q  406 atttccagtagtccaaccaattgcttttgattctgcgcagccagtgaggcctaacgaatgtatctgtttctctcctttcataga---attcattttccct 502  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||     |||||||||||    
T  37384166 attttcagtagtccaaccaattgcttttgattctgtgcagccagtgagggctaatgaatgtatatgtttctttcctttcttagatcttctcattttccct 37384067  T
Q  503 atacgttgccgatattcatttttcaagttcttcgagcttgtgacataaggaaactgtcattgcagtnnnnnnntgttatgattcgtgataagtttattcc 602  Q
    ||| | ||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||| ||    
T  37384066 atatgatgctgatattcactcttcaagttcttcgagctcgtgacatagggaaactgtcattgcagt-aaaaaatgttatgattcgtgataagtttatccc 37383968  T
Q  603 tcacatgccaactatttatccgaaaa---agtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtc 699  Q
    |||||| | |||||||| | | ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  37383967 tcacat-ctaactatttttactaaaaaatagtttgatggctcacttgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggttggattcgtg 37383869  T
Q  700 ataatttcatatgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatga 799  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37383868 ataatttcatatgtggccggatcgattctccgcacatcgcctccatacataaggggagattttgccaaagcccacagagtcatctgtgatataataatga 37383769  T
Q  800 attcaccgaatagtctatcataatgcatgcattgcaaaacacatgattgcatggaaagatataagagagtaactcagttatgctatttatc-atatacct 898  Q
    ||||||  || |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||| || ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||    
T  37383768 attcactcaagagtctatcataatgcatgcatt-ccaaacacaccattaca-ggaaa-atatacgagagtaaccaagttatgctatttatcaaaatacct 37383672  T
Q  899 gtgtccttttctcttctagattcaacttactgtacctgtgtggaccttcatttgaacctataaatt 964  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37383671 gtgtccttttctcttctagattcaacttacaatacctgtgtggaccttcatttgaacctataaatt 37383606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 643 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 37361731 - 37361466
Alignment:
Q  643 catgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatttcatatgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctc 742  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||| |||||||||||    
T  37361731 catgcctccttattatttgagctgaaatgattaatctcaagtaaggtaggattcgtgataatttcatatgtggcattgtcgatcttcctcacatcgcctc 37361632  T
Q  743 catacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatgaattca-ccgaatagtctatcataatgcatgcattgcaaaacac 841  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||| |||| | | |||||   |||||||||||||||      || |||    
T  37361631 catacataaggggagactttgccatagcccacaaagtcatctgtgagataataataaattgatcagaata---tatcataatgcatgc------aagcac 37361541  T
Q  842 atgattgcatggaaagatataagagagtaactcagttatgctatttatcatatacctgtgtccttttctcttctag 917  Q
    || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  37361540 ataattgcataaaaatatataagaaagtaactcagttgtactattcatca-atacctgtgtcctttgctcttctag 37361466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 643 - 917
Target Start/End: Original strand, 37366330 - 37366595
Alignment:
Q  643 catgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatttcatatgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctc 742  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||| |||||||||||    
T  37366330 catgcctccttattatttgagctgaaatgattaatctcaagtaaggtaggattcgtgataatttcatatgtggcattgtcgatcttcctcacatcgcctc 37366429  T
Q  743 catacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatgaattca-ccgaatagtctatcataatgcatgcattgcaaaacac 841  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||| |||| | | |||||   |||||||||||||||      || |||    
T  37366430 catacataaggggagactttgccatagcccacaaagtcatctgtgagataataataaattgatcagaata---tatcataatgcatgc------aagcac 37366520  T
Q  842 atgattgcatggaaagatataagagagtaactcagttatgctatttatcatatacctgtgtccttttctcttctag 917  Q
    || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  37366521 ataattgcataaaaatatataagaaagtaactcagttgtactattcatca-atacctgtgtcctttgctcttctag 37366595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 625 - 830
Target Start/End: Original strand, 37408667 - 37408871
Alignment:
Q  625 aaaaagtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatttcatatgtggcaggatcga 724  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||| | |  || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  37408667 aaaaaattagatggctcacatgcctctatattatttgagttgaaaaaattaatctctggcactgtaggattcgtgataatttcgtatgtggcagggtcga 37408766  T
Q  725 tcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatgaattcaccgaatagtctatcataatg 824  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | || ||||| ||| |||| ||||||| || |  | ||||||||||||||    
T  37408767 tcttccgcatatcgcctccatacataaggggagactttgccaaagcccataaagtcatctatgagataacaatgaatcca-ctcagagtctatcataatg 37408865  T
Q  825 catgca 830  Q
    ||||||    
T  37408866 catgca 37408871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 870 - 964
Target Start/End: Original strand, 37408888 - 37408981
Alignment:
Q  870 aactcagttatgctatttatcatatacctgtgtccttttctcttctagattcaacttactgtacctgtgtggaccttcatttgaacctataaatt 964  Q
    ||||||||| | |||||||| | |||| | |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  37408888 aactcagttgtactatttatta-atacatatgtcctcttctcttctagatttaacttactatacctgtgtggacctccatttgtatctataaatt 37408981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 830
Target Start/End: Original strand, 41227974 - 41228785
Alignment:
Q  21 tacatgaaatatggactacaatatacctgatttgagtccaatctgcaaggagaaaatgtggctctcttcaaatctttggaagtatcttttcgttttgtag 120  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||    
T  41227974 tacatcaaatatgaactgcaacatacctgatttgaatccaaactgcaaggagaaaatgcgcctctcttgaactctttggaagtaacttttcgttttggag 41228073  T
Q  121 aaccatctaagcaaactctcatttggttggttgcaaccaaatgatgtttcccgcgatagtcctcatgatacatactctctccatctctgtaacaacataa 220  Q
    || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||||||||  |    
T  41228074 aagcatcgaagcaaagtctcatttggttggttgcaactaattgatgtttcccgcgatagtcctcttgatacttactctctttgtctctgtaacaacaaca 41228173  T
Q  221 attaaataatttatgttgttaacaacaaaaatagtcaaataagttatataaacagagcatagaaagataaagcgttattacaatctcaatggaagttctc 320  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||    
T  41228174 attaaacaatttatgttgttaacaacaaaaataatcaactaagttatataaatagaacatagaaagataaagtgtgattacaatctgaattgaagttctc 41228273  T
Q  321 ttttgtgtacgcagaaagggttctgatgcaagttttctgcactccctttccaacagattctttcaagatctcggttaagactttgatttccagtagtcca 420  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||| || |||||||    
T  41228274 tcttgtgtacacagaaagggttctgatgcttgttttctgcactccctttccaacagattctttcaagatcttggttaa------tattttcaatagtcca 41228367  T
Q  421 accaattgcttttgattctgcgcagccagtgaggcctaacgaatgtatctgtttctctcctttcataga---attcattttccctatacgttgccgatat 517  Q
    |||| |||| |||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||  |||||| ||||||| | ||     ||||||||| |||| | ||| |||||    
T  41228368 accacttgcctttgattcagtgcagctagtaaggcctaatgaatgtataggtttctttcctttcttggatcttctcattttccgtatatgatgctgatat 41228467  T
Q  518 tcatttttcaagttcttcgagcttgtgacataaggaaactgtcattgcagtnnnnnnntgttatgattcgtgataagtttattcctcacatgccaactat 617  Q
    || || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||        | |||||||  | ||| ||||||   |||||||  ||||||    
T  41228468 tcgttattcgagttcttcgagcttgtgacgtaaggaaactatcattgcagtaaaaaa--gatatgattttttatatgtttatcaatcacatgtaaactat 41228565  T
Q  618 tt--atcc------gaaaaagtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatttcat 709  Q
    ||   |||       |||||||  || |||||| || |||| || ||||| |||||||||| |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||||||||    
T  41228566 tttcctccaaaaaaaaaaaagtaagacggctcagatacctccatgttattagagctgaaataattaatttctagcacggtaggatttgtgataatttcat 41228665  T
Q  710 atgtggcaggatcgatcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtgatataataatgaattcaccgaa 809  Q
    |||||||||| |||||| ||||||  || |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| | || ||||| ||| |||| |||||||||||  ||    
T  41228666 atgtggcagggtcgatcttccgcatgtcacctccatacataaggggagactttgccagagcccataaagtcatctatgagataacaatgaattcactcaa 41228765  T
Q  810 tagtctatcataatgcatgca 830  Q
     | ||||||||||||||||||    
T  41228766 -aatctatcataatgcatgca 41228785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 893 - 963
Target Start/End: Original strand, 41228847 - 41228917
Alignment:
Q  893 atacctgtgtccttttctcttctagattcaacttactgtacctgtgtggaccttcatttgaacctataaat 963  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||||    
T  41228847 atacctgagtccttttctcatctagattcaagttactatacctgtgtggctcttcttttgaatctataaat 41228917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 625 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 39246443 - 39246281
Alignment:
Q  625 aaaaagtttgatggctcacatgcctctatattattggagctgaaatgattaatctctagtagggtcggattcgtcataatttcatatgtggcaggatcga 724  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||  ||||||||| || ||||| ||||| || || |  || ||||| |  ||||| |    
T  39246443 aaaaaggttgatggttcacatgcctccatattatttgagctaaaaaaattaatctccagaagggtgggatttgtgatgagatcgtatgttgtgggatcaa 39246344  T
Q  725 tcctccgcacatcgcctccatacataagaggagattttgcaaaagcccacagagccatctgtg 787  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||| | ||||||||    
T  39246343 tcttccgtacatcgcccccatacataaggggagactttgccattgcccacagggtcatctgtg 39246281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 877 - 964
Target Start/End: Original strand, 21316088 - 21316176
Alignment:
Q  877 ttatgctatttatca-tatacctgtgtcctttt-ctcttctagattcaacttactgtacctgtgtggaccttcatttgaacctataaatt 964  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21316088 ttatgatatttatcaatatatctgtgttctttttctcttc-agattcaagtaactatatctgtgtggaccttcattagaacctacaaatt 21316176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University