View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5192-Insertion-1 (Length: 920)
Name: NF5192-Insertion-1
Description: NF5192
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5192-Insertion-1 |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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| [»] chr8 (1 HSPs) |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 33021544 - 33020634
Alignment:
| Q |
8 |
attcagtccttacaacnnnnnnnggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
107 |
Q |
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| T |
33021544 |
attcagtccttacaacaaaaaaaggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
33021445 |
T |
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| Q |
108 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatgaaaaagaaggtgttggaaag |
207 |
Q |
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| T |
33021444 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatgaaaaagaaggtgttggaaag |
33021345 |
T |
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| Q |
208 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattcaaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaagaaagacaattgttg |
307 |
Q |
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| T |
33021344 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattctaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaaaaaagacaattgttg |
33021245 |
T |
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| Q |
308 |
cgtcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
407 |
Q |
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| T |
33021244 |
cgtcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
33021145 |
T |
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| Q |
408 |
taatatgaatatcatgaacgggtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaacccnnnnnnnnnntggaacataaaaatgc |
507 |
Q |
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| T |
33021144 |
taatatgaatatcatgaacgtgtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaaccc-aaaaaaaaatggaacataaaaatgc |
33021046 |
T |
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| Q |
508 |
aacacataattaaatccaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaat |
607 |
Q |
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| T |
33021045 |
aacacataattaaatccaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaat |
33020946 |
T |
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| Q |
608 |
aaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttaatagaaatggggaagatatatttt |
707 |
Q |
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| T |
33020945 |
aaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttagtagaaacggggaagatatatttt |
33020846 |
T |
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| Q |
708 |
caaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaata |
807 |
Q |
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| T |
33020845 |
caaacaatctcttgcttcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaata |
33020746 |
T |
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| Q |
808 |
tcccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgcttggtgggtgcag-ttggaccccgc |
906 |
Q |
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| T |
33020745 |
t-ccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgctt-gtgggtgcagtttggacccctc |
33020648 |
T |
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| Q |
907 |
tgtgtctgcagtat |
920 |
Q |
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| T |
33020647 |
tgtgtctgcagtat |
33020634 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 798; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 798; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 27025771 - 27024861
Alignment:
| Q |
8 |
attcagtccttacaacnnnnnnnggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
107 |
Q |
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| T |
27025771 |
attcagtccttacaacaaaaaaaggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
27025672 |
T |
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| Q |
108 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatgaaaaagaaggtgttggaaag |
207 |
Q |
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| T |
27025671 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatgaaaaagaaggtgttggaaag |
27025572 |
T |
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| Q |
208 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattcaaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaagaaagacaattgttg |
307 |
Q |
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| T |
27025571 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattttaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaataaagacaattgttg |
27025472 |
T |
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| Q |
308 |
cgtcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
407 |
Q |
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| T |
27025471 |
cttcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
27025372 |
T |
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| Q |
408 |
taatatgaatatcatgaacgggtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaacccnnnnnnnnnntggaacataaaaatgc |
507 |
Q |
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| T |
27025371 |
taatatgaatatcatgaacgtgtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaaccc-aaaaaaaaatggaacataaaaatgc |
27025273 |
T |
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| Q |
508 |
aacacataattaaatccaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaat |
607 |
Q |
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| T |
27025272 |
aacacataattaaattcaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaat |
27025173 |
T |
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| Q |
608 |
aaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttaatagaaatggggaagatatatttt |
707 |
Q |
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| T |
27025172 |
aaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttagtagaaacggggaagatatatttt |
27025073 |
T |
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| Q |
708 |
caaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaata |
807 |
Q |
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| T |
27025072 |
caaacaatctcttgcttcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaata |
27024973 |
T |
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| Q |
808 |
tcccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgcttggtgggtgcag-ttggaccccgc |
906 |
Q |
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| T |
27024972 |
t-ccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgctt-gtgggtgcagtttggaccccgc |
27024875 |
T |
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| Q |
907 |
tgtgtctgcagtat |
920 |
Q |
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| T |
27024874 |
tgtgtctgcagtat |
27024861 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 690
Target Start/End: Original strand, 10114234 - 10114917
Alignment:
| Q |
8 |
attcagtccttacaacnnnnnnnggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
107 |
Q |
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| T |
10114234 |
attcagtccttacaacaaaaaaaggtatctcaaactattgatgaacttgttaatgccgtggagatgtcgtttgatgaattttcaccgattaagtcaaatc |
10114333 |
T |
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| Q |
108 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatgaaaaagaaggtgttggaaag |
207 |
Q |
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| T |
10114334 |
atatattcttgactttacaaatgtgcatggatgagatcatgaaagcaaaaggatcaaacaggtttagaatttcacacatcaaaaagaaggtgttggaaag |
10114433 |
T |
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| Q |
208 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattcaaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaagaaagacaattgttg |
307 |
Q |
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| T |
10114434 |
acaaggacaactaccaacaaatgtcagttgtgattctaatttggtgcaagaggttctcaatttcttaaactagattttgttccaagaaagacaattgttg |
10114533 |
T |
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| Q |
308 |
cgtcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
407 |
Q |
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| T |
10114534 |
catcttaggtccttgagcaaataatttcactttgtgtacttcttttcattttaattccagcaattgttgtctcttcaatttaaaaatttattttgtggga |
10114633 |
T |
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| Q |
408 |
taatatgaatatcatgaacgggtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaaccc-nnnnnnnnnntggaacataaaaatg |
506 |
Q |
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| T |
10114634 |
taatatgaatatcatgaacgtgtgaatcaagtactcacacatatggaacatgagcacttatatgcttctaacccaaaaaaaaaaatggaacataaaaatg |
10114733 |
T |
|
| Q |
507 |
caacacataattaaatccaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaa |
606 |
Q |
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| T |
10114734 |
caacacataattaaattcaaccattttcattagaatttttcaataatgtttatctccaacaatccaaaattaaaactgaaagcataaaagacaaggaaaa |
10114833 |
T |
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| Q |
607 |
taaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttaatagaaa |
690 |
Q |
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| T |
10114834 |
taaaaattgacttcattcctacatgtatttcatgcacttttgggtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttagtagaaa |
10114917 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 692 - 920
Target Start/End: Original strand, 10118074 - 10118301
Alignment:
| Q |
692 |
ggggaagatatattttcaaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaag |
791 |
Q |
| |
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| T |
10118074 |
ggggaagatatattttcaaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttcatcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaag |
10118173 |
T |
|
| Q |
792 |
aagatttagatcaatatcccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgcttggtgggt |
891 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
10118174 |
aagatttagatcaatat-ccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctcttccactaaatcttcaactaccatctccactgctt-gtgggt |
10118271 |
T |
|
| Q |
892 |
gcag-ttggaccccgctgtgtctgcagtat |
920 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10118272 |
gcagtttggaccccgctgtgtctgcagtat |
10118301 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 650 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 19256883 - 19256614
Alignment:
| Q |
650 |
gtagtaaagggaacatagattgcaatgggatttaatagaaatggggaagatatattttcaaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttc |
749 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
19256883 |
gtagtaaagggaacatagattgcagtggaatttagtagaaacggggaagatatattttcaaacaatctcttgctgcttcttctttgggagttagattttc |
19256784 |
T |
|
| Q |
750 |
atcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaatatcccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctc |
849 |
Q |
| |
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|
|
| T |
19256783 |
atcatcagcaaacttgtttaaatcaaatccaatatcagcaagaagatttagatcaatat-ccaacactatttgcccttgaggtggttcttcaactgcctc |
19256685 |
T |
|
| Q |
850 |
ttccactaaatcttcaactaccatctccactgcttggtgggtgcag-ttggaccccgctgtgtctgcagtat |
920 |
Q |
| |
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|
| T |
19256684 |
ttccactaaatcttcaactaccatctccactgctt-gtgggtgcagtttggaccccactgtgtctgcagtat |
19256614 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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