View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5195-Insertion-3 (Length: 911)

Name: NF5195-Insertion-3
Description: NF5195
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5195-Insertion-3
NF5195-Insertion-3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (257-911)||(22324815-22325469)
chr4 (67-250)||(22325916-22326099)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 257 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 22325469 - 22324815
Alignment:
Q  257 ctgtaagtacacatatttatattgtttcaactgatggagacataacataactta-ttacatactgagttgttatttactattttcgttttaaaattttga 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22325469 ctgtaagtacacatatttatattgtttcaactgatggagacataacataacttagttacatactgagttgttatttactattttcgttt-aaaattttga 22325371  T
Q  356 atgaagaatggagaatctttccgcgctaaaggatttaagcgatataaattttcatccgatggtccattgattcgaggagataaagacacaacaatctata 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22325370 atgaagaatggagaatctttccgcgctaatggatttaagcgatataaattatcatccgatgatccattgattcgaggagataaagacacaaaaatctata 22325271  T
Q  456 ttgatgcatctaaacaaactattatggcccataagtttgctcttggttcaaagtcaagtgtttttaaccaaatgttcaaggaggattctgctgatagtat 555  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22325270 ttgatgcatctaaacaaactattatggcccataagtatgctcttggttcaaagtcaagtgcttttaaccaaatgttcaaggaggattctgttgatagtat 22325171  T
Q  556 tatcatctcagatatgacaactataccatgtcaaatatttatagattacttctacgatatcgtgagagacgaggatcttctgaattatagtcaagagtta 655  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22325170 taccatctcagatatgacaactataccatgtcaaatatttatagattacttctacgatatcgtgagagacgaggatcttctgaattatagtcaagagtta 22325071  T
Q  656 ttagaagctgcaaagaaatatgatgtaattgatctgataaaggatattgagaaaaggctcataagagatatcactacacagaatgtagttgagaggatga 755  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22325070 ttagaagctgcaaagaaatatgatgtaattgatttgataaaggatattgagaaaaggctcataagagatatcactacacagaatgtagttgagaggatga 22324971  T
Q  756 agatagcataccgctatgacttgaagactttgaggaatcagtgtgctcgtttacttgtggagtttaaaaaattgcacacccttcggacagaaattcgtgc 855  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22324970 agataacataccgctatgacttgaagactttgaggaatcagtgtgctcgtttacttgtggagtttaaaaaattgcacacccttcggacagaaattcgtgc 22324871  T
Q  856 ttaccgtagaactgttgatatggatacaattagcaaaatgttttctgatttttgta 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22324870 ttaccgtagaactgttgatatggatacaattagcaaaatgttttctgatttttgta 22324815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 67 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 22326099 - 22325916
Alignment:
Q  67 attccaccaggagaataatgatatctcgctcgtggggtgcttctaatatctcattgtatcccaattataaaattgtgggtggtttaaatccccccattgc 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22326099 attccaccaggagaataatgatatctcgctcgtggggtgcttctaatatctcattgtatcccaattataaaattgtgggtggtttaaatccccccattgc 22326000  T
Q  167 atcttttcaaattagggttttgtacaatatcggaaaacaaagtcaaattctagccatgtcaggtgatttaattaattataaata 250  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22325999 atcttttcaaattagggttttggacaatatcggaaaacaaagtcgaattctagccatgtcaggtgattaaattaattataaata 22325916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University