View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5196-Insertion-1 (Length: 992)

Name: NF5196-Insertion-1
Description: NF5196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5196-Insertion-1
NF5196-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-992)||(32652709-32653695)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 939; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 939; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 32653695 - 32652709
Alignment:
Q  8 aagtgcaacacgaggaaaccataataggacattggacattctcagcgtttccttaactacctggagaaagaacacagattcttgacatttaagttattat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653695 aagtgcaacacgaggaaaccataataggacattggacattctcagcgtttccttaactacctggagaaagaacacagattcttgacatttaagttattat 32653596  T
Q  108 gtaatagttgcttccaatttggagacaacaggtaatcattttataggttatgtaatgtttctttgggtctaagtctaaattccaaccttcaaaccataac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653595 gtaatagttgcttccaatttggagacaacaggtaatcattttataggttatgtaatgtttctttgggtctaagtctaaattccaaccttcaaaccataac 32653496  T
Q  208 gcatgttgttgatatcttcatgattaagtgaagctccttctggcttcattttggttaaagacaattgttcttcctgtaagtcaagataaacattatccta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653495 gcatgttgttgatatcttcatgattaagtgaagctccttctggcttcattttggttaaagacaattgttcttcctgtaagtcaagataaacattatccta 32653396  T
Q  308 acgtgcaagggagaacataaagaaggaaagttttactaaattacatcatgttgtttagtataacgttgatacatatgactagtaataattgtagatcacg 407  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32653395 acgtgcaagggtgaacataaagaaggaaagttttactaaattacatcatgttgtttagtataacgttgatacatatgactagtaataattgtagatcaca 32653296  T
Q  408 actacaagtctacaactatgcagcatctcaccctgagtatatcctgtgcgtccctgttatcatgtagaaattttacactccacatcattgctgctgctgt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653295 actacaagtctacaactatgcagcatctcaccctgagtatatcctgtgcgtccctgttgtcatttagaaattttacactccacatcattgctgctgctgt 32653196  T
Q  508 agtagtctgtccagcaattatcaatgtcaaaagattatccataatctccgagtcatcaagcttttcactggctggaaatgagtctctctgcaacatggac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653195 agtagtctgtccagcaattatcaatgtcagaagattatccataatctccgagtcatcaagcttttcactggctggaaatgagtctctctgcaacatggac 32653096  T
Q  608 tgcaggaagtcccctggagactcttctcccctcctacgtctggcaatgatctctctgaaggtttccatgagcctgttacgagcctgcttcatgtatcttc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32653095 tgcaggaagtcccctggagactcttctcccctcctacgtctggcaatgatctctctgaaggtttccatgagcctgttacgagcctgcttcatgtatcttc 32652996  T
Q  708 tttagttcaaccttatgaaagttcagcgaagaaaagaagaaaaactatgtctgatttttcccttaaattaatcagtacttcataggaagcgtgtaaccga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32652995 tttagttcaaccttatgaaagttcagcgaagaaaagaagaaaaactatgtctgattttttccttaaattaatcagtacttcataggaagcgtataaccga 32652896  T
Q  808 gtcaatcacttaaatttaagtctggtactagtaggcctttctcattgaagaactaataaatcacatttatg-caatatcactaaccgtgatgcctttata 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  32652895 gtcaatcacttaaatttaagtctggtactagtaggcctttctcattgaagaactaataaatcacatttatgtaaatatcactaaccgtgatgcctttata 32652796  T
Q  907 gtatctggtgcctggaatcatgaccggaaaggac-acatggcattagagactgcagtgcagtctttttcgatctgtcgcagtaatga 992  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32652795 gtatctggtgcctggaatcatgaccggaaaggacaacatggcattagagactgcagtgcagtctttttcgatctgtcgcagtaatga 32652709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University