View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5200_high_6 (Length: 350)
Name: NF5200_high_6
Description: NF5200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5200_high_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 7 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5197633 - 5197301
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
| |
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| T |
5197633 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
5197534 |
T |
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| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5197533 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
5197434 |
T |
|
| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
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| T |
5197433 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgactga |
5197334 |
T |
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| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
339 |
Q |
| |
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| T |
5197333 |
ggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
5197301 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 7 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5215778 - 5215446
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
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| T |
5215778 |
aaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaatacaatggaaacgttggaaaaattttacgcat |
5215679 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
| |
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| T |
5215678 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
5215579 |
T |
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| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
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| T |
5215578 |
ctccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgataga |
5215479 |
T |
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| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
339 |
Q |
| |
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| T |
5215478 |
ggagtggtccacaaagaccgggattacctctgt |
5215446 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5184234 - 5183902
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
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| T |
5184234 |
aaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaatataatggaaaagatggaaagaatctacgcat |
5184135 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
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| T |
5184134 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggccaatagtattgtaatataagatgttatgaaa |
5184035 |
T |
|
| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
| |
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| T |
5184034 |
ctccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgattta |
5183935 |
T |
|
| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
339 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5183934 |
ggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgt |
5183902 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 7 - 335
Target Start/End: Original strand, 4840636 - 4840958
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
| |
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|
| T |
4840636 |
aaaattacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcat |
4840729 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
| |
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| T |
4840730 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaa |
4840829 |
T |
|
| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
| |
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|
| T |
4840830 |
ctccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattga |
4840929 |
T |
|
| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacct |
335 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4840930 |
ggaatggtccacaaagaccaggattacct |
4840958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 7 - 339
Target Start/End: Original strand, 4855138 - 4855468
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
| |
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|
| T |
4855138 |
aaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagtttcaacaggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctac |
4855237 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
4855238 |
aaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgtggattgatgca--acactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaa |
4855335 |
T |
|
| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
| |
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| T |
4855336 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcga |
4855435 |
T |
|
| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
339 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
4855436 |
ggagtggtccacaaagatcgggattacctctgt |
4855468 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 5174886 - 5174564
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5174886 |
aaaattacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcat |
5174793 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaa |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5174792 |
aaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaa |
5174693 |
T |
|
| Q |
207 |
ctccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgattga |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| | | |||||||||||| | ||||| || || ||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5174692 |
ctccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattga |
5174593 |
T |
|
| Q |
307 |
ggagtggtccacaaagactgggattacct |
335 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
5174592 |
cgaatggtccacaaagaccaggattacct |
5174564 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5161953 - 5161619
Alignment:
| Q |
7 |
aaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcat |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
5161953 |
aaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaaaaaaaaatcgtgc |
5161854 |
T |
|
| Q |
107 |
aaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatccacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgt-gaa |
205 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
5161853 |
aaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtagaa |
5161754 |
T |
|
| Q |
206 |
ac-tccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcgtcttcttcattgtcattggattggggtgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgatt |
304 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || ||||| |||||||||||| | |
|
|
| T |
5161753 |
acctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtc |
5161654 |
T |
|
| Q |
305 |
gaggagtggtccacaaagactgggattacctctgt |
339 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5161653 |
gaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt |
5161619 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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