View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5204-Insertion-5 (Length: 520)

Name: NF5204-Insertion-5
Description: NF5204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5204-Insertion-5
NF5204-Insertion-5
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (8-514)||(8431496-8431997)
chr2 (258-520)||(8412462-8412724)
chr2 (258-520)||(8434560-8434822)
chr2 (258-520)||(8394725-8394987)
chr2 (8-244)||(8406680-8406916)
chr2 (302-520)||(8406342-8406560)
chr2 (302-520)||(8395012-8395230)
chr2 (49-230)||(8412773-8412954)
chr2 (49-230)||(8434871-8435052)
chr2 (321-457)||(8417746-8417882)
chr2 (321-457)||(8375339-8375475)
chr2 (321-457)||(8439628-8439764)
chr2 (70-230)||(8394516-8394676)
chr2 (314-433)||(8368812-8368931)
chr2 (314-433)||(8400479-8400598)
chr2 (314-433)||(8422056-8422175)
chr2 (316-450)||(8404470-8404604)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 8431997 - 8431496
Alignment:
Q  8 tccccaactatacactatcctaaattaacacaaagcaaacaccttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttcta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8431997 tccccaactatacactatcctaaattaacacaaagcaaacatcttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttcta 8431898  T
Q  108 acttcttgttctttatcatctacaaagagagtaattaatgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8431897 acttcttgttctttatcatcttcaaagagagtaattaatgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaac 8431798  T
Q  208 tagttgttgatcaagaattaaaactacaaaacaatgaccacatcatcaaaacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgc 307  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  8431797 aagttgttgatcaagaattaaaactacaaaacaatgaacacatcaacaaaacagaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaaagc 8431698  T
Q  308 tacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctatta 407  Q
     ||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  8431697 cacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcg---aacgtaacaactggaataatcttcttttg 8431603  T
Q  408 aactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcct 507  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| || |    
T  8431602 aactcaataaacatgattactctcactgctaagactatgtctggtgttgcagctgtcacaagtggggaagttgcaccacttttggctctgaaactatctt 8431503  T
Q  508 ctgctct 514  Q
    |||||||    
T  8431502 ctgctct 8431496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 258 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8412724 - 8412462
Alignment:
Q  258 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412724 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8412625  T
Q  358 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412624 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8412525  T
Q  458 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 520  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412524 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 8412462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 258 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8434822 - 8434560
Alignment:
Q  258 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434822 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8434723  T
Q  358 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434722 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8434623  T
Q  458 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 520  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434622 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 8434560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 258 - 520
Target Start/End: Original strand, 8394725 - 8394987
Alignment:
Q  258 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394725 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8394824  T
Q  358 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394825 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8394924  T
Q  458 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 520  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394925 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttatt 8394987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 8406916 - 8406680
Alignment:
Q  8 tccccaactatacactatcctaaattaacacaaagcaaacaccttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttcta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406916 tccccaactatacactatcctaaattaacacaaagcaaacaccttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttcta 8406817  T
Q  108 acttcttgttctttatcatctacaaagagagtaattaatgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406816 acttcttgttctttatcatcttcaaagagagtaattaacgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaac 8406717  T
Q  208 tagttgttgatcaagaattaaaactacaaaacaatga 244  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406716 aagttgttgatcaagaattaaaactacaaaacaatga 8406680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 302 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406342
Alignment:
Q  302 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
Q  402 ctattaaactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 501  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8406361  T
Q  502 tgtcctctgctcttttatt 520  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8406360 tgtcctctgctcttttatt 8406342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 302 - 520
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395230
Alignment:
Q  302 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
Q  402 ctattaaactcgataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 501  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctggagttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8395211  T
Q  502 tgtcctctgctcttttatt 520  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8395212 tgtcctctgctcttttatt 8395230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 8412954 - 8412773
Alignment:
Q  49 ccttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttctaacttcttgttctttatcatc---tacaaagagagtaattaa 145  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||    
T  8412954 ccttcaaataatattaattcatatatatcatggctt---tattacaaacttcagttccaatttcttgttctttatcatcatcttcaaagaaagtaattaa 8412858  T
Q  146 tgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaactagttgttgatcaagaattaaaa 230  Q
    |||| ||||  |||| ||||||||| |||||||||||||| |||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  8412857 tgcttcaatccatctcccaaaactcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaa 8412773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 8435052 - 8434871
Alignment:
Q  49 ccttcaaatattattaatttgtatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttctaacttcttgttctttatcatc---tacaaagagagtaattaa 145  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||    
T  8435052 ccttcaaataatattaattcatatatatcatggctt---tattacaaacttcagttccaatttcttgttctttatcatcatcttcaaagaaagtaattaa 8434956  T
Q  146 tgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaactagttgttgatcaagaattaaaa 230  Q
    |||| ||||  |||| ||||||||| |||||||||||||| |||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  8434955 tgcttcaatccatctcccaaaactcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaa 8434871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 321 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417746
Alignment:
Q  321 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaata 420  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
T  8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
Q  421 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtcttgc 8417746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 321 - 457
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375475
Alignment:
Q  321 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaata 420  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
Q  421 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8375475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 321 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439628
Alignment:
Q  321 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgataaata 420  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
Q  421 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 457  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8439628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 230
Target Start/End: Original strand, 8394516 - 8394676
Alignment:
Q  70 tatatatcatggcttcaatattacaaacttcagttctaacttcttgttctttatcatc---tacaaagagagtaattaatgctgcaattaatcttccaaa 166  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||   | |||| |||||||| |||||| ||||  |||| |||||    
T  8394516 tatatatcatgtcttcaata---caaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcccaaa 8394612  T
Q  167 actcccaaatatttcattgccaactattcaaaccagaaaactagttgttgatcaagaattaaaa 230  Q
    |||| |||||||||||||| |||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  8394613 actcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaa 8394676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 314 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
Q  314 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcg 413  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
Q  414 ataaatatgattactctcac 433  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 314 - 433
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
Q  314 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcg 413  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
Q  414 ataaatatgattactctcac 433  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 314 - 433
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
Q  314 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcg 413  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
Q  414 ataaatatgattactctcac 433  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 8404604 - 8404470
Alignment:
Q  316 aactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcgat 415  Q
    ||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||  |||||||| |||| ||||| |  ||| |||||||||| ||    
T  8404604 aactctatgcaatttcggaggctgtatcagacagaattgaaatgcataaaaacttaggacaacaacgtgacaattggaacacgcttttattaaactccat 8404505  T
Q  416 aaatatgattactctcactgctacaaccatgtctg 450  Q
     || ||||| || ||||| ||| |||| |||||||    
T  8404504 caacatgataacactcacagcttcaacaatgtctg 8404470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University