View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5204_low_5 (Length: 360)

Name: NF5204_low_5
Description: NF5204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5204_low_5
NF5204_low_5
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-342)||(45250212-45250554)
chr8 (1-336)||(8362888-8363193)
chr8 (87-336)||(18667398-18667625)
chr8 (233-336)||(8351739-8351842)
chr8 (233-336)||(25064521-25064624)
chr8 (233-336)||(35137255-35137358)
chr8 (1-67)||(18667671-18667737)
chr8 (107-207)||(8351847-8351951)
chr8 (108-191)||(23160419-23160502)
chr8 (91-222)||(45530966-45531095)
chr8 (233-304)||(23160517-23160588)
chr8 (107-207)||(25064629-25064733)
[»] scaffold0216 (2 HSPs)
scaffold0216 (1-342)||(25802-26136)
scaffold0216 (1-342)||(18619-18966)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (87-342)||(48810778-48811033)
chr1 (1-336)||(45916465-45916767)
chr1 (1-67)||(48810685-48810751)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (86-342)||(50245888-50246149)
chr3 (233-336)||(20783491-20783594)
chr3 (233-336)||(38354021-38354124)
chr3 (4-67)||(22445331-22445394)
chr3 (1-67)||(39189723-39189789)
chr3 (1-67)||(50245801-50245866)
chr3 (107-222)||(20783382-20783502)
chr3 (107-207)||(38354129-38354233)
chr3 (108-222)||(20919927-20920040)
chr3 (108-222)||(20928889-20929002)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-222)||(27589274-27589495)
chr5 (86-185)||(42631778-42631876)
chr5 (275-342)||(27589186-27589253)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-222)||(24971384-24971605)
chr2 (87-342)||(21124751-21124984)
chr2 (233-336)||(20104075-20104178)
chr2 (240-334)||(16139852-16139946)
chr2 (275-342)||(24971625-24971692)
chr2 (86-222)||(16139942-16140078)
chr2 (233-310)||(16311055-16311132)
chr2 (109-220)||(16310952-16311064)
chr2 (1-52)||(16140113-16140164)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-334)||(29494561-29494873)
chr7 (112-334)||(7945831-7946032)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (1-336)||(27226-27541)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (237-336)||(32681931-32682030)
chr6 (89-141)||(32682106-32682157)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (233-336)||(14252657-14252756)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (89-222)||(74621-74752)
scaffold0059 (108-222)||(66534-66647)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Original strand, 45250212 - 45250554
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnn--ccatgattattga 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||    
T  45250212 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaaaaataaaaaaaataaaccatgattattga 45250311  T
Q  99 tcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttccta 198  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  45250312 tcaatggta-gattgaagcttttgatacattatattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttctta 45250410  T
Q  199 taagaaaag-tttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaag 297  Q
    |||||| || |||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  45250411 taagaacaggtttgtccaaattagattttttttt-gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttagaatgatgtttaacatgtccgaag 45250509  T
Q  298 atgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45250510 atgtgtttaaaagcatcaattaggatttatcaaataagagctcat 45250554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 8363193 - 8362888
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||    
T  8363193 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaaaaaataaac--------tgattattgatc 8363102  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8363101 aatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaagaaactatgtgaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttata 8363003  T
Q  201 agaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagat 299  Q
    |||||| |||||||||||||||                      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||    
T  8363002 agaaaaggtttgtccaaattag----------------------atgatgtgaaccaattgtatgcaacctttaggatgatatttaacatgtccggagat 8362925  T
Q  300 gtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataaga 336  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  8362924 gtgtttaaaagtatcaattagaatttatcaaataaga 8362888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 87 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 18667625 - 18667398
Alignment:
Q  87 catgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  18667625 catgattattgatcaatggtt-gattgaagcttttgatacattatattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcataataaaacatgatgaagttaa 18667527  T
Q  187 gatgtcttcctataagaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttca 285  Q
     |||||||| |||||||||| |||||||||||||||                      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18667526 tatgtcttcttataagaaaaggtttgtccaaattag----------------------atgatgtgaatcaattgtatgcaacctttaggatgatgttta 18667449  T
Q  286 acatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataaga 336  Q
    |||| || | |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18667448 acatatcgggagatttgtttaaaagcatcaattaggattcatcaaataaga 18667398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 8351842 - 8351739
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  8351842 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttacggtgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaat 8351743  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  8351742 aaga 8351739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 25064624 - 25064521
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  25064624 gtccaacttagatgatgtgaatcaattgtatgcaacctttacggtgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaat 25064525  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  25064524 aaga 25064521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 35137358 - 35137255
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  35137358 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttacggtgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaat 35137259  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  35137258 aaga 35137255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 18667737 - 18667671
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18667737 aagtcatatattgattgtcaaataaatgaaatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 18667671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 8351951 - 8351847
Alignment:
Q  107 ttgattgaagcttttgatacactc----tattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataag 202  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||  ||| |||| | | |||||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||| ||    
T  8351951 ttgattgaagcttttgatacattcattctattgaagaaactatgataagtgaaaaacagtcatagtaaaacatgacgatgttaatatgtcttcttattag 8351852  T
Q  203 aaaag 207  Q
    |||||    
T  8351851 aaaag 8351847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 191
Target Start/End: Original strand, 23160419 - 23160502
Alignment:
Q  108 tgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgt 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| |||| |  | ||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  23160419 tgattgaagcttttgatacattctattgaaaaaactatgataaatgaaaagtcatcatagtaaatcaagatgaagttaagatgt 23160502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 222
Target Start/End: Original strand, 45530966 - 45531095
Alignment:
Q  91 attattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatg 190  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||  ||| |||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  45530966 attattgctcaatggct-gattgaaacttttgatacattctattgaacgaattatgataaatgaaaagccgttatagtaaattatgataaagttaagatg 45531064  T
Q  191 tcttcctataagaaaagtttgtccaaattaga 222  Q
    | ||  || || ||| ||||||||||||||||    
T  45531065 tgttagta-aaaaaaggtttgtccaaattaga 45531095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 233 - 304
Target Start/End: Original strand, 23160517 - 23160588
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgtt 304  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||| |||||||||| |  ||||| || |||||||||||    
T  23160517 gtccaaattagatcacgtgaaccaattgcatgcaaccattaggatgatatgtaacatatcggaagatgtgtt 23160588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 107 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25064733 - 25064629
Alignment:
Q  107 ttgattgaagcttttgatacactc----tattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataag 202  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||  ||| |||| | | |||||||||||| | || || ||||| |||||||| ||| ||    
T  25064733 ttgattgaagcttttgatacattcattctattgaagaaactatgataagtgaaaaacagtcatagtaaaacaagacgatgttaatatgtcttcttattag 25064634  T
Q  203 aaaag 207  Q
    |||||    
T  25064633 aaaag 25064629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0216 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 2)
Name: scaffold0216
Description:

Target: scaffold0216; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 26136 - 25802
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||    
T  26136 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacataaaggattatgtcctatattgtcaacaaaaaaaaat------catgattattgatc 26043  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  26042 aatggtt-gattgaagcttttaatacattctattgaagaaactatgttatgtaaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttata 25944  T
Q  201 agaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagat 299  Q
    |||||| |||||||||||||| |          ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  25943 agaaaaggtttgtccaaatta-aatttttttttgtctaaattagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttaggatgatgtttaacatgtccggagat 25845  T
Q  300 gtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25844 gtgtttaaaaacatcaattaggatttatcaaataagagctcat 25802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0216; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 18966 - 18619
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||                  ||||||||||||||     
T  18966 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaagattatatcctatattgtcaaaaaaataaaaaataaaccatgattattgatg 18867  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  18866 aatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttata 18768  T
Q  201 agaaaa-gtttgtccaaatta------gannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtct 293  Q
    |||||| ||||||||||||||                  ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18767 agaaaaggtttgtccaaattaattattattattttttttgtcaaaattagatgatatgaagcaattatatgcaacctttaggatgatgtttaacatgtct 18668  T
Q  294 gaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  18667 ggagatttgtttaaaagcatcaattaggattcatcaaataagagctcat 18619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 87 - 342
Target Start/End: Original strand, 48810778 - 48811033
Alignment:
Q  87 catgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48810778 catgattattgatcaatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaagaaactatgtaaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaa 48810876  T
Q  187 gatgtcttcctataagaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttca 285  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48810877 gatgtcttcttataagaaaaggtttgtccaaattagattttttttttgtccaaatttgatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttaggatgatgttta 48810976  T
Q  286 acatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    |||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48810977 acatgtccagagatgtgtttaaaagcatcaattaggatttatcaaataagagctcat 48811033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 45916767 - 45916465
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||| ||    
T  45916767 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaaaaataaaaaataaaccatgattattgttc 45916668  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||            || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45916667 aatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaagaaactatgttaag-----------caaagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcttata 45916580  T
Q  201 agaaaagtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatg 300  Q
    ||||||| ||                      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||    
T  45916579 agaaaaggtt---------------------tgtccaaattagatgatgtgaaccaattatatgcaacatttaggatgatgtttaacatgtccggagatg 45916501  T
Q  301 tgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataaga 336  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45916500 tgtttaaaagcatcaattaggattcatcaaataaga 45916465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 48810685 - 48810751
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 67  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48810685 aagtcatatattaattgtcaaataaatgagatgaattgacacttaaatgataatgtcctatattgtc 48810751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 86 - 342
Target Start/End: Original strand, 50245888 - 50246149
Alignment:
Q  86 ccatgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagtta 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50245888 ccatgattattgatcaatggtt-gatggaagcttttgatccattctattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagtta 50245986  T
Q  186 agatgtcttcctataagaaaa-gtttgt-ccaaattaga----nnnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatga 279  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||              ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  50245987 agatgtcttcttataagaaaaggtttgtgctaaattagattttttttttttttgtccaaattagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttatgatga 50246086  T
Q  280 tgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50246087 tgttcaacatgttcggagatgtgtttaaaagcatcaattaggatttatcaaataagagctcat 50246149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Original strand, 20783491 - 20783594
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  20783491 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttacggtgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaat 20783590  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  20783591 aaga 20783594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 38354124 - 38354021
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||     
T  38354124 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacatttacggtgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaaa 38354025  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  38354024 aaga 38354021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 22445394 - 22445331
Alignment:
Q  4 tcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 67  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22445394 tcatatattgattgtgaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 22445331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 39189723 - 39189789
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  39189723 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaagattatgccctatattgtc 39189789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 50245801 - 50245866
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  50245801 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaa-gactatgtcctatactgtc 50245866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 222
Target Start/End: Original strand, 20783382 - 20783502
Alignment:
Q  107 ttgattgaagcttttgatacactc----tattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataag 202  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||  ||| |||| | | |||||||||||| | || || ||||| |||||||| ||| ||    
T  20783382 ttgattgaagcttttgatacattcattctattgaagaaactatgataagtgaaaaacagtcatagtaaaacaggacgatgttaatatgtcttcttattag 20783481  T
Q  203 aaaa-gtttgtccaaattaga 222  Q
    |||| |||||||||| |||||    
T  20783482 aaaaggtttgtccaacttaga 20783502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 107 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 38354233 - 38354129
Alignment:
Q  107 ttgattgaagcttttgatacactc----tattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataag 202  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||  |||||||| | | |||||| ||||| | || || ||||| |||||||| ||| ||    
T  38354233 ttgattgaagcttttgatacattcattctattgaagaaactatgataattgaaaaacagtcatattaaaacaggacgatgttaatatgtcttcttattag 38354134  T
Q  203 aaaag 207  Q
    |||||    
T  38354133 aaaag 38354129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20920040 - 20919927
Alignment:
Q  108 tgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataagaaaag 207  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||| |||| |  ||| ||||||||  ||||| |||||||||||| ||  || || ||| |    
T  20920040 tgattgaaacttttgatacattctattgaacgaactatgataaatgaaaagtcgttatagtaaatcatgataaagttaagatgtgttagta-aaaaaagg 20919942  T
Q  208 tttgtccaaattaga 222  Q
    |||||||||||||||    
T  20919941 tttgtccaaattaga 20919927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20929002 - 20928889
Alignment:
Q  108 tgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataagaaaag 207  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||| |||| |  ||| ||||||||  ||||| |||||||||||| ||  || || ||| |    
T  20929002 tgattgaaacttttgatacattctattgaacgaactatgataaatgaaaagtcgttatagtaaatcatgataaagttaagatgtgttagta-aaaaaagg 20928904  T
Q  208 tttgtccaaattaga 222  Q
    |||||||||||||||    
T  20928903 tttgtccaaattaga 20928889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 27589495 - 27589274
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||    
T  27589495 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaaaaataaaaaataaaccatgattattgatc 27589396  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  27589395 aatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaagaaactatgttaagtgaaaatctgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttata 27589297  T
Q  201 agaaaa-gtttgtccaaattaga 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  27589296 agaaaaggtttgtccaaattaga 27589274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 185
Target Start/End: Original strand, 42631778 - 42631876
Alignment:
Q  86 ccatgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagtta 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  42631778 ccatgattattgatcaatggtt-gattgaagcttttgatacattttattgaagaaactatgttaagggaaaatctgtcatagtaaaacatgatgaagtta 42631876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 275 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27589253 - 27589186
Alignment:
Q  275 gatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  27589253 gatgatgtttaacatgtccgaagatgtgtttaaaagcatcaattatgatttatcaaataagagctcat 27589186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 24971384 - 24971605
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgattattgatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||    
T  24971384 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaaaaataaaaaataaaccatgattattgatc 24971483  T
Q  101 aatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctata 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  24971484 aatggtt-gattgaagcttttgatacattctattgaaaaaactatgttaagtgaaaatctgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttata 24971582  T
Q  201 agaaaa-gtttgtccaaattaga 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  24971583 agaaaaggtttgtccaaattaga 24971605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 87 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 21124984 - 21124751
Alignment:
Q  87 catgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||| |||| |||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  21124984 catgattattgatcaatggtt-gattgaagcttttaatacattctattgaagaaactatgctaagtgaaaatccatcatagtaaaacacgatgaagttaa 21124886  T
Q  187 gatgtcttcctataagaaaagtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaa 286  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||                      ||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21124885 gatgtcttcttataagaaaaggtt---------------------tgtctaaatttgatgatgtgaaactattgtatgcaacctttaggatgatgtttaa 21124807  T
Q  287 catgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21124806 catgtcttaagatgtgtttaaaagcatcaattaggatttatcaaataagagctcat 21124751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 20104178 - 20104075
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  20104178 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttacggtgatgtttaacatgtcccaagatgtgtttaaaagcatcaattaagattcatcaaat 20104079  T
Q  333 aaga 336  Q
    ||||    
T  20104078 aaga 20104075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 240 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 16139946 - 16139852
Alignment:
Q  240 ttagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataa 334  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||   ||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  16139946 ttagatgatgtgaaccaattgtatgcaacctttaggatgatctttaacatgtccagagacgtgtttaaaaacatcaattaagattcatcaaataa 16139852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 275 - 342
Target Start/End: Original strand, 24971625 - 24971692
Alignment:
Q  275 gatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataagaactcat 342  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24971625 gatgatgtttaacatgttcgaagatgtgtttaaaagcatcaattatgatttatcaaataagagctcat 24971692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 86 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16140078 - 16139942
Alignment:
Q  86 ccatgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagtta 185  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||  ||| |||| |   |||||||||||| | ||||| ||||    
T  16140078 ccatgattattgctcaatggct-gattgaaacttttgatacattttattgaagaaactatgataagtgaaaagaagtcatagtaaaacaggatgatgtta 16139980  T
Q  186 agatgtcttcctataag-aaaagtttgtccaaattaga 222  Q
    | |||||||| ||| || ||||||||||| || |||||    
T  16139979 aaatgtcttcttattagaaaaagtttgtcaaacttaga 16139942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 233 - 310
Target Start/End: Original strand, 16311055 - 16311132
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaag 310  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||| ||||    
T  16311055 gtccaaattatatgatgtgaaccaactgtatgcaacctttaggatgatgtgtaacacgtcaggagatgtgtttaaaag 16311132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 109 - 220
Target Start/End: Original strand, 16310952 - 16311064
Alignment:
Q  109 gattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttccta-taagaaaag 207  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |  ||| |||| | ||| |||||||||  |||||||||||||| ||| ||| || ||| ||| |    
T  16310952 gattgaagattttgatacattctattgaagaaattgtgataagtgaaaaaccgccatagtaaatcatgatgaagttaaggtgtgttcttactaaaaaagg 16311051  T
Q  208 tttgtccaaatta 220  Q
    |||||||||||||    
T  16311052 tttgtccaaatta 16311064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 16140164 - 16140113
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggatt 52  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||    
T  16140164 aagtcatatattgattgtcaaataaataagataaaatgacacttaaatgatt 16140113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 29494873 - 29494561
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ccatgattattgat 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||     
T  29494873 aagtcatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcaaaagaaataaaaaataaaccatgattattgaa 29494774  T
Q  100 caatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctat 199  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  29494773 caattgtt-gattgaagcttttgaaacattatattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaacatgtcttcttat 29494675  T
Q  200 aagaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaaga 298  Q
    ||||||| |||||||||||||||                      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  29494674 aagaaaaggtttgtccaaattag----------------------atgatttgaaccaattgtatgcaacctttaggatgatgtttaacatgtccggaga 29494597  T
Q  299 tgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataa 334  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||  |||||||||    
T  29494596 tgtgtttaaaagtatcaattagaatacatcaaataa 29494561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 112 - 334
Target Start/End: Original strand, 7945831 - 7946032
Alignment:
Q  112 tgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataagaaaa-gttt 210  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  7945831 tgaaacttttgatacattctattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgatgaagttaagatgtcttcttataagaaaatgttt 7945930  T
Q  211 gtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaag 310  Q
    || ||||||||                      |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||    
T  7945931 gtgcaaattag----------------------atgatgggaaccaattgtatgcaacctttaggatgatgtttaacatgtccggagatgtgtttaaaag 7946008  T
Q  311 catcaattaggatttatcaaataa 334  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  7946009 catcaattaggattcatcaaataa 7946032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27541 - 27226
Alignment:
Q  1 aagtcatatattgattgtcaaataattgagatgaaatgacacttaaaggattatgtcctatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnn--ccatgattattga 98  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||                    |||||||||||||    
T  27541 aagttatatattgattgtcaaataaatgagatgaaatgatacttaaaggattatgtcatatattgtcaaaataaaataaaaaataaaccatgattattga 27442  T
Q  99 tcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttccta 198  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||    
T  27441 tcaatggtt-gattgaagcttttgatacattatattgaagaaactatgttaagtgaaaatccgtcatagtaaaacatgataaagtttagatgtcttctta 27343  T
Q  199 taagaaaa-gtttgtccaaattagannnnnnnnnngtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaag 297  Q
    ||| |||| |||||||||||||||                      |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||    
T  27342 taataaaatgtttgtccaaattag----------------------atgatgtgaatcaattgtatgcaacatttaggatgatgtttaacatgtccggag 27265  T
Q  298 atgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataaga 336  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  27264 atgtgtttaaaaacatcaattaggattcatcaaataaga 27226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 32682030 - 32681931
Alignment:
Q  237 aaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaataaga 336  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  32682030 aaattagatgatctgaatcaattgtatgcaacctttaggatgatgtgcaacatgtcggaatatgtgtttaaaaacatcaattaagattcatcaaataaga 32681931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 32682157 - 32682106
Alignment:
Q  89 tgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaa 141  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32682157 tgattattgctcaatggat-gattgaagcttttgatgcattctattgaagaaa 32682106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 336
Target Start/End: Original strand, 14252657 - 14252756
Alignment:
Q  233 gtccaaattagatgatgtgaagcaattgtatgcaacctttaggatgatgttcaacatgtctgaagatgtgttttaaagcatcaattaggatttatcaaat 332  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||     ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||    
T  14252657 gtccaacttagatgatgtgaaccaattgtatgcaaccttta----tatgtttaacatgtccaaagatgtgtttaaaagcatcaattcagattcatcaaat 14252752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 222
Target Start/End: Original strand, 74621 - 74752
Alignment:
Q  89 tgattattgatcaatggtttgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaaga 188  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||| |||| |  ||| ||||||||  ||||| |||||||||    
T  74621 tgatcattgctcaatggtt-gattgaaacttttgatacattctattgaacgaactatgataaatgaaaagtcgttatagtaaatcatgataaagttaaga 74719  T
Q  189 tgtcttcctataagaaaagtttgtccaaattaga 222  Q
    ||| ||  || || ||| ||||||||||||||||    
T  74720 tgtgttagta-aaaaaaggtttgtccaaattaga 74752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 222
Target Start/End: Original strand, 66534 - 66647
Alignment:
Q  108 tgattgaagcttttgatacactctattgaagaaactattttaattgaacatccgtcatagtaaaatatgatgaagttaagatgtcttcctataagaaaag 207  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||| |||| |  ||| ||||||||  ||||| |||||||||||| ||  || || ||| |    
T  66534 tgattgaaacttttgatacattctattgaacgaactatgataaatgaaaagtcgttatagtaaatcatgataaagttaagatgtgttagta-aaaaaagg 66632  T
Q  208 tttgtccaaattaga 222  Q
    |||||||||||||||    
T  66633 tttgtccaaattaga 66647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University