View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5209_low_1 (Length: 822)

Name: NF5209_low_1
Description: NF5209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5209_low_1
NF5209_low_1
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (14-805)||(9229377-9230169)
chr1 (157-786)||(9161602-9162231)
chr1 (160-767)||(9200014-9200621)
chr1 (56-786)||(9218511-9219242)
chr1 (86-779)||(9155697-9156391)
chr1 (51-786)||(9118114-9118850)
chr1 (157-786)||(9170428-9171057)
chr1 (208-805)||(1868284-1868881)
chr1 (208-805)||(1842675-1843272)
chr1 (158-805)||(1856639-1857283)
chr1 (524-805)||(1815761-1816042)
chr1 (157-448)||(1816115-1816406)
chr1 (157-255)||(9178941-9179039)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (325-428)||(40568360-40568463)
chr3 (325-443)||(40579418-40579536)
chr3 (325-443)||(40572961-40573079)
chr3 (319-428)||(40591260-40591369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (325-443)||(2015258-2015376)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (734-776)||(31629327-31629369)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 9230169 - 9229377
Alignment:
Q  14 attattctatctgtggctagttcatcgttgtacatgttatatcaaagaagaaaactcttgaaactaaaagagaaattctttaaacaaaatggcggtttca 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9230169 attattctatctgtggctagttcctcgttgtacatgttatatcaaagaagaaaactcttgaaactaaaagagaaattctttaaacaaaatggcggtttca 9230070  T
Q  114 ttttgctacgccaactttctaaaagagaag-cgcatcaggaactgctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9230069 ttttgctacgccaactttctaaaagagaagacgcatcaggaactactcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagag 9229970  T
Q  213 tttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229969 tttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacc 9229870  T
Q  313 caagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229869 caagtagagcaattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctt 9229770  T
Q  413 tactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggat 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229769 tactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatgcacactagtattgaaaaggaaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggat 9229670  T
Q  513 agcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgac 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229669 agcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgac 9229570  T
Q  613 aattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttag 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229569 aattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttag 9229470  T
Q  713 atccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaac 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9229469 atccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaac 9229377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 157 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 9162231 - 9161602
Alignment:
Q  157 gctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaa 256  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |||||||     
T  9162231 gctcaaatattcacagaagaggaactaaagaaagccaccaaaaactacgatgatagcttaatcatcggcagaggaggttttggtacagttttcaaaggag 9162132  T
Q  257 ttctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaat 356  Q
    |  || |||| ||||  || || ||  |||| || ||||||||||| ||||| |  ||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  9162131 tcttaccagataacaaaatcgtcgctgtcaaaaaatccaaaataatagatgcaaatcaaattgagcagttcattaacgaggtagttgttctgtcccaaat 9162032  T
Q  357 aaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttg 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   | || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||     
T  9162031 aaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttcgttggtgtatgaattcgttagcaatggtacacttttcgatttc 9161932  T
Q  457 atgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctg 556  Q
    || || | || ||  || || ||||| ||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| || | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  9161931 atacataatactaaagataaagcaaacaatccaacatggaaaacacgtttaaagatagcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctg 9161832  T
Q  557 catccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggt 656  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  9161831 catcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggt 9161732  T
Q  657 tccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgat 756  Q
    ||||||||| || ||   |||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9161731 tccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatccggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgat 9161632  T
Q  757 gtttatagcttcggggtagtgctggcagag 786  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||||    
T  9161631 gtttatagctttggtgtagttcttgcagag 9161602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 160 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 9200621 - 9200014
Alignment:
Q  160 caaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattc 259  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || || || || || ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||     
T  9200621 caaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaaatacgacgaaagcttaatcatcggtagaggaggttttggtacagtttacaaaggagttt 9200522  T
Q  260 tagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaa 359  Q
    || | || ||||  ||||| ||  | || || ||||||||||| || || |  ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  9200521 tacctgataacaaaattgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaa 9200422  T
Q  360 tcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatg 459  Q
    |||||| ||||||||||||||| | || |||||| | |||||| ||||||||| | |||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  9200421 tcataggaatgttgtcaaactcctaggctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcata 9200322  T
Q  460 cacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcat 559  Q
    || |  | ||  || ||  |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9200321 caaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcat 9200222  T
Q  560 ccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttcc 659  Q
    |  | ||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  9200221 caattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacaccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttcc 9200122  T
Q  660 acttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtt 759  Q
    |||||| || ||   |||||| ||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  9200121 acttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtt 9200022  T
Q  760 tatagctt 767  Q
    ||||||||    
T  9200021 tatagctt 9200014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 56 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 9219242 - 9218511
Alignment:
Q  56 caaagaagaaaactcttgaaactaaaagagaaattctttaaacaaaatggcggtttcattttgctacgccaactttctaaaagagaag-cgcatcaggaa 154  Q
    |||| ||| |||||| | ||||||||  | ||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||  ||||| || | |||||||| | | ||   |     
T  9219242 caaaaaaggaaactcatcaaactaaagcaaaaattctttcaacaaaatggtggttctattttgctacaacaactatcaacaagagaagacacttcgcaat 9219143  T
Q  155 ctgctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaagg 254  Q
    | |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||| || || ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  9219142 cagctcaaatattcacggaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgacgaaagcttaatcatcggtagaggaggttttggtacagttttcaaagg 9219043  T
Q  255 aattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaa 354  Q
    |||| |  | || ||||  ||||| ||  |||| |||||||||||||| || || |  ||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  9219042 aattttgcccgataacaaaattgtcgctgtcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgagcaattcattaatgaggtagttgttctgtcccaa 9218943  T
Q  355 ataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatt 454  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||   | || ||||||||| ||||||| || || ||||| ||||    
T  9218942 ataaatcataggaacgttgtcaaacttttagggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgtatgaatttgttagcaacggaacactttttgatt 9218843  T
Q  455 tgatgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatc 554  Q
    | || || | | |||  || || ||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||| || | ||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  9218842 tcatacaaaattgtaaagataaagcaaacaatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagc 9218743  T
Q  555 tgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattg 654  Q
    ||||||  | |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||    
T  9218742 tgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattg 9218643  T
Q  655 gttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtg 754  Q
    ||||||||||| || ||   |||||| ||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| || |||||||    
T  9218642 gttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtg 9218543  T
Q  755 atgtttatagcttcggggtagtgctggcagag 786  Q
    |||| |||||||| || ||||| || ||||||    
T  9218542 atgtgtatagctttggagtagttcttgcagag 9218511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 86 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 9156391 - 9155697
Alignment:
Q  86 aaattctttaaacaaaatggcggtttcattttgctacgccaactttctaaaagagaag-cgcatcaggaactgctcaaattttcaaagaagatgaactta 184  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||  ||||| |||| |||||||| | | ||   | | ||| |||| ||||  ||||| |||||||    
T  9156391 aaattctttcaacaaaatggtggttccattttgctacaacaactatctacaagagaagacacctcgcaatcagctgaaatattcactgaagaggaactta 9156292  T
Q  185 agaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaat 284  Q
    ||||||| ||||| ||||| || || |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| || || | |||||||  || |||||  |    
T  9156291 agaaagccaccaaaaactacgatgaaaacttaatcattggcagaggaggttttggtacagttttcaaaggagttttacccgacaacaaaatcgttgctgt 9156192  T
Q  285 caagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttg 384  Q
     || || || |||||||| ||||| |  ||| | ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9156191 aaaaaaatcaaaaataatagatgcaaatcaaatcgagcagtttattaatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttg 9156092  T
Q  385 ggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatgcacactagtattgagaaggcaaata 484  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||   | |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| || || | || ||  || ||  |||| |    
T  9156091 ggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaattcgttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaaca 9155992  T
Q  485 atgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgt 584  Q
    || ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  9155991 atccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgt 9155892  T
Q  585 caaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgaccatactacgatagccact 684  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||   |||||| ||     
T  9155891 caaaagtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaaca 9155792  T
Q  685 gtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtgct 779  Q
     |||| |||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  9155791 atggttcaaggaactcttggatacctagatccagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgct 9155697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 51 - 786
Target Start/End: Original strand, 9118114 - 9118850
Alignment:
Q  51 tatatcaaagaagaaaactcttgaaactaaaagagaaattctttaaacaaaatggcggtttcattttgctacgccaactttctaaaagagaag-cgcatc 149  Q
    |||| |||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   |||| | || |||||||| | | ||    
T  9118114 tataccaaaaaagaaaactcatcaaactaaaacaaaaattctttcaacaaaatggtggtttcattttgctacaaaaactctttacaagagaagacacgtc 9118213  T
Q  150 aggaactgctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttac 249  Q
       | | ||||| || |||| |||| | |||||||| ||||||||||||| ||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||| |    
T  9118214 tcaatcagctcagatattcacagaaaaggaacttaaaaaagctaccaacagctacgacgaaagcttaatcattggaagaggaggtttcggtacaattttc 9118313  T
Q  250 aaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgt 349  Q
    |||||| || || | || ||||| || || ||  |||| ||||||| |||||| || || |  ||| | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  9118314 aaaggagttttacccgataacagaatcgtggctgtcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcattaatgaggtagttattctgt 9118413  T
Q  350 cccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtaccctttt 449  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||| |||||||||   | || ||||||||  ||||| | ||||| |||||    
T  9118414 cccaaataaatcataggaatgttgtcaaacttttagggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattcgttagccacggtacactttt 9118513  T
Q  450 cgatttgatgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacat 549  Q
    |||||| || || | || ||   | ||   ||||||| ||| |||| |||| ||| ||||||||||||| || | ||| ||||||||||| |||||||||    
T  9118514 cgatttcatacaaaatactaagaataaaataaataatccaagatgggaaacacgtctaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacat 9118613  T
Q  550 tcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaa 649  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |    
T  9118614 tcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgatttcggagcttcca 9118713  T
Q  650 gattggttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaa 749  Q
     ||||||||||||||| || ||   |||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || ||| |||| |||||    
T  9118714 aattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaa 9118813  T
Q  750 aagtgatgtttatagcttcggggtagtgctggcagag 786  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| || ||||||    
T  9118814 aagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagag 9118850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 157 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 9171057 - 9170428
Alignment:
Q  157 gctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaa 256  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  9171057 gctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgatgaaagcttaatcattggcagaggaggttttggtacagtttacaaaggag 9170958  T
Q  257 ttctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaat 356  Q
    || || | |||||||  || || ||  | || || ||||||||||| || || |  ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  9170957 ttttacctgacaacaaaatcgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaat 9170858  T
Q  357 aaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttg 456  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| | |||||| ||||||||| | | || || |||||| ||||||| ||||| |||||||||||     
T  9170857 aaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttc 9170758  T
Q  457 atgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctg 556  Q
    || || |  | ||  || ||  |||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9170757 atacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctg 9170658  T
Q  557 catccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggt 656  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || || ||||||||||||||    
T  9170657 catcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggt 9170558  T
Q  657 tccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgat 756  Q
    ||||||||| || ||   |||||| ||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||  || |||| || |||||||||    
T  9170557 tccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgat 9170458  T
Q  757 gtttatagcttcggggtagtgctggcagag 786  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||||    
T  9170457 gtttatagctttggagtagttcttgcagag 9170428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 208 - 805
Target Start/End: Original strand, 1868284 - 1868881
Alignment:
Q  208 gagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatg 307  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||  || || || || ||||| ||||| || || |||||||| |||     
T  1868284 gagaatttaatcattggcaaaggtggttttggtaccgttttcaaaggacttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagata 1868383  T
Q  308 ccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagt 407  Q
      | |||| | || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  1868384 gaagccaaatcgatcaattcattaatgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagt 1868483  T
Q  408 tcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgttta 507  Q
    ||||||  | |||||||||||| ||| |||||| |||||||  | ||| || |||||    | | | ||||  ||||||| || ||||||||| ||| |     
T  1868484 tcctttgttggtttatgaatttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtctt 1868583  T
Q  508 aggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttgg 607  Q
    | |||||| || ||  |||| | |||||| |||||||||||||||| ||| ||  |||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |    
T  1868584 aagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttag 1868683  T
Q  608 atgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggcta 707  Q
    ||   |   |||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||||  |||| ||||||||| |||||||    
T  1868684 atagaaccaacaccgccaaagtatcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggcta 1868783  T
Q  708 tttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaac 805  Q
     ||||||||||| ||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| || | |||| | || |||||||||||||    
T  1868784 cttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaac 1868881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 208 - 805
Target Start/End: Original strand, 1842675 - 1843272
Alignment:
Q  208 gagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaattctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatg 307  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||  || || || || ||||| ||||| || || |||||||| |||     
T  1842675 gagaatttaatcattggcaaaggtggttttggtactgtttacaaaggatttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagata 1842774  T
Q  308 ccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagt 407  Q
      | |||| |  | |||||||| ||||||||  || |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  1842775 gaagccaaatcaatcaattcattaatgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagt 1842874  T
Q  408 tcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttgatgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgttta 507  Q
    ||||||  | |||||||||||| ||| |||||| |||||||  | ||| || |||||    | | | ||||  ||||||| || ||||||||| ||| |     
T  1842875 tcctttgttggtttatgaatttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtctt 1842974  T
Q  508 aggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttgg 607  Q
    | |||||| || ||  |||| | | |||| |||||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |    
T  1842975 aagatagccgcagaggtagctgaaactttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttag 1843074  T
Q  608 atgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggcta 707  Q
    ||   |   |||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||   ||||||||  |||| ||||||||| |||||||    
T  1843075 atagaaccaacacagccaaagtatcagattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggcta 1843174  T
Q  708 tttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaac 805  Q
     ||||||||||| ||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| || | |||| | ||||||||||||||||    
T  1843175 cttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaac 1843272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 158 - 805
Target Start/End: Original strand, 1856639 - 1857283
Alignment:
Q  158 ctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaat 257  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||| | |||||| || ||||| | ||| ||||| ||||| || || | ||||||||| ||||| |||||||||||       
T  1856639 ctcacattttcgaagaaaatgaactaaggaaagccactaacaaatttgatgagagcttaatcataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaagggga 1856738  T
Q  258 tctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaata 357  Q
     || |  || || || |||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||    | |||| | || |||||||| |||||||||| |||| | || ||||||    
T  1856739 acttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaata 1856838  T
Q  358 aatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttga 457  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | || ||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||  || || |    
T  1856839 aatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaattta 1856938  T
Q  458 tgcacactagtattgagaaggcaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgc 557  Q
    | ||||| |    | ||| |   ||| || |||  ||||| || ||| | | |||||| || ||  |||| |  ||| | |||||||||||||||| |||    
T  1856939 ttcacacaaaaggtaagacg---aatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgc 1857035  T
Q  558 atccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggtt 657  Q
     ||   ||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |   |||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1857036 ctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttggagcttcaagattggtt 1857135  T
Q  658 ccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatg 757  Q
    |||||||| || |||   ||||||||  |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||    
T  1857136 ccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatg 1857235  T
Q  758 tttatagcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaac 805  Q
    | |||||||| || ||||| || |  ||| | || |||||||||||||    
T  1857236 tctatagctttggagtagttcttgtggagttgctgacgggggagaaac 1857283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 524 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 1816042 - 1815761
Alignment:
Q  524 tagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgc 623  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |   |||| ||    
T  1816042 tagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgc 1815943  T
Q  624 aaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgaccatactacgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatat 723  Q
     |||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||| || |||    |||||||  |||| ||||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  1815942 taaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtat 1815843  T
Q  724 atgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaac 805  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |  ||| | ||||||||||||||||    
T  1815842 atgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaac 1815761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 157 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 1816406 - 1816115
Alignment:
Q  157 gctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaa 256  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| |||| ||||||      
T  1816406 gctcacattttcaaagaaaatgaactaaggaaagctactaacaactttgatgagagcttaatcataggtagaggaggttttggtacagttttcaaagggg 1816307  T
Q  257 ttctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaat 356  Q
      || |  || || || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || |  | |||| | || |||||||| || ||||||| |||| | || |||||    
T  1816306 aacttgatgataatagaattgtggctatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaacgaggtggatgttgtctctcaaat 1816207  T
Q  357 aaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttt 448  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | || ||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  1816206 aaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 1816115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9179039 - 9178941
Alignment:
Q  157 gctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaagga 255  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  9179039 gctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgatgaaagcttaatcattggcagaggaggttttggtacagtttacaaagga 9178941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 428
Target Start/End: Original strand, 40568360 - 40568463
Alignment:
Q  325 ttcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatg 424  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||| ||||||| || || |||||||    
T  40568360 ttcatcaatgaagtggtcgttctttcccaaatcaaccatagaaatgtggtaaagctcttgggttgttgtttagagacagaagttcccttgcttgtttatg 40568459  T
Q  425 aatt 428  Q
    ||||    
T  40568460 aatt 40568463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 443
Target Start/End: Original strand, 40579418 - 40579536
Alignment:
Q  325 ttcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatg 424  Q
    ||||| ||||| |||||  |||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |    
T  40579418 ttcatcaatgaagtggtcattctttcccaaatcaatcatagaaatgtggtaaagattttgggttgttgtttagagacagaagttccgttacttgtttacg 40579517  T
Q  425 aatttattagcaatggtac 443  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  40579518 aatttattcccaatggtac 40579536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 443
Target Start/End: Original strand, 40572961 - 40573079
Alignment:
Q  325 ttcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatg 424  Q
    ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||||| || ||  ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| | || ||||    
T  40572961 ttcatcaatgaagtggtcgtactttcccaaatcaaccatagaaatgtggtaaagatcttgggctgttgtttagagacagaagttcccttagttgtgtatg 40573060  T
Q  425 aatttattagcaatggtac 443  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  40573061 aatttattcccaatggtac 40573079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 319 - 428
Target Start/End: Original strand, 40591260 - 40591369
Alignment:
Q  319 gagcaattcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactag 418  Q
    |||| |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || | | | ||||| |||||||| |||||| ||||||| || || |    
T  40591260 gagccattcatcaatgaagtggtcgttctttctcaaatcaaccatagaaatgtggtaagaattttgggttgttgtttagagacagaagttccattgcttg 40591359  T
Q  419 tttatgaatt 428  Q
    ||||||||||    
T  40591360 tttatgaatt 40591369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 2015376 - 2015258
Alignment:
Q  325 ttcataaatgaggtggttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatg 424  Q
    ||||| ||||| ||| |||| || || ||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  2015376 ttcatcaatgaagtgattgtgctttcacaaatcaaccatagaaatgtggtaaagctcttgggttgttgtttagagacagaagttcctttacttgtttacg 2015277  T
Q  425 aatttattagcaatggtac 443  Q
    |||| |||  |||||||||    
T  2015276 aattcattcccaatggtac 2015258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 734 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 31629369 - 31629327
Alignment:
Q  734 accaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagt 776  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31629369 accaactcacagacaaaagtgatgtttatagcttcggcgtagt 31629327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University