View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5210-Insertion-1 (Length: 1038)
Name: NF5210-Insertion-1
Description: NF5210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5210-Insertion-1 |
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| [»] chr5 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 930; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 930; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 7105343 - 7104313
Alignment:
| Q |
8 |
aagacatagctttcgaccatcatcaagaaaaagatattttgaatcctttggctgcacagattagaaagttccataaattagaataaataataggaaaaga |
107 |
Q |
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| T |
7105343 |
aagacatagctttcgaccatcatcaagaaaaagatattttgaatcctttggctgcacagattagaaagttccataaattagaataaataataggaaaaga |
7105244 |
T |
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| Q |
108 |
caaaaattgtttcctaattagtaacaacgagatggaatgttttgggagctgatataactgaccttcattctttcgcagctacaacaacgaggagtgctgt |
207 |
Q |
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| T |
7105243 |
caaaaattgtttcctaattagtaacaacgagatggaatgttttgggagctgatataactgacctccattctttcgcagctacaacaacgaggagtgctgt |
7105144 |
T |
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| Q |
208 |
cgagctcatgtgttgggcagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaa |
307 |
Q |
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| T |
7105143 |
cgagctcatgtgttgggcagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaa |
7105044 |
T |
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| Q |
308 |
aaattttgctcaccacacaacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacctattannnnnnnggcaagaggaaaagtgagcatcatattt |
407 |
Q |
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| T |
7105043 |
aaattttgctcaccacacaacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacgtattattgttttggtaagaggaaaagtgagcatcatattt |
7104944 |
T |
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| Q |
408 |
ttcacctcaattactatttaacttatagttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttgga |
507 |
Q |
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| T |
7104943 |
ttcaccccaattactatttaacttatagttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttgga |
7104844 |
T |
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| Q |
508 |
aggaatgcacatacttttatcaagcatcactatnnnnnnnctatacaataaatatttcaaatatttacataataagttatgattgaaaatgacctcatat |
607 |
Q |
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| T |
7104843 |
aggaatgcacatgcatttatcaagcatcactataaaaaaactatacaataaatatttcaaatatttacataataagttatgattgaaaacgacctcatat |
7104744 |
T |
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| Q |
608 |
ttcaagcatatgatacaaacaactatgactgaaatttgaggttaattaggctaacaaataaaaatcattttagtttctgtttacaggacaattattagaa |
707 |
Q |
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| T |
7104743 |
ttcaagcatatgatacaaacaactatcactgaaatttgaggttaattaggctaac-aataaaaatcattttagtttctgtttacaggacaattattagaa |
7104645 |
T |
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| Q |
708 |
gttaaaacatgcataattagaatatccttgatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaatgatttgta |
807 |
Q |
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| T |
7104644 |
gttaaaacatgcataattagaatatcctagatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaatgatttgta |
7104545 |
T |
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| Q |
808 |
ccacagtaccagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcctctccatgaaggccacgtgatgtcatttcagttgaatagctggtcca |
907 |
Q |
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| T |
7104544 |
ccacagtaccagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcctctccatgaaggccacgtgatgtcatttcagttgaatagctggtcca |
7104445 |
T |
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| Q |
908 |
tgatttgtcatgacaactaaaaaactacaaccacagcag-acatactcgagtattgttttgaatctcacatttttgagaagtgagaacagcttcataaac |
1006 |
Q |
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7104444 |
tgatttgtcatgacaactaaaaaactacaaccacagcagaacatactcgagtattgttttgaatctcacatttttgagaagagagaacagcttcatacac |
7104345 |
T |
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| Q |
1007 |
attgcagttgggcctaacacgtccccacaaaa |
1038 |
Q |
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| T |
7104344 |
attgcagttgggcctaacacgtccccacaaaa |
7104313 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 7093116 - 7092256
Alignment:
| Q |
8 |
aagacatagctttcgaccatcatcaagaaaaagatattttgaatcctttggctgcacagattagaaagttccataaattagaataaataataggaaaaga |
107 |
Q |
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| T |
7093116 |
aagacatagctttcgaccatcatcaagaaaaagatattttgaatcctttggctgcacagattagaaagttccataaattagaataaataataggaaaaga |
7093017 |
T |
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| Q |
108 |
caaaaattgtttcctaattagtaacaacgagatggaatgttttgggagctgatataactgaccttcattctttcgcagctacaacaacgaggagtgctgt |
207 |
Q |
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| T |
7093016 |
caaaaattgtttcctaattagtaacaacgagatggaatgttttgggagctgatataactgacctccattctttcgcagctacaacaacgaggagtgctgt |
7092917 |
T |
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| Q |
208 |
cgagctcatgtgttgggcagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaa |
307 |
Q |
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| T |
7092916 |
cgagctcatgtgttgggcagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaa |
7092817 |
T |
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| Q |
308 |
aaattttgctcaccacacaacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacctattannnnnnnggcaagaggaaaagtgagcatcatattt |
407 |
Q |
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| T |
7092816 |
aaattttgctcaccacacaacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacgtattattgttttggtaagaggaaaagtgagcatcatattt |
7092717 |
T |
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| Q |
408 |
ttcacctcaattactatttaacttat-agttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttgg |
506 |
Q |
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7092716 |
ttcaccccagttgctattaatgttttaacttaaagttttacccttctgatgtatatctgttgcattcgtactccctgtggttgaaggcattgaattttgg |
7092617 |
T |
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| Q |
507 |
aaggaatgcacatacttttatcaagcatcactat--nnnnnnnctatacaataaatatttcaaatatttacataataagtt-----atgattgaaaatga |
599 |
Q |
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7092616 |
aaggaaggcacatacatttatcaagcatcgctataaaaaaaaactattcaatcaacatttcaaatatttaaataataagttataggatgattgaaaatga |
7092517 |
T |
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| Q |
600 |
cctcatatttcaagcatatgatacaaacaactatgactgaaatttgaggttaattaggctaacaaataaaaatcattttagtttctgtttacaggacaat |
699 |
Q |
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7092516 |
ccttatatttcaagcatatgatacaaacaactatgactgaaatttgaggttaatcaggctagcaaataaaaatcatgttagtttctctttacaggacaat |
7092417 |
T |
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| Q |
700 |
tattagaagttaaaacatgcataattagaatatccttgatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaat |
799 |
Q |
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7092416 |
tattagaagttaaaacatgcataattagaaaatcctagatttcaaataggtttaaacaattaaaaattacaatgatttgaactgtgaatggttgatccat |
7092317 |
T |
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| Q |
800 |
gatttgtaccacagtaccagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcc |
860 |
Q |
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| T |
7092316 |
ggtttgttccacagtatcagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcc |
7092256 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 157 - 280
Target Start/End: Original strand, 33407361 - 33407484
Alignment:
| Q |
157 |
tgatataactgaccttcattctttcgcagctacaacaacgaggagtgctgtcgagctcatgtgttgggcagtatttttgtatccagaaaggatgagctct |
256 |
Q |
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| T |
33407361 |
tgatgtaactgacctccattctctgacagctacaacaacgaggagtaccatcgcgctcgtgtgatggacagtatttttgtagccagaaaggatgtgctct |
33407460 |
T |
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| Q |
257 |
atactcaatgaggccagctgaatt |
280 |
Q |
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33407461 |
atactcaatgagaccagctgaatt |
33407484 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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