View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5213-Insertion-1 (Length: 757)

Name: NF5213-Insertion-1
Description: NF5213
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5213-Insertion-1
NF5213-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-695)||(33938568-33939256)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 695
Target Start/End: Original strand, 33938568 - 33939256
Alignment:
Q  7 aagaacgtgctcgaatcccgcgttcttcatcatctctcaccatatagtaggattgtttttgagcttacgaaaatcaaatatcgttctaaagcagttgcaa 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  33938568 aagaacatgctcgaatcccgcgttcttcatcatctctcactatatagtaggattgtttttgagcttatgaaaatcaaatatcgttctaacgcagatgcaa 33938667  T
Q  107 agattaatcactcgaaccggataaactactgtattgaaggacaaaggtctcttcaagagtttataaacttgtatatgcaaataacaaaagtgtaataata 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33938668 agattaatcactcgaaccggataaactagtgtattgaaggacaaaggtctcttcaagagtttataaacttatatatgcaaataacaaaagtgtaataata 33938767  T
Q  207 ttatgaattttcttttgctagggggtatcaagtatgaattatcaagtggatttgtgaggggtgttgttaataaaatgtgaatctagcttcttatatatag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33938768 ttatgaattttcttttgctagggtgtatcaagtacgaattatcaagtggctttgtgaggggtgttgttaataaaatatgaatctagcttcttatatatag 33938867  T
Q  307 tttggttttgatgtcggttttgtatagtggcgtgtgccggttgcgttgaagaagggagtaactgggataaataaaactcctacacactaataagaagttg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33938868 tttggttttgatgtcggttttgtatagtggcgtgtgccggttgcgttgaagaagggagtaactgggataaataaaactcctacacactaataagaagttg 33938967  T
Q  407 cttggaatgttccgttccaaattaaaatagcatatggatgccacggaatatatgttaggtgtcacgatattaattaattaggtcgaccaataatggaaac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33938968 cttggaatgttccgttccaaattaaaatagcatatggatgccacggaatatatgttaggtgtcacgatattaattaattaggtcgaccaataatggaaac 33939067  T
Q  507 tgttaactgattttgcatccgtgttggaaaagttgtgacaaaattaggcttgcggccaaataagagtctaacgcgtgttccttaatttgccgtactaaag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33939068 tgttaactgattttgcatccgtgttggaaaagttgtgacaaaattaggcttgcggccaaataagagtctaacgcgtgttccttaatttgccgtactaaag 33939167  T
Q  607 aatgtttaactttacnnnnnnnnnnnngttaaaattttctatgtctgacctccttaaccatgtactgtttgaaatgatatttgaacaac 695  Q
    ||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33939168 aatgtttaactttataaaaataaaaaagttaaaattttctatgtctgacctccttaaccatgtactgtttgaaatgatatttgaacaac 33939256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University